单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32106 篇文献，本页显示第 21121 - 21140 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21121 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics uncover hub genes and cell-cell crosstalk in patients with hypertensive nephropathy
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111104
PMID:37897949
|
研究论文 | 该文章探讨了高血压肾病患者的关键基因和细胞间相互作用 | 首次利用单细胞转录组学揭示了高血压肾病的病理信号及潜在的细胞沟通机制 | 样本数量较少，仅包含2名健康对照和5名高血压患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨高血压肾病的分子机制和基因靶标 | 研究对象为5名高血压肾病患者和2名健康供体 | 数字病理学 | 高血压肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7个样本（2个健康供体和5个高血压患者） | NA | NA | NA | NA |
| 21122 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA sequencing in double-hit lymphoma: IMPDH2 induces the progression of lymphoma by activating the PI3K/AKT/mTOR signaling pathway
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111125
PMID:37907047
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研究论文 | 研究IMPDH2在双击淋巴瘤中的作用及其机制 | 首次揭示IMPDH2作为促进双击淋巴瘤肿瘤发展的关键因子及其与PI3K/AKT/mTOR信号通路的联系 | 未能完全阐明IMPDH2在所有类型淋巴瘤中的作用机制 | 探索IMPDH2在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的潜在机制及其在双击淋巴瘤中的作用 | 双击淋巴瘤(DHL)cases和弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的IMPDH2 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞系和组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21123 | 2024-08-07 |
Identification of anterior cruciate ligament fibroblasts and their contribution to knee osteoarthritis progression using single-cell analyses
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111109
PMID:37883816
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，揭示了前交叉韧带（ACL）在正常和骨关节炎（OA）状态下的转录组和表观基因组特征 | 发现了ACL中的一种新型成纤维细胞亚群，并揭示了其在膝关节稳态和疾病中的作用 | NA | 探究前交叉韧带在膝关节骨性关节炎进展中的作用 | 前交叉韧带的成纤维细胞及其在膝关节骨性关节炎中的作用 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞可及染色质测序（scATAC-seq） | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 21124 | 2024-08-07 |
A candidate prognostic biomarker: TFEB inhibits tumor progression via elevating CDKN1A in bladder cancer
2023-Dec, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2023.111016
PMID:37890378
|
研究论文 | 本研究探讨了转录因子EB（TFEB）在膀胱癌中的作用及其作为预后生物标志物的潜力 | 首次揭示了TFEB通过上调CDKN1A表达抑制膀胱癌进展的机制，并发现TFEB表达与免疫细胞浸润呈正相关 | NA | 评估TFEB是否为膀胱癌的生物标志物及治疗靶点 | 膀胱癌组织及细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 549,393例新病例（2018年数据） | NA | NA | NA | NA |
| 21125 | 2024-08-05 |
An End-to-End Deep Hybrid Autoencoder Based Method for Single-Cell RNA-Seq Data Analysis
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3328029
PMID:37889828
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度混合自编码器的单细胞RNA测序数据分析方法 dhaSCA | dhaSCA结合了图卷积神经网络（GCN）特征学习与下游任务，为单细胞转录组数据提供更准确的细胞特征学习 | NA | 提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | GCN-MLP深度自编码器 | RNA-Seq数据 | 八个真实RNA-Seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 21126 | 2024-08-07 |
Multi-View Clustering With Graph Learning for scRNA-Seq Data
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3298334
PMID:37486829
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研究论文 | 本文提出了一种基于图学习的多视角聚类算法（MCGL），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | MCGL算法通过构建多个特征空间并利用多视角学习，从不同角度全面表征scRNA-seq数据，同时自适应学习细胞的相似性图，克服了对固定相似性的依赖 | NA | 研究细胞类型分布 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 多视角聚类算法 | 基因表达数据 | 十个不同规模的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 21127 | 2024-08-07 |
Non-Negative Low-Rank Representation With Similarity Correction for Cell Type Identification in scRNA-Seq Data
2023 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2023.3319375
PMID:37751340
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研究论文 | 本文提出了一种新的非负低秩相似性校正模型（NLRSIM），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别，该模型通过子空间聚类保留细胞间的全局结构 | 引入了一种新的流形学习过程来解决细胞间邻域空间密度不平衡的问题，并使用位置敏感哈希算法构建数据图结构 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负低秩相似性校正模型（NLRSIM） | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21128 | 2024-08-07 |
Profiling joint tissues at single-cell resolution: advances and insights
2024-Jan, Nature reviews. Rheumatology
DOI:10.1038/s41584-023-01052-x
PMID:38057475
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研究论文 | 本文探讨了在单细胞分辨率下对人类关节组织进行分析的进展及其对健康和疾病中这些组织的结构和功能的洞察 | 通过单细胞RNA测序和时间飞行流式细胞术等技术，识别了构成关节组织的不同亚群，并构建了关节组织的单细胞图谱 | NA | 旨在揭示关节组织在健康和疾病中的组织和功能，并探索潜在的治疗靶点 | 关节组织，包括软骨、骨和滑膜 | 数字病理学 | 骨关节炎，类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序，时间飞行流式细胞术 | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 21129 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of human GBM reveals regional differences in tumor-infiltrating leukocyte activation
2023-Dec-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.92678
PMID:38127790
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研究论文 | 本研究通过高深度单细胞RNA测序分析了五名原发性胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本，揭示了肿瘤微环境中不同区域的免疫细胞转录特征差异 | 首次在人类胶质母细胞瘤中展示了肿瘤微环境内不同区域的免疫细胞转录特征差异，并识别了肿瘤浸润CD8 T细胞在血液和肿瘤微环境中的不同表型 | 研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究胶质母细胞瘤中肿瘤微环境不同区域的免疫细胞激活状态 | 胶质母细胞瘤患者的肿瘤中心、周边浸润区和血液样本中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 五名原发性胶质母细胞瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 21130 | 2024-08-07 |
MYO5A overexpression promotes invasion and correlates with low lymphocyte infiltration in head and neck squamous carcinoma
2023-Dec-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11759-5
PMID:38129784
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据结合体外实验，探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用 | 发现MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的过表达促进癌细胞迁移，并通过抑制vimentin表达影响免疫浸润 | NA | 探讨MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的作用及其对预后的影响 | MYO5A在头颈鳞状细胞癌中的表达及其对癌细胞迁移和免疫浸润的影响 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21131 | 2024-08-07 |
Interpretation of the Yak Skin Single-Cell Transcriptome Landscape
2023-Dec-11, Animals : an open access journal from MDPI
IF:2.7Q1
DOI:10.3390/ani13243818
PMID:38136855
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了牦牛肩胛皮肤在毛囊休止期和生长期的单细胞转录组图谱 | 首次揭示了牦牛皮肤中11种主要细胞类型的转录组特征，并详细分析了DP细胞和成纤维细胞谱系的单细胞图谱 | NA | 探索毛囊形态发生过程中的转录调控机制 | 牦牛皮肤中的单细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 26,573个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 21132 | 2024-08-05 |
ATAT: Automated Tissue Alignment and Traversal in Spatial Transcriptomics with Self-Supervised Learning
2023-Dec-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.08.570839
PMID:38106010
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研究论文 | 本研究提出了一个新的计算框架ATAT，用于增强空间转录组学分析 | ATAT利用自我监督对比学习自动对齐和遍历ST数据，填补了当前ST分析方法中的关键空白 | 未在摘要中提及具体的限制 | 旨在提升空间转录组学在多样化和复杂组织结构分析中的应用 | 主要关注胃肠道活检组织样本中的转录组数据 | 数字病理学 | NA | 自我监督对比学习 | NA | H&E染色图像 | 多样本的组织活检数据 | NA | NA | NA | NA |
| 21133 | 2024-08-05 |
The Construction and Validation of a Novel Ferroptosis-Related Gene Signature in Parkinson's Disease
2023-Dec-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417203
PMID:38139032
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研究论文 | 本文构建并验证了一种与铁死亡相关的基因特征，用于帕金森病的研究 | 提出了一种新的与铁死亡相关的基因特征，并显示其在帕金森病早期诊断中的潜在应用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探讨铁死亡在帕金森病发病机制中的作用 | 分析GSE8397数据集中差异表达基因与铁死亡相关基因的关系 | 数字病理学 | 帕金森病 | Western blotting, 免疫组化, 并利用Cytoscape进行网络图构建 | MPTP诱导的鼠模型 | 基因表达数据 | 使用了GSE8397数据集的相关样本以及MPTP诱导的小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 21134 | 2024-08-05 |
Identification and Interpretation of A-to-I RNA Editing Events in Insect Transcriptomes
2023-Dec-05, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242417126
PMID:38138955
|
review | 本综述介绍了A-to-I RNA编辑事件在昆虫转录组中的识别和解释 | 系统回顾了RNA编辑的生物学意义，并总结了识别这些编辑事件的方法 | 在小型非模型昆虫中准确识别RNA编辑事件仍然面临一些困难 | 探讨RNA编辑的生物学重要性及其识别方法 | 主要关注小型非模型昆虫中的RNA编辑事件识别 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21135 | 2024-08-07 |
Investigation of a UPR-Related Gene Signature Identifies the Pro-Fibrotic Effects of Thrombospondin-1 by Activating CD47/ROS/Endoplasmic Reticulum Stress Pathway in Lung Fibroblasts
2023-Nov-21, Antioxidants (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/antiox12122024
PMID:38136144
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析，探讨了未折叠蛋白反应（UPR）状态与特发性肺纤维化（IPF）患者肺功能之间的关系，并发现血小板反应蛋白-1（TSP-1）通过激活CD47/ROS/内质网应激途径在肺成纤维细胞中发挥促纤维化作用。 | 本研究首次揭示了TSP-1在肺纤维化中的病理作用，并证明了TSP-1通过CD47依赖的ROS产生促进内质网应激和成纤维细胞活化。 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验，未来需要进一步的临床试验和体内实验来验证这些发现。 | 探讨UPR状态与IPF患者肺功能及预后的关系，并研究TSP-1在肺纤维化中的作用机制。 | 特发性肺纤维化患者，肺成纤维细胞。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 基因集富集分析（GSEA） | NA | RNA测序数据 | 使用了大量的RNA测序和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 21136 | 2024-08-05 |
Comprehensive Analysis of METTLs (METTL1/13/18/21A/23/25/2A/2B/5/6/9) and Associated mRNA Risk Signature in Hepatocellular Carcinoma
2023, Analytical cellular pathology (Amsterdam)
DOI:10.1155/2023/6007431
PMID:38130905
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研究论文 | 本研究分析了METTLs及其相关的mRNA风险特征在肝细胞癌中的价值 | 本研究构建了与METTLs相关的mRNA风险特征，并探讨了其作为独立预后标志物的临床应用 | 主要的限制是对METTL25之外其他基因的特定功能缺乏深入研究 | 本研究旨在揭示METTL家族基因在肝细胞癌的预后价值 | 主要针对METTLs和关联的mRNA在肝细胞癌患者中的表达及其预后影响进行研究 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序 | NA | mRNA | 共涉及664个mRNA | NA | NA | NA | NA |
| 21137 | 2024-08-05 |
Identification and validation of prognostic and tumor microenvironment characteristics of necroptosis index and BIRC3 in clear cell renal cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.16643
PMID:38130918
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研究论文 | 本研究探讨了坏死性凋亡指数及BIRC3在透明细胞肾细胞癌中的预后和肿瘤微环境特征 | 研究识别了新的坏死性凋亡相关基因，并提出了一种新的预后模型，评估了其在免疫特性和肿瘤突变负担中的作用 | 研究可能受到样本量和数据来源的限制，需进一步验证结果的普适性 | 探讨坏死性凋亡在透明细胞肾细胞癌中的重要性及其机制 | 透明细胞肾细胞癌中的坏死性凋亡相关基因及BIRC3的表达和功能 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、定量实时PCR | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 涉及TCGA和GEO数据库中的多组样本，具体样本量NA | NA | NA | NA | NA |
| 21138 | 2024-08-05 |
Corrigendum: Exploring the shared molecular mechanisms between systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1339929
PMID:38143754
|
更正 | 这篇文章纠正了先前关于系统性红斑狼疮和原发性干燥综合症的分子机制研究的错误 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 21139 | 2024-08-05 |
Exploring the shared molecular mechanisms between systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome based on integrated bioinformatics and single-cell RNA-seq analysis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1212330
PMID:37614232
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研究论文 | 本研究探讨了系统性红斑狼疮与原发性干燥综合征之间的共享分子机制 | 识别出IFI44L、ISG15和ITGB2作为共享基因，并找到了共同的转录因子STAT1和IRF7 | 未详细讨论共享基因的生物学功能及其在疾病中的具体作用 | 研究系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征之间的共同病理机制 | 系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征的基因及转录因子 | 数字病理 | 系统性红斑狼疮与原发性干燥综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 152个共享基因 | NA | NA | NA | NA |
| 21140 | 2024-08-05 |
SODB facilitates comprehensive exploration of spatial omics data
2023-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01773-7
PMID:36797409
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研究论文 | 本文介绍了一个名为空间组学数据库(SODB)的网络平台，该平台提供丰富的数据资源和交互式数据分析模块 | SODB提供了一种统一的数据格式，兼容多种计算软件包，并介绍了独特的空间组学视图模块(SOView)，能够更好地分析和展示空间组学数据 | 可能尚未涵盖所有空间组学技术的实验数据 | 构建一个整合空间组学数据的数据库和分析工具 | 来自25种以上空间组学技术的2400多个实验数据 | 数字病理学 | NA | 空间组学 | NA | 实验数据 | 超过2400个实验 | NA | NA | NA | NA |