单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20181	2024-08-08	A LILRB1 variant with a decreased ability to phosphorylate SHP-1 leads to autoimmune diseases 2022-09-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-19334-x PMID:36104364	研究论文	本研究通过全基因组连锁研究和全外显子测序，发现并验证了一个LILRB1基因的错义变异（c.479G>A，p.G160E），该变异导致SHP-1磷酸化能力下降，与家族性自身免疫疾病相关。	首次将LILRB1基因与自身免疫疾病联系起来，并揭示了其通过影响SHP-1磷酸化在免疫调节中的作用。	研究仅基于一个家族的样本，需要更多样本验证该变异的普遍性和致病性。	识别导致家族性自身免疫疾病的遗传变异。	LILRB1基因变异及其在自身免疫疾病中的作用。	免疫学	自身免疫疾病	全基因组连锁研究，全外显子测序，流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，RNA数据	一个三代家族中的9名受影响成员
20182	2024-08-08	Adipocyte mesenchymal transition contributes to mammary tumor progression 2022-09-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111362 PMID:36103820	研究论文	本文研究了肥胖与癌症进展之间的关系，特别是脂肪细胞在肿瘤侵袭性乳腺脂肪中的间充质转变及其对肿瘤微环境的影响	首次报道了肿瘤侵袭性乳腺脂肪中的脂肪细胞在肿瘤进展期间去分化为成纤维细胞样前体细胞，并揭示了这些去分化脂肪细胞的多能性及其在免疫反应、炎症和细胞外基质重塑中的作用	NA	探讨肥胖与癌症进展之间的机制联系，特别是脂肪细胞的间充质转变对肿瘤微环境的影响	肿瘤侵袭性乳腺脂肪中的脂肪细胞及其在肿瘤进展中的变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	细胞	NA
20183	2024-08-08	Biology of lung macrophages in health and disease 2022-09-13, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.08.010 PMID:36103853	综述	本文综述了组织驻留型和招募型肺泡及间质巨噬细胞在肺部稳态和疾病中的作用，并介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学技术如何区分这些亚群，揭示巨噬细胞生物学的复杂性。	介绍了使用单细胞RNA测序和空间转录组学技术区分组织驻留型和招募型巨噬细胞的新方法。	NA	探讨肺部巨噬细胞在健康和疾病状态下的功能及其区分方法。	肺部巨噬细胞及其在不同组织状态下的功能。	NA	肺部疾病	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	RNA	NA
20184	2024-08-08	sciCAN: single-cell chromatin accessibility and gene expression data integration via cycle-consistent adversarial network 2022-09-12, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-022-00245-6 PMID:36089620	研究论文	本文介绍了一种名为sciCAN的对抗方法，用于在无监督方式下整合单细胞染色质可及性和基因表达数据	sciCAN方法在跨模态数据整合中表现出一致的性能，并且在模态间相互转换的平衡性上优于其他五种现有方法	NA	解决单细胞技术中跨模态数据整合的计算挑战	单细胞染色质可及性和基因表达数据	机器学习	NA	scATAC-seq, scRNA-seq	GAN	单细胞数据	5个scATAC-seq/scRNA-seq数据集和10X Multiome数据
20185	2024-08-08	Semibulk RNA-seq analysis as a convenient method for measuring gene expression statuses in a local cellular environment 2022-09-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-022-19391-2 PMID:36097044	research paper	本文介绍了一种名为“semibulk RNA-seq”（sbRNA-seq）的新方法，该方法通过微流控设备将条形码珠和细胞聚集体（半批量）封装在单个液滴中，用于测量局部细胞环境中的基因表达状态	sbRNA-seq方法在保持空间组织的同时，提供了一种成本低廉、高通量的应用，能够将空间信息与转录组信息关联起来	NA	开发一种新的方法来关联空间信息和基因表达信息，特别是在单细胞RNA测序分析中	小鼠肾脏样本和人类乳腺癌样本	digital pathology	breast cancer	RNA-seq	NA	text	小鼠肾脏样本和人类乳腺癌样本
20186	2024-08-08	Spatial transcriptomics 2022-09-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.08.021 PMID:36099884	review	本文讨论了空间转录组学技术在解析肿瘤微环境中的组织和细胞类型相互作用方面的应用	空间转录组学技术使科学家能够解析肿瘤微环境中的细胞类型组织和相互作用	当前技术挑战是本文讨论的一个方面	探讨空间转录组学技术在揭示肿瘤微环境、异质性、肿瘤演化和指导肿瘤治疗中的应用	肿瘤微环境中的细胞类型组织和相互作用	NA	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
20187	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals common epithelial response patterns in human acute kidney injury 2022-09-09, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-022-01108-9 PMID:36085050	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了人类急性肾损伤中上皮细胞的常见反应模式	首次揭示了急性肾损伤中四种不同的、层次互联的受损细胞状态，并关联了氧化应激、缺氧、干扰素反应和上皮-间充质转化等转录组模式	样本量较小，且主要集中在严重急性肾损伤患者	探究急性肾损伤的细胞机制和肾脏细胞对损伤的反应	严重急性肾损伤患者的肾脏组织	数字病理学	急性肾损伤	单核转录组学	NA	基因表达数据	8名严重急性肾损伤患者
20188	2024-08-08	Myogenesis defects in a patient-derived iPSC model of hereditary GNE myopathy 2022-Sep-09, NPJ Regenerative medicine IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41536-022-00238-3 PMID:36085325	研究论文	本研究使用患者来源的诱导多能干细胞（iPSC）模型探讨遗传性GNE肌病的机制	首次使用iPSC模型重现GNE肌病的关键特征，并揭示了肌生成过程中的缺陷	NA	探讨GNE肌病的潜在机制	患者来源的iPSC及其衍生的肌肉前体细胞	数字病理学	遗传性肌肉疾病	单细胞RNA测序	iPSC模型	细胞	控制组和患者特异性iPSC
20189	2024-08-08	Integrative and comparative single-cell analysis reveals transcriptomic difference between human tumefactive demyelinating lesion and glioma 2022-09-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03900-0 PMID:36085357	研究论文	本研究通过综合和比较单细胞RNA测序分析，揭示了人类肿瘤样脱髓鞘病变与胶质瘤之间的转录组差异	首次在单细胞水平上比较了肿瘤样脱髓鞘病变与胶质瘤的差异，并揭示了特定细胞亚群及其在疾病中的作用	NA	旨在比较肿瘤样脱髓鞘病变与胶质瘤在单细胞层面的转录组差异	肿瘤样脱髓鞘病变和胶质瘤的细胞	数字病理学	神经系统疾病	单细胞RNA测序 (ScRNA-seq)	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
20190	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals dysregulation of spinal cord cell types in a severe spinal muscular atrophy mouse model 2022-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1010392 PMID:36074806	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了严重脊髓性肌肉萎缩症（SMA）小鼠模型中脊髓细胞类型的失调情况	首次揭示了SMA小鼠脊髓的单细胞图谱，并提供了对SMA发病机制的新见解	NA	探究SMA脊髓中在单细胞水平上的转录组改变	SMA小鼠模型的脊髓细胞类型及其基因表达变化	数字病理学	脊髓性肌肉萎缩症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
20191	2024-08-08	INSISTC: Incorporating network structure information for single-cell type classification 2022-09, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2022.110480 PMID:36075505	研究论文	本文开发了一种名为INSISTC的计算方法，用于整合基因调控网络结构信息进行单细胞类型分类	INSISTC方法能够在进行单细胞类型分类的同时，识别特定细胞类型的基因调控机制	NA	旨在通过整合基因调控网络结构信息，提高单细胞类型分类的准确性	单细胞类型分类及特定细胞类型的基因调控机制	机器学习	NA	Single-Cell RNA-Seq	NA	基因调控网络结构信息	NA
20192	2024-08-08	Targeting autophagy in aortic aneurysm and dissection 2022-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie DOI:10.1016/j.biopha.2022.113547 PMID:36076620	综述	本文综述了自噬及其蛋白在主动脉瘤和夹层（AAD）中的作用，并探讨了针对自噬作为AAD新治疗策略的潜力	提出了针对自噬作为主动脉瘤和夹层的新治疗策略	自噬在AAD中的具体作用仍存在争议	探讨自噬在主动脉瘤和夹层中的作用及作为治疗策略的可能性	主动脉瘤和夹层	心血管疾病	主动脉疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20193	2024-08-08	Delving into the Heterogeneity of Different Breast Cancer Subtypes and the Prognostic Models Utilizing scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq 2022-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23179936 PMID:36077333	研究论文	本研究深入探讨了不同乳腺癌亚型的异质性，并利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）构建了预测模型	首次全面分析了不同乳腺癌亚型癌细胞的异质性，并建立了针对不同亚型的特异性预后模型	NA	旨在通过分析乳腺癌亚型的异质性，为乳腺癌的诊断、预后和靶向治疗提供临床意义	乳腺癌的不同亚型及其癌细胞的异质性	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	LASSO回归，Cox分析	RNA序列	涉及三种乳腺癌亚型（三阴性乳腺癌、HER2+乳腺癌和腔内乳腺癌）的多个样本
20194	2024-08-08	Transcription Factor MAFB as a Prognostic Biomarker for the Lung Adenocarcinoma 2022-Sep-01, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23179945 PMID:36077342	研究论文	本文通过分析单细胞测序数据和临床记录，研究了转录因子MAFB在肺腺癌中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	首次揭示了MAFB在肿瘤相关巨噬细胞中的特异性表达，并探讨了其在肺腺癌中的预后价值，尤其是在吸烟患者中	研究样本量相对较小，且仅限于日本的一个医院，可能影响结果的普遍性	探讨转录因子MAFB作为肺腺癌预后生物标志物的可能性	肺腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	肺腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	120名肺腺癌患者
20195	2024-08-08	CINS: Cell Interaction Network inference from Single cell expression data 2022-09, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1010468 PMID:36095011	研究论文	本文介绍了CINS管道，用于从单细胞表达数据中推断细胞间相互作用网络	CINS结合贝叶斯网络分析和基于回归的建模，能够识别不同条件下的细胞类型相互作用及其相关蛋白质，相较于先前的细胞相互作用预测方法有所改进	NA	确定不同条件下差异的细胞间相互作用	细胞类型相互作用及其相关蛋白质	单细胞测序	NA	scRNA-Seq	贝叶斯网络分析，回归模型	表达数据	疾病案例对照和衰老小鼠数据集
20196	2024-08-08	A Single-Cell Survey of Cellular Heterogeneity in Human Great Saphenous Veins 2022-08-31, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells11172711 PMID:36078120	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，详细描述了人类大隐静脉中的细胞异质性及其表达调控机制	揭示了大隐静脉内皮细胞和瓣膜内皮细胞之间的功能适应性差异，以及淋巴管发育的潜在来源	NA	探索大隐静脉细胞成分及其表达调控，以减少静脉移植失败	人类大隐静脉样本	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	三个人类大隐静脉样本
20197	2024-08-08	Sex Differences in Coronary Artery Disease and Diabetes Revealed by scRNA-Seq and CITE-Seq of Human CD4+ T Cells 2022-Aug-30, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23179875 PMID:36077273	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和抗体测序（CITE-Seq）分析了人CD4+ T细胞在冠状动脉疾病（CAD）和糖尿病（DM）中的性别差异	首次结合scRNA-Seq和CITE-Seq技术，详细分析了CD4+ T细胞在CAD和DM中的性别差异及基因表达变化	研究样本仅限于接受心脏导管手术的61名男性和女性，可能限制了结果的普遍性	探讨CAD与性别和DM之间的关系	人CD4+ T细胞	数字病理学	心血管疾病	scRNA-Seq, CITE-Seq	NA	单细胞转录组	61名男性和女性的外周血单个核细胞（PBMCs）
20198	2024-08-08	Dosage Compensation of the X Chromosome during Sheep Testis Development Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2022-Aug-24, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani12172169 PMID:36077890	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了绵羊睾丸发育三个关键阶段的剂量补偿机制	首次揭示了绵羊睾丸发育过程中X染色体的剂量补偿机制，并发现了MSL1和MSL2在早期生殖细胞中的表达及其在调控哺乳动物X染色体失活和激活中的作用	研究仅限于绵羊睾丸发育的三个特定阶段，未涵盖所有发育阶段	探讨绵羊雄性生殖细胞中X染色体的调控机制	绵羊睾丸发育过程中的X染色体剂量补偿	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三个绵羊睾丸发育阶段的数据
20199	2024-08-08	The role of tumor-infiltrating B cells in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and its prognostic value: a bioinformatics analysis 2022-Aug, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-22-717 PMID:36092319	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了肿瘤浸润B细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用及其预后价值	本研究首次详细探讨了肿瘤浸润B细胞在肝细胞癌微环境中的作用，并验证了其与预后的关联	研究主要基于生物信息学分析，未来需要更多的实验验证	探讨肿瘤浸润B细胞在肝细胞癌中的作用及其预后价值	肝细胞癌肿瘤样本中的B细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	使用了来自Gene Expression Omnibus数据库和TCGA-LIHC数据库的多个样本
20200	2024-08-08	Identifying Transient Cells During Reprogramming via Persistent Homology 2022-07, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference DOI:10.1109/EMBC48229.2022.9871358 PMID:36085927	研究论文	本研究开发了一种基于持久同调的方法，用于识别在不同细胞表型之间起桥梁作用的过渡状态细胞	利用持久同调技术，能够识别位于不同细胞亚群边界上的过渡状态细胞	仅分析了代表重编程早期阶段的数据	开发一种方法来识别在不同细胞表型之间起桥梁作用的过渡状态细胞	人类成纤维细胞向诱导多能干细胞的重编程过程中的过渡状态细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	持久同调	时间序列数据	未具体说明样本数量