单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24220 篇文献，本页显示第 22461 - 22480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22461 | 2024-08-09 |
Spatially resolved transcriptomics reveals plant host responses to pathogens
2019, Plant methods
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s13007-019-0498-5
PMID:31624491
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GaST-seq的微尺度空间转录组测序工作流程，用于研究植物组织小区域的表达谱，并比较了该方法与广泛使用的Illumina TruSeq方法的性能。 | GaST-seq方法成本较低，易于采用，并能在空间实验中识别植物器官间的表达差异。 | NA | 研究植物对病原体的宿主反应 | 植物组织的空间转录组响应 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 转录组数据 | 涉及拟南芥叶片和白粉菌感染的样本 |
| 22462 | 2024-08-09 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Relationship between Phenotypes and Genotypes of Klinefelter Syndrome
2019, Cytogenetic and genome research
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000503737
PMID:31630146
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析了克氏综合征（KS）患者与正常男性和女性对照组在外周血单个核细胞（PBMCs）中的基因表达差异 | 首次在单细胞水平上揭示了克氏综合征患者PBMCs中细胞类型的分子特征及其与临床表型的关联 | 研究样本仅限于一名中国男性克氏综合征患者，可能限制了结果的普遍性 | 探讨克氏综合征的基因型与表型之间的关系 | 克氏综合征患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 男性不育症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 共分析了24,439个细胞，分为5种免疫细胞类型 |
| 22463 | 2024-08-09 |
EPGA-SC : A Framework for de novo Assembly of Single-Cell Sequencing Reads
2021 Jul-Aug, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2019.2945761
PMID:31603794
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研究论文 | 本文介绍了一种名为EPGA-SC的新框架，用于单细胞测序读取数据的从头组装 | EPGA-SC通过分类读取、使用多组高精度配对末端读取以及开发新的算法来去除嵌合错误和扩展连续片段，以解决单细胞测序数据中的错误和偏差问题 | EPGA-SC在处理极度不平衡和丰富错误类型的单细胞测序数据时，性能仍有提升空间 | 开发一种新的框架，用于提高单细胞测序数据组装的准确性和效率 | 单细胞测序读取数据的从头组装 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 七个数据集 |
| 22464 | 2024-08-09 |
Pathway-Based Single-Cell RNA-Seq Classification, Clustering, and Construction of Gene-Gene Interactions Networks Using Random Forests
2020-06, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2019.2944865
PMID:31581101
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机森林的通路分析框架，用于单细胞RNA测序数据的细胞群体分类和聚类，并构建基因-基因相互作用网络 | 首次利用机器学习技术研究功能通路在异质细胞群体分类中的应用，并提出了一种新的方法来构建基因-基因相互作用网络 | NA | 旨在通过通路分析更好地理解不同细胞群体的功能异质性，并识别驱动细胞功能异质性的重要基因 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群体和基因相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | NA |
| 22465 | 2024-08-09 |
SPARSim single cell: a count data simulator for scRNA-seq data
2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz752
PMID:31598633
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研究论文 | 本文介绍了一种基于Gamma-多元超几何模型的scRNA-seq计数数据模拟器SPARSim | SPARSim能够生成在计数强度、变异性和稀疏性方面与真实数据相似的计数数据，表现优于现有的scRNA-seq模拟器Splat | NA | 开发新的方法来处理scRNA-seq计数数据，并提供模拟数据以帮助这些新方法的开发 | scRNA-seq计数数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | Gamma-多元超几何模型 | 计数数据 | NA |
| 22466 | 2024-08-09 |
Cancer classification of single-cell gene expression data by neural network
2020-03-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz772
PMID:31603465
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研究论文 | 本文设计了一种基于神经网络的癌症分类器，能够识别21种癌症和正常组织，使用批量RNA测序和单细胞RNA测序数据进行训练和验证。 | 本文采用神经网络方法在癌症分类中表现优于支持向量机、k近邻和随机森林方法，并在单细胞RNA测序数据上应用了k近邻平滑转换。 | NA | 开发一种高效的癌症分类方法，以基于基因表达数据识别不同类型的癌症和正常组织。 | 21种癌症类型和正常组织。 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 神经网络（NN） | 基因表达数据 | 7398个癌症样本和640个正常样本 |
| 22467 | 2024-08-09 |
bayNorm: Bayesian gene expression recovery, imputation and normalization for single-cell RNA-sequencing data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz726
PMID:31584606
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研究论文 | 本文介绍了bayNorm，一种用于单细胞RNA测序数据缩放和推断的新型贝叶斯方法 | bayNorm通过使用基于经验贝叶斯方法的先验估计，提高了差异表达分析的准确性和敏感性，并减少了批次效应 | NA | 开发一种高效且统一的单细胞RNA测序数据标准化、插补和批次效应校正方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | 基因表达数据 | 使用公开可用的单细胞RNA测序数据集和模拟表达数据进行验证 |
| 22468 | 2024-08-09 |
SCSsim: an integrated tool for simulating single-cell genome sequencing data
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz713
PMID:31584615
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研究论文 | 本文介绍了一个名为SCSsim的集成工具，用于模拟单细胞基因组测序数据 | SCSsim能够高效地模拟单细胞测序数据，包括模拟基因组变异和MALBAC技术放大，以及基于推断的测序概况生成测序读取 | NA | 开发一个能够有效模拟单细胞测序数据集的软件工具，以用于基准测试基于单细胞测序的生物信息学工具 | 单细胞测序数据集的模拟 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 22469 | 2024-08-09 |
VISOR: a versatile haplotype-aware structural variant simulator for short- and long-read sequencing
2020-02-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz719
PMID:31589307
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研究论文 | VISOR是一种用于短读长和长读长测序的通用性单体型感知结构变异模拟器，能够模拟简单和复杂的结构变异。 | VISOR的通用性在同类工具中是前所未有的，它为模拟批量或单细胞分辨率的单体型解析癌症异质性数据奠定了基础。 | NA | 开发一种能够模拟不同类型结构变异的工具，适用于不同倍性水平和测序数据的模拟。 | 结构变异（SVs）的模拟，包括简单和复杂的变异，以及短读长和长读长测序数据。 | 生物信息学 | NA | 测序技术 | NA | 序列数据 | NA |
| 22470 | 2024-08-09 |
Apoptotic Cell Exclusion and Bias-Free Single-Cell Selection Are Important Quality Control Requirements for Successful Single-Cell Sequencing Applications
2020-02, Cytometry. Part A : the journal of the International Society for Analytical Cytology
DOI:10.1002/cyto.a.23898
PMID:31603610
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研究论文 | 本文讨论了单细胞测序实验中的两个关键质量控制问题：如何确保只引入单个细胞而不偏倚于光散射，以及如何控制单细胞测序方法中的（前）凋亡细胞污染 | 本文提供了实验支持的指导，以规避这些关键缺陷，促进单细胞测序工具在生物学中的更好应用 | 文章指出，由于对这些重要质量方面的重要性认识不足，可能导致这些方面被忽视 | 提高单细胞测序实验的质量控制 | 单细胞测序实验中的质量控制问题 | 生物学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 22471 | 2024-08-09 |
Low- and high-thermogenic brown adipocyte subpopulations coexist in murine adipose tissue
2020-01-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129167
PMID:31573981
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研究论文 | 本研究利用多种遗传标记的小鼠模型、单细胞RNA测序和3D组织成像技术，发现棕色脂肪组织中存在低和高产热活性的棕色脂肪细胞亚群共存的现象 | 首次揭示了棕色脂肪组织中棕色脂肪细胞的功能异质性，发现低和高产热活性的棕色脂肪细胞亚群 | 研究主要基于小鼠模型，未来需在人类中验证这些发现 | 探究棕色脂肪组织中棕色脂肪细胞的亚群及其功能特性 | 棕色脂肪组织中的棕色脂肪细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，3D组织成像 | NA | 细胞 | 多种遗传标记的小鼠模型 |
| 22472 | 2024-08-09 |
Increased expression of anion transporter SLC26A9 delays diabetes onset in cystic fibrosis
2020-01-02, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129833
PMID:31581148
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研究论文 | 本文研究了阴离子转运蛋白SLC26A9在囊性纤维化相关糖尿病（CFRD）发病年龄中的作用 | 发现SLC26A9的高表达可以延迟囊性纤维化相关糖尿病的发病年龄，为治疗囊性纤维化的主要并发症提供了新的思路 | NA | 探讨SLC26A9表达与囊性纤维化相关糖尿病发病年龄的关系 | 囊性纤维化患者的SLC26A9基因及其表达 | NA | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA序列数据 | 762名囊性纤维化患者 |
| 22473 | 2024-08-09 |
The blood-brain barrier and blood-tumour barrier in brain tumours and metastases
2020-01, Nature reviews. Cancer
DOI:10.1038/s41568-019-0205-x
PMID:31601988
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综述 | 本文综述了血脑屏障（BBB）和血瘤屏障（BTB）在脑肿瘤和转移中的细胞和分子成分，以及它们对药物递送的挑战和影响 | 探讨了新兴的分子、细胞和物理策略以改善药物通过BBB和BTB的递送，并讨论了这些策略对传统及新兴治疗方法的影响 | NA | 深入理解BBB和BTB，并通过单细胞测序和成像技术以及系统生物学方法开发新的个性化治疗策略 | 血脑屏障（BBB）和血瘤屏障（BTB）在脑肿瘤和转移中的作用 | NA | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 22474 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis of Mesp1-induced skeletal myogenic development
2019-12-03, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2019.09.140
PMID:31590918
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和其他策略分析了Mesp1诱导的骨骼肌发育过程 | 揭示了Mesp1+衍生物在多能性和中胚层到间充质和骨骼肌发育过程中的异质性 | NA | 探究头和躯干/四肢肌肉发育过程的差异 | Mesp1+骨骼肌衍生物 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了多西环素诱导的Mesp1表达的胚胎干细胞系 |
| 22475 | 2024-08-09 |
Using single-cell transcriptomics to understand functional states and interactions in microbial eukaryotes
2019-11-25, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2019.0098
PMID:31587645
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研究论文 | 本文讨论了如何通过单细胞转录组学分析来揭示原生生物的生物学特性 | 利用单细胞转录组学技术深入研究微生物真核生物的功能状态和相互作用 | NA | 探讨单细胞转录组学在理解微生物真核生物生物学特性中的应用 | 微生物真核生物的功能状态、生理状态及与其他生物的相互作用 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22476 | 2024-08-09 |
Uncovering microbial inter-domain interactions in complex communities
2019-11-25, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2019.0087
PMID:31587646
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research paper | 本文讨论了epicPCR技术在揭示复杂微生物群落中真核生物和细菌间相互作用的应用 | epicPCR技术能够以单细胞分辨率恢复给定环境中完整的相互作用网络 | 文章指出epicPCR在操作的微观尺度、高吞吐量和探索性质方面存在挑战和局限 | 揭示微生物群落中的跨域相互作用 | 真核生物和细菌的相互作用 | NA | NA | epicPCR | NA | DNA | NA |
| 22477 | 2024-08-09 |
Combined cultivation and single-cell approaches to the phylogenomics of nucleariid amoebae, close relatives of fungi
2019-11-25, Philosophical transactions of the Royal Society of London. Series B, Biological sciences
DOI:10.1098/rstb.2019.0094
PMID:31587649
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研究论文 | 本文通过传统培养和单细胞基因组（SCG）及单细胞转录组扩增方法，研究了核衣壳阿米巴（Opisthokonta）的系统发育基因组学 | 采用SCG扩增技术识别了可能属于Chlamydiales和Rickettsiales的细菌内共生体，并基于264个保守蛋白质和74个单拷贝蛋白质域的数据集进行了系统发育基因组学分析 | 核衣壳阿米巴的多样性和进化历史仍了解不足 | 旨在克服核衣壳阿米巴多样性和进化历史了解不足的限制 | 核衣壳阿米巴的基因组和转录组数据 | 系统发育学 | NA | 单细胞基因组（SCG）和单细胞转录组扩增方法 | NA | 基因组和转录组数据 | 三个物种的基因组和转录组数据 |
| 22478 | 2024-08-09 |
Zebrafish MITF-Low Melanoma Subtype Models Reveal Transcriptional Subclusters and MITF-Independent Residual Disease
2019-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-0037
PMID:31582381
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研究论文 | 本研究利用斑马鱼遗传模型研究了低活性Mitfa（MITF-low）状态对黑色素瘤进展的影响，并揭示了MITF-独立残留疾病的转录亚群。 | 首次建立了斑马鱼MITF-低黑色素瘤亚型模型，并发现了MITF-独立残留疾病的异质性及其与人类治疗抵抗性黑色素瘤的相似性。 | NA | 研究MITF-低黑色素瘤的生物学意义及其对患者预后的影响，并探索潜在的治疗策略。 | 斑马鱼遗传模型中的MITF-低黑色素瘤及其残留疾病。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22479 | 2024-08-09 |
Absence of HIF1A Leads to Glycogen Accumulation and an Inflammatory Response That Enables Pancreatic Tumor Growth
2019-11-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-2994
PMID:31585939
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研究论文 | 研究HIF1A缺失对胰腺肿瘤生长的影响及其机制 | 发现HIF1A缺失的胰腺肿瘤细胞通过积累糖原和分泌炎症细胞因子，启动替代的细胞因子和树突状细胞驱动的血管生成途径 | 研究仅在异种移植小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究验证 | 探讨HIF1A在胰腺肿瘤血管生成中的作用及其替代途径 | HIF1A缺失的胰腺肿瘤细胞及其在肿瘤生长中的作用 | NA | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及HIF1A缺失的胰腺肿瘤细胞和小鼠肿瘤基质细胞 |
| 22480 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Uniparental Embryos Reveals Parent-of-Origin Effects on Human Preimplantation Development
2019-Nov-07, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.09.004
PMID:31588047
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，系统地研究了人类双亲和单亲胚胎从1细胞到桑椹胚阶段的转录组特征，揭示了父母基因组对早期胚胎发育的影响 | 首次系统地分析了单亲胚胎的单细胞转录组，并发现了父母特异性表达基因及其在胚胎发育中的作用 | NA | 探究父母基因组对人类早期胚胎发育的贡献 | 人类双亲和单亲胚胎的单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 多个双亲和单亲胚胎样本 |