单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22381	2024-08-09	CellBench: R/Bioconductor software for comparing single-cell RNA-seq analysis methods 2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz889 PMID:31778143	研究论文	本文介绍了CellBench软件，用于比较单细胞RNA测序分析方法	CellBench软件支持任务中心或组合方式的方法比较，自动运行方法组合，并提供运行时间测量和表格输出，便于总结和可视化	NA	开发新软件以管理单细胞RNA测序分析方法的基准测试	单细胞RNA测序分析方法的基准测试	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22382	2024-08-09	A single-cell transcriptome atlas for zebrafish development 2020-03-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2019.11.008 PMID:31782996	研究论文	本文通过单细胞RNA测序方法，构建了一个斑马鱼发育过程中的单细胞转录组图谱	首次系统地描述了斑马鱼从咽囊到早期幼体阶段的细胞类型及其基因表达变化，为生物学家提供了新的细胞类型和发育阶段特异性表达信息	NA	旨在填补我们对动物发育及人类疾病中细胞类型及其变化了解的空白	斑马鱼发育过程中的细胞类型及其基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,102个细胞，跨越四天的发育过程，使用重复实验确认高重复性
22383	2024-08-09	Heterogeneity of human prostate carcinoma-associated fibroblasts implicates a role for subpopulations in myeloid cell recruitment 2020-02, The Prostate DOI:10.1002/pros.23929 PMID:31763714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和无监督聚类分析，探讨了人前列腺癌相关成纤维细胞（CAF）的异质性及其在髓样细胞招募中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了前列腺癌相关成纤维细胞的六个亚群，并发现这些亚群在髓样细胞招募中具有独特功能	研究主要集中在体外和体内实验，未来需要进一步研究CAF亚群在前列腺癌生长和进展中的具体作用	旨在理解CAF在前列腺癌肿瘤生长中的机制，并寻找新的治疗靶点	人前列腺癌相关成纤维细胞及其在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	无监督聚类	基因表达数据	3321个CAF细胞
22384	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics: A High-Resolution Avenue for Plant Functional Genomics 2020-02, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2019.10.008 PMID:31780334	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学在植物功能基因组学中的应用	利用单细胞RNA测序技术，能够在单细胞分辨率下研究复杂组织中的调控过程	处理和分析复杂数据集存在挑战	深入了解组织功能并促进这些信息在植物细胞图谱中的应用	植物细胞在不同组织中的协同作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	任何给定组织的任何植物细胞
22385	2024-08-09	Tumor mutation burden, immune checkpoint crosstalk and radiosensitivity in single-cell RNA sequencing data of breast cancer 2020-01, Radiotherapy and oncology : journal of the European Society for Therapeutic Radiology and Oncology IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.radonc.2019.11.003 PMID:31767471	研究论文	本研究分析了乳腺癌和免疫细胞的单细胞RNA测序数据，主要关注肿瘤突变负荷（TMB）、免疫检查点交叉对话和放射敏感性	本研究首次在单细胞水平上探讨了乳腺癌中肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话与放射敏感性的关系	研究样本量较小，且仅使用了公开数据库中的数据，可能限制了结果的普遍性	探讨乳腺癌中单细胞RNA测序数据中的肿瘤突变负荷、免疫检查点交叉对话和放射敏感性的关系	乳腺癌细胞和免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq	NA	转录组数据	肿瘤细胞和免疫细胞共492个，其中肿瘤细胞来自原发肿瘤和转移淋巴结共317个
22386	2024-08-09	Single-Cell Capture, RNA-seq, and Transcriptome Analysis from the Neural Retina 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0175-4_12 PMID:31786788	研究论文	本文描述了从成年视网膜组织中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的当前技术，包括视网膜解剖、视网膜分离、细胞群体评估、cDNA合成、文库构建和下一代测序，并介绍了使用开源工具的scRNA-seq数据分析流程	介绍了从成年视网膜组织中进行scRNA-seq的技术流程，并引入了使用开源工具的数据分析方法	NA	解决细胞异质性挑战	成年视网膜组织中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	超过100种神经细胞亚型
22387	2024-08-09	Refining the adipose progenitor cell landscape in healthy and obese visceral adipose tissue using single-cell gene expression profiling 2019-12, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.201900561 PMID:31767614	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康和肥胖小鼠内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞进行了细胞图谱构建和异质性分析	研究首次识别出两种不同的脂肪组织来源干细胞（ASCs）和三种不同的前脂肪细胞（PAs），并发现了新的细胞表面标记物，这些标记物与传统的ASCs和前脂肪细胞标记物结合使用，可以通过流式细胞术区分这些APC亚群	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	旨在深入研究脂肪组织的基本生物学特性，以推动解决肥胖问题的创新解决方案	健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞（APCs）	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究涉及健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织样本
22388	2024-08-09	A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis 2019-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0417-z PMID:31768046	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。	首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。	研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。	肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。	生物医学	肌腱损伤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
22389	2024-08-09	Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors 2019-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0531-7 PMID:31768071	研究论文	本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态	首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制	NA	识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态	儿童脑肿瘤的起源和发展状态	数字病理学	儿童疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过65,000个细胞
22390	2024-08-09	The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics 2019-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13056-x PMID:31780648	research paper	本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议	提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化	NA	改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	RNA-seq数据	数千个基因和数百万个细胞
22391	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer 2019-11-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-019-0822-6 PMID:31771616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响	首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室	研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响	探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	106例PDAC病例及多个小鼠模型
22392	2024-08-09	Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes 2019-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13001-y PMID:31772163	研究论文	本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征	本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应	NA	探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响	骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合	NA	骨髓增生异常综合症	单细胞测序	PyClone生物分析管道	基因组数据	1809名MDS患者
22393	2024-08-09	Heterogeneity of Oligodendrocytes and Their Precursor Cells 2019, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-32-9636-7_5 PMID:31760638	研究论文	本文探讨了少突胶质细胞及其前体细胞的异质性	通过单细胞RNA测序分析，识别出成熟的少突胶质细胞中的六个不同群体和OPCs中的一个群体，展示了这些细胞在发育和区域上的不均匀性	NA	研究少突胶质细胞及其前体细胞的多样性及其在中枢神经系统中的功能	少突胶质细胞及其前体细胞的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22394	2024-08-09	Gene Expression-Based Identification of Antigen-Responsive CD8+ T Cells on a Single-Cell Level 2019, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2019.02568 PMID:31781096	研究论文	本文研究了如何在未筛选的单细胞基因表达数据中识别人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体	开发了一种基于机器学习的分类器，能够从非选择性群体中敏感且特异地检测病毒反应性CD8 T细胞	NA	研究如何识别抗原反应性CD8 T细胞及其受体	人类同源抗原反应性CD8 T细胞及其受体	免疫学	NA	单细胞RNA测序和qPCR	机器学习	基因表达数据	未具体说明样本数量
22395	2024-08-09	The Tumor Suppressor Role of Zinc Finger Protein 671 (ZNF671) in Multiple Tumors Based on Cancer Single-Cell Sequencing 2019, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2019.01214 PMID:31781507	研究论文	本研究通过单细胞测序数据集（scRNA-seq）探讨了锌指蛋白671（ZNF671）在多种肿瘤中的肿瘤抑制作用	首次通过单细胞测序技术揭示了ZNF671在多种肿瘤中的肿瘤抑制功能，并探讨了其在异质性癌细胞群体中的作用	研究主要基于单细胞测序数据，可能需要进一步的实验验证	确定ZNF671在癌症单细胞中的功能状态及其在肿瘤中的作用	锌指蛋白671（ZNF671）及其在多种肿瘤中的功能	数字病理学	多种肿瘤	单细胞测序（scRNA-seq）	NA	单细胞测序数据	涉及14种癌症相关的ZNF671单细胞测序数据集
22396	2024-08-09	Single-Cell Genome and Transcriptome Sequencing Library Construction Using Combination of MDA and Nextera Library Prep Method 2016-Jan, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/0471142727.mb0723s113 PMID:31773914	研究论文	本文描述了使用多重置换扩增（MDA）和Nextera文库制备方法进行单细胞基因组和转录组测序文库构建的完整工作流程	本文结合了MDA和Nextera文库制备方法，提高了单细胞测序的质量和鲁棒性	NA	探索单细胞分析在生命科学和医学中的应用，特别是罕见细胞类型、异质样本和与镶嵌性或变异性相关的表型的研究	单细胞的基因组和转录组	生命科学	NA	NGS	NA	基因组和转录组数据	单个细胞
22397	2024-08-09	Nature-Inspired Compressed Sensing for Transcriptomic Profiling From Random Composite Measurements 2021-Sep, IEEE transactions on cybernetics IF:9.4Q1 DOI:10.1109/TCYB.2019.2951402 PMID:31751263	研究论文	本文提出了一种基于差分进化和压缩感知的数学框架DECS，用于从低维随机复合测量中重建高维基因表达数据	DECS方法利用基因表达数据的固有稀疏性，能够从低维随机复合测量中学习稀疏模块字典和水平，以显著的量级（例如200倍）重建高维基因表达数据	NA	解决基因表达数据与随机复合测量之间关系的长期挑战	基因表达数据	生物信息学	NA	RNA-Seq	差分进化（DE）	基因表达数据	九个GSE数据集
22398	2024-08-09	Genomic and transcriptomic profiling of carcinogenesis in patients with familial adenomatous polyposis 2020-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2019-319438 PMID:31744909	研究论文	本研究通过全外显子测序、全基因组测序和单细胞RNA测序，探讨了家族性腺瘤性息肉病（FAP）患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变	首次全面分析了FAP患者从腺瘤到腺癌的基因组和转录组变化，揭示了代谢重编程在癌前阶段的发生	研究样本量较小，仅包括六名FAP患者和一名MUTYH相关息肉病患者	探讨FAP患者从癌前腺瘤到腺癌的遗传改变和转录组转变	FAP患者的正常组织、多区域采样的不同阶段腺瘤和腺癌	数字病理学	结直肠癌	全外显子测序、全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	56个外显子、56个基因组和8,757个单细胞
22399	2024-08-09	Single-cell TCR sequencing of gut intraepithelial γδ T cells reveals a vast and diverse repertoire in celiac disease 2020-03, Mucosal immunology IF:7.9Q1 DOI:10.1038/s41385-019-0222-9 PMID:31728027	研究论文	研究通过单细胞TCR测序技术分析了未经治疗和接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞的TCR库	首次在大规模单细胞配对γδ TCR测序研究中揭示了乳糜泻患者γδ TCR库的扩大和多样性增加	未能提供乳糜泻特异性γδ TCR的证据，对识别乳糜泻相关γδ TCR配体的挑战	探究乳糜泻患者肠道上皮内γδ T细胞的TCR库特征及其与疾病的关系	乳糜泻患者的肠道上皮内γδ T细胞	数字病理学	乳糜泻	单细胞TCR测序	NA	序列数据	未经治疗的乳糜泻患者8例（1821个细胞），接受无麸质饮食治疗的乳糜泻患者5例（436个细胞），对照组7例（1068个细胞）
22400	2024-08-09	Single-cell characterization and metabolic profiling of in vitro cultured human skeletal progenitors with enhanced in vivo bone forming capacity 2020-03, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1002/sctm.19-0151 PMID:31738481	研究论文	研究了无血清预处理对人类骨膜来源细胞的细胞和分子变化，以及其在体内骨形成能力增强的机制	首次揭示了无血清预处理通过激活与骨发育和骨折愈合相关的通路和转录调控因子，增强体内骨形成能力	NA	探索无血清预处理对人类骨膜来源细胞的影响及其在体内骨形成中的作用	人类骨膜来源细胞及其在无血清预处理后的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA