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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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22021 | 2024-08-09 |
MorphoSeq: Full Single-Cell Transcriptome Dynamics Up to Gastrulation in a Chordate
2020-05-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.055
PMID:32315617
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和光片成像数据重建了一个数字胚胎,捕捉到每个细胞在每个细胞分裂中的全基因组基因表达轨迹,直至在海鞘Phallusia mammillata中的原肠胚形成。 | 开发了一种计算框架,利用高覆盖率的单细胞RNA测序数据,无需先验知识即可将单个胚胎的细胞分类为细胞类型,并通过无偏倚的转录组数据分析映射每个细胞的物理位置和谱系历史。 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术全面解析细胞多样性和发育轨迹,同时描绘胚胎的空间组织和精确的细胞构成。 | 海鞘Phallusia mammillata的胚胎发育过程,直至原肠胚形成。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 18个谱系 |
22022 | 2024-08-09 |
Patch-Seq Links Single-Cell Transcriptomes to Human Islet Dysfunction in Diabetes
2020-05-05, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.04.005
PMID:32302527
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research paper | 本文通过结合单细胞RNA测序和电生理测量(patch-seq),研究了糖尿病患者胰岛细胞的功能异常与基因表达变化之间的关系 | 首次将单细胞RNA测序与电生理测量相结合,直接关联胰岛细胞的生理功能与转录组 | NA | 探讨糖尿病患者胰岛细胞功能障碍与基因表达变化的关系 | 糖尿病患者和非糖尿病患者的胰岛细胞 | digital pathology | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从34名人类捐赠者的胰腺中收集了1,369个patch-seq细胞 |
22023 | 2024-08-09 |
Publisher Correction: Single-cell RNA-seq analysis software providers scramble to offer solutions
2020-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0510-7
PMID:32296150
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correction | 该文章是对先前发表论文的修正 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
22024 | 2024-08-09 |
AntimiR-21 Prevents Myocardial Dysfunction in a Pig Model of Ischemia/Reperfusion Injury
2020-04-21, Journal of the American College of Cardiology
IF:21.7Q1
DOI:10.1016/j.jacc.2020.02.041
PMID:32299591
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研究论文 | 本研究测试了在猪心衰模型中通过局部导管输送antimiR-21的可行性和治疗效果,并评估其对心脏转录组特征和细胞组成的影响。 | 首次在大动物心衰模型中证明了miR-21抑制的可行性和治疗效果。 | NA | 测试在猪心衰模型中局部导管输送antimiR-21的可行性和治疗效果,并确定其对心脏转录组特征和细胞组成的影响。 | 猪心衰模型中的心脏功能和细胞组成。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 深度核糖核酸测序(RNA-seq) | NA | RNA-seq数据 | 实验涉及的猪样本数量未在摘要中明确提及。 |
22025 | 2024-08-09 |
Impacts of ciliary neurotrophic factor on the retinal transcriptome in a mouse model of photoreceptor degeneration
2020-04-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-63519-1
PMID:32313077
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研究论文 | 研究了睫状神经营养因子(CNTF)对视网膜转录组的影响,使用Rds/Prph2 (P216L)转基因小鼠模型进行高吞吐量RNA测序分析 | 揭示了CNTF在退化视网膜中的分子事件,并通过单细胞RNA测序数据识别了CNTF响应的细胞类型 | NA | 解析CNTF触发的分子事件在退化视网膜中的作用 | CNTF对视网膜转录组的影响 | 数字病理学 | 视网膜退化 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 使用Rds/Prph2 (P216L)转基因小鼠作为临床前模型 |
22026 | 2024-08-09 |
Dysfunction of Hair Follicle Mesenchymal Progenitors Contributes to Age-Associated Hair Loss
2020-04-20, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.03.019
PMID:32315612
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研究论文 | 本文研究了皮肤老化过程中毛囊间充质前体细胞功能障碍对年龄相关性脱发的影响 | 通过激光消融和命运图谱技术,展示了毛囊真皮干细胞(hfDSCs)重建受损的真皮乳头并维持头发生长的能力,揭示了hfDSCs功能障碍可能触发诱导微环境的退化 | NA | 探讨毛囊间充质前体细胞在年龄相关性脱发中的作用 | 毛囊真皮干细胞(hfDSCs)及其在皮肤老化中的功能 | NA | 脱发 | 激光消融、命运图谱、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 跨越24个月的hfDSCs样本,以及老年hfDSCs的体内克隆分析 |
22027 | 2024-08-09 |
Single-Cell Analyses Inform Mechanisms of Myeloid-Targeted Therapies in Colon Cancer
2020-04-16, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.03.048
PMID:32302573
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌患者的免疫和间质细胞,揭示了髓系靶向治疗在结直肠癌中的作用机制 | 首次详细分析了髓系细胞在肿瘤微环境中的相互作用及其对髓系靶向免疫治疗的响应 | NA | 探讨髓系靶向治疗在结直肠癌中的作用机制 | 结直肠癌患者的免疫和间质细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 人类和鼠类肿瘤样本 |
22028 | 2024-08-09 |
Automation of Spatial Transcriptomics library preparation to enable rapid and robust insights into spatial organization of tissues
2020-Apr-15, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6631-z
PMID:32293264
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研究论文 | 本文介绍了一种自动化空间转录组学文库制备方法,通过集成Agilent Bravo自动化液体处理平台,提高了样本处理数量,减少了制备时间,并减少了批次效应。 | 本文采用Agilent Bravo自动化液体处理平台,相较于之前的Magnatrix 8000+自动化协议,提高了样本处理效率,减少了制备时间,并显著降低了技术变异性。 | NA | 开发一种快速且稳健的空间转录组学文库制备方法,以促进对组织空间结构的研究。 | 空间转录组学文库制备过程的自动化 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
22029 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics identifies an effectorness gradient shaping the response of CD4+ T cells to cytokines
2020-04-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15543-y
PMID:32286271
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研究论文 | 本文通过定量蛋白质组学、批量RNA测序和单细胞RNA测序研究了超过40,000个人类幼稚和记忆CD4 T细胞对细胞因子的反应 | 首次揭示了记忆T细胞对细胞因子的反应特性,并展示了T细胞从幼稚到中心记忆和效应记忆细胞的转录连续体 | NA | 研究CD4 T细胞对细胞因子的反应及其在炎症中的作用 | 人类幼稚和记忆CD4 T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过40,000个人类幼稚和记忆CD4 T细胞 |
22030 | 2024-08-09 |
Publisher Correction: An optimized workflow for single-cell transcriptomics and repertoire profiling of purified lymphocytes from clinical samples
2020-Apr-14, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-62066-z
PMID:32286331
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
22031 | 2024-08-09 |
Repurposing Didanosine as a Potential Treatment for COVID-19 Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2020-Apr-14, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00297-20
PMID:32291351
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研究论文 | 本文开发了一种生物信息学管道,利用公开的单细胞RNA测序数据和药物扰动数据库LINCS,识别可重新用于治疗COVID-19的药物 | 开发了一种基于单细胞RNA测序数据和LINCS数据库的生物信息学管道,用于识别和优先排序可重新用于治疗COVID-19的药物 | NA | 识别和评估可重新用于治疗COVID-19的药物 | COVID-19治疗药物 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
22032 | 2024-08-09 |
Stromal Cells Covering Omental Fat-Associated Lymphoid Clusters Trigger Formation of Neutrophil Aggregates to Capture Peritoneal Contaminants
2020-04-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.03.011
PMID:32294409
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research paper | 本文研究了在腹膜炎期间腹膜污染物被捕获的机制 | 首次揭示了CXCL1间皮细胞覆盖在脂肪相关淋巴聚集体(FALCs)表面,并通过招募和聚集中性粒细胞来捕获腹膜污染物的作用 | NA | 探究腹膜炎期间腹膜污染物被捕获的机制 | 腹膜、脂肪相关淋巴聚集体(FALCs)、中性粒细胞 | NA | acute appendicitis | single-cell RNA sequencing, spatial analysis | NA | RNA sequencing data | 来自急性阑尾炎患者的腹膜样本 |
22033 | 2024-08-09 |
Advancing Cancer Research and Medicine with Single-Cell Genomics
2020-04-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2020.03.008
PMID:32289270
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的应用及其对肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移和治疗抵抗等方面的影响 | 单细胞测序技术的发展和完善降低了成本,提高了细胞通量和重复性,为临床应用铺平了道路 | 在实现转化应用之前,需要克服一系列物流和技术挑战 | 探讨单细胞测序技术在癌症研究和未来临床应用中的潜力 | 癌症研究中的肿瘤异质性、肿瘤微环境、转移和治疗抵抗等 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序(SCS) | NA | 细胞 | NA |
22034 | 2024-08-09 |
Deconstructing cerebellar development cell by cell
2020-04, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1008630
PMID:32298260
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综述 | 本文综述了小脑发育的细胞机制,特别是通过单细胞测序技术揭示神经前体细胞发育轨迹的最新发现 | 采用单细胞测序技术,以前所未有的分辨率阐明神经前体细胞的发育轨迹,并挑战了关于产后细胞身份稳定性的假设 | 目前的研究主要集中在细胞群的批量分析,这模糊了谱系关系并掩盖了支撑小脑细胞分类的细胞间基因表达差异 | 深入理解小脑中表型不同的细胞类型是如何从最初同质的细胞群中以空间和时间上协调的方式出现的 | 小脑的发育机制及其细胞多样性的生成 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠和人类的研究 |
22035 | 2024-08-09 |
Characterizing and inferring quantitative cell cycle phase in single-cell RNA-seq data analysis
2020-04, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.247759.118
PMID:32312741
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研究论文 | 本文通过结合荧光成像和单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,研究了人类诱导多能干细胞(iPSCs)的细胞周期阶段和基因表达水平,并开发了一种新的方法来量化细胞周期进程 | 本文提出的方法能够在一个连续体上量化细胞周期进程,而不仅仅是将细胞分配到离散的细胞周期阶段 | 使用更多的基因并未提高预测细胞周期位置的准确性 | 研究细胞周期对基因表达异质性的影响,并为未来的研究提供基础 | 人类诱导多能干细胞(iPSCs)的细胞周期阶段和基因表达水平 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
22036 | 2024-08-09 |
The role of bone marrow-derived cells in the origin of liver cancer revealed by single-cell sequencing
2020-02-15, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探讨了骨髓来源细胞在肝癌起源中的作用 | 首次通过单细胞测序证实骨髓来源细胞是肝细胞癌的一个重要起源 | NA | 探讨骨髓来源细胞在肝细胞癌起源中的可能作用 | 骨髓移植小鼠中的肝细胞癌 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 骨髓移植小鼠模型 |
22037 | 2024-08-09 |
The SARS-CoV-2 receptor ACE2 expression of maternal-fetal interface and fetal organs by single-cell transcriptome study
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0230295
PMID:32298273
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据分析了SARS-CoV-2受体ACE2在母胎界面及胎儿器官中的表达情况 | 首次揭示了ACE2在母胎界面和胎儿心脏、肝脏、肺等特定细胞类型中的广泛表达 | 研究主要基于现有单细胞RNA测序数据,未涉及直接的临床样本分析 | 探讨SARS-CoV-2在母胎界面及胎儿器官中的垂直传播潜力 | SARS-CoV-2受体ACE2在母胎界面及胎儿器官中的细胞特异性表达 | 数字病理学 | 新冠肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包含多个胎儿和新生小鼠肺的系列样本 |
22038 | 2024-08-09 |
Deciphering the transcriptomic landscape of tumor-infiltrating CD8 lymphocytes in B16 melanoma tumors with single-cell RNA-Seq
2020, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2020.1737369
PMID:32313720
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,分析了B16黑色素瘤肿瘤中浸润的CD8 T细胞的转录组图谱 | 揭示了四种不同的CD8 TIL状态(耗竭、记忆样、幼稚和效应记忆样),并预测了新的标记物,如Ly6C用于效应记忆样细胞 | NA | 研究肿瘤浸润CD8 T细胞的异质性,并建立其转录组图谱 | B16黑色素瘤肿瘤中浸润的CD8 T细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括已知肿瘤特异性的细胞在内的多个CD8 T细胞样本 |
22039 | 2024-08-09 |
Adverse effects of nicotine on cardiogenic differentiation from human embryonic stem cells detected by single-cell RNA sequencing
2020-06-04, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2020.03.149
PMID:32276728
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术探讨尼古丁对人类胚胎干细胞H9心肌分化的影响及其机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示尼古丁对人类胚胎心肌发育的直接影响 | 研究仅限于特定的细胞系H9,可能需要进一步验证其他细胞系中的结果 | 探究尼古丁对人类胚胎心肌生成的影响及相关机制 | 人类胚胎干细胞H9及其心肌分化过程 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定浓度尼古丁处理的H9细胞 |
22040 | 2024-08-09 |
Dynamic changes in the regulatory T-cell heterogeneity and function by murine IL-2 mutein
2020-05, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900520
PMID:32269069
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,探讨了小鼠IL-2突变体(IL-2M)对调节性T细胞(Tregs)异质性和功能的影响。 | 首次揭示了IL-2M特异性扩展具有不同表达谱的多种Tregs亚状态,并发现了具有优越抑制功能的IL-2M扩展Tnfrsf9Il1rl1 Tregs。 | NA | 研究IL-2M治疗对Tregs异质性和功能的影响,以评估其在治疗自身免疫和炎症性疾病中的潜力。 | 小鼠调节性T细胞(Tregs)及其在IL-2M处理后的变化。 | NA | 自身免疫和炎症性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31,908个Tregs样本 |