单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24304 篇文献，本页显示第 2121 - 2140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2121 | 2024-11-17 |
Deciphering lineage-relevant gene regulatory networks during endoderm formation by InPheRNo-ChIP
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae592
PMID:39535258
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研究论文 | 开发了一种名为InPheRNo-ChIP的计算框架，用于整合多模态数据以重建与内胚层发育相关的表型相关基因调控网络 | InPheRNo-ChIP直接在基因调控网络推断过程中整合表型信息，能够区分谱系特异性和普遍的调控相互作用 | NA | 揭示早期人类胚胎发生过程中调控内胚层形成的基因调控网络 | 人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq | 概率图模型 | 多模态数据 | 三个实验研究的数据 |
| 2122 | 2024-11-17 |
Identifying cell types by lasso-constraint regularized Gaussian graphical model based on weighted distance penalty
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae572
PMID:39541187
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研究论文 | 本文提出了一种基于加权距离惩罚的Lasso约束正则化高斯图模型的新算法框架WLGG，用于单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | 引入加权距离惩罚项和高斯核函数，捕捉非线性信息；使用Lasso约束增强模型捕捉线性数据特征的能力；利用Eigengap策略预测细胞类型数量 | 未提及 | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 高斯图模型 | 基因表达数据 | 14个测试数据集 |
| 2123 | 2024-11-17 |
SpaGIC: graph-informed clustering in spatial transcriptomics via self-supervised contrastive learning
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae578
PMID:39541189
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaGIC的新型图神经网络框架，结合图卷积网络和自监督对比学习技术，用于空间转录组学中的聚类分析 | SpaGIC通过最大化图结构中的边和局部邻域的互信息，以及最小化空间相邻点的嵌入距离，学习有意义的潜在嵌入 | NA | 开发一种新的深度学习框架，以更有效地利用空间转录组学中的基因和空间数据，准确识别空间域 | 空间转录组学数据中的空间域识别、数据去噪、可视化和轨迹推断 | 机器学习 | NA | 图卷积网络、自监督对比学习 | 图神经网络 | 基因表达数据 | 七个空间转录组学数据集 |
| 2124 | 2024-11-17 |
Deciphering gene expression patterns using large-scale transcriptomic data and its applications
2024-Sep-23, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae590
PMID:39541191
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研究论文 | 本研究分析了大规模转录组数据，探索了基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 提出了基于偏度的度量方法来量化数据集间的分布变化，并改进了朴素贝叶斯方法以提高模拟性能 | NA | 揭示基因表达模式，识别信息基因，分类样本，并理解疾病 | 基因表达模式及其在癌症等疾病中的应用 | 基因组学 | 癌症 | RNA-seq | 朴素贝叶斯 | 转录组数据 | 11,252个bulk RNA-seq样本和4,884个单细胞RNA-seq样本 |
| 2125 | 2024-11-17 |
B-cell-directed CAR T-cell therapy activates CD8+ cytotoxic CARneg bystander T cells in patients and nonhuman primates
2024-07-04, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2023022717
PMID:38558106
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研究论文 | 研究了B细胞靶向CAR T细胞疗法在患者和非人灵长类动物中激活CD8+细胞毒性CARneg旁观者T细胞的现象 | 首次全面识别和分析了B细胞靶向CAR T细胞疗法后CARneg旁观者CD8+ T细胞的特征，并提出了一种新的机制，即CAR T细胞输注可能通过激活旁观者T细胞增强抗白血病反应 | NA | 探讨B细胞靶向CAR T细胞疗法激活周围CARneg旁观者T细胞的机制及其潜在的抗肿瘤作用 | 非人灵长类动物和患者的T细胞 | 免疫学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 非人灵长类动物和患者的T细胞样本 |
| 2126 | 2024-11-17 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in osteosarcoma
2024-05-17, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03319-w
PMID:38755647
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研究论文 | 研究揭示了骨肉瘤淋巴结转移的分子机制及其对淋巴结微环境的改造 | 发现了新的ETS2/IBSP信号轴可能促进淋巴结转移，并阐明了骨肉瘤细胞如何影响淋巴结微环境 | NA | 揭示骨肉瘤淋巴结转移的机制及其对微环境的改造 | 骨肉瘤的淋巴结转移及其微环境改造 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、生物信息学、体外实验、免疫组化 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 18个样本，包含117,964个细胞 |
| 2127 | 2024-11-17 |
Osimertinib in combination with anti-angiogenesis therapy presents a promising option for osimertinib-resistant non-small cell lung cancer
2024-04-24, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03389-w
PMID:38658988
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研究论文 | 本文探讨了奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者中的应用 | 提出了奥希替尼联合抗血管生成疗法作为奥希替尼耐药非小细胞肺癌的新治疗策略 | 研究为回顾性研究，且样本量有限 | 探讨奥希替尼联合抗血管生成疗法在奥希替尼耐药非小细胞肺癌患者中的疗效 | 奥希替尼耐药的非小细胞肺癌患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组测序 (scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 111例晚期非小细胞肺癌患者 |
| 2128 | 2024-11-17 |
CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens
2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CROPseq-multi的多重扰动和解码系统，用于在CRISPR筛选中实现多重扰动 | 开发了一种基于CROPseq的慢病毒系统，能够与mRNA嵌入的条形码兼容，并支持多种筛选方法 | NA | 旨在提高单目标筛选的性能，并支持基因相互作用的研究 | CRISPR筛选中的多重扰动和解码 | 基因组学 | NA | CRISPR筛选 | NA | mRNA | NA |
| 2129 | 2024-11-17 |
Spatially Exploring RNA Biology in Archival Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues
2024-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.06.579143
PMID:38370833
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Patho-DBiT的技术，结合多聚腺苷酸化和确定性条形码，用于空间全覆盖转录组测序，特别适用于临床存档的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本中的RNA生物学研究 | Patho-DBiT技术能够在FFPE组织中进行空间共分析基因表达和RNA加工，揭示区域特异性剪接异构体，并进行高灵敏度的转录组映射 | NA | 探索福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织中的RNA生物学 | 人类疾病相关组织的RNA生物学 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | RNA | 临床存档的FFPE肿瘤组织样本，存储时间长达五年 |
| 2130 | 2024-11-17 |
The shared biomarkers and immune landscape in psoriatic arthritis and rheumatoid arthritis: Findings based on bioinformatics, machine learning and single-cell analysis
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0313344
PMID:39509434
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研究论文 | 本研究通过生物信息学、机器学习和单细胞分析方法，识别了银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫景观 | 本研究首次通过机器学习算法和单细胞分析，识别了RPL22L1和LY96作为银屑病关节炎和类风湿性关节炎的潜在诊断标志物，并揭示了它们与T细胞发育和VEGF信号的关联 | 本研究主要基于现有数据集进行分析，未来需要更多的实验验证和临床样本验证 | 识别银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享标志基因和机制相似性 | 银屑病关节炎和类风湿性关节炎的共享生物标志物和免疫细胞功能 | 机器学习 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | LASSO和支持向量机递归特征消除 | 基因表达数据 | NA |
| 2131 | 2024-11-17 |
Combining single-cell RNA sequencing and network pharmacology to explore the target of cangfu daotan decoction in the treatment of obese polycystic ovary syndrome from an immune perspective
2024, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2024.1451300
PMID:39539629
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研究论文 | 本文结合单细胞RNA测序和网络药理学，从免疫角度探讨苍附导痰汤治疗肥胖型多囊卵巢综合征的作用机制 | 首次结合单细胞RNA测序和网络药理学，揭示苍附导痰汤在肥胖型多囊卵巢综合征中的免疫调节机制 | 研究样本量较小，且为单中心研究，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨苍附导痰汤在肥胖型多囊卵巢综合征中的作用机制，特别是其免疫调节作用 | 肥胖型多囊卵巢综合征患者及其免疫微环境 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 129例，包括肥胖型多囊卵巢综合征患者、正常体重多囊卵巢综合征患者和健康女性 |
| 2132 | 2024-11-17 |
Uncovering SPP1+ Macrophage, Neutrophils and Their Related Diagnostic Biomarkers in Intracranial Aneurysm and Subarachnoid Hemorrhage
2024, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S493828
PMID:39539729
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研究论文 | 本研究通过单细胞和转录组数据分析，揭示了颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中SPP1+巨噬细胞和嗜中性粒细胞的作用及其相关诊断生物标志物 | 首次通过单细胞测序和孟德尔随机化分析揭示了SPP1+巨噬细胞在颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中的有害作用，并识别出CD36作为风险因素和有效的血液生物标志物 | NA | 探讨颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血的分子机制和诊断生物标志物 | 颅内动脉瘤和蛛网膜下腔出血中的巨噬细胞、嗜中性粒细胞及其相关生物标志物 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞测序、转录组分析、孟德尔随机化分析 | NA | 单细胞数据、转录组数据 | 从GEO数据库获取的单细胞和转录组数据，以及建立的临床队列 |
| 2133 | 2024-11-17 |
Differences in cell subsets between sun-exposed and unexposed skin: preliminary single-cell sequencing and biological analysis from a single case
2024, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2024.1453940
PMID:39540047
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序和生物分析，比较了同一患者阳光暴露和未暴露皮肤中的细胞亚群差异 | 首次揭示了光老化皮肤中单个病例的细胞成分变化，并提供了关于细胞亚群和病理学的新见解 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和代表性有待进一步验证 | 评估光老化皮肤中细胞亚群变化的生物学过程和机制 | 阳光暴露和未暴露的皮肤细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞数据 | 单一病例，包括阳光暴露的前臂皮肤和未暴露的臀部皮肤 |
| 2134 | 2024-11-17 |
Identify novel therapeutic targets for type II diabetes and periodontitis: insights from single-cell analysis and Mendelian randomization analysis
2024, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2024.1410537
PMID:39544234
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研究论文 | 通过单细胞分析和孟德尔随机化分析，识别II型糖尿病和牙周炎的新治疗靶点 | 整合单细胞分析、孟德尔随机化分析和共定位分析，识别出II型糖尿病和牙周炎的新治疗靶点 | NA | 揭示II型糖尿病和牙周炎之间的关联，并识别新的治疗靶点 | II型糖尿病和牙周炎 | 生物信息学 | 糖尿病 | 单细胞分析、孟德尔随机化分析、共定位分析 | NA | 基因数据 | NA |
| 2135 | 2024-11-17 |
Possible involvement of Toll-like receptor 8-positive monocytes/macrophages in the pathogenesis of Sjögren's disease
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1480675
PMID:39544932
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研究论文 | 研究探讨了Toll样受体8阳性单核细胞/巨噬细胞在干燥综合征发病机制中的可能作用 | 首次通过单细胞RNA测序和多色免疫荧光染色技术，揭示了Toll样受体8阳性单核细胞/巨噬细胞在干燥综合征中的表达和功能 | 研究样本量较小，且仅限于干燥综合征患者，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨Toll样受体在干燥综合征发病机制中的作用 | 干燥综合征患者的唾液腺组织 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、实时PCR、多色免疫荧光染色 | NA | 基因表达数据 | 32例实时PCR样本，19例多色免疫荧光染色样本 |
| 2136 | 2024-11-17 |
Retrospective pharmacogenetic study of psoriasis highlights the role of KLK7 in tumour necrosis factor signalling
2023-12-20, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljad332
PMID:37672660
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研究论文 | 本研究通过回顾性药物基因组学研究，探讨了银屑病治疗中药物反应相关的潜在遗传途径 | 揭示了两个与治疗反应相关的新的遗传标记，并强调了KLK7在肿瘤坏死因子信号传导中的作用 | 研究基于回顾性数据，样本量有限，且未涵盖所有可能的治疗选项 | 利用回顾性数据进行药物基因组学研究，探索银屑病治疗中药物反应的潜在遗传途径 | 1942名银屑病患者及其治疗反应 | 药物基因组学 | 银屑病 | 线性回归分析 | NA | 基因型数据 | 1942名银屑病患者 |
| 2137 | 2024-11-17 |
Ezh2-dependent methylation in oral epithelia promotes secondary palatogenesis
2023-11-15, Birth defects research
IF:1.6Q4
DOI:10.1002/bdr2.2216
PMID:37435868
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研究论文 | 研究Ezh2依赖的甲基化在口腔上皮中对次级腭发育的影响 | 首次揭示了Ezh2在口腔上皮中的甲基化对次级腭发育的作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类 | 探讨Ezh2依赖的甲基化在次级腭发育中的上皮作用 | 小鼠胚胎的口腔上皮 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光、RT-qPCR | NA | RNA | 小鼠胚胎的口腔上皮样本 |
| 2138 | 2024-11-17 |
ScRNAPip: A systematic and dynamic pipeline for single-cell RNA sequencing analysis
2023-Nov, iMeta
IF:23.7Q1
DOI:10.1002/imt2.132
PMID:38868218
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研究论文 | 本文开发了一个可重复的计算工作流程，用于单细胞RNA测序数据分析 | 提出了一个系统化和动态的单细胞RNA测序分析管道ScRNAPip | NA | 为研究人员提供一个全面的教程，帮助他们构建和优化自己的分析管道 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用公开数据集进行演示 |
| 2139 | 2024-11-17 |
Recording morphogen signals reveals origins of gastruloid symmetry breaking
2023-Jun-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.06.02.543474
PMID:37333235
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研究论文 | 研究使用合成基因电路追踪早期细胞内信号如何预测干细胞类胚体中细胞的未来前后位置 | 首次揭示了Wnt信号从均匀状态演变为极化状态的关键6小时时间窗口，并发现早期TGF信号的异质性预测了前后位置并调节Wnt信号 | NA | 探究干细胞类胚体如何打破对称性以可重复地定义单一前后轴 | 干细胞类胚体中的前后轴形成机制 | 发育生物学 | NA | 合成基因电路、单细胞RNA测序、活体成像 | NA | 信号数据、细胞位置数据 | NA |
| 2140 | 2024-11-17 |
CIMLA: Interpretable AI for inference of differential causal networks
2023-Apr-25, ArXiv
PMID:37163135
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CIMLA的新工具，用于发现条件依赖的因果关系变化，并展示了其在基因调控网络中的应用 | CIMLA工具在发现条件依赖的因果关系变化方面比现有方法更稳健和准确 | NA | 发现高维数据中的因果关系 | 基因调控网络在不同生物条件下的差异 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 特征归因模型 | 高维数据 | NA |