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当前共找到 35765 篇文献，本页显示第 2121 - 2140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2121 | 2025-12-30 |
Activation of the Cerebrospinal Fluid-Contacting Nucleus Mitigates Systemic Inflammation Induced by Sepsis
2025-Dec-23, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000002665
PMID:41457044
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研究论文 | 本研究揭示了脑脊液接触核在脓毒症中通过调节免疫反应发挥保护作用 | 首次证明脑脊液接触核在脓毒症中具有保护作用，并通过单细胞RNA测序技术识别了其调控全身炎症的关键组分 | 研究机制尚未完全阐明，且主要基于小鼠模型，人类中的适用性需进一步验证 | 探究中枢神经系统如何调节免疫功能，特别是在脓毒症中的神经-免疫相互作用 | 脓毒症小鼠模型中的脑脊液接触核 | 神经免疫学 | 脓毒症 | 免疫荧光检测、化学遗传学激活、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞成像数据 | 脓毒症小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2122 | 2025-12-30 |
Identifying Potential Drug Targets in the Knee Osteoarthritis: Insights from the Druggable Genome
2025-Dec-16, Rejuvenation research
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15491684251403435
PMID:41457786
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研究论文 | 本研究通过可药物基因组和孟德尔随机化分析，识别了膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 整合多组织/细胞水平的表达数量性状位点数据，结合药物靶点MR、单细胞MR、蛋白质组学验证及空间转录组学分析，从外周和中枢组织角度系统识别并验证了膝骨关节炎的潜在治疗靶点 | 需要未来进一步的实验来验证所识别靶点在膝骨关节炎中的作用机制 | 寻找膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 膝骨关节炎 | 生物信息学 | 骨关节炎 | 表达数量性状位点分析、孟德尔随机化分析、单细胞MR分析、蛋白质定量性状位点分析、空间转录组学 | 孟德尔随机化模型、gsMap框架 | 基因组关联研究数据、表达数量性状位点数据、蛋白质定量性状位点数据、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2123 | 2025-12-30 |
HEIST: A Graph Foundation Model for Spatial Transcriptomics and Proteomics Data
2025-Dec-11, ArXiv
PMID:41040798
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为HEIST的分层图变换器基础模型，用于处理空间转录组学和蛋白质组学数据 | HEIST通过将组织建模为分层图，结合空间细胞图和基因共表达网络图，并利用基因共表达网络和细胞上下文计算基因嵌入，而非固定基因词汇表，从而能够泛化到包括空间蛋白质组学在内的新型数据类型，无需重新训练 | NA | 开发一个基础模型以整合空间信息和细胞内的复杂遗传及蛋白质组学程序，从而推断细胞内部调控如何适应微环境信号 | 空间转录组学和蛋白质组学数据，涉及22.3M个细胞、124个组织和15个器官 | 机器学习 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | 分层图变换器 | 空间坐标和细胞内转录或蛋白质计数数据 | 22.3M个细胞，来自124个组织和15个器官 | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 2124 | 2025-12-30 |
Spatiotemporal landscape of intrahepatic cholangiocarcinoma liver metastasis at the single-cell level
2025-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001641
PMID:41370247
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间转录组学等技术，揭示了肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的关键变化和生物学机制 | 首次在单细胞水平上描绘了肝内胆管癌肝转移的时空景观，并发现了COL3A1+上皮细胞通过诱导内皮细胞间质转化和形成中性粒细胞胞外陷阱促进肿瘤侵袭和定植的新机制 | 样本量相对较小（16名患者），且主要关注肝内转移，可能未涵盖所有转移模式 | 探究肝内胆管癌肝转移过程中肿瘤微环境的特异性变化及其生物学机制 | 肝内胆管癌患者（包括有和无肝内转移者）的肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学, 批量RNA测序, 全外显子组测序, 体内外功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量RNA测序数据, 全外显子组测序数据 | 16名患者的28份标本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 2125 | 2025-12-30 |
A single-cell transcriptomic dataset of enterocyte-specific HHEX knockdown in the Drosophila larval midgut
2025-Dec-09, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-06290-0
PMID:41366252
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序生成了果蝇幼虫中肠的细胞图谱，并分析了HHEX蛋白在肠上皮分化中的调控作用 | 首次在果蝇中构建了肠细胞特异性HHEX敲除株，并利用单细胞转录组学精确解析了HHEX对中肠上皮成熟的调控 | 研究局限于果蝇模型，未直接验证在哺乳动物系统中的保守性 | 探究HHEX蛋白在肠道上皮细胞分化中的功能 | 果蝇三龄幼虫中肠细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 果蝇幼虫中肠细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2126 | 2025-12-30 |
Protocol to investigate fibroblastic reticular cell-immune cell interaction in human lung cancer
2025-Dec-08, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104256
PMID:41364557
|
研究论文 | 本文提出了一种用于研究人肺癌中成纤维网状细胞与免疫细胞相互作用的详细实验与计算协议 | 开发了从肿瘤组织中富集稀有成纤维网状细胞进行单细胞RNA测序的步骤，并结合优化的免疫组化与高分辨率显微镜验证其与T细胞的物理相互作用 | 协议主要针对人肺癌，可能不直接适用于其他癌症类型，且依赖于特定技术平台 | 旨在建立一套标准化流程，以深入探究成纤维网状细胞在肺癌免疫微环境中的作用机制 | 人肺癌组织中的成纤维网状细胞及免疫细胞（如T细胞） | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，免疫组化，高分辨率显微镜 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2127 | 2025-12-30 |
GatorSC: Multi-Scale Cell and Gene Graphs with Mixture-of-Experts Fusion for Single-Cell Transcriptomics
2025-Dec-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.03.691688
PMID:41409156
|
研究论文 | 本文提出了一个名为GatorSC的统一表示学习框架，通过构建多尺度细胞与基因图，并利用专家混合架构进行融合，以学习单细胞转录组数据的鲁棒低维表示 | 首次提出结合全局细胞-细胞图、全局基因-基因图以及基于邻域特定子图的局部基因-基因图的多尺度图建模方法，并采用专家混合架构进行自适应融合，同时将图重建与图对比学习结合在一个统一的自监督目标中 | 未明确说明模型在极高稀疏度或极端技术噪声下的性能极限，也未涉及计算效率与大规模数据扩展性的详细分析 | 开发一个能够有效利用单细胞RNA测序数据中多尺度互补结构、对噪声鲁棒且能保留数据结构的表示学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 图神经网络, 专家混合模型 | 基因表达矩阵 | 19个公开可用的scRNA-seq数据集，涵盖多种组织、物种和测序平台 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2128 | 2025-12-30 |
Immune System Alterations in Depression across Baseline and Flu Vaccine Challenge
2025-Dec-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.02.691874
PMID:41409141
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析抑郁症患者与健康对照者在流感疫苗接种前后的外周血单个核细胞，揭示了抑郁症患者先天性和适应性免疫反应在转录组和细胞群体水平上的功能受损 | 首次在单细胞分辨率下结合基线状态和流感疫苗挑战，系统描绘了抑郁症患者外周免疫系统的转录组和细胞群体改变，并发现了与抑郁评分相关的特定免疫细胞基因表达谱变化 | 样本量较小（9名患者和5名对照），且未在疫苗接种后观察到细胞因子水平的显著差异，可能限制了统计功效和结论的普适性 | 探究抑郁症患者外周免疫系统的功能完整性，特别是在先天性和适应性免疫反应方面的潜在损伤 | 抑郁症患者和健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9名抑郁症患者（6名女性）和5名健康对照（5名女性） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2129 | 2025-12-30 |
Basic Science and Pathogenesis
2025-Dec, Alzheimer's & dementia : the journal of the Alzheimer's Association
DOI:10.1002/alz70855_104353
PMID:41442508
|
研究论文 | 本研究利用来自不同祖先背景个体的iPSC衍生神经球，探究了阿尔茨海默病GWAS基因的祖先和细胞类型特异性调控景观 | 首次在iPSC衍生的三维神经球模型中，整合单细胞多组学数据，系统比较了非洲、美洲原住民和欧洲祖先背景对AD相关基因调控架构的影响 | 样本量较小（每个祖先背景仅6个iPSC系），且仅使用了外周血单核细胞来源的iPSC，可能无法完全代表其他细胞类型或组织中的调控差异 | 探究祖先依赖性的基因组调控架构差异如何影响阿尔茨海默病的遗传风险，特别是在不同脑细胞类型中的特异性 | 来自阿尔茨海默病患者和认知健康对照的外周血单核细胞（PBMCs）及其衍生的iPSC神经球 | 基因组学与神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C, iPSC重编程, 神经球分化 | iPSC衍生三维神经球模型 | 单细胞多组学数据（表观基因组与转录组） | 18个iPSC细胞系（非洲、美洲原住民、欧洲祖先各6个），分化为包含星形胶质细胞、神经元、少突胶质前体细胞和少突胶质细胞的神经球 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 批量Hi-C | NA | NA |
| 2130 | 2025-12-30 |
LARIS enables accurate and efficient ligand and receptor interaction analysis in spatial transcriptomics
2025-Nov-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.26.690796
PMID:41394607
|
研究论文 | 本文提出了一种名为LARIS的方法，用于在空间转录组学中准确高效地分析配体与受体相互作用 | LARIS是首个能够兼容所有空间转录组技术、在单细胞或珠粒分辨率下识别细胞类型特异性和空间受限的配体-受体相互作用的方法，并引入了模拟框架进行性能验证 | NA | 开发一种能够整合空间信息进行细胞间通信推断的稳健且计算高效的方法 | 人类扁桃体和小鼠发育皮层空间转录组数据集 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 数十万细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2131 | 2025-12-30 |
TissueNarrator: Generative Modeling of Spatial Transcriptomics with Large Language Models
2025-Nov-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.24.690325
PMID:41394628
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TissueNarrator的生成式建模框架，利用大型语言模型分析空间转录组数据，以模拟细胞行为、预测细胞间相互作用并进行扰动分析 | 首次将空间组学分析重新定义为语言建模问题，通过将组织切片表示为空间句子，并利用预训练的大型语言模型学习空间条件化的基因表达模式，实现了对组织系统的生成式建模与推理 | 未明确说明模型在处理超大规模数据集时的计算效率，以及在不同组织类型或疾病状态下的泛化能力 | 开发一个能够生成真实细胞图谱、预测细胞间相互作用并进行自然语言查询的生成式空间转录组分析框架 | 空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 空间转录组学 | 大型语言模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, Perturb-FISH, CosMx SMI | NA |
| 2132 | 2025-12-30 |
Spatiotemporal dynamics of RERE in schizophrenia pathogenesis: insights from multi-omics and single-cell sequencing
2025-Nov-26, Schizophrenia (Heidelberg, Germany)
DOI:10.1038/s41537-025-00705-y
PMID:41298505
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研究论文 | 本研究通过整合多组学和单细胞测序数据，揭示了精神分裂症风险基因RERE的时空动态调控机制及其在疾病发病中的作用 | 首次系统整合GWAS数据、多组学分析和单细胞测序，识别出RERE作为核心风险基因，并揭示其通过表观遗传-神经发育轴影响精神分裂症风险的机制 | 需要未来使用类器官模型进行验证，并探索临床转化应用 | 解析精神分裂症的遗传结构和神经发育机制，识别细胞类型特异性和时间动态调控特征 | 精神分裂症风险基因，特别是RERE，以及其在遗传变异和转录调控层面的作用 | 数字病理学 | 精神分裂症 | GWAS, 多组学分析, 单细胞测序, CUT&Tag | NA | 基因组关联数据, 单细胞测序数据, 表观遗传数据 | 欧洲人群130,644例，东亚人群30,761例 | NA | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | NA |
| 2133 | 2025-12-30 |
Periostin promotes sarcoma growth by promoting tumor-associated macrophage migration and differentiation
2025-Nov-20, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-25-0301
PMID:41264337
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研究论文 | 本文探讨了细胞外基质蛋白Periostin在软组织肉瘤生长中的作用，特别是通过促进肿瘤相关巨噬细胞的迁移和分化来调节肿瘤免疫微环境 | 首次在软组织肉瘤中识别Periostin作为肿瘤进展和免疫微环境的关键调节因子，揭示了其通过非细胞自主机制影响肿瘤生长 | POSTN治疗性中和作为单一疗法不足以减少肿瘤负担，表明可能需要联合治疗策略 | 研究特定细胞外基质成分在软组织肉瘤进展和肿瘤免疫微环境中的功能贡献 | 人类软组织肉瘤数据集、小鼠肉瘤遗传模型、肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2134 | 2025-12-30 |
Enrichment of a CD4-CD8- NK-like cytotoxic Vδ1/3 T cell subset in tuberculosis disease
2025-Nov-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.12.688134
PMID:41292844
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了结核病（TB）患者与健康个体中CD4-CD8- γδ T细胞的高分辨率特征，揭示了TB疾病中NK样细胞毒性Vδ1/3 T细胞亚群的富集及其持久性变化 | 首次通过单细胞RNA测序在TB疾病中识别并富集了NK样细胞毒性Vδ1和Vδ3 T细胞亚群，特别是强调了先前未被充分重视的Vδ3细胞在TB免疫反应中的潜在重要性 | 研究主要基于外周血样本，可能未全面反映肺部或其他组织中的γδ T细胞动态；样本队列规模未明确说明，可能限制统计效力；长期变化仅追踪至诊断后一年，更长期影响未知 | 探究结核病（TB）中γδ T细胞的定量和定性差异，以阐明其在TB免疫反应中的作用 | 健康未致敏个体、健康致敏个体以及TB疾病治疗前/后的外周血CD4-CD8- γδ T细胞 | 单细胞组学 | 结核病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2135 | 2025-12-30 |
CELLetter: leveraging large language model and dual-stream network to identify context-specific ligand-receptor interactions for cell-cell communication analysis
2025-Nov-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf693
PMID:41451540
|
研究论文 | 本文提出了一种名为CELLetter的深度学习框架，用于识别细胞间通讯中的配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 利用蛋白质大语言模型ProstT5进行特征嵌入，采用双流架构进行特征提取和降维，结合动态权重调整的门机制进行特征融合，并整合下游转录因子活性来量化通讯强度 | 未明确说明模型在处理大规模数据集时的计算效率或对特定细胞类型的泛化能力限制 | 开发一个深度学习框架以识别细胞间通讯中的潜在配体-受体相互作用并解码细胞信号传导 | 人类心脏、远端肺上皮组织以及头颈部鳞状细胞癌的细胞 | 机器学习 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 双流网络，结合大语言模型 | 单细胞RNA测序数据，空间转录组学数据 | 未明确指定具体样本数量，但涉及人类心脏、远端肺上皮组织和头颈部鳞状细胞癌的数据 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 2136 | 2025-12-30 |
KIAA0319 Plays a Critical Role in Cortical Neuronal Maturation and Synaptic Development Through a Dyslexia-Associated Gene Network
2025-Oct-18, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2025.10.014
PMID:41115623
|
研究论文 | 本研究通过CRISPR-Cas9技术敲除KIAA0319基因，利用人类皮质类器官模型揭示了该基因在神经发育、突触形成及阅读障碍相关基因网络中的关键作用 | 首次在人类皮质类器官模型中系统研究KIAA0319基因敲除对神经发育的影响，并发现其通过调控阅读障碍相关基因网络影响初级纤毛形成和神经网络连接 | 研究基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内大脑发育的复杂性；未涉及行为学层面的验证 | 探究KIAA0319基因在神经发育中的分子功能及其与阅读障碍的关联机制 | KIAA0319敲除的人类胚胎干细胞及其分化的人类皮质类器官 | 神经发育生物学 | 阅读障碍 | CRISPR-Cas9基因编辑、单细胞RNA测序、钙成像、免疫染色、EdU检测 | 人类皮质类器官模型 | 转录组数据、形态学图像、钙信号数据 | 未明确具体样本数量，基于基因敲除干细胞系及衍生类器官 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2137 | 2025-12-30 |
SpaGene: A Deep Adversarial Framework for Spatial Gene Imputation
2025-Oct-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.03.680242
PMID:41278680
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGene的深度学习框架，旨在整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据以填补空间转录组数据中的基因表达缺失 | SpaGene采用两个编码器-解码器对、两个翻译器和两个判别器的深度对抗框架，有效整合scRNA-seq和空间转录组数据，实现基因表达的精准填补 | 未在摘要中明确说明 | 通过整合单细胞和空间转录组数据，提升空间基因表达数据的完整性和分辨率，以促进对组织生物学、细胞互作和疾病进展的理解 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组学数据 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | 深度学习对抗框架 | 基因表达数据 | 未在摘要中明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 2138 | 2025-12-30 |
Triple checkpoint blockade of PD-1, Tim-3, and Lag-3 enhances adoptive T cell immunotherapy in a mouse model of ovarian cancer
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2419888122
PMID:40982684
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠卵巢癌模型中，通过联合阻断PD-1、Tim-3和Lag-3三个检查点，增强工程化T细胞免疫疗法的效果 | 首次在小鼠卵巢癌模型中，将工程化T细胞与PD-1、Tim-3和Lag-3的三重检查点阻断联合应用，显著提高了T细胞功能和动物生存率 | 研究基于小鼠模型，结果可能无法直接转化到人类患者；未探讨长期毒性或潜在副作用 | 提高卵巢癌患者中过继性T细胞免疫疗法的疗效 | 小鼠卵巢癌模型中的工程化T细胞（靶向MSLN的TCR T细胞） | 免疫疗法 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2139 | 2025-12-30 |
Dissection of Gene Expression at the Single-Cell Level: scRNA-seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4192-7_9
PMID:39546202
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综述 | 本章节讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）作为解析基因表达在单细胞水平上的金标准技术 | scRNA-seq通过生成条形码标记的单个细胞，能够追踪成千上万至数百万转录本的来源，揭示与疾病相关的新细胞类型以及不同细胞类型和状态 | NA | 深化对单细胞分辨率下基因表达的理解 | 组织在单细胞水平上的转录组特征 | 转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2140 | 2025-12-30 |
Under pressure: integrated endothelial cell response to hydrostatic and shear stresses
2025-Jan-01, Vascular biology (Bristol, England)
DOI:10.1530/VB-25-0015
PMID:41378902
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研究论文 | 本研究通过体外模型探讨了静水压力如何影响内皮细胞对血流的响应，揭示了压力与剪切应力在内皮细胞机械转导中的协同作用 | 开发了体外模型以研究静水压力对内皮细胞血流响应的调节作用，并发现压力以剂量依赖方式调节剪切应力诱导的信号通路 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全模拟体内复杂的血管环境 | 探究静水压力与剪切应力在内皮细胞机械转导中的相互作用及其对血管发育的影响 | 人内皮细胞及早期小鼠胚胎血管发育过程 | 细胞生物学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |