单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22401	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the naked mole-rat reveals unexpected features of mammalian immunity 2019-11, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000528 PMID:31751331	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了裸鼹鼠的免疫系统，并与易患癌症的小鼠进行了比较	发现裸鼹鼠的免疫系统具有高比例的髓系细胞与淋巴细胞，并缺乏典型的自然杀伤细胞，这挑战了我们对哺乳动物免疫的传统理解	NA	探究裸鼹鼠免疫系统的独特特征及其对癌症免疫监视和维持体内平衡的作用	裸鼹鼠的免疫系统	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	裸鼹鼠和小鼠的免疫细胞样本
22402	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of Plant-Associated Bacterial Communities 2019, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2019.02452 PMID:31736899	研究论文	本文讨论了利用单细胞RNA测序技术分析植物相关细菌群落的方法和策略	本文介绍了单细胞转录组测序技术在解析细菌群落中基因表达模式的应用，这是传统高通量测序技术无法实现的	NA	揭示细菌群落中细胞间的基因表达模式及其在群落组织和功能中的作用	植物相关细菌群落	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
22403	2024-08-09	The transcriptome difference between colorectal tumor and normal tissues revealed by single-cell sequencing 2019, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.32267 PMID:31737124	研究论文	本研究通过单细胞测序技术分析了结直肠癌肿瘤组织与正常组织的转录组差异	使用单细胞转录组测序技术，能够更准确地揭示肿瘤组织中不同癌细胞的转录组差异	NA	揭示结直肠癌肿瘤组织与正常组织在单细胞层面的转录组差异	结直肠癌肿瘤组织和正常组织的单细胞转录组	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	机器学习	转录组数据	272个结直肠癌细胞和160个正常细胞
22404	2024-08-09	Somatic mutations - Evolution within the individual 2020-04-01, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2019.11.002 PMID:31711929	研究论文	本文探讨了利用先进的测序技术和机器学习方法来研究体细胞突变，以及这些突变在衰老相关疾病中的作用	结合实验和计算方法，利用机器学习提高检测效率和敏感性，并应用数学框架分析体细胞进化	识别真正的体细胞突变仍然具有挑战性	深入了解与衰老相关的疾病，如癌症、炎症和偶发性精神障碍	体细胞突变及其在疾病发展中的作用	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习	基因组数据	NA
22405	2024-08-09	Single-cell RNA-sequencing identifies the developmental trajectory of C-Myc-dependent NK1.1- T-bet+ intraepithelial lymphocyte precursors 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0220-y PMID:31712600	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了NK1.1+ T-bet+上皮内淋巴细胞前体的发育轨迹	首次定义了基于CD122和T-bet顺序表达的发育轨迹，并发现了Id2和Id3蛋白作为IELP发育的新调控因子	NA	揭示NK1.1 IELPs在胸腺中的发育过程及其分子机制	NK1.1 IELPs的发育轨迹和调控因子	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	异质性的胸腺CD4CD8αβTCRαβNK1.1 IEL前体细胞群
22406	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Stromal Evolution into LRRC15+ Myofibroblasts as a Determinant of Patient Response to Cancer Immunotherapy 2020-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0644 PMID:31699795	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）进展过程中纤维母细胞景观的变化，特别是LRRC15+肌纤维母细胞在癌症免疫治疗患者反应中的决定作用	首次描述了TGFβ驱动的LRRC15 CAF谱系与免疫治疗不良反应的关联，并提出其作为联合治疗的潜在靶点	NA	深入理解肿瘤微环境，特别是纤维母细胞在癌症免疫治疗反应中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）中的纤维母细胞及其在免疫治疗中的作用	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过80,000个单细胞来自22名PDAC患者，以及70名患者的样本通过免疫组化分析
22407	2024-08-09	CancerTracer: a curated database for intrapatient tumor heterogeneity 2020-01-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz1061 PMID:31701131	研究论文	介绍了一个名为CancerTracer的手动整理数据库，用于追踪和描述个体患者肿瘤生长的进化轨迹	CancerTracer数据库提供了多区域和单细胞测序数据，帮助研究者识别肿瘤内的共同驱动事件和异质性体细胞事件	NA	旨在通过分析肿瘤的克隆组成及其在疾病进展和治疗中的演变，为药物设计确定精确的治疗靶点	肿瘤样本及其在个体患者中的进化轨迹	数字病理学	NA	多区域和单细胞测序	NA	数据	收集了来自1548名患者的6000多个肿瘤样本，涵盖45种不同类型的癌症
22408	2024-08-09	GP130 signaling and the control of naïve pluripotency in humans, monkeys, and pigs 2020-01-01, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2019.111712 PMID:31697928	综述	本文综述了LIF/GP130/JAK/STAT3信号通路在支持人类、猴子和猪的多能干细胞（PSCs）的原始状态多能性中的作用	强调了LIF/GP130/JAK/STAT3信号在将传统的人类和猴子PSCs重编程为类似原始多能性中的作用	NA	探讨LIF/GP130/JAK/STAT3通路在非啮齿类物种中调控原始多能性的作用	人类、猴子和猪的多能干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	人类和猴子胚胎中的多能细胞
22409	2024-08-09	Melatonin promotes the development of immature oocytes from the COH cycle into healthy offspring by protecting mitochondrial function 2020-Jan, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12621 PMID:31714635	研究论文	研究探讨了褪黑素（MT）通过保护线粒体功能促进从控制性卵巢过度刺激（COH）周期中获取的不成熟卵母细胞发育为健康后代的效果	首次详细探讨了褪黑素在人类卵母细胞发育中的有益效果，特别是在提高优质囊胚形成率和降低非整倍体率方面	研究样本量相对较小，且仅限于特定的实验条件和临床试验	研究褪黑素在人类卵母细胞发育中的作用及其对线粒体功能的保护效果	从COH周期中获取的不成熟卵母细胞及其发育为健康后代的过程	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	193个不成熟卵母细胞，分为两组：MT组（105个）和非MT组（88个）
22410	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the human retinal pigment epithelium and choroid in health and macular degeneration 2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914143116 PMID:31712411	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康和老年性黄斑变性患者的人类视网膜色素上皮（RPE）和脉络膜的转录组	首次在单细胞水平上详细描述了RPE和脉络膜主要细胞群的表达谱，并识别了与老年性黄斑变性相关的特定基因表达特征	仅基于7个人类供体眼的数据，样本量较小	探究健康和老年性黄斑变性患者视网膜色素上皮及脉络膜的单细胞转录组特征	人类视网膜色素上皮和脉络膜组织	数字病理学	老年性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个人类供体眼
22411	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals expansion of cytotoxic CD4 T cells in supercentenarians 2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1907883116 PMID:31719197	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞的显著增加	首次发现超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞通过大规模克隆扩增积累，并显示出与CD8细胞毒性T细胞相似的转录组特征	样本量较小，仅包括7名超百岁老人和5名年轻对照组	探究超百岁老人免疫系统的独特特征及其对长寿的影响	超百岁老人和年轻对照组的外周血单个核细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61,202个外周血单个核细胞，来自7名超百岁老人和5名年轻对照组
22412	2024-08-09	The in vivo endothelial cell translatome is highly heterogeneous across vascular beds 2019-11-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1912409116 PMID:31712416	研究论文	通过应用内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP）结合高通量RNA测序分析，全面描述了内皮细胞在不同血管床中的分子异质性	首次使用EC-TRAP技术结合RNA测序，识别了内皮细胞中泛富集基因和组织特异性转录本，包括已知标记和先前未被重视的基因	EC-TRAP技术在细胞分离和体外扩增后限制了基因表达的变化，以及由于组织酶解所需的单细胞悬液制备导致的血管床特异性基因表达快速变化	研究内皮细胞在不同血管床中的分子异质性，并探讨其在生理和病理条件下的基因表达程序	内皮细胞在不同血管床中的分子特征及其对脂多糖（LPS）反应的差异	NA	NA	内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP），高通量RNA测序	NA	RNA	多个血管床的内皮细胞样本
22413	2024-08-09	Single-cell reconstruction of differentiation trajectory reveals a critical role of ETS1 in human cardiac lineage commitment 2019-11-13, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-019-0709-6 PMID:31722692	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了ETS1在人类心脏谱系分化中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了心脏谱系分化过程中ETS1的激活及其对心脏结构基因的调控作用	NA	研究人类心脏谱系分化过程中的关键分子事件和调控因子	人类胚胎干细胞的心脏分化过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	6879个细胞，来自6个不同的心脏分化阶段
22414	2024-08-09	SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments 2019-Nov-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3167-9 PMID:31718533	研究论文	本文开发了一个名为SCOPIT的交互式网络应用程序，用于计算单细胞测序实验中每个亚群（细胞类型或癌症克隆）至少采样一定数量细胞的概率	提出了一个基于多项分布的计算工具，用于快速进行单细胞实验的样本量计算	NA	开发工具以辅助单细胞测序实验的样本量规划和回顾性评估	单细胞DNA和RNA测序实验中的细胞数量	生物信息学	NA	单细胞测序	多项分布	细胞	NA
22415	2024-08-09	Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks 2019-11-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.47889 PMID:31710287	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了22,439个小鼠新皮质神经元的数据，揭示了密集的皮质内神经肽调节网络的转录证据	发现了数十种分子上不同的神经肽调节网络，这些网络直接连接所有皮质神经元	NA	探索皮质突触网络的稳态、调节和可塑性的新见解	小鼠新皮质神经元的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	22,439个小鼠新皮质神经元
22416	2024-08-09	Cell-by-cell deciphering of T cells in allergic inflammation 2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.10.001 PMID:31703761	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究了过敏性炎症患者的组织T细胞，揭示了T细胞的异质性，并提供了未来研究的方向	通过scRNA-seq技术，本文首次详细描述了过敏性炎症组织中T细胞的异质性，并识别出两种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体	NA	探讨过敏性炎症的病理机制，并提供未来单细胞下一代测序平台的研究方向	过敏性炎症患者的组织T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8种CD3 T细胞群体和2种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体
22417	2024-08-09	Quantifying pluripotency landscape of cell differentiation from scRNA-seq data by continuous birth-death process 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007488 PMID:31721764	研究论文	本文提出了一种名为Landscape of Differentiation Dynamics (LDD)的方法，通过连续的出生-死亡过程从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中计算细胞潜能并构建其分化景观	LDD方法能够准确且高效地构建细胞的进化树并量化其分化景观，特别是在量化细胞潜能方面	NA	研究细胞分化过程，并提供一种计算工具来量化细胞潜能或Waddington潜能景观	单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程	系统生物学	NA	scRNA-seq	连续出生-死亡过程	scRNA-seq数据	七个基准数据集
22418	2024-08-09	Understanding tumor-infiltrating lymphocytes by single cell RNA sequencing 2019, Advances in immunology DOI:10.1016/bs.ai.2019.08.004 PMID:31699218	研究论文	本文通过全长单细胞RNA测序技术研究了三种癌症类型的肿瘤浸润T细胞，并开发了STARTRAC分析框架来量化T细胞亚群的动态特性	本文开发了STARTRAC分析框架，揭示了肿瘤免疫微环境中T细胞亚群的保守性和癌症类型特异性，并提供了详细的分子图谱	NA	提高当前癌症免疫疗法的效果并开发新的治疗选项	肿瘤浸润T细胞及其在肿瘤免疫微环境中的特性	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	三种癌症类型的样本
22419	2024-08-09	Digitaldlsorter: Deep-Learning on scRNA-Seq to Deconvolute Gene Expression Data 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00978 PMID:31708961	研究论文	本文介绍了一种基于深度学习的方法Digitaldlsorter，用于从scRNA-Seq数据中解卷积结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫浸润	该方法利用深度神经网络模型，不仅能够量化淋巴细胞总体，还能量化特定的CD8+、CD4Tmem、CD4Th和CD4Tregs亚群，以及B细胞和间质内容，并且签名是从肿瘤的scRNA-Seq数据构建的，保留了肿瘤微环境的特定特征	NA	旨在通过深度学习算法从scRNA-Seq数据中解卷积基因表达数据，以更好地理解细胞类型在疾病中的作用	结直肠癌和乳腺癌的bulk RNA-Seq样本中的免疫细胞浸润	机器学习	乳腺癌, 结直肠癌	scRNA-Seq	深度神经网络 (DNN)	RNA-Seq数据	应用到TCGA项目的样本
22420	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Normal and Malignant Hematopoiesis 2018 Mar-Apr, HemaSphere IF:7.6Q1 DOI:10.1097/HS9.0000000000000034 PMID:31723762	综述	本文综述了单细胞测序技术在正常和恶性造血系统中的应用	利用单细胞测序技术揭示了个体细胞群内的异质性及细胞群之间的关系	NA	探讨单细胞测序技术在造血系统中的应用及其对正常和疾病状态的区分	造血系统的正常和恶性状态	数字病理学	血液疾病	单细胞测序	NA	转录组	数千个单个细胞