单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22521	2024-08-09	An accessible, interactive GenePattern Notebook for analysis and exploration of single-cell transcriptomic data 2018, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.15830.2 PMID:31316748	研究论文	本文介绍了一种交互式GenePattern Notebook，用于单细胞转录组数据的分析和探索，无需编程知识	提供了一个易于使用的界面，使得非编程用户也能进行单细胞RNA测序数据的分析	NA	开发一种无需编程的工具，以便更广泛的用户群体能够分析单细胞转录组数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
22522	2024-08-09	Clustering and classification methods for single-cell RNA-sequencing data 2020-07-15, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz062 PMID:31271412	review	本文系统回顾了针对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的集成方法和工具，重点讨论了聚类和分类方法及其优缺点	介绍了新兴的非线性和线性方法以及降维方法作为强大的替代方案	NA	探讨和评估处理scRNA-seq数据的不同集成方法和工具	单细胞RNA测序数据	bioinformatics	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq data	NA
22523	2024-08-09	Single-Cell Signature Explorer for comprehensive visualization of single cell signatures across scRNA-seq datasets 2019-12-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz601 PMID:31294801	研究论文	本文介绍了一种名为Single-Cell_Signature_Explorer的工具，用于在单细胞水平上对基于基因集的签名进行定性和高通量评分，并使用t-SNE或UMAP进行可视化	该工具是首个能够在单细胞水平上对任何基于基因集的签名进行定性和高通量评分的方法	NA	开发一种简单而强大的工具，用于探索scRNA-seq数据集中的有意义签名	scRNA-seq数据集中的单细胞签名	计算机视觉	NA	scRNA-seq	t-SNE, UMAP	基因集	涉及人类外周血单个核细胞（PBMC）、黑色素瘤、肺癌和成人睾丸的大量scRNA-seq数据集
22524	2024-08-09	Single-cell RNA-seq highlights intra-tumoral heterogeneity and malignant progression in pancreatic ductal adenocarcinoma 2019-Sep, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-019-0195-y PMID:31273297	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤内异质性和恶性进展	发现了PDAC中具有异常和恶性基因表达谱的两种导管亚型，并揭示了肿瘤内在转录状态与T细胞激活之间的联系	NA	全面描绘PDAC的肿瘤内异质性及其恶性进展的潜在机制	胰腺导管腺癌的肿瘤内异质性和恶性进展	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	57,530个胰腺细胞
22525	2024-08-09	Generation of Quiescent Cardiac Fibroblasts From Human Induced Pluripotent Stem Cells for In Vitro Modeling of Cardiac Fibrosis 2019-08-16, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315491 PMID:31288631	研究论文	本研究通过分析单细胞转录组数据，开发了一种从人诱导多能干细胞生成静息态心脏成纤维细胞的方法，用于体外模拟心脏纤维化	本研究首次开发了一种化学定义明确的协议，从人诱导多能干细胞生成静息态心脏成纤维细胞，并验证了其在转录、细胞和功能水平上与原代心脏成纤维细胞的高度相似性	NA	定义组织特异性成纤维细胞的转录组特征，并开发一种从人诱导多能干细胞生成心脏成纤维细胞的方法，用于体外模拟心脏纤维化和药物筛选	心脏成纤维细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	10种不同的小鼠组织中的成纤维细胞
22526	2024-08-09	A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1373-2 PMID:31292543	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了人类肝脏细胞图谱，揭示了肝脏细胞的异质性和上皮祖细胞的存在	发现了先前未知的内皮细胞、库普弗细胞和肝细胞亚型，并展示了EPCAM群体的异质性及其形成双能肝脏类器官的潜力	NA	揭示正常和疾病状态下肝脏细胞的组成和特性	人类肝脏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约10,000个细胞来自9名正常肝脏组织的人类供体
22527	2024-08-09	Mapping Distinct Bone Marrow Niche Populations and Their Differentiation Paths 2019-07-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.06.031 PMID:31291568	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了骨髓非造血细胞的异质性及其分化路径	通过结合计算预测的细胞状态层次结构和已知的转录因子表达，本文绘制了成骨细胞、软骨细胞和脂肪细胞的分化路径	NA	解析骨髓微环境中独特的细胞亚群及其分化路径	骨髓中的非造血细胞及其分化路径	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22528	2024-08-09	Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data 2019-Jul-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2952-9 PMID:31286861	研究论文	本文介绍了一种通过专门训练的自动编码器从单细胞mRNA测序数据中解卷积生物调控模块的方法	该方法不仅能够泛化数据，还能分离出生物学上有意义的模块，这些模块编码在网络的表示层中	NA	探索通过自动编码器从单细胞mRNA测序数据中提取生物学上有意义的模块	单细胞mRNA测序数据中的生物调控模块	机器学习	NA	scRNA-seq	自动编码器	mRNA测序数据	NA
22529	2024-08-09	Accurate estimation of cell-type composition from gene expression data 2019-07-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10802-z PMID:31278265	研究论文	本文开发了一种新算法，用于从单细胞RNA测序衍生的细胞类型特征中估计批量数据的细胞类型组成	该方法比现有方法更准确和全面，特别是在估计稀有细胞类型方面，并能检测外部扰动下的细胞类型组成变化	NA	开发一种有效的方法从批量RNA测序数据中提取信息，以利用单细胞方法获得的新知识	批量RNA测序数据的细胞类型组成	基因表达	NA	RNA测序	算法	基因表达数据	使用多种真实的RNA测序数据集进行比较
22530	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of a European and an African lymphoblastoid cell line 2019-07-04, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0116-4 PMID:31273215	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了来自欧洲和非洲血统女性的淋巴母细胞系GM12878和GM18502的基因表达	提供了高度均一细胞群体中单细胞基因表达的宝贵信息，并有助于开发数据标准化和批次效应校正的统计方法	NA	研究遗传变异对人类基因表达的影响	欧洲和非洲血统女性的淋巴母细胞系	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	共包含7,045个GM12878细胞，5,189个GM18502细胞和5,820个混合细胞
22531	2024-08-09	An optimised tissue disaggregation and data processing pipeline for characterising fibroblast phenotypes using single-cell RNA sequencing 2019-07-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-45842-4 PMID:31270426	研究论文	本文描述了一种优化的人类肺组织成纤维细胞分离方法，并展示了其在使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）表征基质细胞表型中的潜力	提出了一种优化的组织解离和数据处理流程，以改善成纤维细胞在scRNA-Seq数据集中的表征和聚类质量	NA	优化成纤维细胞的分离和数据处理，以更好地表征其在多细胞生态系统中的作用	成纤维细胞及其在人类肺组织中的表型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	人类肺组织样本
22532	2024-08-09	Single-cell RNA-seq variant analysis for exploration of genetic heterogeneity in cancer 2019-07-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-45934-1 PMID:31267007	研究论文	本文开发了一种方法，从单细胞RNA测序数据中提取和分析影响细胞生物学的遗传异质性信息	该方法能够基于单核苷酸变异的遗传变异对细胞进行比较和聚类，揭示了由基于基因表达的方法证实的细胞亚群	同时分析同一细胞中的DNA和RNA仍处于起步阶段	探索癌症中的遗传异质性	单细胞RNA测序数据中的遗传变异	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及淋巴结转移和胶质母细胞瘤患者的细胞样本
22533	2024-08-09	Dissecting the transcriptome landscape of the human fetal neural retina and retinal pigment epithelium by single-cell RNA-seq analysis 2019-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000365 PMID:31269016	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析人类胎儿神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的转录组景观	揭示了人类神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的时空基因表达网络，并识别了关键的转录因子和疾病相关基因	NA	阐明人类神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的发育分子机制及其相互作用	人类胎儿神经视网膜和视网膜色素上皮细胞	数字病理学	遗传性视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2,421个单细胞
22534	2024-08-09	Single-cell analysis reveals T cell infiltration in old neurogenic niches 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1362-5 PMID:31270459	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠神经发生微环境中的细胞变化	首次揭示了老年神经发生微环境中T细胞的浸润及其对神经干细胞增殖的抑制作用	NA	探究衰老过程中神经发生微环境的变化及其机制	小鼠的年轻和老年神经发生微环境	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,685个单细胞
22535	2024-08-09	Somatic mutations and cell identity linked by Genotyping of Transcriptomes 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1367-0 PMID:31270458	研究论文	本文开发了一种名为Genotyping of Transcriptomes (GoT)的方法，结合基因分型与高通量液滴单细胞RNA测序，用于研究体细胞突变如何影响人类造血过程	GoT方法的创新之处在于能够将基因分型与单细胞RNA测序相结合，从而在缺乏表面标记的情况下定义恶性细胞的转录组身份	NA	研究体细胞突变如何影响人类造血过程	来自CALR突变骨髓增生性肿瘤患者的38,290个CD34细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	38,290个CD34细胞
22536	2024-08-09	scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1369-y PMID:31292545	研究论文	本文介绍了scSLAM-seq技术，该技术结合代谢RNA标记、生物化学核苷酸转换和单细胞RNA测序，能够区分单个细胞中数千个基因的新旧RNA，从而直接记录转录活性	scSLAM-seq技术能够区分新旧RNA，揭示单细胞转录动力学的真实时间和随机性特征	传统的单细胞RNA测序方法只能提供基因表达的快照，且每个细胞的RNA只能分析一次	研究单细胞转录动力学的核心特征，并解释细胞间转录组异质性的原因	单细胞转录活性、细胞周期状态、感染剂量以及宿主基因表达的'开-关'切换和转录爆发动力学	单细胞RNA测序	NA	scSLAM-seq	NA	RNA	单个细胞中数千个基因
22537	2024-08-09	Comprehensive single-cell transcriptome lineages of a proto-vertebrate 2019-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1385-y PMID:31292549	研究论文	本文研究了原脊椎动物Ciona intestinalis的单细胞转录组谱系，涵盖从原肠胚形成到游泳蝌蚪的整个发育过程	首次为Ciona intestinalis的90,000多个细胞确定了单细胞转录组，并构建了虚拟细胞谱系图和临时基因网络	NA	探索原脊椎动物发育中的细胞谱系及其在进化上的起源	Ciona intestinalis的单细胞转录组及其发育过程中的细胞谱系	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	90,000多个细胞
22538	2024-08-09	Machine learning and statistical methods for clustering single-cell RNA-sequencing data 2020-07-15, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbz063 PMID:31243426	综述	本文综述了近年来用于单细胞RNA测序数据聚类的机器学习和统计方法	介绍了如何修改或定制传统聚类技术以应对scRNA-seq数据分析中的独特挑战，如低表达基因的丢失、转录本覆盖率低且不均匀、单细胞总mRNA高度变异以及存在技术偏差和无关生物变异时的细胞标记模糊等问题	NA	揭示细胞亚型并基于细胞间关系推断细胞谱系	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	神经网络	转录组数据	大规模单细胞
22539	2024-08-09	Mapping human pluripotent stem cell-endothelial cell differentiation using scRNA-seq: a step towards therapeutic angiogenesis 2020-03-01, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz464 PMID:31263875	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
22540	2024-08-09	Proteomics and single-cell RNA analysis of Akap4-knockout mice model confirm indispensable role of Akap4 in spermatogenesis 2019-10-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2019.06.017 PMID:31255637	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9系统生成Akap4敲除小鼠模型，并利用蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，证实了Akap4在精子发生中的不可或缺的作用	首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，全面分析了Akap4敲除小鼠的精子形态、运动能力和生育能力的变化	NA	验证Akap4在精子发生中的作用	Akap4敲除小鼠的精子形态、运动能力和生育能力	NA	NA	CRISPR-Cas9系统，蛋白质组学，单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据，单细胞RNA测序数据	Akap4敲除小鼠和野生型小鼠