单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2241	2025-07-11	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的专用单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	利用改进的机器学习算法，从大量scATAC-seq数据中识别出超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用，并开发了一个易于使用的在线平台	未明确提及具体限制，但可能涉及数据覆盖范围或算法性能的局限性	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型	表观基因组学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观基因组数据	1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型，来自13个物种
2242	2025-07-11	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	该研究通过利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)靶向递送GLUT1抑制剂BAY-876，结合抗PD-L1治疗，重塑肿瘤微环境(TME)并抑制肿瘤生长	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为载体靶向递送GLUT1抑制剂，结合抗PD-L1治疗实现协同抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向肿瘤微环境代谢重塑来提高癌症免疫治疗效果的新策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用公共数据集和小鼠模型
2243	2025-07-11	The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011752 PMID:40627675	研究论文	本研究探讨了果蝇中foraging基因在间隔时间行为中的作用，特别是交配时长，揭示了其通过神经和非神经机制调节行为的复杂性	发现foraging基因通过Pdfr阳性神经元和fru阳性心脏细胞调控交配时长，揭示了基因在整合社会线索与生理状态中的新作用	研究仅基于果蝇模型，结果在更高等生物中的普适性尚待验证	探究foraging基因在间隔时间行为调控中的作用机制	果蝇（Drosophila melanogaster）及其foraging基因的两种等位基因变体rover（forR）和sitter（forS）	行为遗传学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除实验、CaLexA信号观察	NA	基因表达数据、钙信号数据	果蝇模型中的不同基因型个体
2244	2025-07-11	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2025-Jun-20, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004 PMID:40578359	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析，揭示卵巢交界性肿瘤及其侵袭性进展的分子景观	整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学，阐明从SBT到LGSC及其转移的演变过程，并验证了16个药物靶点	未提及样本量或研究的具体局限性	研究卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）的转变机制	上皮性浆液性交界性肿瘤（SBT）及其向低级别浆液性癌（LGSC）的转变	数字病理学	卵巢癌	空间蛋白质组学和转录组学	NA	蛋白质组和转录组数据	NA
2245	2025-07-11	Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway 2025-Jun-19, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323 PMID:40537024	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞衍生的NRG-1在缺血性中风后通过Akt-mTOR途径促进血管生成的作用	首次发现外周巨噬细胞是中风后NRG-1的来源，并揭示了NRG-1通过Akt/mTOR/VEGF依赖的信号通路促进血管生成的神经保护机制	研究样本量有限，且机制研究主要在动物模型中进行，需要进一步临床验证	探究NRG-1在缺血性中风中的来源及其神经保护作用的分子机制	急性缺血性中风患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞测序	短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	血液样本和动物模型数据	急性缺血性中风患者的配对血栓和外周血样本及小鼠模型
2246	2025-07-11	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	研究论文	本文介绍了人类解剖空间图谱（SAHA），这是首个跨多个器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考	首次整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征，构建跨器官系统的亚细胞分辨率参考图谱	样本来源仅限于健康成人组织，未涵盖发育或衰老过程中的组织变化	构建一个全面的健康人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织的多器官系统	数字病理学	NA	空间转录组学（CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP）、单核RNA测序（single-nucleus RNA-seq）	NA	多模态数据（空间转录组、蛋白质组、组织学特征）	超过15百万个细胞，来自100多名捐赠者
2247	2025-07-11	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究探讨了妊娠和产后经历如何通过多巴胺依赖的神经转录组重塑引起持久的神经适应	揭示了多巴胺在妊娠和产后神经适应中的核心调控作用，并发现了H3多巴胺化这一新的表观遗传机制	研究主要聚焦于海马背侧区，其他脑区的适应性变化尚未完全阐明	阐明妊娠和产后经历引起持久神经适应的分子机制	雌性小鼠和人类背侧海马区	神经科学	NA	单细胞RNA测序、化学遗传学	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类组织样本
2248	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases 2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009 PMID:40451386	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因素	使用Dp16小鼠模型和单细胞转录组技术，首次揭示了APP相关相互作用增加、MHC-II信号增强等与唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索21号染色体三体如何导致唐氏综合征相关的肺部疾病	Dp16小鼠模型（含有人类21号染色体同源区域的小鼠16号染色体片段重复）	基因组学	唐氏综合征相关肺部疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、组织免疫荧光评估、经胸超声心动图	Dp16小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据	未明确说明具体数量，但包括雄性和雌性Dp16小鼠
2249	2025-07-11	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	研究论文	研究PRMT5在表皮发育中的作用及其缺失对基底角质形成细胞的影响	揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤中的类似机制尚未验证	探究PRMT5在表皮分层和角质形成细胞维持中的作用	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮	分子生物学	先天性皮肤疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮组织
2250	2025-07-11	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像和转录组学数据	首次将组织病理学图像与转录组学数据整合到一个基础模型中，并开发了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
2251	2025-07-11	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老年小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合年龄因素和基因突变，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解臭氧暴露在老年和基因突变个体中对肺部结构和免疫功能的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	生物学数据	不同年龄段的小鼠（年轻：8-14周，中年：44-52周，老年：>80周）和SP-C突变小鼠
2252	2025-07-11	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究通过恒河猴模型探讨了母体食用THC对后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中系统评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了表观遗传调控机制	样本量较小，且仅评估了单一剂量THC的影响	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在危害	恒河猴及其后代	发育生物学	呼吸系统疾病	MRI, RNAseq, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学	恒河猴动物模型	影像数据、分子生物学数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
2253	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2254	2025-07-11	Molecular insights into glioblastoma progression: role of CHCHD2P9 in tumor heterogeneity and prognosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1581850 PMID:40630954	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和细胞实验探讨了CHCHD2P9在胶质母细胞瘤进展中的作用及其与预后的关系	发现CHCHD2P9作为胶质母细胞瘤终末亚群的关键标志物，并揭示其表达水平与临床预后不良相关	研究未明确CHCHD2P9调控胶质瘤细胞增殖和迁移的具体分子机制	探索胶质母细胞瘤进展中的分子特征和细胞间相互作用	胶质母细胞瘤亚群	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序、流式细胞术	NA	RNA测序数据	未明确样本数量
2255	2025-07-11	Immunogenic cell death-related biomarkers in heart failure probed by transcriptome and single-cell sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1560903 PMID:40630963	研究论文	本研究通过转录组和单细胞测序技术，识别并验证了与心力衰竭（HF）相关的免疫原性细胞死亡（ICD）生物标志物	首次识别并验证了CD163、FPR1和VSIG4作为HF的ICD相关生物标志物，为HF的临床诊断和治疗提供了新的理论基础	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别HF患者中与ICD相关的生物标志物并探索其潜在机制	心力衰竭患者和动物模型	生物信息学	心血管疾病	转录组测序、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习方法、PPI网络、nomogram模型	基因表达数据	来自GSE57338、GSE3586和GSE5406数据集的数据，以及GSE183852单细胞数据集
2256	2025-07-11	Taurine-mediated metabolic immune crosstalk indicates and promotes immunosuppression with anti-PD-1 resistance in bladder cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618439 PMID:40630945	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序、空间转录组学和批量转录组分析，揭示了膀胱癌肿瘤微环境中牛磺酸代谢失调的分子机制及其在免疫抑制中的作用	开发了牛磺酸代谢失调指数（TMs）作为独立的预后生物标志物，并揭示了其在免疫治疗抵抗中的作用	研究主要基于计算分析和体外实验，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢在膀胱癌肿瘤微环境中的作用及其对免疫治疗的影响	膀胱癌（BLCA）患者样本和肿瘤微环境中的细胞亚群	肿瘤免疫学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）、批量转录组分析	机器学习方法	转录组数据	TCGA队列中的膀胱癌患者样本
2257	2025-07-11	Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus 2024-12, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2023.2281228 PMID:38347676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿童和成人系统性红斑狼疮(SLE)患者的外周血单个核细胞(PBMCs)组成和转录特征，揭示了两者之间的差异和潜在的治疗靶点	首次在单细胞水平比较儿童和成人SLE患者的PBMC组成和转录特征，并鉴定出潜在的治疗靶点	样本量可能有限，且未进行功能验证实验	探究儿童和成人SLE患者在PBMC组成和转录特征上的差异	儿童和成人SLE患者及健康对照者的PBMCs	单细胞组学	系统性红斑狼疮	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	儿童和成人SLE患者及匹配的健康供体
2258	2025-07-11	Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction 2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.22.619644 PMID:39484551	研究论文	本研究通过构建首个结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化	首次构建了人类结肠上皮细胞的特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并整合单细胞RNA测序数据预测疾病相关代谢特征	模型预测结果需要进一步实验验证，且目前仅关注结肠上皮细胞，未全面考虑其他细胞类型的影响	解析人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在疾病状态下的变化	人类结肠上皮细胞及其在炎症性肠病(克罗恩病和溃疡性结肠炎)中的代谢特征	系统生物学	炎症性肠病(包括克罗恩病和溃疡性结肠炎)	基因组尺度代谢模型(GEM)、单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	基因组数据、转录组数据	NA
2259	2025-07-11	Metabolic coordination between skin epithelium and type 17 immunity sustains chronic skin inflammation 2024-07-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.04.022 PMID:38772365	研究论文	本研究探讨了皮肤炎症中上皮细胞与17型免疫之间的代谢协调机制	揭示了HIF1α在IL-17信号下游驱动银屑病上皮重塑的作用，并发现糖酵解自主促进上皮病理和乳酸产生，进而增强γδ T17细胞反应	研究主要基于小鼠模型和体外人类银屑病病变，可能不完全反映人类体内复杂情况	探究炎症性上皮疾病中免疫和上皮细胞如何同时维持其高度代谢需求	皮肤上皮细胞和17型免疫细胞	免疫代谢	银屑病	单细胞转录组学、空间转录组学(ST)、免疫荧光	小鼠皮肤炎症模型	转录组数据、图像数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类银屑病病变和小鼠模型
2260	2025-07-11	Transcriptomic Approaches to Cardiomyocyte-Biomaterial Interactions: A Review 2024-Jul-08, ACS biomaterials science & engineering IF:5.4Q2 DOI:10.1021/acsbiomaterials.4c00303 PMID:38934720	review	本文综述了转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用及其在心脏生物工程和再生医学中的重要性	强调了转录组学方法在揭示心肌细胞与生物材料相互作用中的基因表达模式、调控通路和细胞过程方面的创新应用	存在成本高、细胞尺寸限制、样本差异和分析过程复杂等挑战	探讨转录组学方法在心肌细胞与生物材料相互作用研究中的应用，以促进心脏健康和疾病治疗	心肌细胞与生物材料的相互作用	再生医学	心血管疾病	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, single-nucleus RNA-seq, spatial transcriptomics	NA	转录组数据	NA