单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21381	2024-08-08	Selectively Imaging Cranial Sensory Ganglion Neurons Using AAV-PHP.S 2022 May-Jun, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0373-21.2022 PMID:35610024	研究论文	本文利用AAV-PHP.S载体选择性地标记并成像小鼠颅神经的感觉神经节细胞	引入AAV-PHP.S衣壳，增强了对周围神经元的趋向性，并结合GFP或mScarlet荧光蛋白，实现了对特定感觉神经节的选择性标记	NA	探索并验证AAV-PHP.S在选择性标记和成像周围感觉神经元中的应用	小鼠颅神经V、VII、IX和X的感觉神经节细胞	神经科学	NA	AAV-PHP.S	NA	图像	约66%的膝状神经节神经元被转导
21382	2024-08-08	Spatial transcriptomics of macrophage infiltration in non-small cell lung cancer reveals determinants of sensitivity and resistance to anti-PD1/PD-L1 antibodies 2022-05, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-003890 PMID:35618288	研究论文	研究非小细胞肺癌中肿瘤相关巨噬细胞浸润的空间转录组学，揭示对抗PD1/PD-L1抗体敏感性和抵抗性的决定因素	通过空间转录组学分析，揭示了肿瘤相关巨噬细胞在非小细胞肺癌中对抗免疫检查点抑制剂的敏感性和抵抗性的新机制	研究样本仅限于152名非小细胞肺癌患者，可能需要更大规模的研究来验证结果	探讨肿瘤相关巨噬细胞浸润对非小细胞肺癌患者接受免疫检查点抑制剂治疗反应的预测价值	非小细胞肺癌患者的肿瘤样本及其对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理学	肺癌	NanoString GeoMx免疫通路检测	NA	转录组数据	152名非小细胞肺癌患者的肿瘤样本
21383	2024-08-08	Insight into the potential pathogenesis of human osteoarthritis via single-cell RNA sequencing data on osteoblasts 2022-04-20, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2022297 PMID:35603405	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了人类骨关节炎中成骨细胞的潜在发病机制	首次全面分析了骨关节炎中成骨细胞的分子程序，并构建了miRNA-mRNA调控网络	实验验证的miRNA数量有限，可能未涵盖所有潜在的调控关系	探究骨关节炎中成骨细胞的分子功能及其在疾病发病机制中的作用	成骨细胞及其在骨关节炎中的分子表达和功能	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	4387个成骨细胞样本
21384	2024-08-08	Analysis of single-cell RNA-sequencing data identifies a hypoxic tumor subpopulation associated with poor prognosis in triple-negative breast cancer 2022-04-06, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2022271 PMID:35603379	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析三阴性乳腺癌中的缺氧肿瘤亚群，并探讨其与不良预后的关联	首次通过单细胞RNA测序技术识别出与三阴性乳腺癌不良预后相关的缺氧肿瘤亚群，并构建了预测总体生存的风险评分模型	需要进一步研究缺氧肿瘤微环境中的细胞间通讯异质性	探索三阴性乳腺癌中缺氧肿瘤亚群与不良预后的机制	三阴性乳腺癌中的缺氧肿瘤亚群及其在肿瘤发展中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	风险评分模型	RNA测序数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库的单细胞RNA测序数据GSM4476488，以及来自The Cancer Genome Atlas和GEO的数据集
21385	2024-08-08	Deciphering the Molecular Mechanism of Flares in Patients with Systemic Lupus Erythematosus through Single-Cell Transcriptome Analysis of the Peripheral Blood 2022-Mar, Mediterranean journal of rheumatology DOI:10.31138/mjr.33.1.94 PMID:35611101	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析技术，探索系统性红斑狼疮患者外周血中细胞和分子机制，以解释疾病从静止期到活动期的进展	采用单细胞测序技术，详细描绘了系统性红斑狼疮从静止期到活动期进展中免疫细胞亚群的分子和调控程序	NA	解码系统性红斑狼疮患者病情加重的细胞和分子基础	系统性红斑狼疮患者的外周血细胞	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	数千个细胞
21386	2024-08-08	NISC: Neural Network-Imputation for Single-Cell RNA Sequencing and Cell Type Clustering 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.847112 PMID:35591853	研究论文	本研究开发了一种基于神经网络的单细胞RNA测序数据插补方法NISC，用于处理高稀疏性的scRNA-seq数据并提高细胞类型识别的准确性	NISC利用自编码器结合加权损失函数和正则化技术，有效纠正scRNA-seq数据中的缺失值，其性能优于现有的插补方法	NA	开发一种新的插补方法以处理单细胞RNA测序数据中的高稀疏性问题	单细胞RNA测序数据及其细胞类型聚类	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	RNA测序数据	数万个单个细胞
21387	2024-08-08	PRKAR1A and SDCBP Serve as Potential Predictors of Heart Failure Following Acute Myocardial Infarction 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.878876 PMID:35592331	研究论文	本研究旨在通过转录组数据分析，识别急性心肌梗死后心力衰竭进展的新预测生物标志物，并揭示这些标志基因在心力衰竭进展中的病理机制	本研究首次发现PRKAR1A和SDCBP作为急性心肌梗死后心力衰竭的新预测生物标志物，并揭示了它们在心力衰竭进展中的潜在调控机制	研究样本量较小，需要在更大规模的研究中验证这些生物标志物的预测价值	识别急性心肌梗死后心力衰竭的新预测生物标志物，并揭示其病理机制	急性心肌梗死患者的心力衰竭进展	数字病理学	心血管疾病	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	NA	转录组数据	32名急性心肌梗死患者（16名心力衰竭进展，16名无进展），17名急性心肌梗死患者（9名心力衰竭进展，8名无进展），正常和梗死小鼠心脏组织中的白细胞
21388	2024-08-08	A Protocol for the Cryopreservation of Human Intestinal Mucosal Biopsies Compatible With Single-Cell Transcriptomics and Ex Vivo Studies 2022, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2022.878389 PMID:35600311	研究论文	本文介绍了一种用于人肠道黏膜活检的冷冻保存工作流程，该流程适用于单细胞转录组学和体外研究	该研究提供了一种可行的方法，用于从冷冻保存的肠道黏膜活检中进行单细胞转录组学研究	NA	旨在理解疾病状态下人肠道上皮细胞的异质性及其病理生理机制	人肠道黏膜活检和肠道上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	单细胞	59,653个肠道细胞，来自10名参与者
21389	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Cellular Heterogeneity, Mechanisms, and Therapeutic Targets for Parkinson's Disease 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.686739 PMID:35601482	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示帕金森病（PD）的细胞异质性、机制及治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术分析PD患者与健康人的中脑样本，揭示了PD的细胞异质性及其在细胞间通讯中的作用，并发现了五个可能的治疗靶点	研究样本量较小，且仅限于中脑样本，需要进一步的大规模临床研究验证	揭示帕金森病的细胞异质性、机制及治疗靶点	帕金森病患者与健康人的中脑样本	单细胞转录组学	帕金森病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	主成分分析（PCA）	转录组数据	18名帕金森病患者和18名健康人的血液样本
21390	2024-08-08	Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Reveal Intratumoral Heterogeneity and Tumor Microenvironment Characteristics in Diffuse Large B-Cell Lymphoma 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.881345 PMID:35601491	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析了弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的肿瘤内异质性和肿瘤微环境特征	本研究首次在单细胞水平上揭示了DLBCL中恶性细胞和免疫细胞的不同亚群，并构建了一个预测DLBCL患者预后的模型	NA	旨在深入解析弥漫大B细胞淋巴瘤的转录特征和肿瘤微环境	弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤内异质性和肿瘤微环境	数字病理学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2个反应性淋巴结组织样本和2个DLBCL淋巴结活检组织样本
21391	2024-08-08	A Molecular Landscape of Mouse Hippocampal Neuromodulation 2022, Frontiers in neural circuits IF:3.4Q2 DOI:10.3389/fncir.2022.836930 PMID:35601530	研究论文	本文利用单细胞RNA测序数据和转录组神经分类学，探索了小鼠海马区CA1区域的细胞类型特异性基因表达，旨在揭示这一脑结构的神经调节网络架构	利用新的单细胞RNA测序数据和转录组神经分类学，为神经调节的网络级组织提供了新的见解	神经调节在网络级别的组织仍然是一个谜	揭示小鼠海马区CA1区域的神经调节网络架构	小鼠海马区CA1区域的细胞类型特异性基因表达	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠海马区CA1区域的细胞
21392	2024-08-08	Revisiting the Transcriptome Landscape of Pig Embryo Implantation Site at Single-Cell Resolution 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.796358 PMID:35602598	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了猪胚胎着床位点的转录组景观，揭示了胚胎细胞与母体子宫内膜细胞之间的细胞间通讯机制	成功分离胚胎细胞与母体子宫内膜细胞，并利用CellChat工具揭示了两种细胞类型间的细胞间通讯	NA	解析猪胚胎着床的分子机制	猪胚胎着床位点的胚胎细胞与母体子宫内膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	少量胚胎及其周围子宫内膜组织
21393	2024-08-08	Identification of Energy Metabolism-Related Gene Signatures From scRNA-Seq Data to Predict the Prognosis of Liver Cancer Patients 2022, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2022.858336 PMID:35602603	研究论文	本研究基于单细胞测序数据，从能量代谢角度分析肝癌，并识别与能量代谢相关的基因特征，以预测肝癌患者的预后	首次基于单细胞测序数据，从能量代谢角度分析肝癌，并建立能量代谢相关评分（EM评分），分析不同评分组患者对化疗药物和免疫检查点抑制剂的敏感性	NA	通过分析肝癌患者的单细胞测序数据，识别与能量代谢相关的基因特征，以改善肝癌的靶向治疗策略	肝癌患者的单细胞测序数据	数字病理学	肝癌	scRNA-Seq	NA	基因数据	肝癌患者的单细胞和批量测序数据
21394	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Reveals Types of Hepatopancreatic Cells and Haemocytes in Black Tiger Shrimp (Penaeus monodon) and Their Molecular Responses to Ammonia Stress 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.883043 PMID:35603188	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了黑虎虾肝胰腺和血细胞的单细胞转录图谱，并分析了它们对氨氮压力的分子应答机制	首次应用10× Genomics的单细胞RNA测序技术于虾类研究，构建了虾类肝胰腺细胞和血细胞在氨氮压力下的单细胞转录图谱	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术分析虾类细胞类型及其对氨氮压力的免疫应答分子机制	黑虎虾的肝胰腺细胞和血细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	在两种组织（血细胞和肝胰腺）中分别成功识别出七个细胞簇
21395	2024-08-08	Single Cell Dissection of Epithelial-Immune Cellular Interplay in Acute Kidney Injury Microenvironment 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.857025 PMID:35603220	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，系统解析了急性肾损伤（AKI）微环境中上皮细胞与免疫细胞的相互作用	发现了三种新的近端小管细胞亚型，并揭示了它们在AKI进展中的分子变化和功能	NA	深入理解急性肾损伤的分子变化机制，并开发新的靶向治疗	小鼠肾脏组织样本在缺血-再灌注AKI后的不同时间点	数字病理学	急性肾损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠肾脏组织样本在AKI后的1天、2天和3天以及健康对照组
21396	2024-08-08	scEFSC: Accurate single-cell RNA-seq data analysis via ensemble consensus clustering based on multiple feature selections 2022, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2022.04.023 PMID:35615016	研究论文	本文提出了一种基于多特征选择的集成共识聚类方法scEFSC，用于准确分析单细胞RNA测序数据	scEFSC算法采用多种无监督特征选择方法去除对单细胞RNA测序数据贡献不大的基因，并通过加权元聚类组合不同聚类算法的结果，提高了聚类性能	文章未明确提及现有方法的具体局限性	解决单细胞RNA测序数据分析中的数值不稳定、高维度和计算可扩展性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	聚类算法	RNA测序数据	14个真实单细胞RNA测序数据集
21397	2024-08-05	Spatial transcriptomics unveils ZBTB11 as a regulator of cardiomyocyte degeneration in arrhythmogenic cardiomyopathy 2023-03-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvac072 PMID:35576477	研究论文	本研究揭示了ZBTB11作为心肌病变调节因子的作用	首次将ZBTB11鉴定为在心肌组织中的新型驱动因子，影响心肌细胞的退化	未完全解析心肌细胞退化的所有分子机制	delineate gene expression changes related to remodelling in arrhythmogenic cardiomyopathy	心肌病患者的心脏组织样本	数字病理学	心律失常性心肌病	Tomo-Seq	NA	基因表达数据	多例心肌病患者的心脏组织
21398	2024-08-08	Single-cell analysis implicates TH17-to-TH2 cell plasticity in the pathogenesis of palmoplantar pustulosis 2022-10, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2022.04.027 PMID:35568077	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了掌跖脓疱病（PPP）患者的皮肤活检样本和外周血单个核细胞，揭示了TH17向TH2细胞可塑性在PPP发病机制中的作用。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了PPP患者中TH17向TH2细胞的可塑性，并验证了这一发现。	研究仅限于皮肤活检样本和外周血单个核细胞的分析，未涉及其他组织或细胞类型。	探究掌跖脓疱病（PPP）的免疫途径和发病机制。	掌跖脓疱病（PPP）患者的皮肤活检样本和外周血单个核细胞。	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序（RNA-Seq）、流式细胞术、免疫荧光显微镜	NA	RNA	涉及健康个体和PPP患者的皮肤活检样本及外周血单个核细胞。
21399	2024-08-08	Identification of islet cell characteristics in humans with type 2 diabetes by single-cell sequencing 2022-Oct, Journal of diabetes investigation IF:3.1Q2 DOI:10.1111/jdi.13833 PMID:35578579	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了2型糖尿病患者胰岛细胞的特征	首次通过单细胞测序技术识别了2型糖尿病状态下人类β细胞中调节蛋白活性的改变	实验在人体胰腺β细胞中的应用存在困难，限制了治疗选项的开发	探索逆转或保护β细胞免于失败的策略	2型糖尿病患者的胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
21400	2024-08-08	FIRM: Flexible integration of single-cell RNA-sequencing data for large-scale multi-tissue cell atlas datasets 2022-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbac167 PMID:35561293	研究论文	本文介绍了一种名为FIRM的重新缩放算法，用于跨多种组织类型、平台和实验批次准确整合单细胞RNA测序数据集	FIRM算法能够准确混合共享的细胞类型身份，并保留原始结构，避免了过度校正，为下游探索和分析生成稳健的整合数据集	NA	开发一种算法以解决不同单细胞RNA测序技术平台和批次效应带来的数据整合难题	单细胞RNA测序数据集的整合	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大规模多组织细胞图谱数据集