单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20401	2024-08-08	sgcocaller and comapr: personalised haplotype assembly and comparative crossover map analysis using single-gamete sequencing data 2022-11-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkac764 PMID:36107768	研究论文	本文介绍了用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点的软件工具sgcocaller，以及用于从单配子构建、可视化和比较个性化交叉景观的comapr	提出了sgcocaller和comapr工具，能够在高覆盖率数据集上生成无瑕的单体型结果，并且在低覆盖率单配子测序数据上表现优于现有方法	NA	开发高效的软件工具，用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点，并构建、可视化和比较个性化交叉景观	单配子DNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	大量单配子样本
20402	2024-08-08	Cell type markers indicate distinct contributions of decidual stromal cells and natural killer cells in preeclampsia 2022-11-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-22-0079 PMID:36111648	研究论文	本研究通过整合分析先兆子痫转录组和单细胞转录组数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在早期和晚期先兆子痫中的特定贡献	本研究结合了先兆子痫的转录组结果和单细胞测序数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在先兆子痫中的特定贡献，其中部分结果是出乎意料的	NA	研究先兆子痫中不同细胞类型的具体贡献	先兆子痫中的基质细胞和子宫自然杀伤细胞	数字病理学	妊娠相关疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
20403	2024-08-08	Survival prediction optimization of acute myeloid leukaemia based on T-cell function-related genes and plasma proteins 2022-11, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.18453 PMID:36113865	研究论文	本研究基于T细胞功能相关基因和血浆蛋白，优化了急性髓系白血病（AML）患者的生存预测模型	本研究首次将T细胞功能相关基因特征纳入AML生存预测模型，并通过随机生存森林变量狩猎算法开发了八基因T细胞功能相关特征	NA	优化急性髓系白血病患者的生存预测模型	急性髓系白血病患者	数字病理学	白血病	RNA矩阵	随机生存森林	RNA序列	1611名AML患者的数据
20404	2024-08-08	Cancer-associated fibroblasts-derived FMO2 as a biomarker of macrophage infiltration and prognosis in epithelial ovarian cancer 2022-11, Gynecologic oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.ygyno.2022.09.003 PMID:36114029	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞衍生的FMO2作为上皮性卵巢癌中巨噬细胞浸润和预后标志物的角色	首次研究FMO2作为癌症相关成纤维细胞衍生的新型预后生物标志物在上皮性卵巢癌中的作用	研究主要基于现有数据库和独立队列的数据，可能需要更多临床样本验证	研究FMO2在上皮性卵巢癌中的作用及其与免疫成分的关联	上皮性卵巢癌样本中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	独立队列包含113个样本
20405	2024-08-08	Deficiency of Irx5 protects mice from obesity and associated metabolic abnormalities 2022-11, International journal of obesity (2005) DOI:10.1038/s41366-022-01221-0 PMID:36115924	研究论文	本研究探讨了Irx5基因在调节肥胖及相关代谢异常中的作用	首次揭示了Irx5在能量稳态中的功能，并通过单细胞RNA测序分析了其在下丘脑中的作用	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类中验证Irx5的作用	解析Irx5在肥胖和代谢异常调节中的作用	Irx5基因敲除小鼠及其在高脂饮食挑战下的代谢表型	遗传学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Irx5KO小鼠模型
20406	2024-08-08	Transcriptomic changes in autophagy-related genes are inversely correlated with inflammation and are associated with multiple sclerosis lesion pathology 2022-Nov, Brain, behavior, & immunity - health DOI:10.1016/j.bbih.2022.100510 PMID:36120103	研究论文	本文研究了自噬相关基因在多发性硬化症（MS）病变病理中的表达变化及其与炎症的关系	首次展示了自噬相关基因在MS急性期和混合活动/非活动性病变中的表达减少，并提出了mTORC1通路可能通过持续激活抑制自噬的假设	NA	探讨自噬在多发性硬化症不同阶段病理中的作用及其调控机制	自噬相关基因在多发性硬化症病变中的表达变化及其与炎症的关系	数字病理学	多发性硬化症	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）模型及人类MS脑组织样本
20407	2024-08-08	Progressively Decreased HCN1 Channels Results in Cone Morphological Defects in Diabetic Retinopathy 2022-10-26, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.2550-21.2022 PMID:36123121	研究论文	本研究报告了在糖尿病视网膜病变中，HCN1通道的逐渐减少导致视锥细胞形态缺陷，并使用斑马鱼模型进行了系统性的单细胞转录组分析。	首次揭示了HCN1通道在糖尿病视网膜病变中的作用，并提出了视锥细胞在不同葡萄糖水平下的两种新型细胞状态。	NA	探讨糖尿病视网膜病变中视锥细胞形态缺陷的分子机制。	糖尿病视网膜病变中的视锥细胞及其HCN1通道表达。	NA	糖尿病视网膜病变	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	斑马鱼模型
20408	2024-08-08	Unraveling unique features of plasma cell clones in POEMS syndrome with single-cell analysis 2022-10-24, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.151482 PMID:36129760	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了POEMS综合征患者的骨髓浆细胞，识别出具有特定Igλ轻链序列的POEMS克隆，并探讨了其特征和病理机制	首次成功通过单细胞RNA测序技术分离和鉴定了POEMS综合征中的浆细胞克隆，揭示了其独特的分子特征	研究样本量较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性	揭示POEMS综合征中浆细胞克隆的独特特征及其病理机制	POEMS综合征患者的骨髓浆细胞	数字病理学	浆细胞疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自POEMS综合征患者的骨髓浆细胞样本
20409	2024-08-08	Inhibition of APOC1 promotes the transformation of M2 into M1 macrophages via the ferroptosis pathway and enhances anti-PD1 immunotherapy in hepatocellular carcinoma based on single-cell RNA sequencing 2022-10, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2022.102463 PMID:36108528	research paper	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了APOC1抑制在肝细胞癌中通过铁死亡途径促进M2巨噬细胞向M1型转化，并增强抗PD1免疫治疗的效果。	首次揭示了APOC1在肝细胞癌中的过度表达及其通过铁死亡途径影响巨噬细胞表型的机制，为抗PD1免疫治疗提供了新的策略。	研究样本量较小，仅包括四例肝细胞癌病例和两例非癌对照，可能影响结果的普遍性。	探讨APOC1抑制在肝细胞癌治疗中的作用及其机制。	肝细胞癌中的巨噬细胞表型转化及其与抗PD1免疫治疗的关系。	digital pathology	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	212,494个细胞，包括四例肝细胞癌病例和两例非癌对照的免疫细胞。
20410	2024-08-08	Downregulation of zinc finger protein 71 expression in oral squamous cell carcinoma tissues and its underlying molecular mechanism 2022-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2022.154109 PMID:36115333	研究论文	本研究探讨了锌指蛋白71（ZNF71）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）组织中的表达水平及其潜在的分子机制	首次描述了ZNF71在OSCC中的表达状态及其分子机制	需要进一步研究以验证ZNF71下调对OSCC启动和促进的影响	旨在确定ZNF71在OSCC组织中的特定表达水平并解释其在OSCC发病机制中的潜在分子机制	口腔鳞状细胞癌组织中ZNF71的表达及其分子机制	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	免疫组织化学染色，单细胞RNA测序，高通量RNA测序	NA	蛋白质，mRNA	116例OSCC样本和29例非OSCC样本用于免疫组织化学染色，7例OSCC样本用于单细胞RNA测序，893例OSCC样本和301例非OSCC样本用于高通量RNA测序
20411	2024-08-08	Chemically-induced osteogenic cells for bone tissue engineering and disease modeling 2022-10, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2022.121792 PMID:36116170	研究论文	本文报道了将人纤维母细胞重编程为化学诱导的成骨细胞（ciOG），并探讨了ciOG在骨修复和疾病治疗中的应用潜力	使用化学混合物RepSox、forskolin和phenamil激活RUNX2表达，成功将纤维母细胞诱导为成骨细胞，并在免疫缺陷小鼠的异位部位形成矿化组织	NA	研究化学诱导的成骨细胞在骨组织工程和疾病模型中的应用	人纤维母细胞、化学诱导的成骨细胞（ciOG）	组织工程	NA	RNA测序	NA	RNA	NA
20412	2024-08-08	A cellular hierarchy in melanoma uncouples growth and metastasis 2022-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-05242-7 PMID:36131018	研究论文	本文通过结合小鼠遗传学、单细胞和空间转录组学、谱系追踪和定量建模，揭示了黑色素瘤中肿瘤生长的层次模型，该模型反映了胚胎神经嵴细胞命运指定和分化的细胞和分子逻辑。	本文首次展示了黑色素瘤细胞在空间上定位的血管周围微环境中，通过内皮细胞建立的细胞间通讯途径获得肿瘤发生能力，并揭示了支持生长和转移的细胞池是不同的。	NA	研究黑色素瘤中细胞状态多样性的起源和程度，以及生长和转移扩散是否由重叠或不同的黑色素瘤亚群支持。	黑色素瘤细胞的生长和转移机制。	数字病理学	黑色素瘤	单细胞和空间转录组学	定量建模	转录组数据	涉及小鼠模型和黑色素瘤细胞样本
20413	2024-08-08	Malignant clonal evolution drives multiple myeloma cellular ecological diversity and microenvironment reprogramming 2022-09-22, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-022-01648-z PMID:36131282	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和单分子长读长基因组测序数据，构建了多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞生态景观，分析了恶性克隆演化模式及其对肿瘤微环境的影响	首次在单细胞水平上描述了多发性骨髓瘤的恶性克隆演化模式，并揭示了克隆演化与肿瘤微环境之间的交互关系	NA	探讨多发性骨髓瘤的恶性克隆演化及其对肿瘤微环境的影响，为个性化精准治疗策略提供理论依据	多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序，单分子长读长基因组测序	NA	基因组数据	所有多发性骨髓瘤患者
20414	2024-08-08	Single-cell transcriptome reveals cellular hierarchies and guides p-EMT-targeted trial in skull base chordoma 2022-Sep-20, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-022-00459-2 PMID:36127333	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序揭示了颅底脊索瘤的细胞层次结构，并探索了新的治疗靶点	首次对颅底脊索瘤进行单细胞RNA测序，并发现了与放射抵抗性相关的干细胞样细胞簇和部分上皮-间质转化（p-EMT）相关的恶性细胞特征	研究样本仅包括三名颅底脊索瘤患者，临床试验的样本量较小	揭示颅底脊索瘤的细胞层次结构并探索新的治疗靶点	颅底脊索瘤的单细胞转录组	数字病理学	颅底脊索瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	90,691个单细胞样本，三名颅底脊索瘤患者参与临床试验
20415	2024-08-08	Combining single-cell RNA sequencing of peripheral blood mononuclear cells and exosomal transcriptome to reveal the cellular and genetic profiles in COPD 2022-Sep-20, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-022-02182-8 PMID:36127695	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和外泌体转录组测序，揭示了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者外周血单个核细胞（PBMCs）和外泌体的细胞及遗传特征	首次结合单细胞RNA测序和外泌体转录组测序，探讨了COPD患者外周免疫状态与外泌体之间的关系，并构建了竞争性内源RNA（ceRNA）和蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	研究样本量较小，仅包括六名COPD患者和四名健康对照	探讨COPD患者外周免疫状态与外泌体之间的关系及其在疾病发展中的作用	COPD患者的外周血单个核细胞（PBMCs）和外泌体	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序，外泌体转录组测序	NA	RNA	六名COPD患者和四名健康对照
20416	2024-08-08	Single-cell and WGCNA uncover a prognostic model and potential oncogenes in colorectal cancer 2022-Sep-19, Biological procedures online IF:3.7Q1 DOI:10.1186/s12575-022-00175-x PMID:36117173	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）和批量转录组测序（bulk RNA-seq）数据构建了一个结直肠癌（CRC）的预后模型，并发现了潜在的新癌基因。	首次基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据构建了CRC的预后模型，并鉴定了四个先前未报告的新癌基因（MPZ, SCARA3, MPP2 和 PBXIP1）。	NA	开发新的CRC理解方法并构建预后模型。	结直肠癌（CRC）的预后和潜在治疗靶点。	数字病理学	结直肠癌	单细胞转录组测序（scRNA-seq），批量转录组测序（bulk RNA-seq）	风险模型	基因表达数据	43,851个细胞
20417	2024-08-08	Identification of immune and stromal cell infiltration-related gene signature for prognosis prediction in acute lymphoblastic leukemia 2022-09-19, Aging DOI:10.18632/aging.204292 PMID:36126190	研究论文	本研究针对急性淋巴细胞白血病（ALL），通过生物信息学分析构建了一个基于免疫/间质细胞浸润相关基因（ISCIRG）的预后预测模型	首次描述了基于ISCIRG的预后标志物，用于ALL的预后预测	NA	研究ISCIRGs在ALL中的作用及对患者临床护理的意义	急性淋巴细胞白血病患者	数字病理学	白血病	RNA-seq	LASSO和多元Cox回归分析	RNA-seq数据	444名患者，包括437个批量和7个单细胞RNA-seq数据集
20418	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveal cellular diversity of aortic valve and the immunomodulation by PPARγ during hyperlipidemia 2022-09-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33202-2 PMID:36115863	研究论文	研究通过单细胞转录组学分析揭示了主动脉瓣的细胞多样性以及PPARγ在血脂异常中的免疫调节作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了血脂异常条件下主动脉瓣细胞的异质性及其表型变化，并发现PPARγ激活在保护主动脉瓣免受炎症中的作用	NA	探讨血脂异常与主动脉瓣炎症之间的关系，并研究PPARγ在其中的免疫调节作用	主动脉瓣的细胞多样性及PPARγ在血脂异常中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及血脂异常小鼠及非钙化的人类主动脉瓣样本
20419	2024-08-08	Dendritic cell-derived IL-27 p28 regulates T cell program in pathogenicity and alleviates acute graft-versus-host disease 2022-09-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-022-01147-z PMID:36109504	研究论文	本研究探讨了树突状细胞来源的IL-27 p28在急性移植物抗宿主病中的作用	首次揭示了IL-27 p28在调节Treg细胞功能和效应T细胞反应中的具体机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探究IL-27 p28在急性移植物抗宿主病中的作用及其机制	IL-27 p28在树突状细胞中的缺乏对T细胞功能的影响	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型及人类血清样本
20420	2024-08-08	Clustering by measuring local direction centrality for data with heterogeneous density and weak connectivity 2022-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33136-9 PMID:36114209	研究论文	本文提出了一种基于局部方向中心性的边界搜索聚类算法（CDC），用于处理具有异质密度和弱连接性的数据	CDC算法采用基于K最近邻（KNNs）分布的密度无关度量方法，区分内部点和边界点，通过边界点生成封闭笼子来绑定内部点的连接，从而防止跨集群连接并分离弱连接的集群	NA	提高在数据具有异质密度和弱连接性情况下的聚类效果	复杂结构集群、单细胞RNA测序和质谱流式细胞术数据中的细胞类型、语音语料库中的说话者识别	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	数据集	NA