单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
201	2025-09-03	Methyl-CpG-binding domain as a protein interaction partner in promoter regulation and neurodevelopment through evolutionary expanded entanglement 2025-Sep-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00749.2024 PMID:40712661	研究论文	探讨甲基结合域（MBD）作为蛋白质相互作用基序在启动子调控和神经发育中的进化保守作用	揭示了MBD独立于甲基化DNA结合的蛋白质相互作用功能及其在脊椎动物中的进化扩展	NA	解析MBD结构域在基因调控和神经发育中的进化保守机制	植物、无脊椎动物和脊椎动物的MBD蛋白及NuRD复合物	表观遗传学	智力障碍综合征	ChIP-Seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组学数据	超过1.15亿个单细胞RNA-seq数据及数千个批量组织样本
202	2025-09-03	Global Pangenome Analysis Highlights the Critical Role of Structural Variants in Cattle Improvement and Identifies a Unique Event as a Novel Enhancer in IGFBP7+ Cells 2025-Sep-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msaf205 PMID:40828965	研究论文	基于泛基因组图平台分析全球牛群中结构变异（SVs）和单核苷酸多态性（SNPs）对种群结构和表型形成的影响	揭示约40.14%的SVs未被附近SNPs标记，这些“孤儿”SVs可能代表新的遗传信号，并发现一个特异性SV作为IGFBP7+细胞中的新型增强子调控脂肪沉积	NA	探究结构变异在牛遗传改良和适应性进化中的关键作用	全球82个品种的2,409头牛	基因组学	NA	泛基因组图分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	2,409头牛（涵盖82个品种）
203	2025-09-03	Expression profile of the ADHD risk gene ADGRL3 during human neurodevelopment and the effects of genetic variation 2025-Sep, The world journal of biological psychiatry : the official journal of the World Federation of Societies of Biological Psychiatry DOI:10.1080/15622975.2025.2520518 PMID:40552428	研究论文	本研究探讨了ADHD风险基因ADGRL3在人类神经发育过程中的表达模式及其遗传变异的影响	首次在人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元中研究ADGRL3功能，发现该基因在神经发育早期表达高峰并定位生长锥结构	研究限于体外细胞模型，未涉及完整生物体环境	阐明ADGRL3基因在神经发育中的作用及其与ADHD发病机制的关联	人类诱导多能干细胞衍生的皮质神经元	神经发育生物学	注意缺陷多动障碍（ADHD）	hiPSC技术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
204	2025-09-03	Mast Cells Drive Ferroptosis in Gastric Tumors as Key Players in the Tumor Immune Microenvironment 2025-Sep, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1177/15578100251366980 PMID:40831393	研究论文	本研究通过整合转录组分析揭示肥大细胞在胃癌肿瘤微环境中通过旁分泌信号促进铁死亡的新机制	首次发现肥大细胞作为肿瘤免疫微环境中的关键调控者，通过旁分泌信号（如annexin和cyclophilin A）促进铁死亡	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证机制细节和临床转化潜力	探究铁死亡与特定免疫细胞类型（尤其是肥大细胞）在胃癌中的功能联系	胃癌组织样本和细胞共培养体系	肿瘤免疫学	胃癌	RNA-seq（包括bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq），单样本基因集富集分析	NA	转录组数据	TCGA-STAD数据集412例，GSE66229数据集300例，GSE223179共培养数据
205	2025-09-03	Mitochondrial One-Carbon Metabolism Drives CD34-Lineage Cells to Differentiate Into T Follicular Helper Cells to Form Tertiary Lymphoid Organs in Transplant Arteriosclerosis 2025-Aug-26, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.125.073691 PMID:40552421	研究论文	本研究揭示线粒体一碳代谢通过驱动CD34谱系细胞分化为滤泡辅助T细胞，促进移植动脉粥样硬化中三级淋巴器官的形成	首次发现CD34谱系细胞是移植动脉中T细胞分化的主要来源，并证实线粒体一碳代谢关键酶MTHFD2调控Tfh细胞分化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究移植动脉粥样硬化中T滤泡辅助细胞的起源和调控机制	小鼠模型中的CD34谱系细胞和T滤泡辅助细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色、超高效液相色谱-高分辨质谱代谢组学	基因敲除小鼠模型	基因组数据、代谢组数据、细胞图像数据	移植后2周和4周的小鼠动脉组织样本
206	2025-09-03	Perturb-Multimodal: A platform for pooled genetic screens with imaging and sequencing in intact mammalian tissue 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.022 PMID:40513557	研究论文	开发了一种结合成像和测序的平台Perturb-Multi，用于在完整哺乳动物组织中进行大规模多模态基因型-表型图谱构建	首次实现原位组织中的 pooled 遗传扰动与多模态（成像+测序）表型分析的整合	NA	解析体内遗传调控对细胞和组织表型的影响机制	小鼠肝脏组织中的数百种遗传扰动	计算生物学	肝脏疾病	成像技术、单细胞测序、全转录组分析	NA	图像、基因表达数据	数百种遗传扰动的小鼠肝脏细胞
207	2025-09-03	Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling 2025-Aug-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031 PMID:40541184	研究论文	本研究揭示中脑胆碱能神经元活动通过毒蕈碱信号通路促进弥漫性中线胶质瘤生长	首次发现脑干胆碱能神经元通过特定神经环路调控DMG增殖，并证实M1/M3受体在其中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的调控机制	弥漫性中线胶质瘤（DMG）细胞、少突胶质前体细胞（OPCs）、小鼠模型	神经肿瘤学	脑胶质瘤	光遗传学刺激、单细胞RNA测序、药理学阻断	动物模型（小鼠）、细胞共培养模型	基因表达数据、细胞增殖数据、电生理数据	原发性DMG样本（具体数量未明确说明）、DMG荷瘤小鼠模型
208	2025-09-03	Single-cell epigenomic and transcriptomic analysis unveils the pivotal role of GATA5/ISL1+ fibroblasts in cardiac repair post-myocardial infarction 2025-Aug-14, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaf101 PMID:40460294	研究论文	通过单细胞表观基因组和转录组分析揭示GATA5/ISL1+成纤维细胞在心肌梗死后心脏修复中的关键作用	首次整合scRNA-seq和scATAC-seq技术鉴定出心肌梗死后心脏组织中两个新型成纤维细胞亚群，并发现GATA5/ISL1+成纤维细胞通过调控Wnt信号通路促进心脏修复	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	阐明心肌梗死后心脏组织的基因组调控景观及修复机制	心肌梗死小鼠模型及人类心肌梗死患者的心脏组织	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq, scATAC-seq, RNA sequencing, 蛋白质组学分析	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、蛋白质组数据	心肌梗死小鼠在1、3、7、14天多个时间点的心脏组织，以及人类心肌梗死患者的瘢痕组织
209	2025-09-03	Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies age-associated changes in macrophages and signaling dynamics† 2025-Aug-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf122 PMID:40459236	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与老年小鼠卵巢中的髓系细胞，揭示衰老相关的巨噬细胞亚群和信号通路变化	首次在老年小鼠卵巢中发现独特的Cx3cr1lowCd81hi巨噬细胞亚群，并揭示ANNEXIN和TGFβ信号通路的年龄相关性改变	研究仅限于小鼠模型，人类卵巢中的适用性尚需验证	探究髓系细胞在卵巢衰老过程中的功能特征和分子机制	年轻（3月龄）和老年（14-17月龄）小鼠的卵巢CD45+ CD11b+髓系细胞	单细胞生物学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	基因表达数据，细胞表型数据	年轻组和老年组小鼠卵巢髓系细胞（具体数量未明确说明）
210	2025-09-03	CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST 2025-Aug-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916 PMID:40499539	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和抑制REST驱动神经内分泌前列腺癌（NEPC）转分化的机制	首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴作为NEPC转分化的关键调控通路，并证明其通过表观遗传重编程促进肿瘤表型转换	研究基于单一PDX模型（LTL331），需在更多临床样本中验证	探究前列腺癌神经内分泌转分化的分子调控机制	LTL331前列腺腺癌患者来源异种移植（PDX）模型	癌症生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序	PDX模型	基因表达数据	NA
211	2025-09-03	CREB Drives Acinar to Ductal Cells Reprogramming and Promotes Pancreatic Cancer Progression in Preclinical Models of Alcoholic Pancreatitis 2025-Aug-12, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101606 PMID:40812683	研究论文	本研究探讨了在酒精性慢性胰腺炎背景下，CREB与致癌Kras协同驱动腺泡细胞向导管细胞重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB在炎症驱动胰腺癌中的关键作用，并证明靶向CREB可抑制肿瘤进展	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	解析CREB与Kras在慢性炎症环境下促进胰腺癌发展的分子机制	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及CREB缺失模型	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像、蛋白质印迹数据	多种遗传工程小鼠模型，包括KC和KCC-/-基因型
212	2025-09-03	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Aug-07, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	开发gPRINT算法用于跨异构单细胞数据集统一注释疾病特异性细胞亚型	受语音识别启发，将基因位置和表达信息转化为独特“基因指纹”模式，并集成神经网络减少背景噪声影响	NA	实现跨数据集的疾病特异性细胞亚型自动统一注释	人类疾病细胞亚型，特别是纤维化相关疾病和肌腱病中的成纤维细胞亚型	生物信息学	纤维化疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	跨不同供体、测序平台和疾病亚型的多个数据集
213	2025-09-03	Human Dermal Microvascular Arterial and Venous Blood Endothelial Cells and Their Use in Bioengineered Dermo-Epidermal Skin Substitutes 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401588 PMID:39871784	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析人皮肤微血管内皮细胞标记物，并成功在三维水凝胶中生物工程化动脉和静脉毛细血管	首次在生物工程组织中同时构建动脉、静脉丛及淋巴毛细血管网络，并证明其与宿主血管快速吻合	NA	开发生物工程血管网络用于再生医学应用	人胎儿和青少年皮肤中的微血管内皮细胞	再生医学	NA	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据、蛋白质表达数据	人胎儿和青少年皮肤样本
214	2025-09-03	Integrated Analysis of PSMB8 Expression and Its Potential Roles in Hepatocellular Carcinoma 2025-Aug, Digestive diseases and sciences IF:2.5Q2 DOI:10.1007/s10620-025-09040-9 PMID:40261568	研究论文	通过多组学分析探讨PSMB8在肝细胞癌中的表达、预后价值及其与免疫调节的关联	首次系统评估PSMB8在HCC中的多组学特征，并发现其与免疫检查点分子（PD-L1/CD274、CD27）的显著正相关	研究主要依赖公共数据库和回顾性数据，需进一步实验验证机制	阐明PSMB8在肝细胞癌中的功能作用和临床意义	肝细胞癌（HCC）组织和相关免疫细胞	生物信息学与癌症研究	肝细胞癌	多组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	TCGA和GSE76427数据集中的HCC样本，以及组织微阵列验证
215	2025-09-03	The Genomics of Aging at the Single-Cell Scale 2025-Aug, Annual review of genomics and human genetics IF:7.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genom-120523-024422 PMID:40279573	综述	总结单细胞测序技术在研究哺乳动物衰老过程中细胞类型特异性变化的应用与发现	系统整合跨器官单细胞衰老研究，揭示性别差异和抗衰老干预对细胞群体动态的影响	基于现有研究进行综述，未提出原始实验数据或验证性分析	阐明衰老对哺乳动物多器官细胞群体变化的系统性影响	哺乳动物器官的细胞类型特异性群体	基因组学	老年疾病	单细胞测序技术	NA	基因组数据	NA
216	2025-09-03	Identification of Multi-Landscape and Cell Interactions in the Tumor Microenvironment Through High-Coverage Single-Cell Sequencing 2025-Aug, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202500241 PMID:40320868	研究论文	开发了一种创新的Chigene单细胞RNA测序技术，用于在单细胞水平同时分析基因表达、突变和RNA剪接景观	结合oligo-dT引物和随机桥接共标记(RBCL)测序的微流控芯片设计，实现近乎100% RNA覆盖率和多维度遗传信息分析	NA	开发高性能单细胞测序技术以探索肿瘤微环境中的多景观和细胞相互作用	临床样本中的单细胞，特别是尿路上皮癌细胞	单细胞测序技术	尿路上皮癌	scRNA-seq, 随机桥接共标记(RBCL)测序, 靶向基因突变捕获	NA	单细胞RNA测序数据	Chigene V1和V2两个版本平台，在临床样本中验证
217	2025-09-03	Integrative multi-omics reveal NSUN2 facilitates glycolysis and histone lactylation-driven immune evasion in renal carcinoma 2025-Aug, Genes and immunity IF:5.0Q2 DOI:10.1038/s41435-025-00336-4 PMID:40413354	研究论文	本研究通过整合多组学数据揭示NSUN2通过促进糖酵解和组蛋白乳酸化驱动肾癌免疫逃逸的机制	首次发现NSUN2通过m5C依赖性方式调控糖酵解和组蛋白乳酸化，并揭示其通过MYC/POM121/CD274轴介导PD-L1表达的免疫逃逸新机制	NA	探究线粒体代谢基因在肾透明细胞癌中的预后价值和治疗靶点潜力	肾透明细胞癌(ccRCC)临床队列和实验模型	生物信息学	肾癌	批量RNA测序、单细胞测序、机器学习算法	集成10种机器学习算法的117个预测模型	多组学数据	多个ccRCC临床队列（具体样本数未明确说明）
218	2025-09-03	Epithelial cell dynamics: Key drivers of type 2 inflammation in eosinophilic chronic rhinosinusitis 2025-Aug, Auris, nasus, larynx DOI:10.1016/j.anl.2025.05.009 PMID:40424830	综述	本文探讨了上皮细胞在嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）中作为2型炎症关键驱动因素的作用机制	强调了上皮细胞（而非传统认为的免疫细胞）在ECRS发病机制中的核心作用，并指出靶向IL-4/IL-13和IL-5信号通路的新型生物制剂潜力	ECRS发病机制存在患者群体异质性，导致通用疗法开发困难，需分层医疗策略	研究上皮细胞在慢性鼻窦炎2型炎症中的调控机制及治疗靶点	嗜酸性慢性鼻窦炎（ECRS）患者的上皮细胞和免疫细胞	免疫病理学	慢性鼻窦炎	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	分子生物学数据	NA
219	2025-09-03	Single-Cell Analysis Reveals that Vitamin C Inhibits Bone Metastasis of Renal Cancer via Cell Cycle Arrest and Microenvironment Remodeling 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501011 PMID:40433925	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了维生素C通过诱导细胞周期阻滞和重塑微环境抑制肾癌骨转移的机制	首次使用单细胞RNA测序技术解析维生素C在骨转移微环境中的抗肿瘤作用，并发现与CXCR2拮抗剂的协同效应	研究基于小鼠模型，临床适用性需进一步验证	探究维生素C抑制肾癌骨转移的分子机制和治疗潜力	肾癌细胞、骨转移微环境、癌症干细胞样细胞	癌症生物学	肾癌骨转移	单细胞RNA测序、3D肿瘤球培养、体内外模型	小鼠骨转移模型	基因表达数据	未明确样本数量，使用纤维蛋白凝胶诱导的3D肿瘤球衍生肾癌细胞
220	2025-09-03	PROS1-MERTK Axis Drives Tumor Microenvironment Crosstalk and Progression in Papillary Thyroid Microcarcinoma 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413474 PMID:40433916	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了PROS1-MERTK信号轴在甲状腺微小乳头状癌进展中的关键作用	首次发现PROS1-MERTK信号相互作用在PTMC进展中的核心作用，并鉴定NFYB和FOXP2作为PROS1转录激活因子	样本量相对有限（19个手术组织标本来自15例患者）	识别与甲状腺微小乳头状癌进展相关的生物标志物，实现精确风险分层和治疗规划	甲状腺微小乳头状癌（PTMC）患者的手术组织标本	肿瘤微环境研究	甲状腺癌	单细胞RNA测序，空间转录组学，体内外实验验证	NA	RNA测序数据，空间转录组数据	19个手术组织标本（来自15例患者，包括4个癌旁组织、4个非进展性PTMC、5个进展性PTMC和6个进展性PTC）