单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2024-12-19	Probe set selection for targeted spatial transcriptomics 2024-Dec, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02496-z PMID:39558096	研究论文	本文介绍了一种名为Spapros的端到端探针集选择管道，用于优化基因集的特异性和细胞内表达变异，以解析空间上不同的细胞群体	Spapros能够优化基因集的特异性和细胞内表达变异，从而在细胞类型识别和表达变异恢复方面优于其他选择方法	NA	开发一种新的方法来选择用于空间转录组学的最佳探针集，以捕捉组织中的空间信号	探针集选择方法及其在空间转录组学中的应用	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	成年肺组织样本
202	2024-12-19	Meta-analysis of single-cell RNA sequencing co-expression in human neural organoids reveals their high variability in recapitulating primary tissue 2024-Dec, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002912 PMID:39621752	meta-analysis	本文通过单细胞RNA测序数据的meta分析，研究了人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的变异性和复现性	提出了一个保留共表达框架，为不同神经类器官提供细胞类型特异性的保真度测量，有助于揭示异质性神经类器官实验中的统一变异轴	未明确指出具体的局限性	研究人类神经类器官在重现胎儿/初级组织生物学方面的精确性	人类初级脑组织和神经类器官的单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	初级脑组织包含295万细胞，51个数据集；神经类器官包含159万细胞，173个数据集
203	2024-12-11	Improved tool for scRNA-seq analysis 2024-Dec, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02040-x PMID:39653731	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
204	2024-12-19	Single-Cell RNA Sequencing Uncovers Pathological Processes and Crucial Targets for Vascular Endothelial Injury in Diabetic Hearts 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405543 PMID:39475009	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了糖尿病心脏中血管内皮损伤的病理过程和关键靶点	首次通过单细胞测序技术揭示了糖尿病心脏中血管内皮细胞损伤的异质性和关键转录因子Ets1的保护作用	研究仅在db/db糖尿病小鼠模型中进行，结果的普适性有待进一步验证	揭示糖尿病心脏中血管内皮损伤的机制及其异质性	糖尿病心脏中的血管内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	db/db糖尿病小鼠心脏组织样本
205	2024-12-19	AIP1 Regulates Ocular Angiogenesis Via NLRP12-ASC-Caspase-8 Inflammasome-Mediated Endothelial Pyroptosis 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202405834 PMID:39527457	研究论文	本研究揭示了AIP1通过NLRP12-ASC-Caspase-8炎症小体介导的血管内皮细胞焦亡调控病理性眼血管生成的机制	首次发现AIP1通过抑制NLRP12-ASC-Caspase-8炎症小体介导的血管内皮细胞焦亡来抑制病理性眼血管生成	研究仅在氧诱导的视网膜病变模型中进行，需进一步验证在其他眼血管疾病中的适用性	探讨炎症在病理性眼血管生成中的调控机制	血管内皮细胞和病理性眼血管生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
206	2024-12-19	Spatiotemporal Molecular Architecture of Lineage Allocation and Cellular Organization in Tooth Morphogenesis 2024-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202403627 PMID:39535354	研究论文	本文描述了牙齿形态发生中谱系分配和细胞组织的时空分子结构，通过整合空间转录组和单细胞RNA测序构建了高分辨率的基因组范围分子模式	发现了牙乳头类似发芽的图案模式，揭示了牙结节在时间和空间上的连续分化层次，建立了指导牙齿形态发生的调控网络，并成功追踪了导致牙齿发育不良的基因到特定的时间点和细胞类型	NA	研究牙齿形态发生中的时空组织	牙齿形态发生中的谱系分配和细胞组织	NA	NA	空间转录组和单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
207	2024-12-19	Cytokine expression and cytokine-mediated cell-cell communication during skeletal muscle regeneration revealed by integrative analysis of single-cell RNA sequencing data 2024-Dec, Journal of cell communication and signaling IF:3.6Q3 DOI:10.1002/ccs3.12055 PMID:39691872	研究论文	本文通过整合分析单细胞RNA测序数据，揭示了骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其介导的细胞间通讯	首次全面分析了骨骼肌再生过程中不同细胞类型对细胞因子的广泛和动态表达，并揭示了再生过程中双向的细胞间通讯	研究仅限于小鼠模型，且依赖于公开的单细胞RNA测序数据	揭示骨骼肌再生过程中细胞因子的表达及其在细胞间通讯中的作用	小鼠骨骼肌再生过程中的细胞因子表达和细胞间通讯	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	15个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖小鼠骨骼肌在再生早期的时间点（损伤后0、2、5和7天）
208	2024-12-19	A composite scaling network of EfficientNet for improving spatial domain identification performance 2024-11-25, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07286-z PMID:39587274	研究论文	本研究提出了一种基于EfficientNet复合缩放网络的EfNST方法，用于提高空间转录组学中空间域识别的性能	EfNST方法利用EfficientNet学习多尺度图像特征，相比其他算法在多个数据集上表现出更高的精度和更强的数据扩展性和操作效率	NA	提高空间转录组学中空间域识别的精确性	空间转录组学中的图像数据和基因表达数据	计算机视觉	NA	EfficientNet	EfficientNet	图像	六个数据集来自三个测序平台
209	2024-12-19	Single-Cell Analysis: A Method for In-Depth Phenotyping of Cells Involved in Asthma 2024-Nov-25, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252312633 PMID:39684345	研究论文	本文探讨了单细胞分析技术在哮喘相关细胞表型研究中的应用	利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）深入研究哮喘的病理机制，并发现了多种新的免疫细胞亚型和集群	仍存在一些局限性，需要在未来研究中进一步完善	深入了解哮喘的病理机制及其相关免疫细胞的功能	哮喘相关的免疫细胞，包括树突状细胞、嗜酸性粒细胞、固有淋巴细胞、淋巴细胞、肥大细胞和中性粒细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
210	2024-12-19	A novel computational model ITHCS for enhanced prognostic risk stratification in ESCC by correcting for intratumor heterogeneity 2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae631 PMID:39690882	研究论文	本文开发了一种名为ITHCS的计算模型，通过校正肿瘤内异质性来提高食管鳞状细胞癌（ESCC）的预后风险分层准确性	本文的创新点在于结合多区域bulk和单细胞RNA测序数据，识别出在不同肿瘤区域表达模式一致但在患者间差异显著的基因，并利用多种机器学习算法进行特征选择和模型构建，显著提高了预后模型的准确性和泛化能力	NA	提高食管鳞状细胞癌（ESCC）预后风险分层的准确性	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的预后风险	数字病理学	食管癌	RNA测序	机器学习算法	基因表达数据	NA
211	2024-12-19	Matrisomics: Beyond the extracellular matrix for unveiling tumor microenvironment 2024-Nov, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189178 PMID:39241895	研究论文	本文探讨了肿瘤微环境中基质组（matrisome）的多样性模式，并分析了其在癌症进展中的作用	本文整合了多种组学方法（如表观基因组学、基因组学、转录组学和蛋白质组学）以及新兴的测序技术（如单细胞RNA测序和空间转录组学），揭示了基质组基因在不同癌症类型中的表达模式	本文尚未完全阐明基质组基因的具体机制及其在临床应用中的作用	揭示基质组在肿瘤微环境中的作用及其在癌症治疗中的临床意义	基质组基因在不同癌症类型中的表达模式及其在癌症进展中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
212	2024-12-19	Catalytic activity of Setd2 is essential for embryonic development in mice: establishment of a mouse model harboring patient-derived Setd2 mutation 2024-Oct, Frontiers of medicine IF:3.9Q2 DOI:10.1007/s11684-024-1095-1 PMID:39115793	研究论文	本文研究了Setd2的催化活性对小鼠胚胎发育的重要性，并建立了一个携带患者来源Setd2突变的小鼠模型	首次建立了携带患者来源催化失活Setd2突变的小鼠模型，揭示了Setd2催化活性对小鼠胚胎发育的必要性	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类疾病的具体机制	探讨Setd2催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	Setd2基因及其催化活性在小鼠胚胎发育中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Setd2和Setd2-CD小鼠模型
213	2024-12-19	A graph self-supervised residual learning framework for domain identification and data integration of spatial transcriptomics 2024-09-12, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06814-1 PMID:39266614	研究论文	本文提出了一种基于图神经网络和边际差异差异理论的图自监督残差学习框架ResST，用于空间转录组数据的域识别和数据整合	ResST通过整合基因表达、生物效应、空间位置和形态信息，捕捉细胞与其周围细胞之间的非线性关系，用于空间域识别，并基于MDD理论整合多个ST数据集以校正批次效应	NA	开发一种新的方法来准确识别空间转录组数据中的空间一致性域，并有效整合多样本数据	空间转录组数据中的基因表达模式和组织微环境	数字病理学	NA	图神经网络	图神经网络	基因表达数据	10个使用不同技术获取的空间转录组数据集
214	2024-12-19	SpatialCTD: A Large-Scale Tumor Microenvironment Spatial Transcriptomic Dataset to Evaluate Cell Type Deconvolution for Immuno-Oncology 2024-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2024.0532 PMID:39117342	研究论文	本文介绍了一个大规模的肿瘤微环境空间转录组数据集SpatialCTD，用于评估免疫肿瘤学中的细胞类型反卷积方法	提出了一个大规模的SpatialCTD数据集，涵盖了人类肿瘤微环境中的1.8百万个细胞和12,900个伪斑点，并提出了一种基于图神经网络的反卷积方法GNNDeconvolver	现有的细胞类型反卷积基准数据集主要是基于模拟或规模有限，且主要涵盖小鼠数据，不适用于人类免疫肿瘤学	克服现有数据集的局限性，促进对人类免疫肿瘤学中细胞类型反卷积的全面研究	人类肿瘤微环境中的细胞类型反卷积	数字病理学	NA	空间转录组学	图神经网络	转录组数据	1.8百万个细胞和12,900个伪斑点
215	2024-12-19	A single-cell transcriptomic landscape of cadmium-hindered brain development in mice 2024-08-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06685-6 PMID:39147853	研究论文	本文研究了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响，通过单细胞RNA测序揭示了不同细胞亚群对镉暴露的反应	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的多层次影响，包括细胞亚群的变化和神经行为的改变	研究仅限于小鼠模型，且仅探讨了低剂量镉暴露的影响，可能无法完全反映人类情况	探讨镉暴露对小鼠胚胎大脑发育的影响及其机制	小鼠胚胎大脑中的不同细胞亚群及其对镉暴露的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	怀孕小鼠及其胚胎大脑样本
216	2024-12-19	High-mobility group box 1 fragment ameliorates chronic pancreatitis induced by caerulein in mice 2024-08, Journal of gastroenterology IF:6.9Q1 DOI:10.1007/s00535-024-02112-z PMID:38727823	研究论文	研究探讨了高迁移率族蛋白1片段（HMGB1）在治疗小鼠胆囊素诱导的慢性胰腺炎（CP）中的潜在疗效	首次研究了HMGB1片段通过系统给药在CP小鼠模型中的治疗效果，并验证了其通过动员间充质干细胞（MSCs）减轻胰腺纤维化的潜力	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证其疗效	探讨HMGB1片段在治疗慢性胰腺炎中的潜在疗效	胆囊素诱导的慢性胰腺炎小鼠模型	NA	慢性胰腺炎	免疫组织化学、实时PCR、血清分析、单细胞转录组分析	NA	组织、血清、基因表达	小鼠模型
217	2024-12-19	A point cloud segmentation framework for image-based spatial transcriptomics 2024-07-06, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06480-3 PMID:38971915	研究论文	本文介绍了一种基于图像的空间转录组学的点云分割框架ComSeg，用于在复杂组织中进行单细胞RNA定位和细胞类型识别	ComSeg算法直接在单个RNA位置上操作，无需对细胞形状进行隐式或显式先验假设，适用于具有任意细胞形状的复杂组织	NA	解决在缺乏高质量膜标记的情况下，组织数据中准确细胞分割的挑战	单细胞RNA定位和细胞类型识别	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	图像	模拟和实验数据集
218	2024-12-19	A single-cell sequence analysis of mouse subcutaneous white adipose tissue reveals dynamic changes during weaning 2024-06-29, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06448-3 PMID:38951550	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和其他分子及组织学检测方法，全面比较了小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	首次详细描述了断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织中前脂肪细胞的发育轨迹，并揭示了具有米色潜能的前脂肪细胞的转化过程，同时发现了断奶期特有的免疫细胞及其对前脂肪细胞的潜在调控作用	研究仅限于小鼠皮下白色脂肪组织，且样本量较小，可能无法完全代表所有脂肪组织的发育变化	探讨断奶期间小鼠皮下白色脂肪组织的发育重塑过程及其潜在调控机制	小鼠皮下白色脂肪组织在出生后7天到断奶后7天的动态变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠皮下白色脂肪组织样本
219	2024-12-19	Single-cell transcriptional profiling of clear cell renal cell carcinoma reveals a tumor-associated endothelial tip cell phenotype 2024-06-28, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06478-x PMID:38942917	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，揭示了肿瘤相关内皮尖端细胞表型	发现了与上皮-间质转化相关的未被描述的血管亚群，并揭示了肿瘤血管与基质细胞在肿瘤微环境中对免疫细胞的抑制性相互作用	研究主要集中在单细胞RNA测序数据的分析，未涉及实验验证	探讨透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境特征及其与疾病进展和治疗反应的关系	透明细胞肾细胞癌的肿瘤微环境，包括血管和免疫细胞的相互作用	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	50,236个来自配对肿瘤和健康邻近肾组织的转录组
220	2024-12-19	Regulation of endocrine cell alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing in type 2 diabetes pathogenesis 2024-06-27, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06475-0 PMID:38937540	研究论文	本研究通过重新分析已存档的全长单细胞RNA测序数据，探讨了在非糖尿病（ND）和2型糖尿病（T2D）个体中，人类胰腺内分泌细胞类型的可变剪接（AS）调控机制	首次揭示了在糖尿病进展过程中，胰腺胰岛细胞的可变剪接对β细胞功能障碍的影响，并提出了通过调控可变剪接来调节β细胞功能的机制	研究依赖于已存档的数据，可能无法涵盖所有可能的变异和情况	探讨在2型糖尿病病理过程中，胰腺内分泌细胞的可变剪接调控机制	人类胰腺内分泌细胞在非糖尿病和2型糖尿病个体中的可变剪接调控	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	非糖尿病和2型糖尿病个体的胰腺内分泌细胞