单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2241	2024-11-14	Comprehensive phenotypic and genomic characterization of venous malformations 2024-03, Human pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1016/j.humpath.2024.02.004 PMID:38367816	研究论文	研究静脉畸形（VMs）的表型和基因型特征，并探讨基因突变与临床病理特征之间的关系	首次系统地分析了TEK和PIK3CA基因突变与静脉畸形临床病理特征之间的关联，并揭示了基因特异性效应	研究样本量有限，且未涉及所有可能的基因突变类型	探讨静脉畸形中基因突变与临床病理特征之间的关联	静脉畸形患者及其基因突变和临床病理特征	数字病理学	血管疾病	空间转录组学	NA	基因数据	114名静脉畸形患者
2242	2024-11-14	Identification of AgRP cells in the murine hindbrain that drive feeding 2024-Feb, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2024.101886 PMID:38246589	研究论文	研究在啮齿动物后脑中发现的AgRP细胞群，这些细胞在驱动摄食行为中起关键作用	首次发现并描述了小鼠后脑中的AgRP细胞群，这些细胞在摄食行为中独立于下丘脑AgRP神经元发挥作用	研究主要集中在小鼠模型上，结果的普适性需要进一步验证	探讨中枢黑皮质素系统在后脑中的摄食调节作用	小鼠后脑中的AgRP细胞	NA	NA	基因表达分析、单细胞RNA测序、免疫荧光分析、转基因小鼠模型、DREADD技术、光遗传学刺激	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像	成年小鼠
2243	2024-11-14	From local to global gene co-expression estimation using single-cell RNA-seq data 2024-Jan-29, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujae001 PMID:38465983	研究论文	本文探讨了一种先进的网络估计技术，用于在单细胞RNA-seq数据中表征基因关系	提出了一个新的单变量依赖性度量方法，即平均局部密度间隙（aLDG），能够检测任何非线性、非单调的关系，并且在模拟和真实数据分析中表现优于现有方法	NA	研究基因关系，特别是局部基因关系，并提出新的统计方法来处理大规模异质数据集中的基因关系估计问题	单细胞RNA-seq数据中的基因关系	基因组学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2244	2024-11-14	Inference after latent variable estimation for single-cell RNA sequencing data 2023-12-15, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxac047 PMID:36511385	研究论文	本文介绍了一种名为count splitting的灵活框架，用于在单细胞RNA测序数据分析中进行有效的推断	提出了count splitting方法，解决了在单细胞RNA测序数据分析中使用相同数据进行潜在变量估计和基因关联测试时无法控制第一类错误的问题	仅在泊松假设下有效	开发一种新的方法，以在单细胞RNA测序数据分析中实现有效的统计推断	单细胞RNA测序数据中的潜在变量估计和基因关联测试	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多能干细胞分化为心肌细胞的数据集
2245	2024-11-14	Kidney single-cell transcriptome profile reveals distinct response of proximal tubule cells to SGLT2i and ARB treatment in diabetic mice 2022-04-06, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2021.10.013 PMID:34678510	研究论文	研究了糖尿病小鼠肾脏单细胞转录组在不同药物治疗下的反应	揭示了ARBs和SGLT2i对近端小管细胞的不同影响，并发现了一个新的近端小管亚群	NA	探讨ARBs和SGLT2i在糖尿病肾病中的保护作用机制	糖尿病小鼠的肾脏细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	db/db小鼠和db/m小鼠
2246	2024-11-14	SCDC: bulk gene expression deconvolution by multiple single-cell RNA sequencing references 2021-01-18, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz166 PMID:31925417	研究论文	提出了一种名为SCDC的批量基因表达反卷积方法，利用多个单细胞RNA测序参考数据集进行细胞类型特异性基因表达分析	SCDC采用ENSEMBLE方法整合来自不同实验室和时间的单细胞RNA测序数据，解决了批次效应问题，并在细胞类型分解的准确性上优于现有方法	NA	开发一种新的反卷积方法，以提高批量RNA测序数据中细胞类型分解的准确性	批量RNA测序数据和多个单细胞RNA测序参考数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	ENSEMBLE方法	基因表达数据	包括人工合成的伪批量样本和实验混合的细胞系，以及人类胰腺胰岛和老鼠乳腺腺体数据集
2247	2024-11-14	SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble 2020-01-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz959 PMID:31777938	研究论文	提出了一种基于混合模型集合的单细胞聚类方法SAME-clustering，通过整合多种聚类方法的结果来提高聚类效果	SAME-clustering通过选择多种聚类方法的多样性子集，生成改进的集合解决方案，从而在单细胞RNA-seq数据聚类中表现出色	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据聚类方法，以提高聚类效果	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	聚类分析	混合模型	RNA-seq数据	15个scRNA-seq数据集，包含49到32695个单细胞，聚类数从3到15
2248	2024-11-14	Background fluorescence and spreading error are major contributors of variability in high-dimensional flow cytometry data visualization by t-distributed stochastic neighboring embedding 2018-08, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology DOI:10.1002/cyto.a.23566 PMID:30107099	研究论文	本文探讨了在高维流式细胞术数据可视化中，背景荧光和扩散误差对t-分布随机邻域嵌入（tSNE）算法的影响	本文首次识别了背景值分布差异和扩散误差是高维流式细胞术数据可视化中tSNE算法的主要变异来源，并提出了通过双指数变换和限制扩散误差来改善数据可视化的方法	本文主要关注了背景荧光和扩散误差的影响，未全面探讨其他可能影响tSNE算法性能的因素	研究tSNE算法在高维流式细胞术数据可视化中的应用及其变异来源	高维流式细胞术数据及其在tSNE算法中的可视化效果	生物信息学	NA	流式细胞术	tSNE	流式细胞术数据	多个独立实验或临床试验中的大量样本
2249	2024-11-13	Spatial domains identification in spatial transcriptomics using modality-aware and subspace-enhanced graph contrastive learning 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.10.029 PMID:39507820	研究论文	本文提出了一种基于图对比学习和子空间分析的框架GRAS4T，用于空间转录组学中的空间域识别	结合对比学习和子空间分析模型，通过捕捉同一域内点的自表达性来准确区分不同的空间域	NA	开发一种新的方法来提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性	空间转录组学数据中的空间域	空间转录组学	NA	图对比学习	图对比学习框架	空间转录组数据	八个来自五个不同平台的空间转录组数据集
2250	2024-11-13	Machine Learning-enhanced Signature of Metastasis-related T Cell Marker Genes for Predicting Overall Survival in Malignant Melanoma 2024-Nov-07, Journal of immunotherapy (Hagerstown, Md. : 1997) DOI:10.1097/CJI.0000000000000544 PMID:39506915	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术，识别与转移相关的T细胞标记基因，以预测恶性黑色素瘤患者的总体生存率	通过机器学习方法识别出与转移相关的T细胞标记基因，并开发了一种结合MRTMGs签名、T阶段和N阶段的诺模图，用于准确预测患者的生存概率	NA	研究原发性和转移性恶性黑色素瘤的肿瘤免疫微环境差异，并识别用于预测患者生存的转移相关T细胞标记基因	恶性黑色素瘤患者的肿瘤免疫微环境和转移相关T细胞标记基因	机器学习	皮肤癌	单细胞RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	10×scRNA-seq数据中的6个不同T细胞簇
2251	2024-11-13	Shared and unique transcriptomic signatures of antidepressant and probiotics action in the mammalian brain 2024-Nov, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-024-02619-0 PMID:38844534	研究论文	研究探讨了不同抗抑郁药物和益生菌对哺乳动物大脑不同区域的转录组影响	首次系统分析了抗抑郁药物和益生菌在哺乳动物大脑中的共同和独特转录组特征	研究仅限于特定药物和益生菌组合，未涵盖所有可能的治疗方案	揭示抗抑郁药物和益生菌在治疗情绪障碍中的共同和差异机制	抗抑郁药物（如安非他酮、地昔帕明、氟西汀）和益生菌（Lacidofil®）对大脑10个区域的影响	数字病理学	情绪障碍	空间转录组学	NA	转录组数据	涉及10个大脑区域，每个区域-治疗组合平均有2211个差异表达基因
2252	2024-11-13	Interpretable spatially aware dimension reduction of spatial transcriptomics with STAMP 2024-Nov, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02463-8 PMID:39407016	研究论文	本文介绍了一种名为STAMP的空间感知维度缩减方法，用于空间转录组学数据的高维基因表达测量	STAMP基于深度生成模型，能够返回生物学上有意义的低维空间主题和相关基因模块，适用于多种数据类型和样本	NA	开发一种可解释的空间感知维度缩减方法，以获得空间转录组学数据的有意义的低维表示	空间转录组学数据，包括单个切片、多个切片、不同技术以及时间序列数据	数字病理学	肺癌	深度生成模型	NA	基因表达数据	超过500,000个细胞
2253	2024-11-13	The multifaceted role of mitochondria in cardiac function: insights and approaches 2024-Oct-29, Cell communication and signaling : CCS IF:8.2Q1 DOI:10.1186/s12964-024-01899-x PMID:39472951	综述	本文综述了线粒体在心脏功能中的多方面作用及其在心血管疾病中的重要性	讨论了线粒体异质性和亚群在维持心脏功能和疾病相关重塑中的作用，并强调了线粒体与核的逆向通讯	未提供具体的研究数据或实验结果	探讨线粒体在心脏功能中的作用及其在心血管疾病中的潜在治疗策略	线粒体及其在心脏功能和疾病中的作用	心血管疾病	心血管疾病	全基因组关联研究 (GWAS)	NA	NA	NA
2254	2024-11-13	Plasma proteometabolome in lung cancer: exploring biomarkers through bidirectional Mendelian randomization and colocalization analysis 2024-09-19, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae110 PMID:39011643	研究论文	研究利用孟德尔随机化方法探索肺癌相关的血浆蛋白质组和代谢组生物标志物	首次通过双向孟德尔随机化和共定位分析识别出与肺癌相关的血浆蛋白质和代谢物的新关联	NA	开发非侵入性诊断生物标志物以改善肺癌管理	血浆蛋白质组和代谢组	生物标志物	肺癌	孟德尔随机化	NA	蛋白质组学数据、代谢组学数据	NA
2255	2024-11-13	ADAMTS12 promotes fibrosis by restructuring extracellular matrix to enable activation of injury-responsive fibroblasts 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI170246 PMID:39286973	研究论文	研究揭示了ADAMTS12在纤维化过程中的作用，通过重构细胞外基质促进损伤响应性成纤维细胞的激活	首次发现ADAMTS12在纤维化中的关键作用，并阐明了其通过重构细胞外基质和切割HMCN1来激活特定成纤维细胞亚群的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证其结果	探讨ADAMTS12在纤维化中的作用及其分子机制	ADAMTS12在心脏和肾脏纤维化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠模型
2256	2024-11-13	Predicting prognosis and immunotherapy response in colorectal cancer by pericytes insights from single-cell RNA sequencing 2024-07-06, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddae064 PMID:38652261	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析，揭示了结直肠癌微环境中周细胞的功能及其对预后和免疫治疗反应的影响	首次揭示了周细胞在结直肠癌微环境中的富集及其与不良预后和免疫治疗抵抗的关系	研究主要基于现有数据集，缺乏体内实验验证	探讨周细胞在结直肠癌中的作用及其对预后和免疫治疗反应的影响	结直肠癌中的周细胞及其在免疫微环境中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过1000个样本，包括453个免疫治疗数据集样本
2257	2024-11-13	Mapping Somatosensory Afferent Circuitry to Bone Identifies Neurotrophic Signals Required for Fracture Healing 2024-Jun-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.06.06.597786 PMID:38895367	研究论文	研究描述了在骨折愈合过程中，感觉神经元如何介导骨骼再生，并确定了神经源性信号在骨折修复中的关键作用	首次详细描述了感觉神经元在骨折愈合中的神经解剖学通路，并揭示了神经源性FGF9在骨折修复中的重要作用	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用可能受限	探讨感觉神经元在骨折愈合中的作用机制，并确定关键的神经源性信号	小鼠的长骨骨折及其愈合过程	神经科学	骨折	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	6648个背根神经节神经元
2258	2024-11-13	Identifying gene expression programs in single-cell RNA-seq data using linear correlation explanation 2024-06, Journal of biomedical informatics IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbi.2024.104644 PMID:38631462	研究论文	本研究使用线性相关解释（linear CorEx）方法，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据识别与细胞表型和活动程序相关的基因表达程序（GEPs）	本研究首次应用线性CorEx方法，通过总相关优化函数在模拟和真实scRNA-seq数据中推断GEPs，并展示了其在识别细胞类型和活动程序方面的优越性能	本研究主要集中在模拟和特定物种的scRNA-seq数据上，未来需要在更多物种和数据集上验证其通用性	旨在通过scRNA-seq数据推断与细胞表型和活动程序相关的生物学意义GEPs	单细胞RNA测序数据中的基因表达程序	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	线性CorEx	基因表达数据	包括模拟数据和来自小鼠齿状回及胚胎结肠发育的真实scRNA-seq数据
2259	2024-11-13	Effects of SPI1-mediated transcriptome remodeling on Alzheimer's disease-related phenotypes in mouse models of Aβ amyloidosis 2024-May-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-48484-x PMID:38734693	研究论文	研究SPI1对阿尔茨海默病相关表型的影响	首次探讨了SPI1在阿尔茨海默病中的作用及其对疾病表型的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨调节SPI1水平对阿尔茨海默病发病机制的影响	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型	神经科学	阿尔茨海默病	转录组分析	NA	转录组数据	SPI1基因敲除和过表达的小鼠模型
2260	2024-11-13	Peripheral HMGB1 is linked to O3 pathology of disease-associated astrocytes and amyloid 2024-05, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association DOI:10.1002/alz.13825 PMID:38624088	研究论文	研究了臭氧（O3）对疾病相关星形胶质细胞和淀粉样蛋白病理的影响，并探讨了外周高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在其中的作用	首次探讨了外周髓系细胞中的HMGB1在O3诱导的疾病相关星形胶质细胞表型中的作用	NA	探讨臭氧（O3）对阿尔茨海默病（AD）相关病理的影响及其机制	疾病相关星形胶质细胞（DAAs）和外周髓系细胞中的高迁移率族蛋白B1（HMGB1）	神经科学	阿尔茨海默病	空间转录组学和蛋白质组学	NA	转录组和蛋白质组数据	5xFAD小鼠和Hmgb1fl/fl LysM-Cre+小鼠