单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 24304 篇文献，本页显示第 2021 - 2040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2021 | 2024-11-19 |
Single-cell transcriptome analysis illuminating the characteristics of species-specific innate immune responses against viral infections
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad086
PMID:37848618
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，比较了灵长类动物和蝙蝠在面对病原体刺激时的免疫反应差异 | 发现了蝙蝠中由病原体刺激诱导的独特单核细胞亚群，并揭示了蝙蝠对DNA病毒感染的强大反应 | NA | 探讨不同物种间对病毒感染的先天免疫反应差异 | 灵长类动物（人类、黑猩猩和猕猴）和蝙蝠（埃及果蝠）的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及灵长类动物和蝙蝠的多种样本 |
| 2022 | 2024-11-19 |
Imputation method for single-cell RNA-seq data using neural topic model
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad098
PMID:38000911
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于神经主题模型的单细胞RNA测序数据插补方法scNTImpute | 提出了一种新的插补框架scNTImpute，利用神经网络提取单细胞转录组数据的潜在主题特征，并根据神经网络学习的混合模型确定受dropout现象影响的转录组数据，从而准确插补缺失表达值 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于dropout现象导致的零值过多问题，提高下游功能分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失表达值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 2023 | 2024-11-19 |
Cellsnake: a user-friendly tool for single-cell RNA sequencing analysis
2022-12-28, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giad091
PMID:37889009
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研究论文 | 介绍了一种名为Cellsnake的用户友好型单细胞RNA测序分析工具 | 开发了Cellsnake，一个综合、可重复且易于访问的单细胞数据分析工作流程，解决了非专家用户在使用现有工具时遇到的安装问题、缺乏关键功能或批处理模式以及学习曲线陡峭的问题 | NA | 开发一个用户友好的工具，用于单细胞RNA测序数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 2024 | 2024-11-19 |
Stardust: improving spatial transcriptomics data analysis through space-aware modularity optimization-based clustering
2022-08-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac075
PMID:35946989
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研究论文 | 提出了一种新的空间转录组数据聚类方法Stardust，通过空间感知模块化优化进行聚类，以提高空间转录组数据的分析效果 | Stardust方法能够灵活地结合空间和转录组信息进行聚类，并提供参数自动调整和无参数版本，动态调整空间信息的贡献 | 尚未明确空间信息与转录组信息结合对聚类结果的具体改进程度 | 改进空间转录组数据的聚类分析，提高后续下游分析的准确性 | 空间转录组数据中的数据点（spots）及其聚类结果 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | 聚类算法 | 空间转录组数据 | 使用了10x Genomics网站上的空间转录组数据集进行评估 |
| 2025 | 2024-11-19 |
scMAPA: Identification of cell-type-specific alternative polyadenylation in complex tissues
2022-04-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac033
PMID:35488860
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研究论文 | 开发了一种名为scMAPA的计算方法，用于在复杂组织中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化（APA）基因 | scMAPA结合了计算变化点算法和统计模型，避免了现有方法对读取覆盖形状的假设，并能调整不期望的变异来源，提高了灵敏度、鲁棒性和稳定性 | NA | 开发一种新的计算方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别细胞类型特异性的选择性多聚腺苷酸化基因 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）基因在复杂组织中的细胞类型特异性功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 计算变化点算法和统计模型 | RNA测序数据 | 包括人类外周血单核细胞和来自多个区域的小鼠脑组织中的多种细胞类型 |
| 2026 | 2024-11-19 |
Triku: a feature selection method based on nearest neighbors for single-cell data
2022-03-12, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac017
PMID:35277963
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Triku的特征选择方法，用于单细胞RNA测序数据分析 | Triku通过选择在k近邻图中接近的细胞群表达的基因，优先选择定义主要细胞群的基因，从而避免了现有方法对高表达基因的偏倚 | NA | 开发一种新的特征选择方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人工和生物基准数据集 |
| 2027 | 2024-11-19 |
Comparative analysis of common alignment tools for single-cell RNA sequencing
2022-01-27, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giac001
PMID:35084033
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研究论文 | 本文比较了几种常见的单细胞RNA测序数据对齐工具的性能 | 本文首次详细比较了Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry在10X Genomics数据上的表现 | 研究仅限于10X Genomics数据，未涵盖其他测序平台 | 评估不同单细胞RNA测序对齐工具在基因定量、整体性能和差异表达基因检测方面的差异 | Cell Ranger 6、STARsolo、Kallisto、Alevin和Alevin-fry五种工具 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个已发表的人类和小鼠数据集 |
| 2028 | 2024-11-18 |
Dissection of Gene Expression at the Single-Cell Level: scRNA-seq
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4192-7_9
PMID:39546202
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研究论文 | 本文讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在基因表达研究中的应用 | scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率揭示基因表达特征，识别与疾病相关的新细胞类型 | NA | 深入理解基因表达的单细胞分辨率 | 单细胞RNA测序技术及其在基因表达研究中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 数千到数百万个转录本 |
| 2029 | 2024-11-18 |
Characterization of CD8+ virtual memory T cells in IL-4 knockout mice using single-cell RNA sequencing
2024-Dec-17, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150950
PMID:39515094
|
研究论文 | 研究了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的单细胞RNA测序特征 | 首次详细描述了IL-4敲除小鼠中CD8+虚拟记忆T细胞的基因表达特征及其在缺乏IL-4情况下的变化 | 研究仅限于IL-4敲除小鼠，未探讨其他免疫调节因子对CD8+虚拟记忆T细胞的影响 | 探讨IL-4对CD8+虚拟记忆T细胞在周围组织中扩展的微小影响 | IL-4敲除C57BL/6小鼠的CD8+虚拟记忆T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | Seurat分析 | 基因表达数据 | 来自野生型和IL-4敲除小鼠的CD8脾细胞 |
| 2030 | 2024-11-18 |
Discovering explainable biomarkers for breast cancer anti-PD1 response via network Shapley value analysis
2024-Dec, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2024.108481
PMID:39488042
|
研究论文 | 本文提出了一种基于合作博弈理论的新型特征选择方法，用于识别乳腺癌免疫治疗反应的解释性生物标志物 | 本文创新性地将Shapley值分析应用于基因调控网络，以量化特征重要性，并通过网络扩展原则和节点邻接性来增强特征选择的可解释性 | NA | 旨在识别预测乳腺癌免疫治疗反应的生物标志物 | 乳腺癌患者的免疫治疗反应 | 机器学习 | 乳腺癌 | Shapley值分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2031 | 2024-11-18 |
Long-Term Follow-up of Levonorgestrel Intrauterine Device for Atypical Hyperplasia and Early Endometrial Cancer Reveals Relapse Characterized by Immune Exhaustion
2024-Nov-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0362
PMID:38922360
|
研究论文 | 本文研究了左炔诺孕酮宫内节育器（LIUD）治疗子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌的长期随访结果，发现复发与免疫耗竭相关 | 首次通过空间转录组学和计算细胞类型反卷积及通路分析，研究了LIUD治疗后的复发机制，揭示了免疫耗竭在复发中的作用 | 研究样本量较小，仅包括5名患者的纵向活检样本，可能影响结果的普适性 | 探讨LIUD治疗子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌的长期疗效及复发机制 | 子宫内膜非典型增生和早期子宫内膜癌患者 | NA | 妇科肿瘤 | 空间转录组学（Nanostring GeoMX数字空间分析） | NA | 转录组数据 | 43名患者，其中5名患者的纵向活检样本 |
| 2032 | 2024-11-18 |
YAP1 Inhibition Induces Phenotype Switching of Cancer-Associated Fibroblasts to Tumor Suppressive in Prostate Cancer
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0932
PMID:39137404
|
研究论文 | 研究揭示了YAP1抑制剂在前列腺癌中诱导癌症相关成纤维细胞表型转换的机制 | 首次揭示了YAP1在调节癌症相关成纤维细胞表型中的作用，并提出了一种通过靶向YAP1来改变成纤维细胞亚型以增强免疫检查点阻断疗法效果的治疗策略 | NA | 揭示调节癌症相关成纤维细胞可塑性的机制，以增强前列腺癌对免疫检查点阻断疗法的响应 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞及其表型转换 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序、RNA测序、流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 四个前列腺癌单细胞RNA测序数据集 |
| 2033 | 2024-11-18 |
A Dual-Payload Antibody-Drug Conjugate Targeting CD276/B7-H3 Elicits Cytotoxicity and Immune Activation in Triple-Negative Breast Cancer
2024-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4099
PMID:39186778
|
研究论文 | 研究开发了一种双载荷抗体药物偶联物（DualADC），用于治疗三阴性乳腺癌（TNBC），通过靶向CD276/B7-H3诱导细胞毒性和免疫激活 | 首次开发了一种双载荷抗体药物偶联物，结合了传统的细胞毒性载荷和免疫调节的Toll样受体7/8激动剂，有效杀伤多种TNBC亚型并增强肿瘤微环境中的免疫功能 | NA | 开发一种新的抗体药物偶联物，用于治疗难治性转移性三阴性乳腺癌 | 三阴性乳腺癌（TNBC）及其肿瘤微环境中的免疫细胞 | NA | 乳腺癌 | 抗体药物偶联物（ADC） | NA | RNA测序、多重细胞因子分析、组织学 | NA |
| 2034 | 2024-11-18 |
Identification of feature genes in intestinal epithelial cell types
2024-Nov-15, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-024-00208-8
PMID:39542983
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了人和小鼠肠道不同细胞类型的特征基因，并通过免疫荧光染色和CRISPR/Cas9敲除技术探讨了这些基因在调节肠道上皮细胞增殖和分化中的作用 | 本研究不仅报道了多种肠道上皮细胞类型的新标记物，还阐明了相关基因在决定上皮细胞命运和维持干细胞稳态中的作用 | NA | 深入探索肠道上皮细胞的代表性标记物和转录因子，以进行全面的细胞命运轨迹分析 | 人和小鼠的肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、免疫荧光染色、CRISPR/Cas9敲除 | NA | 基因表达数据 | 人和小鼠的肠道上皮细胞 |
| 2035 | 2024-11-18 |
Insulin-like growth factor 2 drives fibroblast-mediated tumor immunoevasion and confers resistance to immunotherapy
2024-Nov-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI183366
PMID:39545420
|
研究论文 | 本文揭示了胰岛素样生长因子2（IGF2）在肿瘤免疫逃逸和免疫治疗耐药中的关键作用 | 发现IGF2通过促进癌症相关成纤维细胞（CAFs）与T细胞的相互作用，驱动肿瘤免疫逃逸，并增加免疫治疗耐药性 | NA | 探讨IGF2在肿瘤免疫逃逸和免疫治疗耐药中的作用机制 | 胰岛素样生长因子2（IGF2）及其在肿瘤免疫逃逸中的作用 | NA | NA | 空间转录组学和单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用IGF2缺陷小鼠模型进行研究 |
| 2036 | 2024-11-18 |
A multimodal zebrafish developmental atlas reveals the state-transition dynamics of late-vertebrate pluripotent axial progenitors
2024-Nov-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.09.047
PMID:39454574
|
研究论文 | 本文介绍了Zebrahub，一个整合了单细胞测序时间序列数据和光片显微镜重建的斑马鱼胚胎发育动态图谱 | Zebrahub提供了高分辨率和深入的分子洞察力，通过在十个发育阶段对单个胚胎进行测序，并重建细胞轨迹，同时包含一个交互式工具来导航复杂的细胞流动和谱系 | NA | 阐明生物体发育过程，全面理解细胞谱系在空间、时间和分子域中的变化 | 斑马鱼胚胎发育中的神经-中胚层前体细胞（NMPs）和联合肾-造血干细胞前体细胞的起源 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序，光片显微镜 | NA | 单细胞数据 | 十个发育阶段的单个斑马鱼胚胎 |
| 2037 | 2024-11-18 |
Multi-omics with dynamic network biomarker algorithm prefigures organ-specific metastasis of lung adenocarcinoma
2024-Nov-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-53849-3
PMID:39543109
|
研究论文 | 本研究通过动态网络生物标志物算法和多组学数据，预测肺腺癌的器官特异性转移 | 首次利用动态网络生物标志物算法结合单细胞RNA测序和液相色谱-质谱数据，预测肺腺癌的器官特异性转移 | 研究仅基于两个临床队列的数据，样本量有限 | 开发早期检测肺腺癌转移的有效策略，提高患者生存率 | 肺腺癌的器官特异性转移及其早期检测 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、液相色谱-质谱 | 神经网络模型 | 基因组数据、蛋白质组数据 | 两个临床队列，包括四种主要类型的肺腺癌远处转移 |
| 2038 | 2024-11-18 |
Dyna-vivo-seq unveils cellular RNA dynamics during acute kidney injury via in vivo metabolic RNA labeling-based scRNA-seq
2024-Nov-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-54202-4
PMID:39543112
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Dyna-vivo-seq的新方法，通过体内代谢RNA标记的单细胞RNA测序技术，揭示了急性肾损伤期间的细胞RNA动态变化 | Dyna-vivo-seq方法能够在体内进行时间分辨的动态转录组分析，揭示新旧RNA的差异，从而提供细胞异质性的额外维度 | NA | 研究急性肾损伤期间的基因表达动态变化 | 急性肾损伤期间的小鼠近端小管细胞 | 基因组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雌性小鼠 |
| 2039 | 2024-11-18 |
Machine learning-driven discovery of novel therapeutic targets in diabetic foot ulcers
2024-Nov-14, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-024-00955-z
PMID:39543487
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研究论文 | 利用机器学习方法识别糖尿病足溃疡（DFU）中的治疗反应基因 | 首次通过机器学习方法识别出与DFU相关的关键基因SCUBE1和RNF103-CHMP3，并探讨了其在免疫调节和细胞通讯中的作用 | 研究结果需要在更大规模的队列中进行验证，并探索其在临床治疗中的应用潜力 | 通过机器学习方法识别糖尿病足溃疡中的潜在治疗靶点 | 糖尿病足溃疡患者的转录组数据和单细胞转录组数据 | 机器学习 | 糖尿病 | 转录组分析 | 机器学习算法 | 转录组数据 | 糖尿病足溃疡患者和健康对照的转录组数据，以及单细胞转录组数据 |
| 2040 | 2024-11-18 |
Single-cell RNA sequencing reveals the landscape of the cellular ecosystem of primary hepatocellular carcinoma
2024-Nov-14, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03574-0
PMID:39543644
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在原发性肝细胞癌（HCC）细胞生态系统中的应用 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了HCC细胞生态系统的复杂性和异质性 | NA | 理解HCC的发展并识别新的治疗靶点 | HCC细胞及其非恶性基质细胞的异质性和相互作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |