单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2201	2024-11-15	The Medaka approach to evolutionary social neuroscience 2024-Oct-30, Neuroscience research IF:2.4Q3 DOI:10.1016/j.neures.2024.10.005 PMID:39481546	综述	本文综述了利用青鳉鱼（Adrianichthyidae科，包括日本青鳉Oryzias latipes）进行进化社会神经科学研究的潜力和未来方向	介绍了单细胞转录组技术与'适应性电路普查'结合的创新工具，用于连接比较生物学方法和神经科学方法	NA	探讨利用青鳉鱼进行进化社会神经科学研究，揭示神经科学的基本原理和多样化的交配策略机制	青鳉鱼的社会认知能力和择偶行为，特别是视觉线索下的择偶偏好	神经科学	NA	单细胞转录组技术	NA	基因组信息	NA
2202	2024-11-15	Single Cell Isolation from Human Diabetic Fibrovascular Membranes for Single-Cell RNA Sequencing 2024-Oct-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.5096 PMID:39512888	研究论文	本文介绍了一种从增生性糖尿病视网膜病变患者手术切除的纤维血管膜中制备单细胞悬液的胶原酶I消化协议，并进行了单细胞RNA测序分析	本文提供了一种新的胶原酶I消化协议，用于从纤维血管膜中制备单细胞悬液，并进行了详细的单细胞RNA测序分析	该协议可能对某些细胞类型造成损伤，尤其是在消化纤维化组织时	研究在生理和病理条件下单细胞水平的基因表达变化	增生性糖尿病视网膜病变患者的纤维血管膜	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	从增生性糖尿病视网膜病变患者中提取的纤维血管膜样本
2203	2024-11-15	Novel insights into the heterogeneity of FOXP3 + Treg cells in drug-induced allergic reactions through single-cell transcriptomics 2024-Oct, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09509-1 PMID:39073709	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了FOXP3+调节性T细胞在药物诱导的过敏反应中的异质性及其在调节免疫反应中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了FOXP3+调节性T细胞在药物诱导的过敏反应中的转录组异质性，并发现FOXP3的过表达可以减轻过敏反应	研究主要基于小鼠模型，结果的临床应用需要进一步验证	探讨FOXP3+调节性T细胞在药物诱导的过敏反应中的异质性及其免疫调节作用	FOXP3+调节性T细胞及其在药物诱导的过敏反应中的作用	免疫学	过敏反应	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、CRISPR/Cas9基因编辑技术	NA	转录组数据	小鼠模型中的FOXP3+调节性T细胞
2204	2024-11-15	Integration of single-cell and bulk RNA sequencing revealed immune heterogeneity and its association with disease activity in rheumatoid arthritis patients 2024-Oct, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09513-5 PMID:39009881	研究论文	本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了类风湿性关节炎患者免疫异质性及其与疾病活动的关系	本文首次整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了特定免疫细胞群体与临床特征之间的关联，为评估局部免疫激活提供了快速准确的方法	NA	研究类风湿性关节炎患者免疫环境的整体特征及其与临床特征的关联	类风湿性关节炎患者的单核细胞、外周血和滑液中的免疫细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞转录组测序、T细胞受体测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	两个大型队列的批量RNA测序数据以及类风湿性关节炎患者的外周血和滑液中的单核细胞
2205	2024-11-15	The Expression of MAFB Gene in Circulating Monocytes Is Related to Chronic Inflammatory Status in T2DM Patients 2024-Oct, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02012-7 PMID:38602607	研究论文	研究探讨了MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态的关系	首次发现MAFB基因在T2DM患者循环单核细胞中的表达与慢性炎症状态相关，并具有一定的预测价值	研究仅基于bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，未涉及其他类型的实验验证	探讨T2DM患者循环免疫细胞中的炎症标志物，预测胰岛素抵抗和T2DM的发生	T2DM患者的循环单核细胞和外周血单核细胞	NA	糖尿病	bulk RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	T2DM患者的外周血单核细胞样本
2206	2024-11-15	T cell receptor clonotype in tumor microenvironment contributes to intratumoral signaling network in patients with colorectal cancer 2024-Oct, Immunologic research IF:3.3Q3 DOI:10.1007/s12026-024-09478-5 PMID:39112913	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析结直肠癌中的基因表达和免疫细胞组成	揭示了结直肠癌中T细胞受体克隆型的扩展与免疫激活之间的关系	样本量较小，仅分析了30对结直肠癌和匹配的正常组织	探讨结直肠癌中基因表达和免疫细胞组成的差异	结直肠癌和匹配的正常组织中的单细胞基因表达和T细胞受体序列	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	30对结直肠癌和匹配的正常组织
2207	2024-11-15	Single-cell RNA-sequencing reveals a profound immune cell response in human cytomegalovirus-infected humanized mice 2024-Oct, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2024.08.006 PMID:39153545	研究论文	研究了人类巨细胞病毒感染人源化小鼠后，单细胞RNA测序揭示的免疫细胞反应	利用单细胞RNA测序技术，首次在单细胞水平上研究了人类巨细胞病毒感染人源化小鼠后，外周血单核细胞的基因表达变化	研究仅限于人源化小鼠模型，可能无法完全反映人类感染的真实情况	探讨人类巨细胞病毒感染人源化小鼠后，宿主免疫反应的基因表达变化	人类巨细胞病毒感染的人源化小鼠及其外周血单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	人类巨细胞病毒感染的人源化小鼠的外周血单核细胞
2208	2024-11-15	Mcadet: A feature selection method for fine-resolution single-cell RNA-seq data based on multiple correspondence analysis and community detection 2024-Oct, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012560 PMID:39466833	研究论文	提出了一种名为Mcadet的新特征选择方法，用于高分辨率单细胞RNA测序数据	Mcadet结合了多重对应分析、基于图的社区检测和一种新的统计测试方法，显著提高了在高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据中选择高变异基因的性能	高变异基因选择对不同下游分析的影响需要进一步研究	解决现有特征选择方法在高分辨率单细胞RNA测序数据中的局限性	高分辨率单细胞RNA测序数据和少数细胞类型数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2209	2024-11-15	Tumour evolution and microenvironment interactions in 2D and 3D space 2024-Oct, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08087-4 PMID:39478210	研究论文	研究肿瘤细胞与非肿瘤细胞在2D和3D空间中的相互作用	通过Visium空间转录组学和单核RNA测序结合CODEX技术，定义了肿瘤微区域和空间亚克隆，并重建了3D肿瘤结构	样本量相对较小，且仅涵盖6种癌症类型	研究肿瘤细胞与微环境在2D和3D空间中的相互作用	131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本和22个CODEX样本	数字病理学	NA	Visium空间转录组学，单核RNA测序，CODEX	深度学习算法	转录组数据，图像数据	131个肿瘤切片，48个单核RNA测序样本，22个CODEX样本
2210	2024-09-22	Correction: Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure 2024-Sep-20, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-04172-8 PMID:39304827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2211	2024-11-15	Single-cell transcriptomics reveals writers of RNA modification-mediated immune microenvironment and cardiac resident Macro-MYL2 macrophages in heart failure 2024-08-16, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-04080-x PMID:39152369	研究论文	研究揭示了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留Macro-MYL2巨噬细胞	发现了RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的新作用，并鉴定了一种与肌生成相关的心脏驻留巨噬细胞Macro-MYL2	需要进一步实验验证RNA修饰编写者和Macro-MYL2巨噬细胞亚型在心脏免疫微环境中的调控作用	探讨RNA修饰编写者在心力衰竭免疫微环境中的作用及心脏驻留巨噬细胞的新亚型	心力衰竭患者的免疫细胞和RNA修饰编写者	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用了GSE145154和GSE141910数据集中的样本
2212	2024-11-15	IGF1 and CXCR4 Respectively Related With Inhibited M1 Macrophage Polarization in Keloids 2024-Aug-15, The Journal of craniofacial surgery IF:1.0Q3 DOI:10.1097/SCS.0000000000010479 PMID:39145631	研究论文	研究探讨了瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制机制，并发现了IGF1和CXCR4作为潜在的生物标志物	首次发现IGF1和CXCR4与瘢痕疙瘩中M1巨噬细胞极化的抑制有关，并提出了潜在的病理机制	研究样本量较小，仅包括3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织	探索瘢痕疙瘩的免疫异质性和新的生物标志物，以设计新的治疗和预防策略	瘢痕疙瘩组织及其邻近正常组织中的M1和M2巨噬细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序分析、批量数据差异基因表达分析、基因本体论（GO）分析、基因集富集分析（GSEA）、免疫浸润分析	NA	RNA	3名患者的瘢痕疙瘩组织和邻近正常组织
2213	2024-11-15	Coronavirus disease 2019-related myocarditis genes contribute to ECMO prognosis 2024-07-19, BMC cardiovascular disorders IF:2.0Q3 DOI:10.1186/s12872-024-04032-5 PMID:39026189	研究论文	研究COVID-19相关心肌炎基因对ECMO预后的影响	通过分析GSE150392和GSE93101数据集，识别出与心肌炎和ECMO预后相关的差异表达基因，并验证了这些基因在不同细胞类型中的表达	研究主要基于已有的基因表达数据集，缺乏临床样本的直接验证	探讨COVID-19相关心肌炎基因对ECMO治疗预后的影响	COVID-19相关心肌炎患者和ECMO治疗预后	NA	心血管疾病	差异表达基因分析、富集通路分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了GSE150392、GSE93101和GSE167028数据集以及单细胞测序数据
2214	2024-11-15	Spatiotemporal transcriptomic profiling and modeling of mouse brain at single-cell resolution reveals cell proximity effects of aging and rejuvenation 2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.16.603809 PMID:39071282	研究论文	研究通过单细胞分辨率的时空转录组学分析和建模，揭示了小鼠大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应	首次开发基于空间转录组学的机器学习模型（空间衰老时钟），揭示了大脑衰老和再生过程中的细胞邻近效应	研究主要集中在小鼠大脑，尚未在人类中验证这些发现	研究大脑衰老和再生过程中细胞邻近效应，开发新的计算工具来识别这些效应的介质	小鼠大脑的单细胞时空转录组数据，以及两种再生干预措施（运动和部分重编程）	数字病理学	NA	空间转录组学	深度学习模型	转录组数据	420万个细胞，来自20个不同年龄段和两种再生干预措施
2215	2024-11-15	Computational cell-cell interaction technologies drive mechanistic and biomarker discovery in the tumor microenvironment 2024-02, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2023.103048 PMID:38142648	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术研究肿瘤微环境中细胞间相互作用的最新进展	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术揭示肿瘤微环境中的细胞间相互作用，促进肿瘤-免疫界面关键细胞间相互作用的发现	对肿瘤微环境中细胞异质性和相互作用伙伴的了解仍不完整，阻碍了完全的药物反应	探讨肿瘤微环境中细胞间相互作用的研究进展，促进药物靶点和肿瘤生物标志物的发现	肿瘤微环境中的细胞间相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	转录组数据	NA
2216	2024-11-15	Exploring biomarkers of Alzheimer's disease based on multi-omics and Mendelian randomisation analysis 2024-Feb, Annals of human biology IF:1.2Q4 DOI:10.1080/03014460.2024.2415035 PMID:39508514	研究论文	本研究通过结合多组学和孟德尔随机化分析，探索阿尔茨海默病的生物标志物	本研究创新性地整合了PET、SNP和基因表达数据，并使用AdaSMCCA、rAdaSMCCA和unAdaSMCCA算法进行高级相关性分析，以识别与阿尔茨海默病相关的关键区域、风险SNP位点和风险基因	NA	识别有效的阿尔茨海默病诊断和治疗生物标志物	阿尔茨海默病患者的多组学数据	生物信息学	阿尔茨海默病	孟德尔随机化分析、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2217	2024-11-15	A distinct immune landscape in anti-synthetase syndrome profiled by a single-cell genomic study 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1436114 PMID:39512337	研究论文	本研究通过单细胞基因组学方法分析了抗合成酶综合征患者外周血单个核细胞的转录组特征及其免疫谱系	首次在单细胞水平上揭示了抗合成酶综合征患者免疫系统的独特特征，并发现了与健康对照和MDA5+ DM患者相比的显著差异	样本量较小，仅包括3名抗合成酶综合征患者和3名MDA5+ DM患者	研究抗合成酶综合征患者外周血单个核细胞的转录组特征及其免疫谱系	抗合成酶综合征患者的外周血单个核细胞	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	3名抗合成酶综合征患者、3名MDA5+ DM患者和4名健康对照
2218	2024-11-15	Deciphering the role of CCL4-CCR5 in coronary artery disease pathogenesis: insights from Mendelian randomization, bulk RNA sequencing, single-cell RNA, and clinical validation 2024, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.99518 PMID:39512689	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序和临床验证，探讨了CCL4-CCR5在冠状动脉疾病发病机制中的作用	首次通过多种技术手段综合分析CCL4及其受体CCR5在冠状动脉疾病中的因果关系和潜在机制	研究主要基于现有数据集和临床样本，未来需更多实验验证	分析CCL4及其受体CCR5在冠状动脉疾病中的作用机制	CCL4、CCR5及其在冠状动脉疾病中的表达和功能	数字病理学	心血管疾病	孟德尔随机化分析、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA	91种循环炎症蛋白、人类动脉粥样硬化斑块样本、CAD患者血清样本
2219	2024-11-15	CDKN1A as a target of senescence in heart failure: insights from a multiomics study 2024, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2024.1446300 PMID:39512814	研究论文	本研究通过多组学数据整合，探讨了心肌细胞衰老与心力衰竭之间的关系，并确定了CDKN1A作为潜在的治疗靶点	首次通过多组学数据揭示了CDKN1A在心肌细胞衰老和心力衰竭中的因果关系	研究主要基于现有数据库和数据集，缺乏体内实验验证	通过多组学数据确定心肌细胞衰老相关基因与心力衰竭的遗传关联	心肌细胞衰老相关基因及其在心力衰竭中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)、孟德尔随机化 (MR)、贝叶斯共定位分析	NA	基因表达数据、DNA甲基化数据、蛋白质表达数据	39个衰老相关基因 (SRGs) 在心肌细胞中的表达数据
2220	2024-11-15	Integrative analysis of single-cell and bulk multi-omics data to reveal subtype-specific characteristics and therapeutic strategies in clear cell renal cell carcinoma patients 2024, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.101451 PMID:39513109	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量多组学数据，揭示了透明细胞肾细胞癌患者的亚型特异性特征和治疗策略	本研究创新性地结合了单细胞RNA测序和批量数据，识别出两种异质性亚型，并分析了其分子特征、免疫治疗反应和药物敏感性差异	本研究主要基于已有的数据集进行分析，未来需要更多的临床验证和实验数据来进一步验证和优化结果	揭示透明细胞肾细胞癌患者的亚型特异性特征和治疗策略	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤亚型及其分子特征、免疫治疗反应和药物敏感性	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达、DNA甲基化和基因突变数据	NA