单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21021	2024-08-08	CCL5-Secreting Virtual Memory CD8+ T Cells Inversely Associate With Viral Reservoir Size in HIV-1-Infected Individuals on Antiretroviral Therapy 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.897569 PMID:35720272	研究论文	研究探讨了HIV-1感染者在抗逆转录病毒治疗(ART)下，CD8+ T细胞的效应分子和表型亚群与HIV-1 DNA及细胞相关未剪接RNA(CA usRNA)的相关性	发现CCL5分泌的虚拟记忆CD8+ T细胞亚群可能是HIV-1病毒库大小的潜在决定因素	研究对象仅为60名病毒学抑制的HIV-1感染者，样本量有限	揭示HIV-1感染者在ART下CD8+ T细胞的细胞和分子机制	CD8+ T细胞的效应分子和表型亚群与HIV-1 DNA及CA usRNA的相关性	NA	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	60名病毒学抑制的HIV-1感染者
21022	2024-08-08	A Global Regulatory Network for Dysregulated Gene Expression and Abnormal Metabolic Signaling in Immune Cells in the Microenvironment of Graves' Disease and Hashimoto's Thyroiditis 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.879824 PMID:35720300	研究论文	本研究探讨了桥本甲状腺炎和格雷夫斯病中免疫细胞亚群异常表达基因和代谢信号的分子机制，并通过单细胞RNA测序等技术构建了免疫细胞的全球调控网络。	首次在单细胞水平上揭示了桥本甲状腺炎和格雷夫斯病中免疫细胞亚群的异常基因表达和代谢信号，并构建了免疫细胞的全球调控网络。	研究样本量较小，仅包括2名桥本甲状腺炎患者、2名格雷夫斯病患者和1名对照捐赠者。	阐明桥本甲状腺炎和格雷夫斯病中免疫细胞亚群异常免疫功能的分子机制。	桥本甲状腺炎和格雷夫斯病患者的甲状腺样本中的免疫细胞。	数字病理学	甲状腺疾病	单细胞RNA测序、全转录组测序、全长转录组测序（Oxford Nanopore Technologies）、代谢组测序	NA	转录组数据、代谢组数据	2名桥本甲状腺炎患者、2名格雷夫斯病患者和1名对照捐赠者的甲状腺样本
21023	2024-08-08	Single-Cell RNA and ATAC Sequencing Reveal Hemodialysis-Related Immune Dysregulation of Circulating Immune Cell Subpopulations 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.878226 PMID:35720370	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）技术，分析了健康对照组和维持性血液透析患者的循环免疫细胞亚群的转录组和染色质可及性特征	首次揭示了长期血液透析对循环免疫细胞亚群的转录程序和染色质可及性的影响	NA	探讨血液透析相关的免疫失调机制，并寻找潜在的治疗靶点	健康对照组和维持性血液透析患者的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	转录组数据，染色质可及性数据	健康对照组和维持性血液透析患者的PBMCs
21024	2024-08-08	Single-Cell Sequencing Analysis of the db/db Mouse Hippocampus Reveals Cell-Type-Specific Insights Into the Pathobiology of Diabetes-Associated Cognitive Dysfunction 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.891039 PMID:35721719	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了db/db小鼠海马体的细胞类型特异性变化，以揭示糖尿病相关认知功能障碍的病理生物学机制	首次在单细胞水平上揭示了糖尿病小鼠海马体中与炎症和氧化应激相关的细胞类型特异性基因表达变化，并发现了一种与促炎性疾病相关的微胶质细胞亚群	研究仅限于db/db小鼠模型，可能需要进一步在人类样本中验证这些发现	深入了解糖尿病相关认知功能障碍的分子和细胞变化，并识别潜在的诊断生物标志物和治疗干预措施	db/db小鼠的海马体细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	14621个海马体细胞
21025	2024-08-08	Identification of Type 2 Diabetes Biomarkers From Mixed Single-Cell Sequencing Data With Feature Selection Methods 2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology IF:4.3Q2 DOI:10.3389/fbioe.2022.890901 PMID:35721855	研究论文	本研究通过特征选择方法从混合单细胞测序数据中识别出2型糖尿病的生物标志物	揭示了传统批量测序技术忽视的新型潜在致病机制，并发现了与2型糖尿病相关的新的基因	NA	探索2型糖尿病在分子层面的本质，并识别其在单细胞水平的差异表达特征	2型糖尿病患者的单细胞表达谱	生物信息学	糖尿病	单细胞测序	机器学习算法	基因表达数据	1600多个单细胞，其中949个来自2型糖尿病患者，651个来自正常对照
21026	2024-08-08	Single Cell Transcriptomic Analysis Reveals Organ Specific Pericyte Markers and Identities 2022, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2022.876591 PMID:35722109	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序数据，识别了特定组织中周细胞的特异性标记物	首次在肺、心脏、肾脏和膀胱中识别出特定周细胞标记物，并揭示了壁细胞之间的差异表达基因和功能关系	NA	识别周细胞特异性标记物，并揭示其在不同组织中的功能和关系	小鼠特定组织的周细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自小鼠肺、心脏、肾脏和膀胱的特定组织周细胞群体
21027	2024-08-08	Correction: Differential expression profile of gluten-specific T cells identified by single-cell RNA-seq 2022, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0270444 PMID:35727765	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
21028	2024-08-08	Identification of Ligand-Receptor Pairs Associated With Tumour Characteristics in Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.874056 PMID:35734169	研究论文	本研究通过分析单细胞测序数据，揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）肿瘤微环境中配体-受体（LR）对的复杂组成及其与肿瘤特征的关联	提出了基于46个LR对的新的分子亚型分类模型，并构建了LR.score模型用于准确预测ccRCC患者的预后	NA	识别与透明细胞肾细胞癌肿瘤特征相关的配体-受体对，并探索其在分子亚型分类和免疫治疗效果预测中的应用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤微环境及其配体-受体对的表达模式和临床相关性	数字病理学	肾细胞癌	单细胞测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归分析	基因表达数据	来自Gene expression omnibus数据库和TCGA-KIRC数据集的ccRCC患者数据
21029	2024-08-08	Identification of the Immune Subtype of Hepatocellular Carcinoma for the Prediction of Disease-Free Survival Time and Prevention of Recurrence by Integrated Analysis of Bulk- and Single-Cell RNA Sequencing Data 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.868325 PMID:35734185	研究论文	本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，识别肝细胞癌的免疫亚型，用于预测无病生存时间并预防复发	构建了一种新的高效T细胞风险评分（TCRS），用于识别具有较长无病生存时间和炎症免疫特征的肝细胞癌患者免疫亚型	NA	预测肝细胞癌患者手术后的无病生存时间并预防复发	肝细胞癌患者的免疫细胞及其在无病生存时间预测和复发预防中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	LASSO回归模型	RNA测序数据	NA
21030	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing Analysis Using Fluidigm C1 Platform for Characterization of Heterogeneous Transcriptomes 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-2376-3_19 PMID:35737246	研究论文	本文详细介绍了一种使用Fluidigm C1平台进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析的工作流程和协议，并引入了验证差异基因表达的策略	scRNA-seq技术能够在单细胞分辨率下表征转录组异质性	NA	表征转录组异质性	单细胞RNA测序分析	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	cDNA	单细胞
21031	2024-08-08	Blockade of interleukin 10 potentiates antitumour immune function in human colorectal cancer liver metastases 2023-02, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2021-325808 PMID:35705369	研究论文	本文研究了阻断白细胞介素10（IL-10）对人类结直肠癌肝转移中内源性T细胞和嵌合抗原受体T（CAR-T）细胞抗肿瘤功能的影响。	通过阻断IL-10信号，增强了CAR-T细胞的活性和细胞毒性，提高了T细胞介导的癌细胞死亡率。	研究主要基于组织切片培养模型，需要在临床试验中进一步验证其效果。	评估IL-10阻断对结直肠癌肝转移中T细胞和CAR-T细胞抗肿瘤功能的影响。	人类结直肠癌肝转移组织切片中的T细胞和CAR-T细胞。	免疫学	结直肠癌	免疫组织化学、原位杂交、单细胞RNA测序、反向蛋白阵列和时间流逝荧光显微镜。	NA	组织切片	38名患者的肿瘤组织
21032	2024-08-08	Dysregulated Th1 cells in lung squamous cell carcinoma 2022-12, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.1MA0422-208R PMID:35686499	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫荧光染色技术，分析了肺鳞状细胞癌（LUSC）中Th1细胞的功能失调情况	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了LUSC中Th1细胞功能下降与内质网应激的相关性	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探讨肺鳞状细胞癌中Th1细胞的功能状态及其与肿瘤微环境的关系	肺鳞状细胞癌患者的Th1细胞和CD8 T细胞	数字病理学	肺鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	8名LUSC患者组织样本，32名LUSC患者免疫荧光染色样本
21033	2024-08-08	Identification and characterization of stem cells in mammalian esophageal stratified squamous epithelia 2022-11-17, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjac038 PMID:35709398	研究论文	本研究通过体内外实验，利用5-溴-2'-脱氧尿苷标记追踪、全基因组DNA甲基化和单细胞RNA测序技术，鉴定和表征了哺乳动物食管复层鳞状上皮中的干细胞群体	首次鉴定出食管复层鳞状上皮中含高水平的半桥粒（HDs）和低水平的Wnt信号的慢循环/静止干细胞群体，并揭示了HDs和Wnt信号在定义基底层干细胞中的关键作用	NA	探究食管复层鳞状上皮中干细胞的鉴定和表征	哺乳动物食管复层鳞状上皮中的干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组DNA甲基化数据	使用大鼠进行体内外实验
21034	2024-08-08	Antiretroviral therapy restores the homeostatic state of microglia in SIV-infected rhesus macaques 2022-11, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.3HI0422-635R PMID:35686500	研究论文	本研究使用SIV感染的恒河猴模型，通过单细胞RNA测序、生物信息学和通路分析，探讨了联合抗逆转录病毒治疗（cART）对脑微胶质细胞稳态恢复的影响	本研究首次揭示了cART治疗能够恢复SIV感染恒河猴脑微胶质细胞的稳态，减少了炎症反应	研究仅限于SIV感染的恒河猴模型，尚未在人类中验证	测试联合抗逆转录病毒治疗是否能使SIV感染的脑微胶质细胞恢复到更接近稳态的状态	SIV感染的恒河猴脑微胶质细胞	NA	HIV/SIV感染	单细胞RNA测序	NA	RNA	SIV感染的恒河猴脑微胶质细胞在不同条件下的样本
21035	2024-08-08	Interferon-stimulated and metallothionein-expressing macrophages are associated with acute and chronic allograft dysfunction after lung transplantation 2022-11, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2022.05.005 PMID:35691795	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了稳定和急性肺同种异体移植物功能障碍（ALAD）患者的支气管肺泡灌洗细胞以及慢性肺同种异体移植物功能障碍（CLAD）的肺组织细胞，识别了与肺移植后急性及慢性功能障碍相关的特定巨噬细胞亚群。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺移植后肺巨噬细胞的广泛异质性，并识别了与同种异体移植物功能障碍相关的特定巨噬细胞亚群，为治疗提供了潜在靶点。	NA	确定肺同种异体移植物功能障碍中的关键细胞元素，特别是巨噬细胞。	稳定和急性肺同种异体移植物功能障碍患者的支气管肺泡灌洗细胞以及慢性肺同种异体移植物功能障碍的肺组织细胞。	数字病理学	肺移植	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	细胞	稳定和ALAD患者的支气管肺泡灌洗细胞，以及4个慢性肺同种异体移植物功能障碍的肺组织细胞。
21036	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing to explore composition of peripheral blood NK cells in patients with chronic myeloid leukemia in treatment-free remission 2022-11, Leukemia & lymphoma IF:2.2Q3 DOI:10.1080/10428194.2022.2086243 PMID:35695125	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索治疗无复发生存期慢性髓性白血病患者外周血NK细胞的组成	首次通过单细胞RNA测序分析确定了在治疗无复发生存期慢性髓性白血病患者中，成熟和终末期、CD56亮和过渡期NK细胞亚群在维持无复发生存状态中的关键作用	NA	探索NK细胞亚群及其基因表达在维持治疗无复发生存状态中的作用	慢性髓性白血病患者的外周血NK细胞	数字病理学	慢性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括健康对照组和治疗无复发生存期患者的外周血单个核细胞
21037	2024-08-08	Estimating intraclonal heterogeneity and subpopulation changes from bulk expression profiles in CMap 2022-10, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202101299 PMID:35688486	研究论文	本文提出了一种计算框架Premnas，用于从CMap中的L1000批量表达谱估计未确定亚群的丰度，以理解药物和疾病相关的治疗途径和生物过程	Premnas框架通过从单细胞RNA-seq数据中学习的亚群表示，直接从L1000谱估计亚群丰度，恢复了扰动后亚群变化的信息	由于L1000测定法的批量级表达谱性质，内克隆异质性和亚群组成变化在很大程度上被忽视	提高CMap中扰动连接的可解释性和可重复性	CMap库中的批量表达谱数据	生物信息学	NA	L1000测定法，单细胞RNA-seq	原型分析	表达谱	NA
21038	2024-08-08	c-Rel-dependent monocytes are potent immune suppressor cells in cancer 2022-10, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.1MA0422-518RR PMID:35694784	研究论文	本文通过单细胞转录组学和基因敲除方法，描述了一类由转录因子c-Rel编程的鼠和人类髓源抑制细胞，命名为rel依赖性单核细胞（rMos），这些细胞在肿瘤生长中通过强烈抑制T细胞功能和表现出强烈的迁移表型来促进肿瘤生长。	本文首次描述了由c-Rel调控的rel依赖性单核细胞，这些细胞表达高水平的促炎细胞因子IL-1β和低水平的抑制分子精氨酸酶1，通过c-Rel增强体控制单核细胞特征基因的表达。	NA	研究c-Rel依赖性单核细胞在肿瘤免疫抑制中的作用及其机制。	鼠和人类的髓源抑制细胞，特别是c-Rel依赖性单核细胞。	免疫学	癌症	单细胞转录组学，基因敲除	NA	基因表达数据	鼠和人类样本
21039	2024-08-08	PRMT1 is required for the generation of MHC-associated microglia and remyelination in the central nervous system 2022-10, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202201467 PMID:35705491	研究论文	本文通过使用铜唑（CPZ）饮食诱导的去髓鞘和再髓鞘化小鼠模型，发现PRMT1是中枢神经系统再髓鞘化所需的MHC相关小胶质细胞群体的驱动因子	首次鉴定PRMT1为调控再髓鞘化小胶质细胞激活的关键因子	NA	研究PRMT1在中枢神经系统再髓鞘化中的作用	PRMT1在小胶质细胞中的作用及其对再髓鞘化的影响	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用CPZ饮食诱导的小鼠模型
21040	2024-08-08	Clonality and timing of relapsing colorectal cancer metastasis revealed through whole-genome single-cell sequencing 2022-09-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2022.215767 PMID:35688262	研究论文	本文通过全基因组单细胞测序技术揭示了复发性结直肠癌转移的克隆性和时间特征	利用单细胞全基因组测序数据分析了复发性肝转移瘤的进化历史，揭示了治疗诱导的种群瓶颈和先前分化的克隆系的存活	研究样本仅为单一患者，可能限制了结果的普遍性	旨在更好地理解复发性肿瘤病变的进化历史，以识别转移进展的空间和时间模式	复发性结直肠癌的转移瘤	数字病理学	结直肠癌	全基因组单细胞测序	NA	基因组数据	单一转移性结直肠癌患者