单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24273 篇文献，本页显示第 22341 - 22360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22341 | 2024-08-09 |
Macrophage-tumor cell interaction promotes ATRT progression and chemoresistance
2020-05, Acta neuropathologica
IF:9.3Q1
DOI:10.1007/s00401-019-02116-7
PMID:31848709
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研究论文 | 本研究通过多重免疫荧光染色和单细胞RNA测序揭示了非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）亚群中免疫性肿瘤微环境（TME）的不同组成 | 首次揭示了CD68细胞在ATRT-SHH和ATRT-MYC亚群中的主要浸润情况，并发现这些细胞是患者生存的负面预后因素 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，可能与人类实际情况存在差异 | 探索非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）亚群中的预测因子 | 非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤（ATRT）及其亚群 | NA | 非典型畸胎瘤/横纹肌样瘤 | 多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及ATRT-SHH和ATRT-MYC亚群的小鼠模型 |
| 22342 | 2024-08-09 |
Transcriptional profiling of microglia; current state of the art and future perspectives
2020-04, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.23767
PMID:31846124
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综述 | 本文综述了微胶质细胞转录组学领域的最新进展，并比较了新鲜和冷冻样本中细胞和核转录组的差异 | 介绍了单核RNA测序技术在冷冻中枢神经系统组织中的应用，以及其在研究微胶质细胞基因表达和细胞异质性中的可靠性 | NA | 探讨微胶质细胞在神经病理学中的作用 | 微胶质细胞的转录组学特征 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠和人类的中枢神经系统组织样本 |
| 22343 | 2024-08-09 |
Investigation of Antigen-Specific T-Cell Receptor Clusters in Human Cancers
2020-03-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3249
PMID:31831563
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研究论文 | 本研究利用TRUST算法和iSMART方法，从9,700个肿瘤RNA测序样本中组装TCR超变CDR3区域，并进行综合分析，以揭示癌症相关T细胞和新型癌症抗原 | 开发了iSMART计算方法来将相似的TCR分组为抗原特异性集群，并首次通过综合分析HLA等位基因和基因组数据，识别出候选的癌症/睾丸基因HSFX1 | NA | 旨在从肿瘤基因组测序数据中识别抗原特异性TCR | 癌症抗原特异性T细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 9,700个肿瘤样本 |
| 22344 | 2024-08-09 |
Single-cell and spatial transcriptomics approaches of the bone marrow microenvironment
2020-03, Current opinion in oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/CCO.0000000000000602
PMID:31833957
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综述 | 本文综述了利用单细胞和空间转录组学技术在稳态、应激和癌症诱导重塑过程中对小鼠骨髓微环境的研究主要发现 | 首次系统且无标签地识别了骨髓细胞类型，揭示了其分子和空间特征，并阐明了关键造血因子的细胞来源 | NA | 深入探索小鼠和人类骨髓微环境中的细胞类型及其分子身份和定位 | 骨髓微环境中的细胞类型及其在稳态、应激和癌症诱导重塑过程中的变化 | 单细胞测序 | NA | 单细胞和空间转录组学技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22345 | 2024-08-09 |
Time-Series Single-Cell RNA-Seq Data Reveal Auxin Fluctuation during Endocycle
2020-Feb-01, Plant & cell physiology
DOI:10.1093/pcp/pcz228
PMID:31841158
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研究论文 | 本研究重新分析了根部的单细胞转录组数据，重建了有丝分裂细胞周期和内复制周期的细胞周期轨迹，揭示了生长素在内复制周期中的动态波动。 | 首次揭示了生长素在内复制周期中的动态波动，并展示了这种波动在维持内复制阶段中的作用。 | NA | 探究生长素在内复制周期中的作用及其维持机制。 | 拟南芥中的细胞周期调控。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22346 | 2024-08-09 |
Neurological Disorder Drug Discovery from Gene Expression with Tensor Decomposition
2020, Current pharmaceutical design
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文提出了一种基于张量分解的策略，用于从基因表达数据中发现神经疾病药物候选化合物 | 本文采用了张量分解（TD）进行无监督特征提取，以筛选出在阿尔茨海默病模型动物实验中表达改变的基因，并与人类细胞系中药物处理后的基因表达进行比较 | NA | 旨在通过基因表达数据识别神经疾病患者的有效候选药物化合物，以缩短寻找有效治疗的时间并改善治疗结果 | 神经疾病患者的基因表达数据及药物候选化合物 | 生物信息学 | 神经疾病 | 张量分解（TD） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 401个基因在阿尔茨海默病模型动物实验中被筛选出 |
| 22347 | 2024-08-09 |
A developmental landscape of 3D-cultured human pre-gastrulation embryos
2020-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1875-y
PMID:31830756
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研究论文 | 本文报道了一种三维（3D）囊胚培养系统，能够支持人类囊胚发育至原条形成阶段 | 开发了一种新的三维培养系统，模拟了人类胚胎在体内的发育标志和三维结构 | NA | 探究人类胚胎在原肠形成前的发育过程，包括空间自我组织和细胞类型发育 | 人类早期胚胎的发育过程 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22348 | 2024-08-09 |
Loss of ADAMTS19 causes progressive non-syndromic heart valve disease
2020-01, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-019-0536-2
PMID:31844321
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研究论文 | 本文通过全外显子测序和基因敲除小鼠模型，揭示了ADAMTS19基因突变与渐进性非综合征性心脏瓣膜疾病之间的关系 | 首次发现ADAMTS19基因的截短无义突变是导致渐进性心脏瓣膜疾病的原因，并通过基因敲除小鼠模型验证了其病理机制 | NA | 研究ADAMTS19基因在心脏瓣膜疾病中的作用及其分子机制 | ADAMTS19基因及其在心脏瓣膜疾病中的功能 | NA | 心脏瓣膜疾病 | 全外显子测序，单细胞RNA测序 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 两个近亲家族中的四名受影响成员及Adamts19基因敲除小鼠 |
| 22349 | 2024-08-09 |
Identification of differentially expressed genes by single-cell transcriptional profiling of umbilical cord and synovial fluid mesenchymal stem cells
2020-01, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.14891
PMID:31845522
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了人脐带源性间充质干细胞（hUC-MSCs）和人滑膜液源性间充质干细胞（hSF-MSCs）的异质性 | 本研究首次通过scRNA-seq技术详细分析了hUC-MSCs和hSF-MSCs的转录组特征，并识别了多个亚群及其差异表达基因 | NA | 测量人脐带源性间充质干细胞和人滑膜液源性间充质干细胞的异质性 | 人脐带源性间充质干细胞（hUC-MSCs）和人滑膜液源性间充质干细胞（hSF-MSCs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | hUC-MSCs样本有104,761,163条读取，hSF-MSCs样本有6,577,715条读取 |
| 22350 | 2024-08-09 |
Comprehensive analysis of a mouse model of spontaneous uveoretinitis using single-cell RNA sequencing
2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1915571116
PMID:31843893
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序技术对自发性葡萄膜视网膜炎的小鼠模型进行全面分析 | 首次使用单细胞RNA测序技术全面且无偏地定义了与疾病相关的细胞群和基因表达模式 | NA | 研究自发性葡萄膜视网膜炎的疾病机制 | 小鼠的视网膜细胞 | 数字病理学 | 葡萄膜视网膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和自发葡萄膜视网膜炎小鼠的视网膜样本 |
| 22351 | 2024-08-09 |
Enteroendocrine and tuft cells support Lgr5 stem cells on Paneth cell depletion
2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1801888117
PMID:31843916
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠肠道中，当潘氏细胞被消除后，Lgr5干细胞的维持机制 | 发现潘氏细胞的消除并不影响Lgr5干细胞的维持，而是由肠内分泌细胞和绒毛细胞替代其位置，提供必要的Notch信号 | NA | 探究潘氏细胞消除后Lgr5干细胞的维持机制 | 小鼠肠道中的Lgr5干细胞及其在潘氏细胞消除后的维持情况 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞测序，组织学分析 | NA | 细胞 | 小鼠 |
| 22352 | 2024-08-09 |
Kidney Cells Regeneration: Dedifferentiation of Tubular Epithelium, Resident Stem Cells and Possible Niches for Renal Progenitors
2019-Dec-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20246326
PMID:31847447
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综述 | 本文综述了肾脏再生的主要机制，包括上皮细胞的去分化和祖细胞的激活，特别关注肾脏祖细胞的可能生态位 | 探讨了转基因动物、单细胞转录组学等现代方法在解决去分化细胞和驻留祖细胞区分问题中的潜力 | 缺乏区分去分化细胞和驻留祖细胞的特定方法 | 探讨肾脏细胞再生的机制及其潜在的祖细胞生态位 | 肾脏细胞的再生能力及其机制 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 22353 | 2024-08-09 |
Vireo: Bayesian demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq data without genotype reference
2019-12-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1865-2
PMID:31836005
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研究论文 | 本文介绍了Vireo，一种用于无基因型参考的池化单细胞RNA测序数据贝叶斯解复用的计算高效模型 | Vireo模型可以在只有部分或没有基因型信息的情况下应用，这是其独特之处 | NA | 解决现有解复用策略依赖完整基因型数据的局限性 | 池化单细胞RNA测序数据的解复用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | NA |
| 22354 | 2024-08-09 |
GCN2 drives macrophage and MDSC function and immunosuppression in the tumor microenvironment
2019-12-13, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax8189
PMID:31836669
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研究论文 | 研究探讨了GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）功能及免疫抑制作用的影响 | 揭示了GCN2在肿瘤免疫反应中的新作用，即通过调控巨噬细胞和MDSCs的表型促进抗肿瘤免疫 | NA | 探究GCN2在肿瘤免疫反应中的作用及其机制 | GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）的影响 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类样本 |
| 22355 | 2024-08-09 |
Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney
2019-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12872-5
PMID:31836710
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研究论文 | 本文通过高通量批量和单细胞RNA测序技术，研究了肾脏非淋巴管内皮细胞中的分子途径，以识别从胚胎到成年期间决定血管分区的分子途径。 | 首次揭示了肾脏血管特异性标志物，包括特定的转录因子、离子通道、溶质转运体和血管分泌因子，这些因子协调肾脏功能。 | NA | 解析肾脏血管标志物的分子决定因素，为重建肾单位和揭示肾脏疾病的发病机制奠定基础。 | 肾脏的非淋巴管内皮细胞 | NA | 肾脏疾病 | 高通量批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 22356 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition
2019-12-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52004
PMID:31829938
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了足月和早产分娩中人类胎盘的细胞类型组成和转录活性 | 首次鉴定出两种细胞类型：绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质细胞滋养层细胞 | NA | 填补对生理和病理性分娩中胎盘细胞类型组成和转录活性的知识空白 | 人类胎盘的绒毛树、基板和绒毛膜羊膜膜 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及足月分娩和早产分娩的女性样本 |
| 22357 | 2024-08-09 |
Exploring inflammatory signatures in arthritic joint biopsies with Spatial Transcriptomics
2019-12-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-55441-y
PMID:31831833
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜活检，以探索炎症部位的无偏 mRNA 研究 | 利用空间转录组学技术，结合高分辨率组织学图像，实现对特定细胞类型的数字化描绘，从而深入理解慢性炎症疾病中的细胞机制和多样性 | NA | 探索慢性炎症疾病中炎症部位的转录组特征 | 类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 脊柱关节炎 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | 受影响的关节滑膜组织活检 |
| 22358 | 2024-08-09 |
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
2019-Dec-12, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.11.025
PMID:31835037
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研究论文 | 本文通过分子方法揭示了胚胎心脏在三个发育阶段中细胞类型的全面转录景观，并将细胞类型特异性基因表达映射到特定的解剖域 | 本文利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，首次详细描绘了人类胚胎心脏发育过程中的基因表达和细胞类型分布 | NA | 深入探索人类心脏形态发生过程中器官范围的基因表达协调 | 人类胚胎心脏在三个发育阶段的细胞类型及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 三个发育阶段的人类胚胎心脏样本 |
| 22359 | 2024-08-09 |
Accuracy, robustness and scalability of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis
2019-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1898-6
PMID:31823809
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research paper | 本文比较了18种常用的降维方法在30个公开的单细胞RNA测序数据集上的性能 | 本文填补了单细胞RNA测序降维方法比较研究的空白 | NA | 评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的有效性 | 18种降维方法在30个单细胞RNA测序数据集上的性能 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 30个公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 22360 | 2024-08-09 |
A Galaxy-based training resource for single-cell RNA-sequencing quality control and analyses
2019-12-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz144
PMID:31825480
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研究论文 | 本文开发了一系列实用的脚本及其相应的Galaxy包装器，使之前对scRNA-seq分析感到畏惧的研究人员能够进行scRNA-seq培训和质量控制 | 本文通过简单的命令行工具实现了“可视化-过滤-可视化”范式，并使用Loom格式在工具之间交换数据，使得scRNA-seq数据分析更加直观和易于操作 | NA | 开发易于使用的工具和培训材料，帮助研究人员掌握scRNA-seq数据的质量控制和后续分析 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析工具和培训资源 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 短读序列数据 | NA |