单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22681	2024-08-09	Single-Cell Transcriptome Analysis of CD34+ Stem Cell-Derived Myeloid Cells Infected With Human Cytomegalovirus 2019, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2019.00577 PMID:30949159	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，研究了人巨细胞病毒（CMV）感染的CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	利用10×基因组学平台对约7000个单细胞进行转录组分析，揭示了病毒复制发生在特定的细胞亚群中，这些细胞与CFU-GEMM多能祖细胞转录相关	NA	揭示人巨细胞病毒感染髓系细胞的机制	CD34+造血干细胞衍生的髓系细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	约7000个单细胞
22682	2024-08-09	PanglaoDB: a web server for exploration of mouse and human single-cell RNA sequencing data 2019-01-01, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baz046 PMID:30951143	研究论文	本文介绍了PanglaoDB，一个用于探索小鼠和人类单细胞RNA测序数据的在线数据库	PanglaoDB提供了一个用户友好的界面，包含预处理和预计算的分析，涵盖了大多数主要的单细胞平台和协议，并建立了一个社区维护的细胞类型标记目录	NA	开发一个易于访问的在线数据库，以便生物学研究人员探索已发表的小鼠和人类单细胞RNA测序研究	小鼠和人类的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	超过400万个细胞，来自多种组织和器官，涵盖1054个单细胞实验
22683	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Data Interpretation by Evolutionary Multiobjective Clustering 2020 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2019.2906601 PMID:30908236	研究论文	本文提出了一种基于自适应非负矩阵分解的多目标进化聚类方法（MCANMF），用于单细胞RNA测序数据的多目标聚类	本文创新性地采用了自适应非负矩阵分解和基于学习向量量化的多目标聚类算法，有效解决了单细胞RNA测序数据的高维度和稀疏性问题	NA	解决单细胞RNA测序数据的高维度和稀疏性问题，提高细胞亚型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	多目标进化聚类	RNA测序数据	六个已发表的单细胞RNA测序数据集
22684	2024-08-09	Cell lineage and communication network inference via optimization for single-cell transcriptomics 2019-06-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz204 PMID:30923815	研究论文	本文介绍了基于相似矩阵优化的单细胞数据分析方法SoptSC，用于推断细胞亚群、伪时间排序、细胞谱系及标记基因，并预测细胞间通信网络	SoptSC方法整合了无监督聚类、伪时间排序、细胞谱系推断和标记基因识别，通过结构化的细胞间相似矩阵实现多任务一致性处理	NA	旨在解决细胞间通信推断的挑战，通过一致性的数学框架实现多任务处理	单细胞转录组数据中的细胞亚群、细胞谱系及细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	相似矩阵优化	转录组数据	NA
22685	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel Skeletal Muscle-Resident Cell Populations 2019-05-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.02.026 PMID:30922843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的结合方法，精确绘制了成年小鼠肌肉中10种不同的单核细胞类型图谱，并鉴定了每种细胞类型的关键区分标记	本文发现了两个先前研究不足的细胞群体，其中一个表达转录因子scleraxis，能在体外生成tenocytes；另一个表达平滑肌和间充质细胞的标记，具有成肌潜能并促进MuSC植入	NA	揭示骨骼肌组织细胞组成，为研究肌肉疾病提供新见解	成年小鼠骨骼肌中的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	基因表达数据	成年小鼠肌肉中的10种不同单核细胞类型
22686	2024-08-09	Simplified Drop-seq workflow with minimized bead loss using a bead capture and processing microfluidic chip 2019-04-23, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c9lc00014c PMID:30920557	研究论文	本文介绍了一种简化的Drop-seq工作流程，通过使用微流控芯片捕获和处理珠子，减少了珠子损失	重新设计了原始的dropleting设备，使其兼容空气压力系统和注射泵，并设计了一个用于封装后珠子处理的芯片，从而简化了Drop-seq的细胞处理效率	NA	优化和重新设计Drop-seq技术，提高其灵活性和效率	单细胞RNA测序技术中的Drop-seq平台	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	微流控芯片	细胞	数千个细胞
22687	2024-08-09	A knowledge-guided kidney cell census-reconciling bulk omics with cellular heterogeneity? 2019-04, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2018.12.016 PMID:30904059	research paper	Clark等人基于对肾脏总质量和分子标记物表达的计算贡献，提出了一份基于知识的43种已知典型肾脏细胞类型的名录	研究展示了如何结合单细胞转录组学与批量测序数据集，以促进肾脏研究中整合组学分析的利用	研究指出了批量转录组学的局限性	旨在调和批量组学与细胞异质性之间的关系	43种已知的典型肾脏细胞类型	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	43种细胞类型
22688	2024-08-09	Spatiotemporal Developmental Trajectories in the Arabidopsis Root Revealed Using High-Throughput Single-Cell RNA Sequencing 2019-03-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.02.022 PMID:30913408	研究论文	本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞的时空发育轨迹	首次构建了拟南芥根部的高分辨率单细胞RNA测序表达图谱，详细展示了主要细胞类型的表达特征	NA	探索植物根部细胞的发育过程及其调控机制	拟南芥根部细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个独立分析的细胞
22689	2024-08-09	Genetics of Alzheimer's Disease 2018-Dec, Dementia and neurocognitive disorders DOI:10.12779/dnd.2018.17.4.131 PMID:30906402	研究论文	本文通过先进的遗传技术阐明了与阿尔茨海默病（AD）相关的基因	利用CRISPR-CAS9和单细胞RNA测序等新技术，为遗传学开启了新纪元，并直接将遗传知识与未来治疗联系起来	NA	阐明阿尔茨海默病的遗传基础	阿尔茨海默病相关的基因	遗传学	阿尔茨海默病	CRISPR-CAS9, 单细胞RNA测序	NA	基因数据	NA
22690	2024-08-09	False signals induced by single-cell imputation 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16613.2 PMID:30906525	研究论文	本文评估了使用六种不同方法进行单细胞RNA测序数据插补时产生假阳性或不可重复差异表达的风险	首次系统评估了不同插补方法在单细胞RNA测序数据中引入假阳性的程度，并提出了减少这些影响的策略	所有插补方法都降低了细胞类型特异性标记的可重复性，尽管可以通过选择具有较大效应量和显著性的标记来缓解	评估单细胞RNA测序数据插补方法的可靠性和潜在风险	单细胞RNA测序数据的插补方法及其对基因表达分析的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种模拟数据集和真实单细胞RNA测序数据集
22691	2024-08-09	Single-Cell Genomics 2019-08, Clinical chemistry IF:7.1Q1 DOI:10.1373/clinchem.2017.283895 PMID:30872376	综述	本文综述了单细胞基因组学的当前状态，并描述了其在临床研究和医学应用中的机会	单细胞基因组学技术的发展提高了可靠性和商业化单细胞分离平台的开发，为临床实验室应用开辟了潜力	NA	探讨单细胞基因组学在细胞异质性和分子特征识别中的应用	单细胞基因组学技术及其在多个生物学领域的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
22692	2024-08-09	Growth Plate Borderline Chondrocytes Behave as Transient Mesenchymal Precursor Cells 2019-08, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.3719 PMID:30888720	研究论文	本文研究了生长板边缘软骨细胞在体内作为短暂间充质前体细胞的行为，特别是它们转化为成骨细胞和骨髓基质细胞的过程。	首次揭示了生长板边缘软骨细胞在体内转化为成骨细胞和骨髓基质细胞的命运，并展示了这些细胞在成年后显著减少的现象。	NA	探讨生长板边缘软骨细胞在体内的细胞命运及其在成骨和骨髓基质细胞生成中的作用。	生长板边缘软骨细胞及其在体内的转化过程。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Col2a1-creER标记的新生软骨细胞的亚群
22693	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation 2019-05-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz181 PMID:30873540	研究论文	本文介绍了一种使用微毛细管操纵的单细胞数字基因表达（1cell-DGE）方法，用于在保持细胞位置信息的同时，从完整组织中提取单个活细胞的内容物进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），并分析了苔藓Physcomitrella patens叶片细胞在重编程过程中的差异表达基因。	本文创新性地开发了1cell-DGE方法，能够在不分离细胞的情况下，通过微毛细管操纵技术获取单个细胞的转录组信息，并保留细胞的位置信息。	该方法的应用受限于能够从原始组织中分离的细胞类型，且难以在原位获得这些细胞的精确位置信息。	研究目的是开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析细胞在重编程过程中的基因表达变化。	研究对象是苔藓Physcomitrella patens的叶片细胞在重编程过程中的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	在0小时和24小时后切除的叶片细胞中，识别了6382个差异表达基因
22694	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing and Optical Electrophysiology of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Reveal Discordance Between Cardiac Subtype-Associated Gene Expression Patterns and Electrophysiological Phenotypes 2019-05-15, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2019.0030 PMID:30892143	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和光学电生理学技术，分析人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞的基因表达模式与电生理表型之间的一致性	发现心肌细胞亚型相关的基因表达模式无法准确分类细胞的电生理功能，但某些基因表达的变化可以影响电生理成熟	单细胞基因表达模式无法区分心肌细胞的亚型，如心房、心室或结节型	评估单细胞基因表达是否足以预测iPSC衍生心肌细胞的电生理特性	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个hiPSC衍生的心肌细胞
22695	2024-08-09	Cell composition analysis of bulk genomics using single-cell data 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0355-5 PMID:30886410	研究论文	本文介绍了一种名为Cell Population Mapping (CPM)的解卷积算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来推断复杂组织中细胞类型和状态的组成	CPM算法能够重建异质组织中细胞状态的连续谱，并揭示了细胞丰度与临床症状之间的关系是细胞状态特异性的	NA	研究细胞类型和状态的组成及其与临床症状的关系	流感病毒感染的小鼠肺部组织	数字病理学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解卷积算法	转录组数据	流感病毒感染的小鼠肺部组织样本
22696	2024-08-09	Scalable analysis of cell-type composition from single-cell transcriptomics using deep recurrent learning 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0353-7 PMID:30886411	研究论文	本文介绍了scScope方法，该方法利用深度学习技术从大量噪声单细胞基因表达数据中准确快速地识别细胞类型组成	提出了scScope方法，利用深度学习技术处理大规模单细胞RNA测序数据，实现了细胞类型组成的快速准确识别	NA	开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中快速准确识别细胞类型组成的方法	单细胞转录组数据中的细胞类型组成	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	数百万个单细胞
22697	2024-08-09	Functional Heterogeneity of Mouse Prostate Stromal Cells Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2019-Mar-29, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.02.032 PMID:30878879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠前列腺基质细胞的三种主要细胞群体及其功能特性	NA	探究成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	小鼠前列腺基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22698	2024-08-09	PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells 2019-03-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1663-x PMID:30890159	研究论文	本文介绍了基于估计数据流形分区连接性的图抽象方法PAGA，用于单细胞RNA-seq数据的解释性图映射	PAGA方法能够保留数据的全局拓扑结构，允许在不同分辨率下分析数据，并显著提高典型探索性数据分析工作流的计算效率	NA	开发一种新的方法来解释单细胞RNA-seq数据中的细胞类型和细胞过渡	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图抽象方法	数据流形	四个造血数据集、成年涡虫和斑马鱼胚胎以及一百万个神经元
22699	2024-08-09	Molecular profiling of resident and infiltrating mononuclear phagocytes during rapid adult retinal degeneration using single-cell RNA sequencing 2019-03-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-41141-0 PMID:30890724	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在快速成年视网膜退化过程中，驻留和浸润的单核吞噬细胞的分子特征	本研究揭示了中枢神经系统中细胞自主退化时先天免疫反应的先前无法测量的分子异质性	NA	探讨在神经退化过程中驻留和浸润免疫细胞的具体作用	视网膜中的驻留和浸润单核吞噬细胞	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	RNA	整个CD11bCD45细胞群体
22700	2024-08-09	In Vivo Generation of Post-infarct Human Cardiac Muscle by Laminin-Promoted Cardiovascular Progenitors 2019-03-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.083 PMID:30893597	研究论文	本文研究了通过层粘连蛋白促进心血管前体细胞生成后梗死人心脏肌肉的方法	首次识别并生产了人类重组层粘连蛋白-221，并展示了其促进人类胚胎干细胞向心肌细胞分化的能力	NA	探索再生受损人心脏肌肉的新方法	人类胚胎干细胞衍生的心血管前体细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA	使用了来自不同人类胚胎干细胞系的样本