单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22641	2024-08-09	Full-Length Single-Cell RNA Sequencing with Smart-seq2 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_3 PMID:31028630	研究论文	本文介绍了如何使用Smart-seq2技术进行全长单细胞RNA测序，并提供了生成高质量数据的方法和解决方案	Smart-seq2被认为是全长转录本表征的“黄金标准”，因其高灵敏度、精确度、较低成本、可扩展性以及易于在自动化平台上设置	NA	探讨单细胞RNA测序技术在转录水平上研究细胞异质性的应用	单细胞RNA测序技术及其在细胞类型鉴定和基因表达随机性分析中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22642	2024-08-09	CEL-Seq2-Single-Cell RNA Sequencing by Multiplexed Linear Amplification 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_4 PMID:31028631	研究论文	本文描述了使用CEL-Seq2方法进行单细胞RNA测序的协议	CEL-Seq2是首个使用线性RNA扩增的方法，具有灵敏度高、成本效益好且操作简便的特点	NA	介绍和优化单细胞RNA测序技术	单细胞RNA测序	基因组学	NA	CEL-Seq2	NA	RNA序列	排序的细胞
22643	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq by Multiple Annealing and Tailing-Based Quantitative Single-Cell RNA-Seq (MATQ-Seq) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_5 PMID:31028632	研究论文	本文介绍了一种名为MATQ-Seq的单细胞RNA测序技术，该技术基于多次退火和dC尾部的单细胞RNA测序，具有约90%的捕获效率，并能检测非多聚腺苷酸化的转录本。	MATQ-Seq技术提高了单细胞RNA测序的准确性和敏感性，并能检测非多聚腺苷酸化的转录本。	NA	开发和评估一种新的单细胞RNA测序技术，以提高转录组细微异质性的检测能力。	单细胞RNA测序技术及其在生物过程中的应用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22644	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing with Drop-Seq 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_6 PMID:31028633	研究论文	本文介绍了一种名为Drop-Seq的低成本、高通量平台，用于通过将细胞封装到单个液滴中来分析数千个细胞的转录组	Drop-Seq技术通过微流控设备将带有独特条形码的mRNA捕获微粒与细胞共同限制在液滴中，实现了单细胞转录组的高通量分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序技术	单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个单细胞
22645	2024-08-09	Single-Cell Tagged Reverse Transcription (STRT-Seq) 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_9 PMID:31028636	研究论文	本文描述了基于微流控技术的单细胞标记反转录测序（STRT-C1）方法及其步骤	STRT-C1方法允许在单细胞水平上进行准确的、敏感的分子计数	NA	介绍和详细说明STRT-C1方法	单细胞RNA测序	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	96个细胞
22646	2024-08-09	Seq-Well: A Sample-Efficient, Portable Picowell Platform for Massively Parallel Single-Cell RNA Sequencing 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_8 PMID:31028635	研究论文	Seq-Well是一种低成本的微型井平台，可用于同时分析来自不同临床样本的数千个细胞的转录组	Seq-Well通过独特的条形码mRNA捕获珠和细胞共同限制在微型井中，使用半透膜密封，实现高效的细胞裂解和mRNA捕获	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序平台	单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	数千个细胞
22647	2024-08-09	Targeted TCR Amplification from Single-Cell cDNA Libraries 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_13 PMID:31028640	研究论文	本文描述了一种从单细胞全长cDNA文库中针对TCR CDR3区域进行靶向扩增的敏感协议	利用RNase H依赖的PCR（rhPCR）的特异性，实现TCR等位基因的扩增和细胞条形码的添加在一个PCR步骤中完成	NA	开发一种新的方法来确定T细胞的特异性	TCR CDR3区域	基因组学	NA	RNase H依赖的PCR（rhPCR）	NA	cDNA	单细胞
22648	2024-08-09	Simultaneous Profiling of mRNA Transcriptome and DNA Methylome from a Single Cell 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_21 PMID:31028648	研究论文	本文介绍了一种名为scMT-seq的新方法，能够从单个细胞中同时分析DNA甲基化和RNA转录组	scMT-seq方法能够从单个细胞中同时测量DNA甲基化和RNA转录水平，这在技术上是一个重大突破	NA	揭示单个细胞中DNA甲基化和转录水平之间的调控关系	单个细胞中的DNA甲基化和RNA转录组	数字病理学	NA	scMT-seq	NA	DNA甲基化和RNA转录数据	从单个细胞中测量了0.5-1百万个CpG位点的DNA甲基化状态和10,000个基因的mRNA水平
22649	2024-08-09	Differential Expression Analysis in Single-Cell Transcriptomics 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_25 PMID:31028652	研究论文	本文探讨了在单细胞转录组学中使用edgeR工具进行差异表达分析的方法	比较了不同工具在单细胞数据差异表达分析中的表现，发现edgeR与准似然F检验（QLF）优于其他方法	NA	研究单细胞转录组数据中差异表达分析的方法	单细胞转录组数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	两组或多组单细胞样本
22650	2024-08-09	A Bioinformatic Toolkit for Single-Cell mRNA Analysis 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_26 PMID:31028653	研究论文	本文介绍了一个用于单细胞mRNA分析的生物信息学工具包，涵盖了从实验设计到数据处理的各个步骤	本文提供了一个通用的分析流程概述，并介绍了一系列现有的工具	NA	介绍和评估用于单细胞RNA-Seq分析的计算工具	单细胞RNA-Seq数据分析的各个步骤	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq	NA	基因表达数据	多达一百万个单细胞
22651	2024-08-09	scClustViz - Single-cell RNAseq cluster assessment and visualization 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.16198.2 PMID:31016009	研究论文	本文介绍了一种名为scClustViz的R Shiny软件工具，用于单细胞RNA测序（scRNAseq）数据的聚类评估和可视化	scClustViz提供了一个简单的交互式图形用户界面，用于探索scRNAseq数据并评估聚类结果的生物学相关性	NA	开发一种工具，用于评估和可视化单细胞RNA测序数据的聚类结果	单细胞RNA测序数据及其聚类结果的生物学相关性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	数千个单个细胞
22652	2024-08-09	Detection of differentially expressed genes in discrete single-cell RNA sequencing data using a hurdle model with correlated random effects 2019-12, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13074 PMID:31009065	研究论文	本文提出了一种新的统计模型，用于高维和零膨胀的单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数数据，以识别不同细胞类型中的差异表达（DE）基因	本文引入了一种基于初始细胞聚类的相关随机效应模型，以捕捉治疗组内细胞间的变异性，并展示了该模型在检测表达细胞比例和平均表达水平差异方面的优势	NA	开发适用于单细胞RNA测序数据的计算方法，以识别差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	hurdle model	计数数据	NA
22653	2024-08-09	High-throughput single-cell sequencing of paired TCRα and TCRβ genes for the direct expression-cloning and functional analysis of murine T-cell receptors 2019-08, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.201848030 PMID:31017295	研究论文	本文介绍了一种高通量策略，用于从初级小鼠T细胞中无偏差地扩增和自动序列分析配对的TCRα和TCRβ基因	该平台能够在单细胞水平上连接细胞表型和TCR基因序列信息，并通过高效克隆两个基因和生成稳定表达TCR的细胞系，实现直接功能分析	NA	确定小鼠T细胞受体库的多样性和质量	小鼠T细胞的TCRα和TCRβ基因	NA	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	初级小鼠T细胞
22654	2024-08-09	Single-Cell Lymphocyte Heterogeneity in Advanced Cutaneous T-cell Lymphoma Skin Tumors 2019-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-0148 PMID:31010835	研究论文	本文通过单细胞转录组分析探讨了晚期皮肤T细胞淋巴瘤皮肤肿瘤中淋巴细胞的异质性	首次通过液滴法单细胞转录组分析揭示了患者特异性的恶性与反应性淋巴细胞在肿瘤局部微环境中的景观，为识别特定标记物提供了基础	仅限于5名晚期CTCL患者和4名健康捐赠者的皮肤活检样本	探讨皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）中T淋巴细胞的异质性，为诊断和治疗提供新的标记物	晚期皮肤T细胞淋巴瘤患者的皮肤肿瘤样本	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	14,056个CD3+淋巴细胞（448个来自正常样本，13,608个来自CTCL皮肤样本）
22655	2024-08-09	Fifty Shades of Microglia 2019-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010 PMID:31005331	研究论文	Masuda等人使用单细胞RNA测序技术研究了小鼠大脑中不同解剖部位、发育阶段和病理类型的微胶质细胞，并对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组特征分析	首次对多发性硬化症患者的微胶质细胞进行了转录组特征分析，并发现了跨物种保守的微胶质细胞亚群	NA	研究大脑发育和疾病中微胶质细胞的空间和时间异质性	小鼠和多发性硬化症患者的微胶质细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个小鼠和多发性硬化症患者的样本
22656	2024-08-09	Droplet-based single cell RNAseq tools: a practical guide 2019-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc01239c PMID:30997473	review	本文通过比较三种主要的基于液滴的单细胞RNA测序系统（Drop-seq、inDrop和Chromium 10X）及其衍生系统，提供了一个实用的指南，涵盖了典型的单细胞RNA测序实验的所有步骤	NA	讨论了这些系统的局限性及其在基因组细胞计数新兴领域中的应用	理解这些系统深入探究生物学的能力	基于液滴的单细胞RNA测序系统	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
22657	2024-08-09	A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root 2019-05-06, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2019.04.004 PMID:31004836	研究论文	本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞转录组的高度异质性，并识别了24个潜在的细胞群及其特异性标记基因	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了拟南芥根部细胞的高度异质性及其在根细胞分化过程中的中间状态表达特征	NA	探索拟南芥根部细胞在动态发育过程中的转录调控	拟南芥根部细胞的转录组异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个拟南芥根部细胞
22658	2024-08-09	Single-cell transcriptomes of the regenerating intestine reveal a revival stem cell 2019-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1154-y PMID:31019301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了再生小肠中的特定细胞类型，即复苏干细胞（revSC），并探讨了其在肠道再生中的作用	首次鉴定出一种新的干细胞类型——复苏干细胞（revSC），并揭示了其在肠道再生中的重要作用	NA	研究肠道再生过程中的特定细胞类型及其作用机制	小肠再生过程中的细胞类型和功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肠道样本
22659	2024-08-09	Select sequencing of clonally expanded CD8+ T cells reveals limits to clonal expansion 2019-04-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1902649116 PMID:30992377	研究论文	本文开发了一种名为SELECT-seq的方法，用于选择基于RNA表达的稀有细胞，并对其进行深度单细胞RNA测序，以研究抗原特异性T细胞的克隆性	SELECT-seq方法允许在深度单细胞RNA测序之前选择基于RNA表达的稀有细胞，从而研究抗原特异性T细胞的克隆性	文章指出，高度扩增的传统CD8 T细胞下调白细胞介素2受体α（IL2RA，或CD25）蛋白并显示衰老迹象，表明克隆扩增存在固有限制	研究抗原特异性T细胞的克隆性及其扩增的限制	外周血淋巴细胞中的CD8 T细胞、不变自然杀伤T细胞（iNKT）和黏膜相关不变T细胞（MAIT）	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA表达数据	单个外周血淋巴细胞
22660	2024-08-09	Early alterations in stem-like/resident T cells, innate and myeloid cells in the bone marrow in preneoplastic gammopathy 2019-04-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.127807 PMID:31013254	研究论文	研究分析了健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者骨髓中的免疫细胞，通过质谱流式细胞术和单细胞转录组分析，揭示了在癌前病变中免疫微环境的早期变化	首次详细描述了在癌前病变中先天性和适应性免疫的变化，并提出骨髓驻留T细胞库的耗竭可能与骨髓瘤中免疫监视的丧失有关	样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现	理解宿主对癌前病变的反应如何在恶性转化期间维持和改变，以预防癌症	健康捐赠者和MGUS/骨髓瘤患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	骨髓瘤	质谱流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	12名健康捐赠者和26名MGUS/骨髓瘤患者