单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24304 篇文献，本页显示第 2181 - 2200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2181 | 2024-11-15 |
Spatially resolved analysis of pancreatic cancer identifies therapy-associated remodeling of the tumor microenvironment
2024-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01890-9
PMID:39227743
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研究论文 | 研究利用单细胞空间转录组学分析胰腺癌在化疗和放疗后的肿瘤微环境重塑 | 开发了空间约束的最优传输交互分析（SCOTIA）模型，结合空间距离和配体-受体基因表达，揭示了治疗后肿瘤微环境中细胞间交互的显著变化 | NA | 研究胰腺癌在化疗和放疗后肿瘤微环境的重塑及其对治疗反应的影响 | 胰腺癌的肿瘤微环境及其在治疗后的重塑 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞空间转录组学 | 最优传输模型 | 基因表达数据 | NA |
| 2182 | 2024-11-15 |
Cross-Species Insights into Trophoblast Invasion During Placentation Governed by Immune-Featured Trophoblast Cells
2024-Nov, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202407221
PMID:39234818
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研究论文 | 本文通过比较分析大鼠、小鼠和猪的单细胞RNA测序数据，揭示了胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制，并使用人类子痫前期疾病模型进行了验证 | 发现了具有免疫特征的滋养层细胞（iTrophoblast），这种细胞仅存在于侵袭性胎盘中，并调控滋养层细胞在胎盘形成过程中的侵袭 | NA | 揭示胎盘发育过程中滋养层细胞侵袭的调控机制 | 大鼠、小鼠、猪的胎盘以及人类子痫前期疾病模型 | NA | 妊娠相关疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞立体测序（scStereo-seq） | NA | 单细胞RNA数据 | 大鼠、小鼠和猪的胎盘样本以及人类子痫前期疾病模型 |
| 2183 | 2024-11-15 |
Unveiling osmoregulation and immunological adaptations in Eleutheronema tetradactylum gills through high-throughput single-cell transcriptome sequencing
2024-Nov, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2024.109878
PMID:39245186
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研究论文 | 通过高吞吐量单细胞转录组测序揭示Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应 | 首次使用高吞吐量单细胞RNA测序技术分析Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞异质性，并首次将离子细胞细分为四个亚群 | NA | 研究Eleutheronema tetradactylum鳃中的渗透调节和免疫适应机制 | Eleutheronema tetradactylum鳃中的细胞类型和基因信息 | 基因组学 | NA | 高吞吐量单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 加权基因共表达网络分析 (WGCNA) | 转录组数据 | Eleutheronema tetradactylum鳃中的16种不同细胞类型 |
| 2184 | 2024-11-15 |
Mesoscopic structure graphs for interpreting uncertainty in non-linear embeddings
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109105
PMID:39265479
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研究论文 | 本文提出了一种名为ManiGraph的节点链接可视化技术，用于解释非线性降维方法中的不确定性 | 通过构建动态介观结构图和测量区域适应的可信度，重新思考高维和低维空间之间的邻域保真度 | NA | 解决基于概率的非线性降维方法在计算过程中可能引入的失真误差和误导性可视化问题 | 非线性降维方法中的不确定性解释 | 机器学习 | NA | 非线性降维方法（如t-SNE和UMAP） | NA | 图像 | 包括3D玩具数据、fashion-MNIST、单细胞RNA测序数据和histopathology-MNIST |
| 2185 | 2024-11-15 |
Targeting the autoreactive CD8+ T-cell receptor in type 1 diabetes: Insights from scRNA-seq for immunotherapy
2024-Nov, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107433
PMID:39343113
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的机制作用及潜在治疗应用 | 首次揭示了CD8 T细胞在1型糖尿病小鼠胰腺组织中的主要作用，并发现基因TRAJ23在1型糖尿病中的偏好性及其敲除对NOD小鼠症状的缓解作用 | 研究仅基于NOD小鼠模型，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨自身反应性CD8+ T细胞受体在1型糖尿病中的作用机制及治疗潜力 | 1型糖尿病小鼠的CD8+ T细胞及其受体 | 免疫学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 非肥胖糖尿病（NOD）小鼠的T细胞数据 |
| 2186 | 2024-11-15 |
Pathogenic mechanisms, diagnostic, and therapeutic potential of microvesicles in diabetes and its complications
2024-Nov, Archives of biochemistry and biophysics
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.abb.2024.110168
PMID:39349130
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综述 | 本文综述了微泡在糖尿病及其并发症中的发病机制、诊断和治疗潜力 | 探讨了微泡作为糖尿病及其并发症的生物标志物和治疗工具的潜力 | 微泡的分离和表征、分子机制的理解以及临床验证仍存在挑战 | 分析微泡在糖尿病及其并发症中的作用，并探讨其作为诊断和治疗工具的潜力 | 微泡在糖尿病及其并发症中的作用 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序和蛋白质组学 | NA | NA | NA |
| 2187 | 2024-11-15 |
Quiescent cancer cells induced by high-density cultivation reveals cholesterol-mediated survival and lung metastatic traits
2024-Nov, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-024-02861-x
PMID:39390252
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研究论文 | 本文通过高密度培养诱导静止癌细胞模型，研究胆固醇介导的生存和肺转移特性 | 开发了一种通过高密度培养诱导的静止癌细胞模型，揭示了CDC25A在静止状态下的重要作用及其通过内体途径增强胆固醇代谢的机制 | 缺乏普遍接受的静止癌细胞模型限制了对静止癌细胞生存机制的理解 | 研究静止癌细胞在高密度培养条件下的生存机制及其在肺转移中的作用 | 静止癌细胞及其在高密度培养条件下的分子机制 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫沉淀-质谱（IP-MS）、代谢组学、胆固醇测定、PLA等分子实验 | NA | 单细胞RNA数据、代谢数据、机械力数据 | 涉及多种分子实验和动物模型 |
| 2188 | 2024-11-15 |
Base editing screens define the genetic landscape of cancer drug resistance mechanisms
2024-Nov, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01948-8
PMID:39424923
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研究论文 | 本文通过CRISPR碱基编辑突变筛选，在四种癌细胞系中识别了十种抗癌药物的耐药机制 | 本文首次通过前瞻性方法，利用CRISPR碱基编辑技术在癌细胞系中识别药物耐药的遗传机制，并揭示了这些变异如何通过不同机制影响药物敏感性 | 本文的研究主要集中在四种癌细胞系中，可能无法完全代表所有癌症类型的耐药机制 | 识别癌症药物耐药的遗传机制，并为患者分层、治疗组合和药物调度提供依据 | 十种抗癌药物在四种癌细胞系中的耐药机制 | 基因组学 | 癌症 | CRISPR碱基编辑 | NA | 基因变异数据 | 四种癌细胞系，共32,476个变异 |
| 2189 | 2024-11-15 |
Single-cell transcriptome profiles and E-64 inhibitor data reveal the essential role of cysteine proteases in the ontogeny of Ichthyophthirius multifiliis
2024-Nov, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2024.109979
PMID:39442737
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂数据揭示了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序和E-64抑制剂实验验证了胱氨酸蛋白酶在Ich病原体发育中的重要作用 | 研究主要集中在体外实验，缺乏体内实验验证 | 探究Ich病原体发育机制并寻找有效的预防方法 | Ich病原体Ichthyophthirius multifiliis的不同发育阶段 | 数字病理学 | 鱼类疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个发育阶段的Ichthyophthirius multifiliis样本 |
| 2190 | 2024-11-15 |
Bone-marrow macrophage-derived GPNMB protein binds to orphan receptor GPR39 and plays a critical role in cardiac repair
2024-Nov, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-024-00555-4
PMID:39455836
|
研究论文 | 研究揭示了骨髓巨噬细胞来源的GPNMB蛋白通过与孤儿受体GPR39结合，在心肌梗死后心脏修复中起关键作用 | 首次发现GPNMB在心肌梗死后心脏修复中的作用，并揭示了GPR39作为其受体的重要性 | NA | 探讨GPNMB在心肌梗死后心脏修复中的作用及其机制 | GPNMB蛋白及其受体GPR39在心肌梗死后心脏修复中的作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠心脏样本 |
| 2191 | 2024-11-15 |
Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae645
PMID:39460943
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网页应用，用于展示可折叠的层次结构 | Collapsible Tree能够在单个层次图中展示单细胞转录组学的细胞状态和基因表达数据，支持跨谱系和亚谱系的基因表达比较 | NA | 开发一种新的数据可视化工具，以更好地展示单细胞转录组学中的层次结构 | 单细胞转录组学的基因表达数据和细胞谱系结构 | 计算机视觉 | NA | t-SNE, UMAP | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2192 | 2024-11-15 |
Differential expression and co-expression reveal cell types relevant to genetic disorder phenotypes
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae646
PMID:39468724
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研究论文 | 本研究整合了非疾病样本的单细胞RNA测序数据与已知的遗传疾病基因和表型信息，预测了482种疾病表型相关的特定细胞类型 | 通过差异表达和共表达机制，揭示了文献中未记录的新关联，强调了细胞环境在疾病表现中的关键作用 | NA | 确定罕见遗传疾病中受遗传变异影响的特定细胞类型，以推进诊断和治疗 | 482种疾病表型相关的细胞类型 | 基因组学 | 遗传疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 非疾病样本 |
| 2193 | 2024-11-15 |
SOX10 mediates glioblastoma cell-state plasticity
2024-Nov, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s44319-024-00258-8
PMID:39285246
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研究论文 | 研究探讨了SOX10在胶质母细胞瘤细胞状态可塑性中的作用，并利用这一机制设计了新的治疗策略 | 首次揭示了SOX10抑制通过神经干细胞/发育样细胞状态转变促进胶质母细胞瘤进展的机制，并提出了基于单细胞表型可塑性分析的肿瘤治疗设计 | 研究主要基于动物模型和细胞系，需要进一步的临床验证 | 探讨SOX10在胶质母细胞瘤治疗失败中的作用，并设计新的治疗策略 | 胶质母细胞瘤细胞和神经干细胞样细胞状态 | NA | 脑癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 动物模型和细胞系 |
| 2194 | 2024-11-15 |
GEEES: inferring cell-specific gene-enhancer interactions from multi-modal single-cell data
2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae638
PMID:39468737
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研究论文 | 提出了一种名为GEEES的新方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | GEEES能够在单细胞水平上推断基因增强子相互作用，并显著提高了性能，特别是在考虑基因增强子距离的情况下 | 尽管GEEES在性能上有所提升，但整体改进幅度不大，且现有实验驱动的基准数据集的一致性有限，需要新的高通量实验来验证 | 开发一种新的计算方法，用于从多模态单细胞数据中推断细胞特异性的基因增强子相互作用 | 基因增强子相互作用 | 生物信息学 | NA | 多变量回归 | NA | 多模态单细胞数据 | 大量基准数据集 |
| 2195 | 2024-11-15 |
Cellular responses to neoadjuvant FOLFOX6-bevacizumab treatment in colorectal cancers analyzed by single-cell transcriptome analysis
2024-Nov, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2024.155681
PMID:39471526
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研究论文 | 研究了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 首次通过单细胞RNA测序分析了新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的具体变化 | 研究样本量较小，仅包括四名患者 | 探讨新辅助FOLFOX6联合贝伐珠单抗治疗对结直肠癌肿瘤微环境中细胞亚群的影响 | 结直肠癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四名结直肠癌患者 |
| 2196 | 2024-11-15 |
Proximogram-A multi-omics network-based framework to capture tissue heterogeneity integrating single-cell omics and spatial profiling
2024-Nov, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2024.109082
PMID:39255657
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研究论文 | 本文提出了一种基于多组学网络的框架Proximogram，用于整合单细胞组学和空间分析数据，以捕捉组织异质性 | Proximogram通过图表示法整合了独立获得的组学和空间数据，提高了分类效果 | NA | 开发一种可定制和可扩展的方法，以整合多模态生物数据，提高疾病分类的准确性 | 胰腺疾病的正常组织、慢性胰腺炎和胰腺导管腺癌 | 数字病理学 | 胰腺疾病 | 单细胞RNA测序、多重免疫荧光成像 | 图深度学习模型 | 图像、基因表达数据 | 来自两个胰腺疾病患者的样本 |
| 2197 | 2024-11-15 |
Spatial transcriptome analysis reveals de novo regeneration of poplar roots
2024-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhae237
PMID:39512783
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索杨树根部的再生过程 | 通过空间转录组学技术揭示了杨树根部再生的详细发育轨迹，并发现了细胞分化和基因表达的复杂模式 | NA | 探索杨树根部再生的分子机制，并提供改进植物繁殖技术的见解 | 杨树根部的再生过程 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2198 | 2024-11-15 |
Single-cell and spatial transcriptomics: Discovery of human placental development and disease
2024-Nov, FASEB bioAdvances
IF:2.5Q3
DOI:10.1096/fba.2024-00133
PMID:39512838
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在揭示人类胎盘发育和疾病中的应用 | 利用单细胞和空间转录组学技术展示了胎盘细胞的异质性和空间分子定位 | 讨论了当前技术的弱点和未来发展方向 | 探讨单细胞和空间转录组学技术在人类胎盘发育和疾病研究中的应用 | 人类胎盘及其相关疾病，如子痫前期、妊娠糖尿病、高龄产妇、复发性流产和胎盘植入综合征 | 单细胞组学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2199 | 2024-11-15 |
Identifying Reproducible Transcription Regulator Coexpression Patterns with Single Cell Transcriptomics
2024-Oct-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.15.580581
PMID:38559016
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研究论文 | 本研究利用大量单细胞RNA测序数据，识别与人类和小鼠转录调控因子表达最协调的基因伙伴 | 通过构建单细胞共表达网络，研究了转录调控因子共表达模式在不同生物背景下的可重复性 | 研究主要关注跨细胞类型的共表达模式的可重复性，未深入探讨特定背景信号的保留 | 理解转录调控因子共表达模式在广泛生物背景下的稳定性 | 人类和小鼠的转录调控因子及其基因伙伴的共表达模式 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 120个人类和103个小鼠单细胞RNA测序数据集，超过2800万细胞 |
| 2200 | 2024-11-15 |
Method of moments framework for differential expression analysis of single-cell RNA sequencing data
2024-Oct-31, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.044
PMID:39454576
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研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞RNA测序数据差异表达分析的方法Memento | Memento能够稳健且高效地进行差异分析，包括均值表达、变异性和基因相关性，并可扩展到数百万个细胞和数千个样本 | NA | 开发一种能够区分生物和技术来源的细胞间变异性的工具，并评估细胞组间定量比较的统计显著性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括70,000个气管上皮细胞、160,000个CRISPR-Cas9扰动的T细胞、120万个外周血单核细胞和5000万个细胞的CELLxGENE Discover语料库 |