单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22181	2024-08-09	Persistent features of intermittent transcription 2020-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-60094-3 PMID:32081955	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞RNA测序数据参数化方法，用于估计基因激活概率及其峰值转录率，并应用于成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数分析。	提出了一种新的参数化方法来估计基因激活概率和峰值转录率，这些参数不依赖于计数波动背后的机制。	研究结果可能受到实验过程中固有的技术噪声的影响。	探索基因表达异质性并分析不同组织中基因转录的持久特征。	单细胞RNA测序数据和成年小鼠不同组织的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年小鼠不同组织的单细胞mRNA计数
22182	2024-08-09	A deep adversarial variational autoencoder model for dimensionality reduction in single-cell RNA sequencing analysis 2020-Feb-21, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3401-5 PMID:32085701	研究论文	本文提出了一种基于对抗变分自编码器（DR-A）的单细胞RNA测序数据降维方法	DR-A利用了一种新颖的基于对抗变分自编码器的框架，适用于无监督学习任务，能够提供更准确的低维表示	NA	克服单细胞RNA测序数据高维度和大量丢失事件的挑战，实现有效的数据降维	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	对抗变分自编码器	RNA测序数据	NA
22183	2024-08-09	Defining the emergence of myeloid-derived suppressor cells in breast cancer using single-cell transcriptomics 2020-02-21, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aay6017 PMID:32086381	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术，通过比较携带乳腺肿瘤的小鼠与野生型小鼠的脾脏髓系细胞，确定了乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征	本研究揭示了MDSCs通过异常的中性粒细胞成熟轨迹在脾脏中出现，并赋予其免疫抑制细胞状态，同时确定了MDSCs特异的基因签名和表面标记CD84，以改进乳腺癌中MDSCs的检测和富集	NA	确定乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）的分子特征	乳腺癌相关髓源抑制细胞（MDSCs）及其与正常髓系细胞的差异	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	14,646个单细胞转录组
22184	2024-08-09	Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution 2020-02-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14777-0 PMID:32080185	研究论文	本研究利用单细胞转录组和表位分析，结合通路和谱系分析，从发育角度研究了小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程	提供了全面的细胞图谱，并描述了肿瘤特异性细胞的发育轨迹，强调了使用定义的遗传模型系统的力量	NA	理解肿瘤起始、进展和转移的基础	小鼠唾液腺鳞状细胞癌模型中的肿瘤发生过程	数字病理学	唾液腺鳞状细胞癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
22185	2024-08-09	Tracking intratumoral heterogeneity in glioblastoma via regularized classification of single-cell RNA-Seq data 2020-Feb-18, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3390-4 PMID:32070274	研究论文	本文提出了一种基于稀疏逻辑回归的分类方法，用于分析胶质母细胞瘤（GBM）的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，以识别区分不同细胞群体（肿瘤细胞和正常细胞）的基因特征	通过网络基础的twiner正则化方法，识别肿瘤核心和从肿瘤边缘起源的浸润性肿瘤细胞之间共享的基因签名，作为潜在的疾病生物标志物	NA	旨在识别区分胶质母细胞瘤克隆的基因，以及在不同胶质母细胞瘤肿瘤克隆（包括迁移细胞）中发挥相似作用的基因，从而为治疗研究提供潜在目标	胶质母细胞瘤（GBM）的细胞和分子异质性	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	稀疏逻辑回归	RNA测序数据	NA
22186	2024-08-09	Exploring and analysing single cell multi-omics data with VDJView 2020-02-18, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-020-0696-z PMID:32070336	研究论文	开发了一种名为VDJView的工具，用于同时分析和可视化单细胞多组学数据，包括基因表达、免疫受体和临床元数据	VDJView是一个易于使用的R shiny网络应用程序，集成了多种基因表达和TCR分析工具，能够处理来自板式分类或高通量单细胞平台的数据	NA	开发一种工具，使没有深厚生物信息学技能的研究人员能够分析免疫单细胞RNA测序数据，并加速假设测试、数据解释和细胞异质性的发现	单细胞RNA测序数据，包括基因表达、TCR序列、表面蛋白定量和抗原特异性	生物信息学	癌症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	分析了多个10X scRNA-seq数据集，包括150,000个CD8+ T细胞和563个单细胞（板式分类）来自11个受试者
22187	2024-08-09	Prospective isolation of chondroprogenitors from human iPSCs based on cell surface markers identified using a CRISPR-Cas9-generated reporter 2020-02-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-020-01597-8 PMID:32070421	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9技术编辑的COL2A1-GFP报告基因hiPSC细胞系，结合表面标记筛选，鉴定并分离出表达CD146、CD166和PDGFRβ的人诱导多能干细胞来源的软骨祖细胞，以提高软骨分化的纯度和效率。	本研究首次鉴定并分离出表达特定表面标记的hiPSC来源的软骨祖细胞，这些细胞具有高软骨形成潜力，为软骨组织工程或疾病模型研究提供了纯化的细胞来源。	NA	本研究旨在通过鉴定和利用细胞表面标记来纯化和提高人诱导多能干细胞软骨分化的效率和纯度。	人诱导多能干细胞（hiPSCs）及其软骨祖细胞。	再生医学	骨关节炎	CRISPR-Cas9技术，单细胞RNA测序	NA	细胞表面标记，RNA序列	本研究涉及的细胞群体中，表达CD146、CD166和PDGFRβ的软骨祖细胞占16.8%。
22188	2024-08-09	A Highly Conserved Circular RNA Is Required to Keep Neural Cells in a Progenitor State in the Mammalian Brain 2020-02-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.01.083 PMID:32075758	研究论文	研究了高度保守的环状RNA circSLC45A4在维持哺乳动物大脑神经前体细胞状态中的作用	首次揭示了circSLC45A4在维持神经前体细胞状态中的关键作用	NA	探讨circSLC45A4在神经前体细胞维持中的功能	人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的神经前体细胞	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	涉及人类神经母细胞瘤细胞系和小鼠大脑发育过程中的细胞
22189	2024-08-09	Kernel Differential Subgraph Analysis to Reveal the Key Period Affecting Glioblastoma 2020-02-17, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom10020318 PMID:32079293	研究论文	本文开发了一种探索核心差异子图（KDS）的标准（CKDS），并应用于模拟数据集和三个单细胞RNA测序数据集，以揭示影响胶质母细胞瘤发展的关键分化期。	提出了新的CKDS算法，考虑了KDS的连通性、规模、节点拓扑差异及基因功能相关性，并在模拟数据集上表现优于现有方法。	NA	探索胶质母细胞瘤的机制，并识别导致剧烈变化的核心差异子图（KDS）。	胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化过程。	生物信息学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CKDS算法	基因网络数据	三个单细胞RNA测序数据集，包括胶质母细胞瘤、胎儿人类皮质神经元和神经分化。
22190	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing in Human Retinal Degeneration Reveals Distinct Glial Cell Populations 2020-02-13, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9020438 PMID:32069977	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了一位70岁视网膜退化患者的视网膜组织，并与对照组进行比较，识别了不同的胶质细胞群。	首次在人类视网膜退化背景下，通过单细胞RNA测序技术揭示了胶质细胞的独特转录组特征。	研究样本量较小，仅基于一位患者的视网膜组织进行分析。	探讨视网膜退化疾病中胶质细胞的分子特征。	视网膜退化患者的视网膜组织及对照组的视网膜组织。	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5个样本（1个视网膜退化患者和4个对照患者）
22191	2024-08-09	Inferring TF activation order in time series scRNA-Seq studies 2020-02, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007644 PMID:32069291	研究论文	本文开发了一种名为CSHMM-TF的方法，该方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的概率建模和将转录因子（TFs）分配到模型中特定激活点的能力，以分析时间序列单细胞表达数据。	CSHMM-TF方法能够识别控制每条路径的TFs及其激活顺序，并改善了不利用TF-基因相互作用的先前方法。	NA	开发一种新的方法来分析时间序列单细胞表达数据，特别是利用转录因子和其目标信息。	时间序列单细胞RNA测序数据和转录因子在细胞过程中的激活顺序。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	连续状态隐马尔可夫模型（CSHMM）	基因表达数据	多个小鼠和人类数据集
22192	2024-08-09	Single-cell analysis of human adipose tissue identifies depot and disease specific cell types 2020-01, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0152-6 PMID:32066997	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了肥胖个体的内脏和皮下脂肪组织，揭示了脂肪库特异性细胞类型的差异	首次展示了人体脂肪组织中脂肪库特异性细胞类型的差异，并识别了与代谢疾病状态相关的代谢活跃的脂肪驻留免疫细胞亚群	NA	研究人体脂肪组织中脂肪库特异性细胞类型与代谢疾病风险之间的关系	肥胖个体的内脏和皮下脂肪组织	数字病理学	代谢疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自肥胖个体的脂肪组织样本
22193	2024-08-09	New Developments in Transcriptomic Analysis of Synovial Tissue 2020, Frontiers in medicine IF:3.1Q1 DOI:10.3389/fmed.2020.00021 PMID:32083090	研究论文	本文探讨了转录组技术在类风湿性关节炎患者关节组织病理变化研究中的应用	介绍了单细胞测序技术在理解细胞亚群多样性和功能方面的新进展，以及未来高分辨率空间转录组技术的发展前景	NA	研究转录组技术在类风湿性关节炎病理机制和潜在治疗靶点发现中的应用	类风湿性关节炎患者的关节组织	数字病理学	类风湿性关节炎	RNA测序	NA	转录组数据	NA
22194	2024-08-09	IDOL regulates systemic energy balance through control of neuronal VLDLR expression 2019-11, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0127-7 PMID:32072135	research paper	本文研究了IDOL通过调控神经元中VLDLR表达来调节系统性能量平衡的作用	首次揭示了IDOL在神经元中通过调控VLDLR表达影响能量平衡的新机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究IDOL在系统性能量代谢中的作用及其机制	IDOL、VLDLR及其在能量代谢中的作用	NA	diet-induced obesity	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	组织特异性敲除小鼠
22195	2024-08-09	Glial cell diversity and methamphetamine-induced neuroinflammation in human cerebral organoids 2021-04, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-020-0676-x PMID:32051547	研究论文	本研究使用人脑类器官和单细胞RNA测序技术，探讨了甲基苯丙胺（METH）对胎儿脑发育的影响	首次在单细胞分辨率下研究METH诱导的神经炎症，并识别了转录上不同的星形胶质细胞和少突胶质细胞亚群	NA	探究METH如何通过分子机制导致神经发育缺陷	人脑类器官中的胶质细胞多样性和METH诱导的神经炎症	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	分析了来自八个未处理和六个METH处理的人脑类器官的20,758个细胞
22196	2024-08-09	Single-Cell Genomic Characterization Reveals the Cellular Reprogramming of the Gastric Tumor Microenvironment 2020-06-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3231 PMID:32060101	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析胃癌及其配对正常组织和外周血单个核细胞，揭示了胃癌肿瘤微环境中细胞重编程的关键元素。	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析胃癌肿瘤微环境中的细胞重编程，揭示了细胞数量、转录状态和细胞间相互作用的变化。	NA	揭示胃癌肿瘤微环境中细胞重编程的关键元素，为理解肿瘤生物学和识别新的治疗靶点提供依据。	胃癌患者的肿瘤组织、配对正常组织和外周血单个核细胞。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	56,167个细胞，包括32,407个胃癌细胞、18,657个配对正常组织细胞和5,103个外周血单个核细胞。
22197	2024-08-09	ZIAQ: a quantile regression method for differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa098 PMID:32053182	研究论文	本文介绍了一种名为ZIAQ的分位数回归方法，用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析	ZIAQ算法是首个同时考虑了dropout率和复杂单细胞RNA测序数据分布的方法	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据差异表达分析的敏感性和特异性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	脑瘤	单细胞RNA测序	分位数回归	RNA测序数据	NA
22198	2024-08-09	Single cell RNA-seq reveals the landscape of tumor and infiltrating immune cells in nasopharyngeal carcinoma 2020-05-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2020.02.010 PMID:32061950	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了鼻咽癌肿瘤及其浸润免疫细胞的复杂景观	首次揭示了鼻咽癌肿瘤及其浸润免疫细胞的景观，并分析了肿瘤细胞和免疫细胞的异质性	NA	探讨鼻咽癌肿瘤清除机制及其对靶向和免疫治疗的影响	鼻咽癌肿瘤细胞及其浸润的免疫细胞	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	序列数据	三个鼻咽癌肿瘤组织
22199	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomes Reveal Diverse Regulatory Strategies for Olfactory Receptor Expression and Axon Targeting 2020-04-06, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2020.01.049 PMID:32059767	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了果蝇嗅觉受体神经元（ORNs）的转录调控机制，揭示了不同ORN类型在嗅觉受体表达和轴突导向中的多样性调控策略	首次通过单细胞RNA测序技术，识别了33个ORNs的转录组集群，并将其与解剖学和生理学定义的ORN类型相对应，揭示了ORNs在生理和连接性协调中的复杂调控网络	NA	探究神经元如何协调其生理功能和连接性的调控机制	果蝇嗅觉受体神经元（ORNs）	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	33个转录组集群的ORNs
22200	2024-08-09	Extensive Clonal Branching Shapes the Evolutionary History of High-Risk Pediatric Cancers 2020-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-3468 PMID:32041836	研究论文	本文通过全基因组拷贝数和全外显子突变分析，重建了56个儿童原发性肿瘤的进化历史，揭示了高风险儿童癌症中广泛克隆分支的进化模式。	首次详细探讨了儿童癌症中肿瘤细胞的达尔文进化，特别是通过单细胞测序证实了分支进化的普遍性，并比较了高风险与临床有利肿瘤的遗传多样性。	研究主要集中在特定类型的儿童癌症，可能无法完全代表所有儿童癌症的进化模式。	探讨儿童癌症中肿瘤细胞的进化历史和遗传变异模式。	56个儿童原发性肿瘤，包括神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和横纹肌肉瘤。	数字病理学	儿童癌症	全基因组拷贝数分析、全外显子突变分析、单细胞测序	NA	基因组数据	56个肿瘤样本，547个单个癌细胞