单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 35765 篇文献，本页显示第 2221 - 2240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2221 | 2025-12-28 |
Integrative Spatial Transcriptomics and Experimental Validation Reveal UBC-Mediated EMT Associated with Immune Evasion in Hepatocellular Carcinoma
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S567643
PMID:41446812
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学、单细胞RNA-seq和机器学习，揭示了UBC介导的上皮-间质转化与肝细胞癌边缘区域免疫逃逸的关联 | 首次通过整合空间转录组学、单细胞测序和机器学习模型，系统性地揭示了肝细胞癌中UBC基因在肿瘤边缘介导EMT和免疫抑制的关键作用 | 研究主要基于公共数据集和细胞系实验，缺乏体内动物模型验证和临床样本的功能验证 | 探究肝细胞癌空间异质性中上皮-间质转化与免疫逃逸的分子机制 | 肝细胞癌组织、Hep3B细胞系 | 空间转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量转录组测序, 机器学习 | 多模型机器学习 | 转录组数据, 空间转录组数据, 单细胞RNA-seq数据 | 34个单细胞RNA-seq样本, 15个空间转录组数据集, 以及TCGA和GSE14520批量转录组数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2222 | 2025-12-28 |
Failure of metabolic checkpoint control during late-stage granulopoiesis drives neutropenia in reticular dysgenesis
2024-Dec-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2024024123
PMID:39378586
|
研究论文 | 本文研究了线粒体腺苷酸激酶2功能缺失导致网状发育不全的严重免疫缺陷综合征，揭示了代谢检查点在造血分化中的调控作用 | 通过结合患者单细胞转录组学和CRISPR模型，首次揭示了AK2缺陷在不同造血阶段对代谢检查点的影响差异，特别是在晚期粒细胞生成中导致代谢失衡的新机制 | 研究主要基于体外模型和患者样本，可能无法完全模拟体内复杂的造血微环境，且机制细节仍需进一步验证 | 探究代谢检查点在造血分化过程中维持代谢稳态的调控网络 | 网状发育不全患者样本和原代人造血干细胞CRISPR模型 | NA | 免疫缺陷综合征 | 单细胞转录组学, CRISPR基因编辑 | CRISPR模型 | 转录组数据 | 患者样本和原代细胞模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2223 | 2025-12-28 |
Engineered extracellular vesicles enable high-efficient delivery of intracellular therapeutic proteins
2024-Oct-01, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1093/procel/pwae015
PMID:38518087
|
研究论文 | 本文报告了一种基于细胞外囊泡的细胞内递送方法（IDEA），用于高效递送细胞内治疗蛋白，无需使用支架 | 提出IDEA方法，无需支架即可高效包装和递送原生蛋白质，避免了传统策略对货物稳定性和功能性的影响 | NA | 开发一种高效的细胞内递送系统，以扩展作用于细胞质或核靶点的蛋白质治疗 | 细胞外囊泡（EVs）作为递送载体，以及cGAS蛋白作为概念验证货物 | 生物医学工程 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个同基因肿瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2224 | 2025-12-27 |
Stromal and immune cell interplay promotes neutrophilic inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2026-Feb-01, Current opinion in allergy and clinical immunology
IF:3.0Q3
DOI:10.1097/ACI.0000000000001130
PMID:41451821
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序研究如何揭示慢性鼻窦炎伴鼻息肉中基质细胞与免疫细胞相互作用驱动中性粒细胞炎症的机制 | 通过单细胞RNA测序技术，揭示了CRSwNP中中性粒细胞和基质细胞的高度异质性，并首次聚焦于IL-1β激活的IDO1+成纤维细胞亚群、LY6D+俱乐部细胞以及GZMK+CD8+ T细胞在驱动中性粒细胞炎症中的关键作用及信号网络 | 作为一篇综述文章，主要基于现有研究进行总结和讨论，未提供新的原始实验数据，且针对特定信号通路（如IL-1β和CXCL12-CXCR4）的靶向治疗潜力仍需更多临床前和临床研究验证 | 探讨慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中中性粒细胞炎症的发病机制，特别是基质细胞与免疫细胞之间的相互作用，以期为难治性CRSwNP开发内型特异性疗法 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）患者组织中的中性粒细胞、基质细胞（如成纤维细胞、鼻上皮LY6D+俱乐部细胞）和免疫细胞（如GZMK+CD8+ T细胞） | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2225 | 2025-12-27 |
PCK1 attenuates intrahepatic cholangiocarcinoma progression by suppressing lactate accumulation and PI3K-AKT signaling
2025-Dec-26, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-025-01779-8
PMID:41449217
|
研究论文 | 本研究通过分析批量与单细胞RNA测序数据，鉴定出肝内胆管癌中与乳酸代谢相关的关键基因PCK1，并证实其通过抑制乳酸积累和PI3K-AKT信号通路发挥肿瘤抑制作用 | 首次系统鉴定肝内胆管癌中的乳酸代谢相关基因，发现PCK1作为新型肿瘤抑制因子，并阐明其通过同时调控乳酸积累和PI3K-AKT通路的多重抑癌机制 | 研究主要基于细胞和动物实验，临床样本验证相对有限；PCK1调控乳酸代谢与信号通路的具体分子机制仍需进一步探索 | 探究乳酸代谢在肝内胆管癌进展中的作用，并寻找新的诊断标志物和治疗靶点 | 肝内胆管癌细胞系、动物模型及相关的基因表达数据 | 计算生物学与肿瘤学 | 肝内胆管癌 | 批量RNA测序、单细胞RNA测序、机器学习算法、体外细胞实验、体内动物实验 | 机器学习诊断模型（具体算法未明确）、列线图 | 基因表达数据（RNA-seq）、单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及批量RNA-seq数据、单细胞RNA-seq数据、细胞系和动物模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2226 | 2025-12-27 |
Single-Cell Profiling Reveals Divergent Mechanisms of Fibrosis in Localized Scleroderma and Systemic Sclerosis
2025-Dec-26, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70039
PMID:41451447
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光技术，揭示了局限性硬皮病和系统性硬化症中纤维化机制的不同 | 首次在单细胞水平上比较了局限性硬皮病和系统性硬化症的免疫和成纤维细胞特征，并识别了Tfh细胞和CREB3L1在各自疾病中的关键作用 | 样本量较小（仅9例患者），且主要基于皮肤活检，可能未完全反映系统性硬化症的系统性特征 | 阐明局限性硬皮病和系统性硬化症纤维化差异的机制 | 健康对照、局限性硬皮病患者和系统性硬化症患者的皮肤组织 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光, 体外实验, 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序数据, 图像数据 | 3名健康对照、3名局限性硬皮病患者和3名系统性硬化症患者的皮肤活检 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2227 | 2025-12-27 |
Characterization of Human Group 9 Innate Lymphoid Cells in Response to Allergen Immunotherapy in Patients With Allergic Rhinitis
2025-Dec-26, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70202
PMID:41451507
|
研究论文 | 本研究首次报道了人类第9组先天淋巴样细胞（ILC9s）的存在，并描述了其在过敏性鼻炎患者中的特征及对过敏原免疫疗法的反应 | 首次发现并表征了ILC9s这一新的先天淋巴样细胞亚群，揭示了其与Th9细胞的对应关系及在过敏性疾病中的潜在作用 | 研究样本可能有限，且机制研究主要基于体外实验，体内验证不足 | 探索ILC9s在过敏性鼻炎中的作用及其作为过敏原免疫疗法潜在靶点的可能性 | 过敏性鼻炎患者及接受皮下免疫疗法患者的鼻黏膜组织和外周血单个核细胞 | 免疫学 | 过敏性鼻炎 | 流式细胞术、单细胞RNA测序、qRT-PCR、siRNA敲低、免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 过敏性鼻炎患者及免疫疗法患者的样本，具体数量未明确 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2228 | 2025-12-27 |
Sclerotic GVHD and scleroderma share dysregulated gene expression that is ameliorated by EREG therapeutic antibody
2025-Dec-25, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029836
PMID:40961242
|
研究论文 | 本研究开发了一种全人源抗EREG中和抗体，用于治疗硬皮病和硬化性移植物抗宿主病，通过单细胞转录组学和空间转录组学分析揭示了其抗纤维化机制 | 开发了高亲和力和特异性的全人源抗EREG中和抗体，并首次在硬皮病、局限性硬皮病和硬化性GVHD中通过单细胞转录组学比较揭示了EREG通过驱动TNC产生促进纤维化的共同机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者皮肤外植体，缺乏大规模临床试验数据，且样本量有限 | 研究抗EREG抗体在治疗免疫驱动的纤维化皮肤疾病（如硬皮病和硬化性GVHD）中的疗效和机制 | 硬皮病/系统性硬化症、局限性硬皮病和硬化性移植物抗宿主病患者 | 数字病理学 | 硬皮病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | 患者皮肤外植体（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 2229 | 2025-12-27 |
CD177+ neutrophils drive extracellular matrix remodelling and HGF-alpha release in ALPPS-induced liver regeneration
2025-Dec-25, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336300
PMID:41390175
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了在ALPPS手术诱导的肝脏再生过程中，CD177+中性粒细胞通过促进内皮细胞迁移、细胞外基质降解和HGF-α释放来驱动肝脏再生的免疫学机制 | 首次在ALPPS临床队列和小鼠模型中，通过单细胞测序和功能验证，明确了CD177+中性粒细胞亚群在肝脏再生中的关键作用及其通过CD177-PECAM1互作和MMP9分泌的分子机制 | 研究主要基于手术后的肝脏组织样本，对于其他类型肝脏损伤或疾病中的中性粒细胞作用尚未验证，且临床样本量虽为最大队列但仍有限 | 阐明ALPPS手术后肝脏再生的免疫学机制，特别是中性粒细胞的作用 | ALPPS患者的残余肝组织、小鼠ALPPS模型、CD177+中性粒细胞 | 数字病理学 | 肝脏肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 流式细胞术, 组织学分析 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 流式细胞数据, 组织图像数据 | 世界最大的ALPPS临床队列患者样本及小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2230 | 2025-12-27 |
TL1A-activated T cells remodel the rectal mucosa in patients with Crohn's disease with perianal fistulising disease
2025-Dec-25, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336246
PMID:41448881
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了克罗恩病伴肛周瘘管病患者直肠黏膜中TL1A激活的T细胞驱动的独特细胞和转录组改变 | 识别了TL1A-LTα1β2/IL-22轴作为肛周瘘管病特异性特征的新介导通路，该通路独立于TNF信号且在抗TNF治疗下仍保持活性 | 样本量较小（n=31），且研究主要基于直肠活检，可能无法完全代表瘘管部位的病理变化 | 探究克罗恩病肛周瘘管形成的驱动因素和分子机制 | 克罗恩病伴或不伴肛周瘘管病患者的直肠黏膜组织、外周CD3+ T细胞、肠道组织外植体、原代成纤维细胞和二维上皮单层细胞培养物 | 数字病理学 | 克罗恩病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 31例患者（克罗恩病伴或不伴肛周瘘管病） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2231 | 2025-12-27 |
Targeting cancer stem cells enhances multikinase inhibitor therapy in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease-related hepatocellular carcinoma
2025-Dec-25, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-336527
PMID:41448879
|
研究论文 | 本研究通过表征代谢功能障碍相关脂肪性肝病相关肝细胞癌中的CD133+癌症干细胞，揭示了其在肿瘤发生和治疗反应中的关键作用，并提出了一种靶向CD133以增强多激酶抑制剂疗效的新策略 | 首次在MASLD-HCC中系统表征CD133+癌症干细胞的功能，揭示了CD133通过MYH9/β-catenin轴驱动肿瘤发生的机制，并开发了CD133-siRNA纳米颗粒联合多激酶抑制剂的新型治疗策略 | 临床样本量相对较小（n=29对），主要依赖临床前小鼠模型，人类样本的验证有待进一步扩展 | 阐明MASLD-HCC中癌症干细胞的身份、功能及其在肿瘤发生和治疗抵抗中的作用，并探索靶向CSCs的治疗策略 | 人类MASLD-HCC肿瘤组织、CD133+癌症干细胞、临床前小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 肝细胞癌 | 表达谱分析、体内遗传谱系追踪、单细胞RNA测序、质谱分析、siRNA纳米颗粒递送 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据、蛋白质相互作用数据 | 29对（肿瘤与癌旁正常组织）人类MASLD-HCC样本，以及多个临床前小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2232 | 2025-12-27 |
PlantscRNAdb 4.0: Improved marker identification and annotation under a cell type uniformity for plants
2025-Dec-24, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.12.026
PMID:41449796
|
研究论文 | 本研究介绍了植物单细胞RNA测序数据库PlantscRNAdb 4.0的更新，该版本整合了新的植物细胞类型本体论，并利用新开发的计算工具HCMarker和深度学习工具PCmaster_anno，显著提升了植物细胞类型标记基因的识别与注释能力 | 开发了新型计算工具HCMarker，采用多指标评分系统，实现了跨植物细胞类型的稳健且准确的标记基因识别；引入了基于深度学习的自动化注释工具PCmaster_anno；整合了新的植物细胞类型本体论（POCT），提供了更标准化的注释框架 | 未明确说明数据库所涵盖的物种和数据集是否具有代表性，也未提及工具在跨物种应用时的潜在局限性 | 构建和更新一个综合性的植物单细胞RNA测序数据库，以支持植物细胞异质性、基因表达和调控网络的高分辨率分析 | 33种植物物种的107个scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | scRNA-seq数据 | 来自107个数据集的58,846个高置信度标记基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2233 | 2025-12-27 |
Resistance of endothelial cells to SARS-CoV-2 infection in vitro
2025-Dec-23, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01205-25
PMID:41347787
|
研究论文 | 本研究通过体外实验和单细胞RNA测序技术，证明了SARS-CoV-2病毒无法有效感染培养或原位的人内皮细胞 | 首次结合培养的内皮细胞和活体人肺切片中的原生内皮细胞，利用单细胞RNA测序追踪病毒存在，系统证明SARS-CoV-2对内皮细胞的直接感染性极低 | 研究为体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的微环境；未探讨病毒变异株的长期影响 | 探究SARS-CoV-2病毒是否能够直接感染内皮细胞，以解释COVID-19相关的血管炎症和血栓形成 | 人内皮细胞（肺、主动脉来源）、内皮祖细胞、人肺切片中的原生内皮细胞、鼻上皮细胞 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、RT-qPCR、ELISA、荧光成像 | NA | RNA测序数据、图像数据、蛋白质表达数据 | 多种来源的内皮细胞及人肺切片组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2234 | 2025-12-27 |
Multi-omics profiling reveals an immunosuppressive plasma cell subset within tertiary lymphoid structures in cervical cancer
2025-Dec-23, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-025-04268-w
PMID:41432933
|
研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了宫颈癌中三级淋巴结构内存在免疫抑制性浆细胞亚群 | 首次在宫颈癌中整合单细胞RNA测序、空间转录组学等多组学数据，鉴定出与免疫抑制相关的HSPA1B_PC浆细胞亚群，并发现其与三级淋巴结构中的免疫抑制性T细胞亚群空间共定位 | 研究主要基于观察性数据，功能验证实验有限，样本量相对较小，且未深入探讨浆细胞亚群的具体免疫抑制机制 | 探究宫颈癌肿瘤免疫微环境中B细胞（特别是浆细胞）的组成、转录状态及其在免疫抑制中的作用 | 宫颈癌患者组织样本中的B细胞和浆细胞亚群 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据, 免疫荧光图像 | 未明确具体样本数量，但涉及癌症和正常组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单核RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 2235 | 2025-12-27 |
Maternal acute SARS-CoV-2 infection impairs preimplantation embryo development and reprograms the early offspring hematopoietic system
2025-Dec-23, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-025-00856-3
PMID:41436442
|
研究论文 | 本研究探讨了母体急性SARS-CoV-2感染对胚胎植入前发育和子代早期造血系统的负面影响 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了感染母体来源的形态正常囊胚存在发育延迟，并发现母体急性感染诱导胚胎异常甲基化模式，以及子代造血干细胞功能改变 | 研究样本量有限，且长期子代免疫功能影响需进一步追踪验证 | 探究母体急性SARS-CoV-2感染对胚胎发育和子代造血健康的分子机制 | 感染SARS-CoV-2母体的胚胎、胎盘组织和脐带血细胞 | 生殖医学与免疫学 | SARS-CoV-2感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、全基因组DNA甲基化分析 | NA | 单细胞转录组数据、批量转录组数据、甲基化数据 | 未明确具体样本数量，但涉及感染母体的胚胎、胎盘和脐带血样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 全基因组DNA甲基化分析 | NA | NA |
| 2236 | 2025-12-27 |
Single-cell transcriptomics reveals notch regulation in quiescent LEPR⁺ endometrial mesenchymal stem cells
2025-Dec-23, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04803-7
PMID:41437139
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了LEPR⁺子宫内膜间充质干细胞（eMSCs）作为原始、静止的干细胞亚群，并发现Notch信号通路在维持其干细胞特性和静止状态中起关键作用 | 首次在子宫内膜间充质干细胞中鉴定出LEPR⁺原始、静止亚群，并阐明Notch信号通路通过JAG1和DLL1维持其表型和静止状态 | 研究主要基于体外培养细胞和已发表的单细胞数据，体内功能验证可能有限，且样本来源和数量未明确说明 | 探究子宫内膜中更原始、静止的间充质干细胞亚群的身份和调控机制 | 人类子宫内膜间充质干细胞（eMSCs），特别是CD140b⁺CD146⁺培养细胞和LEPR⁺亚群 | 单细胞转录组学 | 子宫内膜再生相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2237 | 2025-12-27 |
LONMF: a non-negative matrix factorization model based on graph Laplacian and optimal transmission for paired single-cell multi-omics data integration
2025-Dec-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06301-2
PMID:41437217
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于图拉普拉斯和最优传输的非负矩阵分解模型LONMF，用于整合配对单细胞多组学数据 | LONMF结合图拉普拉斯和最优传输，提升了聚类性能和可解释性，在生物可解释性方面优于现有方法 | 未在摘要中明确提及 | 整合单细胞多组学数据以揭示细胞异质性并提供新的生物学视角 | 配对单细胞多组学数据，包括10X-multi-group、CITE-seq和TEA-multi-group seq | 机器学习 | NA | 单细胞多组学测序 | 非负矩阵分解（NMF） | 单细胞多组学数据 | 未在摘要中明确提及 | 10x Genomics | 单细胞多组学 | 10X-multi-group | NA |
| 2238 | 2025-12-27 |
HiSTaR: identifying spatial domains with hierarchical spatial transcriptomics variational autoencoder
2025-Dec-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07404-3
PMID:41437257
|
研究论文 | 本文提出了一种名为HiSTaR的分层空间转录组学变分自编码器，用于从空间转录组学数据中捕获多级潜在特征，以识别空间域并校正批次效应 | HiSTaR采用多个分层块来捕获多级潜在特征，支持空间域识别、批次效应校正、轨迹分析和差异基因表达分析，无需外部工具即可整合多个组织切片 | NA | 开发一种计算工具以改进空间转录组学数据的分析，特别是空间域识别和批次效应校正 | 空间转录组学数据中的点（spots） | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | 变分自编码器（VAE） | 空间转录组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2239 | 2025-12-27 |
Parabacteroides goldsteinii mitigates parkinsonism in LRRK2 mutant mice by reducing neuroinflammation through Gut-Brain axis
2025-Dec-23, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.12.028
PMID:41448457
|
研究论文 | 本文研究了Parabacteroides goldsteinii通过肠-脑轴减轻LRRK2突变小鼠帕金森病症状的作用机制 | 首次证明在运动症状出现前定植P. goldsteinii可通过非经典IL-12受体途径提供神经营养支持，并抑制小胶质细胞活化和LRRK2激酶活性 | 研究基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证；且仅针对LRRK2 G2019S突变，未涵盖其他帕金森病亚型 | 探究P. goldsteinii在帕金森病早期阶段对疾病进展的影响 | 携带LRRK2 G2019S突变的无菌小鼠 | 神经科学 | 帕金森病 | 空间转录组分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序、光谱流式细胞术、细胞生物能量分析 | NA | RNA测序数据、细胞表型数据、细胞能量代谢数据 | LRRK2 G2019S突变小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 2240 | 2025-12-27 |
Novel insight into the gene etiology of ulcerative colitis gained from transcriptome association study and single-cell sequence analysis
2025-Dec-19, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000046678
PMID:41431012
|
研究论文 | 本研究通过整合转录组关联研究和单细胞测序分析，识别了与溃疡性结肠炎易感性相关的基因及其富集的细胞类型 | 结合跨组织转录组关联研究、功能汇总推断、多标记基因组注释分析和孟德尔随机化验证，系统识别UC易感基因，并利用单细胞RNA测序确定这些基因在特定细胞类型中的富集 | 研究主要基于公共数据库的GWAS和基因表达数据，可能受样本异质性和数据质量影响，且未进行实验验证 | 识别溃疡性结肠炎的易感基因及其表达的特定细胞类型 | 溃疡性结肠炎患者相关的基因和细胞类型 | 生物信息学 | 溃疡性结肠炎 | 转录组关联研究、功能汇总推断、多标记基因组注释分析、孟德尔随机化、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵、GWAS数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |