单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22601	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing Identifies Activation of TP53 and STAT1 Pathways in Human T Lymphocyte Subpopulations in Response to Ex Vivo Radiation Exposure 2019-May-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20092316 PMID:31083348	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了人类淋巴细胞亚群在体外辐射暴露后3小时的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同T淋巴细胞亚群在伽马射线暴露后的基因表达差异	研究仅限于体外实验，且样本量相对较小	探讨空间辐射暴露对人类细胞DNA损伤及损伤反应的机制	人类T淋巴细胞亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约700个辐射暴露细胞和700个非辐射对照细胞
22602	2024-08-09	Distinct modes of cell competition shape mammalian tissue morphogenesis 2019-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1199-y PMID:31092920	research paper	本文通过活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学和遗传学方法，揭示了在小鼠皮肤发育过程中，两种细胞竞争机制如何依次塑造和维持分层组织的结构。	首次在小鼠皮肤发育中识别出两种细胞竞争机制，并展示了这些机制如何动态调整以适应组织结构复杂性的增加。	NA	探究细胞竞争在哺乳动物组织形态发生中的作用及其进化普遍性。	小鼠皮肤发育过程中的细胞竞争机制。	生物学	NA	活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
22603	2024-08-09	Multiplexed single-cell RNA-seq via transient barcoding for simultaneous expression profiling of various drug perturbations 2019-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aav2249 PMID:31106268	研究论文	本文开发了一种通过短暂转染短条形码寡核苷酸的通用样本条形码方法，用于同时分析多个样本的单细胞RNA测序	提出了一种新的单细胞RNA测序方法，通过短暂转染条形码寡核苷酸，实现了对多个样本的同时分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以同时分析多个样本	单细胞RNA测序技术在多个样本中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	48个药物处理样本
22604	2024-08-09	Alternative polyadenylation of single cells delineates cell types and serves as a prognostic marker in early stage breast cancer 2019, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0217196 PMID:31100099	研究论文	本研究探讨了单个癌细胞和肿瘤微环境细胞中的选择性多聚腺苷酸化（APA）现象，并分析了其在不同细胞类型中的生理意义及其作为早期乳腺癌预后标志物的潜力	首次在单细胞水平上研究了APA模式，并发现其在不同细胞类型中的差异表达，特别是在乳腺癌中的免疫特异性APA特征	研究样本量相对较小，仅包括11名乳腺癌患者和3名胶质母细胞瘤及1名肾细胞癌患者	理解APA在不同细胞类型中的生理意义，并探索其作为早期乳腺癌预后标志物的可能性	单个癌细胞和肿瘤微环境细胞中的APA现象	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	515个单细胞样本来自11名乳腺癌患者，以及来自3名胶质母细胞瘤和1名肾细胞癌患者的scRNA-seq数据
22605	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of In Vitro Expanded Chondrocytes: MSC-Like Cells With No Evidence of Distinct Subsets 2021-12, Cartilage IF:2.7Q1 DOI:10.1177/1947603519847746 PMID:31072202	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨体外扩增软骨细胞的异质性	发现体外扩增的软骨细胞没有明显的亚群区分，且大多数细胞表达间充质干细胞的所有标志物	NA	研究体外扩增软骨细胞的异质性，用于自体软骨细胞移植	人关节软骨细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	86个单细胞
22606	2024-08-09	Myeloid cells in liver and bone marrow acquire a functionally distinct inflammatory phenotype during obesity-related steatohepatitis 2020-03, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2019-318382 PMID:31076404	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了在高脂高糖高胆固醇的'西方饮食'喂养16周的C57BL/6小鼠中，肥胖相关非酒精性脂肪肝病（NAFLD）向脂肪肝炎（NASH）进展过程中，骨髓和肝脏中的髓系细胞的功能性适应	本研究首次通过单细胞RNA测序揭示了NAFLD进展过程中肝脏和骨髓髓系细胞的独特炎症表型，并发现这种表型在体外和体内均具有功能相关性	NA	深入研究肥胖相关非酒精性脂肪肝病向脂肪肝炎进展过程中，骨髓和肝脏中髓系细胞的功能性适应	骨髓和肝脏中的髓系细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	C57BL/6小鼠
22607	2024-08-09	The barcode, UMI, set format and BUStools 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz279 PMID:31073610	研究论文	介绍了一种名为Barcode-UMI-Set（BUS）的格式，用于表示单细胞RNA-seq实验读数的伪对齐	提出了一种新的BUS格式，适用于所有单细胞RNA-seq技术，并展示了BUS文件的高效生成能力	NA	开发一种模块化、技术特定且健壮的单细胞RNA-seq分析工作流程	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	文本	NA
22608	2024-08-09	What has single-cell RNA-seq taught us about mammalian spermatogenesis? 2019-09-01, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioz088 PMID:31077285	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在哺乳动物精子发生研究中的应用及其揭示的分子机制	单细胞RNA测序技术揭示了精子发生过程中先前未被发现的细胞类型间的分子异质性	NA	探讨单细胞RNA测序数据在精子发生研究中的当前价值和未来应用潜力	哺乳动物的精子发生过程及其相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22609	2024-08-09	Single-Cell Virus Sequencing of Influenza Infections That Trigger Innate Immunity 2019-07-15, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/JVI.00500-19 PMID:31068418	研究论文	本文开发了一种新方法，通过确定单个感染流感病毒细胞中的转录组和全长病毒基因序列，评估病毒群体中的遗传变异如何影响病毒基因表达和先天免疫激活的异质性	首次使用长读长PacBio测序技术来确定感染单个细胞的病毒序列，提供了病毒突变如何影响单个细胞感染过程的完整图景	病毒遗传变异只能部分解释细胞间病毒基因表达和先天免疫诱导的变异性	研究流感病毒感染细胞中病毒基因表达和先天免疫激活的异质性	感染流感病毒的单个细胞	NA	流感	PacBio测序	NA	序列数据	多个感染流感病毒的单个细胞
22610	2024-08-09	Single-Cell Analysis of the Liver Epithelium Reveals Dynamic Heterogeneity and an Essential Role for YAP in Homeostasis and Regeneration 2019-07-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.04.004 PMID:31080134	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肝脏上皮细胞在稳态和损伤后的异质性，并揭示了YAP在肝脏稳态和再生中的关键作用	发现了在稳态和损伤后，胆道上皮细胞存在显著的异质性，这种异质性反映了YAP依赖的程序的波动激活	NA	探索肝脏上皮细胞在稳态和损伤后的异质性及其分子机制	肝脏上皮细胞，特别是肝细胞和胆道上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
22611	2024-08-09	YAP, but Not RSPO-LGR4/5, Signaling in Biliary Epithelial Cells Promotes a Ductular Reaction in Response to Liver Injury 2019-07-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.04.005 PMID:31080135	研究论文	研究探讨了胆道上皮细胞在肝脏损伤后形成管状反应的信号通路	发现胆道上皮细胞在管状反应中不需要LGR4/5介导的WNT/β-catenin信号，而YAP和mTORC1信号在此过程中是必需的	NA	阐明胆道上皮细胞在肝脏损伤后形成管状反应的信号通路及其作用	胆道上皮细胞及其在肝脏损伤后的反应	NA	NA	CRISPR-based loss-of-function screen, 单细胞RNA测序	NA	RNA	胆道上皮细胞样类器官
22612	2024-08-09	Efficient integration of heterogeneous single-cell transcriptomes using Scanorama 2019-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0113-3 PMID:31061482	研究论文	本文介绍了一种名为Scanorama的算法，用于有效整合来自多个实验、实验室和技术的异质性单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Scanorama算法能够识别并合并所有数据集中共享的细胞类型，准确整合异质性scRNA-seq数据集	NA	开发一种新的算法以克服现有scRNA-seq数据整合方法的限制，实现跨多个实验和技术的数据整合	scRNA-seq数据集，特别是来自不同实验、实验室和技术的数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Scanorama算法	转录组数据	105,476个细胞来自26个不同的scRNA-seq实验，代表9种不同技术
22613	2024-08-09	Prosurvival kinase PIM2 is a therapeutic target for eradication of chronic myeloid leukemia stem cells 2019-05-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1903550116 PMID:31068472	研究论文	本文研究了慢性髓性白血病（CML）干细胞对药物伊马替尼（IM）的内在抗性，并发现生存促进激酶PIM2是选择性消除CML干细胞的治疗靶点	通过单细胞RNA测序技术，从同一患者分离的CML干细胞和正常造血干细胞中鉴定出PIM2基因，并发现其通过磷酸化抑制促凋亡蛋白BAD来维持CML干细胞对IM的抗性	实验主要在CML小鼠模型中进行，需要在更多临床样本中验证	探索CML干细胞对IM的抗性机制，并寻找新的治疗靶点	慢性髓性白血病干细胞和正常造血干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自同一患者的CML干细胞和正常造血干细胞
22614	2024-08-09	Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex 2019-05-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav2522 PMID:31073041	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术，追踪小鼠胚胎中连续几代顶端前体细胞（APs）及其子代神经元的分子身份	发现了驱动APs从内部驱动状态向更多外部感知状态转变的核心进化保守的、时间模式化的基因集，并揭示了Polycomb抑制复合物2（PRC2）在表观遗传上调控AP时间进程的作用	NA	探究皮质发生过程中顶端前体细胞及其子代神经元在分子水平上的时间模式化机制	小鼠胚胎中的顶端前体细胞（APs）及其子代神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22615	2024-08-09	scNPF: an integrative framework assisted by network propagation and network fusion for preprocessing of single-cell RNA-seq data 2019-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5747-5 PMID:31068142	研究论文	本文介绍了scNPF框架，该框架利用网络传播和网络融合技术进行单细胞RNA测序数据预处理	scNPF框架结合了先验交互网络的全局拓扑结构和单细胞RNA测序数据中的特定上下文信息，以数据驱动的方式增强基因间关系	NA	开发一种用于单细胞RNA测序数据预处理的综合框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络传播和网络融合	基因表达矩阵	多种单细胞RNA测序数据集
22616	2024-08-09	Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer 2019-05-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.052 PMID:31067475	研究论文	本研究构建了一个包含32,332个高质量细胞的单细胞图谱，这些细胞来自涵盖胃癌前病变和早期胃癌（EGC）患者的胃窦黏膜活检样本，并利用单细胞RNA测序技术构建了胃上皮细胞在不同病变中的细胞和分子特征的单细胞网络。	发现了腺体黏液细胞在肠化生过程中倾向于获得类似肠干细胞表型，并鉴定了OR51E1作为早期恶性病变中独特内分泌细胞的标记物。此外，发现HES6可能标记前杯状细胞簇，有助于早期识别肠化生。	NA	探索胃癌前病变和早期胃癌中单细胞转录组网络的特征。	胃癌前病变和早期胃癌患者的胃窦黏膜细胞。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	32,332个高质量细胞
22617	2024-08-09	SCRABBLE: single-cell RNA-seq imputation constrained by bulk RNA-seq data 2019-05-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1681-8 PMID:31060596	研究论文	本文介绍了一种名为SCRABBLE的算法，用于解决单细胞RNA测序数据中大量零表达基因的问题	SCRABBLE算法利用批量RNA测序数据作为约束，减少了在插补过程中对表达基因的不必要偏差	NA	解决单细胞RNA测序数据中零表达基因的问题	单细胞RNA测序数据中的零表达基因	基因组学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
22618	2024-08-09	Distinct immunocyte-promoting and adipocyte-generating stromal components coordinate adipose tissue immune and metabolic tenors 2019-05-03, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaw3658 PMID:31053654	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了内脏脂肪组织（VAT）中主要的IL-33产生细胞，并探讨了这些细胞在生理和病理状态下的调节机制。	首次识别了VAT中特定的间充质基质细胞亚型作为主要的IL-33产生细胞，并揭示了它们在肥胖等病理状态下的重塑机制。	NA	研究内脏脂肪组织中免疫和代谢调控的关键细胞类型及其在病理状态下的变化。	内脏脂肪组织中的间充质基质细胞和调节性T细胞。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
22619	2024-08-09	Generalized gene co-expression analysis via subspace clustering using low-rank representation 2019-May-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2733-5 PMID:31074376	研究论文	本文提出了一种通过子空间聚类和低秩表示进行广义基因共表达分析的新算法	该方法不依赖于相关性作为基因间相似度的度量，而是利用子空间聚类来构建基因共表达网络，能够识别出非高度相关的生物学意义基因模块	NA	旨在开发一种新的基因共表达网络分析方法，以发现具有潜在生物学功能的基因模块	基因共表达模块	生物信息学	NA	低秩表示	子空间聚类	微阵列数据，单细胞RNA测序数据	三个大型微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集
22620	2024-08-09	VPAC: Variational projection for accurate clustering of single-cell transcriptomic data 2019-May-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2742-4 PMID:31074382	研究论文	本文提出了一种名为VPAC的新型基于模型的算法，用于通过变分投影对单细胞转录组数据进行准确聚类	VPAC算法假设单细胞样本在潜在空间中遵循高斯混合分布，并通过综合验证实验证明其不仅适用于离散计数和归一化连续数据，还能适应不同的数据维度、数据集大小和数据稀疏性	NA	开发一种新的计算方法，以应对从单细胞RNA测序数据中识别潜在细胞类型的挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	转录组数据	不同数据集大小