单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22221	2024-08-09	Evolving Transcriptomic Profiles From Single-Cell RNA-Seq Data Using Nature-Inspired Multiobjective Optimization 2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2020.2971993 PMID:32031947	研究论文	本文提出了一种基于自然启发多目标优化的进化多目标盲压缩感知（EMOBCS）方法，用于从单细胞RNA-seq数据中提取转录组谱	引入了基于人工蜂群的多目标盲压缩感知，通过提出秩概率模型和两种新的搜索策略，优化了两个目标函数，以无偏的方式合作卷积框架	NA	解决现有算法在处理单细胞RNA-seq数据时遇到的高维度和过早收敛问题	单细胞RNA-seq数据中的转录组谱	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	EMOBCS	RNA-seq数据	10个单细胞RNA-seq数据集及一个案例研究
22222	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of human skin identifies novel fibroblast subpopulation and enrichment of immune subsets in atopic dermatitis 2020-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.01.042 PMID:32035984	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特应性皮炎患者皮肤中细胞群的详细图谱，并发现了新的成纤维细胞亚群及免疫子集的富集情况	本研究首次在特应性皮炎患者的病变和非病变皮肤样本中发现了独特的COL6A5+COL18A1+成纤维细胞亚群，并揭示了其与免疫细胞的潜在相互作用	研究样本量较小，仅包括5名特应性皮炎患者和7名健康对照者	构建特应性皮炎患者与健康对照者皮肤细胞的高分辨率图谱，并评估细胞组成和细胞特异性基因表达的变异性	特应性皮炎患者的皮肤样本与健康对照者的皮肤样本	数字病理学	特应性皮炎	单细胞RNA测序	NA	转录组	5名特应性皮炎患者（4个病变样本和5个非病变样本）和7名健康对照者
22223	2024-08-09	The Transcriptome of Hepatic Fibrosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2020-05, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.31155 PMID:32017148	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
22224	2024-08-09	CellCoal: Coalescent Simulation of Single-Cell Sequencing Samples 2020-05-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaa025 PMID:32027371	研究论文	本文介绍了CellCoal软件工具，用于单细胞测序基因型的合并模拟	CellCoal能够模拟具有不同人口统计历史的体细胞群体中单细胞样本的历史，并生成在多种突变模型、测序读取计数和基因型似然性下的单核苷酸变异	NA	研究单细胞层面的不同体细胞进化过程，并评估专门用于单细胞测序数据分析的生物信息学工具	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	合并模拟	基因型数据	NA
22225	2024-08-09	γδ T-cell Receptors Derived from Breast Cancer-Infiltrating T Lymphocytes Mediate Antitumor Reactivity 2020-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0513 PMID:32019779	研究论文	本文通过分子和功能分析，研究了直接接触乳腺癌肿瘤细胞的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞（γδ TIL）的T细胞受体（TCR），发现γδ TILs可以通过其独特的γδ TCR配对介导肿瘤反应性，并可能成为工程化免疫细胞用于过继细胞疗法的有价值工具。	本文通过单细胞测序重建匹配的Vδ2 TCRγ和TCRδ对，发现γδ TILs对乳腺癌和其他肿瘤类型具有活性，且这种反应性模式依赖于TCRγ和TCRδ链，而不依赖于通过其他先天免疫受体的额外共刺激。	NA	研究肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞的T细胞受体在乳腺癌中的分子和功能特性及其抗肿瘤反应性。	肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞及其T细胞受体在乳腺癌中的作用。	免疫学	乳腺癌	单细胞测序	NA	分子数据	来自乳腺癌病变组织的档案材料中的肿瘤浸润性γδ T淋巴细胞
22226	2024-08-09	Dissecting the spatial bone marrow microenvironment of hematopoietic stem cells 2020-03, Current opinion in oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1097/CCO.0000000000000605 PMID:32022758	研究论文	本文综述了利用先进成像技术和单细胞测序方法，对骨髓微环境中造血干细胞（HSCs）及其微环境细胞类型的精确识别和空间分布的研究进展	采用体积成像技术和单细胞RNA测序及质谱流式细胞术，以前所未有的分辨率解析骨髓微环境的复杂性	尽管研究广泛，但与HSCs物理关联的骨髓细胞群的确切身份仍存在争议	确定在稳态和应激状态下，与HSCs直接相邻的骨髓细胞类型，以揭示驱动HSC维持和再生的细胞和分子信号	骨髓微环境中的造血干细胞及其微环境细胞类型	数字病理学	NA	体积成像技术，单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	图像	NA
22227	2024-08-09	Determining sequencing depth in a single-cell RNA-seq experiment 2020-02-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14482-y PMID:32034137	研究论文	本文提出了一种数学框架，用于确定单细胞RNA测序实验中的最佳测序深度	提出了通过经验贝叶斯开发的优化估计器，而非广泛使用的插件估计器	NA	确定单细胞RNA测序实验中的最佳测序深度	单细胞RNA测序实验中的测序深度分配问题	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学框架	RNA序列数据	NA
22228	2024-08-09	Microglia Heterogeneity in the Single-Cell Era 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.010 PMID:32023447	综述	本文综述了单细胞技术时代下小胶质细胞的空间、时间和功能多样性	利用新型单细胞技术，如飞行时间质谱流式细胞术和单细胞RNA测序，揭示了小胶质细胞在不同环境下的依赖性异质性	NA	总结当前关于小胶质细胞在发育、稳态和疾病中的多样性的知识	小胶质细胞的空间、时间和功能多样性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
22229	2024-08-09	Cell Lineage Tracing Identifies Hormone-Regulated and Wnt-Responsive Vaginal Epithelial Stem Cells 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.003 PMID:32023462	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究阴道上皮细胞的多样性，并发现Axin2标记的基底细胞具有自我更新能力，对激素补充有响应，且Wnt/β-catenin信号通路对其增殖和分化至关重要	首次通过单细胞RNA测序定义了阴道上皮细胞的多样性，并鉴定出一种激素抵抗型的阴道上皮干细胞，这些细胞在激素补充下能扩展并重建整个阴道上皮	NA	研究阴道上皮细胞的维持机制及其对女性生殖健康的重要性	阴道上皮细胞及其干细胞特性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
22230	2024-08-09	Heterogeneity of Satellite Cells Implicates DELTA1/NOTCH2 Signaling in Self-Renewal 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.12.100 PMID:32023464	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和体内成像技术，研究了卫星细胞在肌肉再生过程中的自我更新和分化平衡机制	首次揭示了卫星细胞中Notch2受体表达的亚群，并证明了DLL1和NOTCH2信号对卫星细胞自我更新的必要性	NA	探究卫星细胞及其前体细胞如何在肌肉再生中平衡分化和自我更新	卫星细胞及其在肌肉再生中的作用	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个单细胞样本
22231	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomic Comparison of Human Fetal Retina, hPSC-Derived Retinal Organoids, and Long-Term Retinal Cultures 2020-02-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.007 PMID:32023475	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术比较了人类胎儿视网膜、人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官和长期视网膜培养物的发展	首次详细比较了胎儿视网膜、视网膜类器官和视网膜球在不同发育阶段的基因表达差异	研究主要集中在基因表达差异上，未涉及细胞功能和相互作用的深入分析	研究人类视网膜的发育过程，并为视网膜疾病的体外模型开发提供资源	人类胎儿视网膜、人诱导多能干细胞衍生的视网膜类器官和长期视网膜培养物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	基因表达数据	至少6个月的视网膜球培养物
22232	2024-08-09	Reproducibility of Methods to Detect Differentially Expressed Genes from Single-Cell RNA Sequencing 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.01331 PMID:32010190	研究论文	本研究评估了9种用于单细胞RNA测序数据差异表达基因检测工具的可重复性	本研究首次系统比较了专为单细胞RNA测序数据设计的工具与传统批量细胞RNA测序方法在单细胞数据上的表现	研究仅使用了三种真实数据集和一种模拟数据集进行比较，可能无法全面反映所有情况下的表现	评估不同方法在单细胞RNA测序数据中检测差异表达基因的可重复性	9种差异表达分析工具在单细胞RNA测序数据中的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三种真实数据集和一种模拟数据集
22233	2024-08-09	The quiescent fraction of chronic myeloid leukemic stem cells depends on BMPR1B, Stat3 and BMP4-niche signals to persist in patients in remission 2021-01-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2019.232793 PMID:32001529	研究论文	本文研究了BMP信号通路在慢性髓性白血病（CML）患者骨髓中残留白血病干细胞持续存在中的作用	首次揭示了BMPR1B+细胞在粘附于基质细胞时表现出静止状态，并且这种静止状态是由治疗诱导的	NA	探讨BMP信号通路在CML患者治疗后残留白血病干细胞持续存在中的作用	慢性髓性白血病患者的白血病干细胞	NA	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22234	2024-08-09	Single-cell alternative splicing analysis reveals dominance of single transcript variant 2020-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2020.01.014 PMID:31981701	研究论文	本文通过分析多个单细胞RNA测序数据集，揭示了单细胞中单一转录变体的主导现象	本文首次揭示了单细胞中单一转录变体的主导现象，并解释了细胞群体中转录变体多样性的主要来源	NA	研究单细胞中转录变体的表达模式	单细胞中的转录变体	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
22235	2024-08-09	Reconstructed Single-Cell Fate Trajectories Define Lineage Plasticity Windows during Differentiation of Human PSC-Derived Distal Lung Progenitors 2020-04-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.12.009 PMID:32004478	研究论文	本文通过体外培养人多能干细胞（PSCs）并使用时间序列单细胞RNA测序技术，研究了肺远端祖细胞分化为肺泡上皮2型细胞（AEC2s）的过程	开发了一种连续状态隐马尔可夫模型来识别诱导早期多能NKX2-1祖细胞失去肺命运的信号时间点和类型	NA	研究人多能干细胞衍生的肺远端祖细胞在分化过程中的细胞命运轨迹和分化窗口	肺泡上皮2型细胞（AEC2s）和人多能干细胞（PSCs）衍生的肺远端祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	隐马尔可夫模型	RNA序列	NA
22236	2024-08-09	Cellular and molecular basis of liver regeneration 2020-04, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2019.12.004 PMID:31980376	综述	本文综述了肝脏再生的细胞和分子基础的最新进展	结合谱系追踪和全基因组研究，使用单细胞RNA测序技术，深入理解肝脏再生的细胞和分子生物学机制	讨论了围绕肝脏再生的一些矛盾证据和争议	回顾肝脏再生协调的一般原则，并探讨相关的机制和信号	肝脏细胞及其在再生过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组、转录组和蛋白质组数据	NA
22237	2024-08-09	Macrophage subsets in atherosclerosis as defined by single-cell technologies 2020-04, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.5392 PMID:32003464	综述	本文综述了单细胞技术在定义动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群方面的最新进展	利用单细胞技术如时间飞行流式细胞术和单细胞RNA测序，全面绘制动脉粥样硬化斑块中各种细胞类型及其表型	NA	探讨单细胞技术在定义动脉粥样硬化中巨噬细胞亚群的应用	动脉粥样硬化中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	涉及小鼠和人类的动脉粥样硬化斑块
22238	2024-08-09	Cytokeratin 5 alters β-catenin dynamics in breast cancer cells 2020-03, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-020-1164-0 PMID:31988452	研究论文	研究探讨了细胞角蛋白5（CK5）在雌激素受体阳性乳腺癌细胞中对β-连环蛋白动态的影响	首次揭示了CK5与β-连环蛋白的相互作用及其对乳腺癌细胞的影响，并提出了阻断这种相互作用可能逆转CK5阳性乳腺癌细胞的有害特性	研究主要集中在细胞和动物模型上，尚未在临床试验中验证	探究CK5在乳腺癌干细胞中的调控作用及其与β-连环蛋白的相互作用	雌激素受体阳性乳腺癌细胞	数字病理学	乳腺癌	免疫沉淀-质谱法	NA	RNA测序	涉及多个乳腺癌细胞系和乳腺癌患者来源的异种移植模型
22239	2024-08-09	Epigenetic Heterogeneity and Mitotic Heritability Prime Endothelial Cell Gene Induction 2020-03-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.1900744 PMID:31996458	研究论文	本文研究了人类内皮细胞在TNF-α刺激后VCAM1表达的异质性，发现这种异质性与细胞内信号传导的随机性无关，而是由预先存在的、通过有丝分裂代代相传的启动子DNA甲基化异质状态引起的。	首次揭示了内皮细胞中可遗传的表观遗传异质性在炎症信号传导中的基本作用，并强调了这种异质性作为亚稳态表位的重要性。	NA	探讨成熟分化初级细胞类型对外界刺激反应异质性的潜在机制。	人类内皮细胞的VCAM1表达异质性及其表观遗传调控机制。	数字病理学	NA	DNA甲基化测序	NA	基因表达数据	NA
22240	2024-08-09	Lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation 2020-02-14, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aaw3381 PMID:31974159	研究论文	本文利用表达的DNA条形码在时间上克隆追踪转录组，研究了造血过程中的命运决定	本文识别了具有潜在命运状态的转录组连续景观，并揭示了单核细胞分化的两条路径，以及细胞内在命运偏差的存在	NA	研究细胞分化过程中分子差异与成熟细胞类型生成能力之间的关联	造血过程中的细胞命运决定	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未提及