单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24032 篇文献，本页显示第 22661 - 22680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22661 | 2024-08-09 |
Nx1-Seq (Well Based Single-Cell Analysis System)
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_4
PMID:30968360
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研究论文 | 本文介绍了新开发的基于孔板的单细胞转录组方法 | 提出了基于孔板的单细胞转录组方法，用于分析细胞分化和细胞异质性的连续变化 | NA | 研究细胞分化和细胞异质性的层次结构 | 单个细胞的多样性和组织微环境 | 生物技术 | NA | 单细胞基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 数百个单细胞 |
| 22662 | 2024-08-09 |
An Informative Approach to Single-Cell Sequencing Analysis
2019, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-981-13-6037-4_6
PMID:30968362
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综述 | 本文综述了单细胞测序分析的多层平台，主要介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并比较了其他单细胞RNA-seq系统，同时描述了处理大型复杂单细胞数据集的计算方法 | 介绍了Chromium单细胞3' RNA-seq系统及其技术特点，并提供了处理稀疏数据集的信息学方法，如插补、批次效应校正、降维和聚类 | 由于单细胞RNA-seq数据深度不足，导致低表达基因的转录组信息严重缺乏，数据解释有时较为困难 | 综述单细胞测序分析的平台和技术，并探讨处理大型复杂单细胞数据集的方法 | 单细胞测序分析的平台和技术，以及处理单细胞数据集的计算方法 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 数据集 | NA |
| 22663 | 2024-08-09 |
scRNAss: a single-cell RNA-seq assembler via imputing dropouts and combing junctions
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz240
PMID:30951147
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRNAss的单细胞RNA测序组装方法，该方法通过填补丢失信息和结合接合策略来重建全长转录本 | scRNAss通过显式策略填补由丢失事件引起的丢失信息，并采用结合策略来推断转录本，显示出对未知新异构体的恢复能力和计算效率 | NA | 开发一种适用于单细胞RNA测序数据的转录本组装方法 | 单细胞RNA测序数据中的全长转录本重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 22664 | 2024-08-09 |
Functional genomics of CDHR3 confirms its role in HRV-C infection and childhood asthma exacerbations
2019-10, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2019.01.052
PMID:30930175
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研究论文 | 本研究通过功能基因组学方法，证实了CDHR3蛋白在HRV-C感染和儿童哮喘加重中的作用 | 使用单细胞转录组学、CRISPR-Cas9基因敲除和基因型特异性供体实验，首次在原代气道上皮细胞中研究CDHR3的功能及其对HRV-C感染的影响 | NA | 确定CDHR3是否是HRV-C感染原代气道上皮细胞所必需的，并识别CDHR3变异体增加哮喘加重风险的分子机制 | CDHR3蛋白及其编码变异体rs6967330在HRV-C感染和儿童哮喘加重中的作用 | 遗传学 | 哮喘 | 单细胞转录组学、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据 | 原代气道上皮细胞 |
| 22665 | 2024-08-09 |
Single-cell Transcriptomics and Solid Organ Transplantation
2019-09, Transplantation
IF:5.3Q1
DOI:10.1097/TP.0000000000002725
PMID:30946217
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在实体器官移植中的应用，探讨了其在移植病理学中的潜力及未来发展方向 | scRNA-seq能够识别稀有细胞类型、新的细胞状态和细胞间通信网络，这些在传统的整体转录组分析中可能被掩盖 | NA | 探讨单细胞测序技术在移植领域的应用及其未来发展 | 单细胞RNA测序技术及其在实体器官移植中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 22666 | 2024-08-09 |
Spatial heterogeneity in the mammalian liver
2019-07, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-019-0134-x
PMID:30936469
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研究论文 | 本文探讨了哺乳动物肝脏中肝细胞基因表达的空间异质性及其对肝脏功能的影响 | 利用单细胞转录组技术构建了小鼠肝细胞基因表达的全局空间图谱，揭示了约50%的肝细胞基因以区域化方式表达 | 文章未明确提及具体的研究局限 | 研究肝脏区域化的基因表达模式及其对肝脏功能的影响 | 肝细胞的基因表达及其在肝脏区域化中的作用 | NA | NA | 单细胞转录组技术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肝细胞 |
| 22667 | 2024-08-09 |
Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399
PMID:30943771
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，研究了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术定义了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用 | 研究仅限于12周龄的C57BL/6J小鼠，且仅在实验室正常饮食条件下进行，可能限制了结果的普遍性 | 研究动脉粥样硬化早期阶段血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用 | 野生型和ApoE缺陷型小鼠的主动脉外膜细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 12周龄的C57BL/6J小鼠 |
| 22668 | 2024-08-09 |
Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Current protocols in cell biology
DOI:10.1002/cpcb.86
PMID:30957983
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研究论文 | 本文介绍了从胚胎器官中制备细胞用于单细胞RNA测序的方法 | 采用低温解离技术使用冷活性蛋白酶，以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的质量 | 胚胎器官中的细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22669 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species
2019-05, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2018090931
PMID:30948627
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞基因表达特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术定义了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞的细胞表面标记物 | 目前尚无法在不同物种中识别相同的驻留巨噬细胞类型 | 确定能跨物种识别驻留巨噬细胞的新标记物 | 小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织中的CD45+先天免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织样本 |
| 22670 | 2024-08-09 |
Involvement of the myeloid cell compartment in fibrogenesis and systemic sclerosis
2019-05, Nature reviews. Rheumatology
DOI:10.1038/s41584-019-0212-z
PMID:30953037
|
综述 | 本文综述了骨髓细胞在系统性硬化症（SSc）纤维化过程中的作用 | 探讨了骨髓细胞在SSc纤维化中的关键作用，并提出其作为疾病生物标志物的潜在价值 | NA | 总结当前关于骨髓细胞在SSc患者纤维化中作用的知识 | 骨髓细胞在系统性硬化症纤维化中的功能 | NA | 系统性硬化症 | 质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 22671 | 2024-08-09 |
DoubletFinder: Doublet Detection in Single-Cell RNA Sequencing Data Using Artificial Nearest Neighbors
2019-04-24, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.03.003
PMID:30954475
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DoubletFinder的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中检测由技术伪影引起的“双峰”现象 | DoubletFinder通过使用基因表达数据，预测每个真实细胞在基因表达空间中与人工双峰的接近程度来识别双峰 | NA | 开发一种新的计算工具，用于在单细胞RNA测序数据中准确检测双峰 | 单细胞RNA测序数据中的双峰现象 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 随机选择的细胞对 |
| 22672 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies inflammatory tissue T cells in eosinophilic esophagitis
2019-04-08, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI125917
PMID:30958799
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术解析了过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE）这一特定组织过敏疾病 | 首次识别出八种不同的组织T细胞亚型（T1-T8），并发现T7和T8在病变组织中富集，揭示了FFAR3在放大EoE局部Th2反应中的潜在作用 | NA | 解析过敏性炎症中人体组织CD3+ T细胞的异质性，特别是针对嗜酸性食管炎（EoE） | 从疾病活动度不同的患者中提取的1088个单个T细胞 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 1088个单个T细胞 |
| 22673 | 2024-08-09 |
Singling out Th2 cells in eosinophilic esophagitis
2019-04-08, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI128479
PMID:30958801
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研究论文 | 本文使用单细胞RNA测序技术研究了嗜酸性食管炎患者组织中T细胞的异质性 | 首次使用单细胞RNA测序技术识别嗜酸性食管炎中的相关细胞群和机制 | NA | 探讨嗜酸性食管炎中T细胞的异质性及其在疾病中的作用 | 嗜酸性食管炎患者的食管上皮细胞和T细胞 | 数字病理学 | 嗜酸性食管炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22674 | 2024-08-09 |
Defining the developmental program leading to meiosis in maize
2019-04-05, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aav6428
PMID:30948545
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，重建了玉米雄性减数分裂的发展程序 | 发现了减数分裂前转录组的两步重组过程，并排除了干细胞模型 | NA | 研究玉米减数分裂的发展程序 | 玉米雄性减数分裂 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及26.7%的转录本在减数分裂前发生两倍或更多的表达变化 |
| 22675 | 2024-08-09 |
Spatiotemporal dynamics of molecular pathology in amyotrophic lateral sclerosis
2019-04-05, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aav9776
PMID:30948552
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研究论文 | 研究使用空间转录组学方法，分析了小鼠和ALS患者死后脊髓组织中的基因表达，以揭示ALS中分子病理学的时空动态 | 首次利用空间转录组学技术，系统地研究了ALS中驱动运动神经元丢失的分子事件的时空顺序 | NA | 揭示ALS中分子病理学的时空动态 | 小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织 | 数字病理学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠脊髓组织和ALS患者死后脊髓组织样本 |
| 22676 | 2024-08-09 |
A fast and efficient count-based matrix factorization method for detecting cell types from single-cell RNAseq data
2019-04-05, BMC systems biology
DOI:10.1186/s12918-019-0699-6
PMID:30953530
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研究论文 | 本文开发了一种快速高效的基于计数的矩阵分解方法scNBMF，用于从单细胞RNA测序数据中检测细胞类型 | scNBMF方法能够直接处理单细胞RNA测序数据的原始计数，并且在处理大量细胞时速度更快 | NA | 开发一种新的矩阵分解方法，以更有效地从单细胞RNA测序数据中提取细胞类型信息 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 矩阵分解 | 基因表达数据 | 三个公共单细胞RNA测序数据集，包括脑、胚胎干细胞和胰岛细胞 |
| 22677 | 2024-08-09 |
A Subset of TREM2+ Dermal Macrophages Secretes Oncostatin M to Maintain Hair Follicle Stem Cell Quiescence and Inhibit Hair Growth
2019-04-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.01.011
PMID:30930146
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研究论文 | 本文研究了Oncostatin M（OSM）通过JAK-STAT5信号通路维持毛囊干细胞静止状态并抑制毛发生长的机制 | 首次揭示了TREM2+皮肤巨噬细胞分泌的OSM在维持毛囊干细胞静止和抑制毛发生长中的作用 | NA | 阐明JAK-STAT信号通路如何主动抑制毛发生长 | 毛囊干细胞的静止状态和毛发生长 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22678 | 2024-08-09 |
Identification of ERBB Pathway-Activated Cells in Triple-Negative Breast Cancer
2019-Mar, Genomics & informatics
DOI:10.5808/GI.2019.17.1.e3
PMID:30929404
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据，在三阴性乳腺癌中识别出ERBB通路激活的细胞群体 | 本文揭示了ERBB信号通过间接途径激活，并在单细胞水平上改变了分子亚型，为乳腺癌亚型提供了新的视角 | NA | 研究乳腺癌中的肿瘤内异质性及其分子特征，以促进精准医疗 | 三阴性乳腺癌中的ERBB通路激活细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自公共资源的单细胞RNA测序数据 |
| 22679 | 2024-08-09 |
Functional-genetic approaches to understanding drug response and resistance
2019-02, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2019.03.003
PMID:30951975
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综述 | 本文综述了功能基因工具在理解药物反应和耐药机制中的应用及其局限性 | 介绍了CRISPR/Cas9、高级RNAi方法和靶向蛋白质降解等新兴技术在寻找治疗靶点和评估药物开发前的应用 | 讨论了这些功能基因工具在高通量筛选和深入分析候选靶点及现有药物方面的局限性 | 探讨功能基因工具在药物反应和耐药机制研究中的应用 | 功能基因工具如CRISPR/Cas9、RNAi方法和靶向蛋白质降解 | NA | NA | CRISPR/Cas9, RNAi, 靶向蛋白质降解, 时间分辨和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22680 | 2024-08-09 |
Tanycyte-Independent Control of Hypothalamic Leptin Signaling
2019, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2019.00240
PMID:30941008
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研究论文 | 本研究分析了小鼠中tanycytes中leptin受体的表达及其功能 | 首次通过单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和tanycytes中特异性删除leptin受体，证明了tanycytes中leptin受体的表达缺失或极低，且tanycytes不直接通过依赖leptin受体的机制调节下丘脑leptin信号 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 探讨tanycytes在调节下丘脑leptin信号中的作用 | tanycytes中的leptin受体表达及其对下丘脑leptin信号的影响 | NA | NA | 单分子荧光原位杂交(smfISH)、RT-qPCR、单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | RNA | 小鼠 |