单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
20141	2024-08-08	Liver group 2 innate lymphoid cells regulate blood glucose levels through IL-13 signaling and suppression of gluconeogenesis 2022-09-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33171-6 PMID:36109558	研究论文	本文研究了肝脏中的第2组先天淋巴细胞（ILC2）通过IL-13信号传导和抑制糖异生作用调节血糖水平	首次详细研究了肝脏ILC2在血糖水平调节中的代谢贡献	NA	探讨肝脏ILC2在血糖稳态中的作用及其分子机制	肝脏中的第2组先天淋巴细胞（ILC2）及其在血糖调节中的作用	NA	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	特定Hnf4a/G6pc高表达的初级肝细胞簇
20142	2024-08-08	Tmsb10 triggers fetal Leydig differentiation by suppressing the RAS/ERK pathway 2022-09-15, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-022-03941-5 PMID:36109592	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析胎儿睾丸间质细胞前体细胞，揭示了胸腺素β10（Tmsb10）在胎儿睾丸间质细胞分化中的作用及其分子机制	本研究首次揭示了Tmsb10通过抑制RAS/ERK通路促进胎儿睾丸间质细胞分化的机制，并展示了DHH和PDGF在这一过程中的协同作用	NA	探讨胎儿睾丸间质细胞分化的分子机制	胎儿睾丸间质细胞及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
20143	2024-08-08	Reduced cell invasion may be a characteristic of placental defects in pregnant women of advanced maternal age at single-cell level 2022 Sept 15, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B2101024 PMID:36111571	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和体外穿透实验，探讨了高龄产妇胎盘中滋养细胞侵袭能力下降的机制	首次在高龄产妇胎盘中发现滋养细胞侵袭能力下降，并鉴定了与侵袭相关的差异表达基因SERPINE1	样本量较小，需要进一步扩大样本验证结果	探究高龄产妇胎盘缺陷的细胞机制	高龄产妇的胎盘组织和滋养细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了27,607个细胞，包括来自4名高龄产妇和对照组的胎盘组织，以及来自6名孕妇的滋养细胞
20144	2024-08-08	Personalized neoantigen vaccine combined with PD-1 blockade increases CD8+ tissue-resident memory T-cell infiltration in preclinical hepatocellular carcinoma models 2022-09, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004389 PMID:36113894	研究论文	本研究探讨了个性化新抗原疫苗与PD-1阻断剂联合使用在肝细胞癌模型中增加CD8+组织驻留记忆T细胞浸润的效果及其机制	首次详细研究了个性化新抗原疫苗与PD-1阻断剂联合使用在肝细胞癌中的协同作用及其分子机制	NA	开发一种临床可用的联合治疗策略，并探索其在肝细胞癌中的潜在抗肿瘤机制	肝细胞癌模型中的免疫反应和协同机制	NA	肝细胞癌	新抗原筛选，单细胞RNA测序，四聚体流式细胞术，免疫荧光	NA	单细胞RNA测序数据，流式细胞术数据，免疫荧光图像	使用小鼠原位肝细胞癌模型和患者来源的细胞进行研究
20145	2024-08-08	SPROUT: spectral sparsification helps restore the spatial structure at single-cell resolution 2022-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqac069 PMID:36128423	研究论文	本文开发了一个名为SPROUT的软件包，用于从转录组数据中重建单细胞分辨率的空间结构，通过减少伪配体-受体亲和力来实现	SPROUT通过部分相关性、光谱图稀疏化和空间坐标细化来减少细胞间亲和矩阵中的伪亲和力，并将估计的相互作用嵌入到低维空间中，以恢复细胞间结构	NA	重建单细胞分辨率的空间结构	单细胞转录组数据中的空间结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	光谱图稀疏化	转录组数据	在小鼠海马体和人类器官肿瘤微环境数据集中，形状Pearson相关性范围从0.91到0.97；在人类发育心脏数据集和肿瘤微环境数据集中，细胞类型接近相关性分别为0.68和0.89
20146	2024-08-08	Analyzing network diversity of cell-cell interactions in COVID-19 using single-cell transcriptomics 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.948508 PMID:36105110	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析了COVID-19中细胞间相互作用网络的多样性	本文首次在群体层面比较了不同疾病状态下的细胞间相互作用网络，而不仅仅是单个样本间的直接比较	NA	揭示不同疾病状态下细胞间相互作用网络的生物学特征	COVID-19患者的细胞间相互作用网络	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大规模单细胞RNA测序数据集
20147	2024-08-08	Classification of pyroptosis patterns and construction of a novel prognostic model for prostate cancer based on bulk and single-cell RNA sequencing 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1003594 PMID:36105400	研究论文	本研究通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，构建了一个新的与细胞焦亡相关的预后模型，用于预测前列腺癌患者的复发风险	首次基于批量和单细胞RNA测序数据构建了与细胞焦亡相关的预后模型，用于前列腺癌患者的复发风险预测	NA	开发一种新的与细胞焦亡相关的预后模型，以提高前列腺癌复发预测的准确性	前列腺癌患者的批量和单细胞RNA测序数据	数字病理学	前列腺癌	RNA测序	LASSO回归	RNA测序数据	多个在线数据库中的前列腺癌患者数据
20148	2024-08-08	Systematic identification of cancer-associated-fibroblast-derived genes in patients with colorectal cancer based on single-cell sequencing and transcriptomics 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.988246 PMID:36105798	研究论文	本研究利用单细胞测序和转录组学方法，系统识别了结直肠癌患者中癌症相关成纤维细胞（CAFs）来源的基因	首次通过单细胞测序技术详细分析了结直肠癌中成纤维细胞的亚群及其在肿瘤微环境中的作用	研究仅限于结直肠癌患者，结果的普遍性和其他类型癌症的适用性有待验证	探讨癌症相关成纤维细胞在结直肠癌发生发展中的作用机制	结直肠癌患者的癌症相关成纤维细胞及其相关基因	数字病理学	结直肠癌	单细胞测序	lasso回归分析	基因表达数据	结直肠癌患者的成纤维细胞亚群
20149	2024-08-08	Single-cell gene expression analysis of cryopreserved equine bronchoalveolar cells 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.929922 PMID:36105804	研究论文	本研究使用单细胞mRNA测序技术（scRNA-seq）分析了冷冻保存的马支气管肺泡灌洗液（BALF）细胞的转录组特征	首次在马中检测到与单核细胞-淋巴细胞复合体一致的转录组特征，并发现了先前未探索的T细胞和巨噬细胞亚群	NA	探索马支气管肺泡灌洗液的细胞组成，并深入分析主要免疫细胞群体的组成	冷冻保存的马支气管肺泡灌洗液细胞	数字病理学	马哮喘	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	4,631个细胞来自三匹处于缓解期的哮喘马
20150	2024-08-08	Primitive genotypic characteristics in umbilical cord neutrophils identified by single-cell transcriptome profiling and functional prediction 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.970909 PMID:36105817	研究论文	本研究首次通过单细胞转录组测序分析了新生儿脐带血和健康成人中的中性粒细胞，发现了六个具有不同标记基因和功能的亚群	首次揭示了新生儿脐带血中中性粒细胞的异质性和功能多样性，并发现了新的中性粒细胞亚群	NA	探究新生儿脐带血中中性粒细胞的功能和异质性	新生儿脐带血和健康成人的中性粒细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生儿脐带血和健康成人的中性粒细胞样本
20151	2024-08-08	Pan-cancer analysis of the prognosis and immunological role of AKAP12: A potential biomarker for resistance to anti-VEGF inhibitors 2022, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2022.943006 PMID:36110213	研究论文	本研究系统分析了A-kinase anchor protein 12 (AKAP12)与抗VEGF抑制剂敏感性、临床预后、DNA甲基化、蛋白质磷酸化和免疫细胞浸润在多种癌症中的关联	首次全面探讨了AKAP12在多种癌症中的作用及其作为抗VEGF抑制剂耐药性生物标志物的潜力	NA	探讨AKAP12在多种癌症中的作用及其作为抗VEGF抑制剂耐药性生物标志物的潜力	AKAP12在多种癌症中的表达、功能及其与抗VEGF抑制剂耐药性的关系	数字病理学	多种癌症	生物信息学工具	NA	基因表达数据	涉及卵巢癌、胶质瘤、非小细胞肺癌和结直肠癌等多种癌症类型
20152	2024-08-08	The imbalance between Type 17 T-cells and regulatory immune cell subsets in psoriasis vulgaris 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.1005115 PMID:36110854	研究论文	本文探讨了寻常型银屑病中17型T细胞与调节性免疫细胞亚群之间的不平衡	利用单细胞RNA测序技术研究皮肤中免疫细胞亚群的新技术，提供了比较17型T细胞亚群转录组差异的机会	NA	研究寻常型银屑病中免疫细胞亚群的不平衡及其对疾病发展的影响	寻常型银屑病中的17型T细胞和调节性T细胞亚群	NA	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未提及
20153	2024-08-08	A novel necroptosis-related gene signature for predict prognosis of glioma based on single-cell and bulk RNA sequencing 2022, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2022.984712 PMID:36111134	研究论文	本研究利用单细胞和批量RNA测序数据，建立了一种与坏死性凋亡相关基因特征，用于预测胶质瘤患者的预后	首次揭示了坏死性凋亡相关基因在胶质瘤中的作用，并建立了一个新的基因特征模型用于预测胶质瘤的预后	NA	研究坏死性凋亡相关基因在胶质瘤中的作用，并开发一个预测胶质瘤患者预后的基因特征模型	胶质瘤患者的预后预测	数字病理学	脑瘤	单细胞和批量RNA测序	NA	RNA测序数据	多个胶质瘤细胞系和人类星形胶质细胞
20154	2024-08-08	Single-cell analysis of gene expression in the substantia nigra pars compacta of a pesticide-induced mouse model of Parkinson's disease 2022-Jan-01, Translational neuroscience IF:1.8Q4 DOI:10.1515/tnsci-2022-0237 PMID:36117858	research paper	本研究通过单细胞RNA测序分析了农药诱导的帕金森病小鼠模型中黑质致密部的基因表达	研究强调了支持细胞在农药诱导的帕金森病中的重要性，并重新关注这些细胞在疾病中的作用，而不仅仅是神经元	NA	阐明农药暴露导致帕金森病的机制	C57BL/6J小鼠的黑质致密部细胞	digital pathology	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
20155	2024-08-08	High-throughput sequencing unravels the cell heterogeneity of cerebrospinal fluid in the bacterial meningitis of children 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.872832 PMID:36119025	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量转录组测序，揭示了儿童细菌性脑膜炎中脑脊液细胞的异质性及其在疾病进展中的动态变化	发现了两种新型细胞亚型：FFAR2TNFAIP6中性粒细胞和THBS1IL1B单核细胞，并揭示了它们与脑脊液炎症反应强度的正相关性	NA	深入探索儿童细菌性脑膜炎进展中脑脊液细胞的特征，为急性中枢神经系统感染中的免疫细胞作用提供新见解	儿童细菌性脑膜炎患者的脑脊液样本	数字病理学	儿童疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个细菌性脑膜炎患者在疾病进展不同阶段的脑脊液样本
20156	2024-08-08	Integrated multi-omics reveals the activated retinal microglia with intracellular metabolic reprogramming contributes to inflammation in STZ-induced early diabetic retinopathy 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.942768 PMID:36119084	研究论文	本研究通过单细胞测序和多组学分析，揭示了链脲佐菌素诱导的早期糖尿病视网膜病变中，激活的视网膜小胶质细胞通过细胞内代谢重编程促进炎症的机制。	首次识别出在糖尿病视网膜病变中，具有代谢途径改变的小胶质细胞是IL-1β的主要来源，并通过多组学分析揭示了这些细胞的代谢特征。	NA	探究糖尿病视网膜病变中，视网膜特异性细胞类型产生促炎细胞因子的机制。	链脲佐菌素诱导的糖尿病视网膜病变小鼠模型中的小胶质细胞。	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞测序, 代谢组学, 脂质组学, RNA分析	NA	细胞样本	代表糖尿病视网膜病变微环境的微胶质细胞系样本
20157	2024-08-08	MS4A6A is a new prognostic biomarker produced by macrophages in glioma patients 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.865020 PMID:36119086	研究论文	本文研究了MS4A6A在胶质瘤中的表达及其作为预后生物标志物的潜力	首次揭示了MS4A6A在胶质瘤生物学和预后中的作用，并通过蛋白质相互作用网络和单细胞RNA测序分析了其表达特征	NA	探讨MS4A6A在胶质瘤中的作用及其作为预后生物标志物的可能性	MS4A6A在胶质瘤中的表达及其与临床结果的关系	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集（CGGA1, CGGA2, TCGA, Rembrandt, Gravendeel）中的胶质瘤样本
20158	2024-08-08	Single-cell analysis of the adaptive immune response to SARS-CoV-2 infection and vaccination 2022, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2022.964976 PMID:36119105	综述	本文综述了单细胞多组学技术在分析SARS-CoV-2感染和疫苗接种后适应性免疫反应中的应用	利用单细胞多组学技术深入研究SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的免疫反应机制	NA	探讨SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的适应性免疫反应，为疫苗和治疗策略的开发提供支持	SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的适应性免疫反应，包括T细胞和B细胞	NA	COVID-19	单细胞多组学技术，包括流式细胞术、单细胞转录组学、单细胞TCR和BCR分析	NA	单细胞数据	NA
20159	2024-08-08	Identification of a novel histone phosphorylation prognostic signature in hepatocellular carcinoma based on bulk and single-cell RNA sequencing 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.965445 PMID:36120466	研究论文	本研究构建了与肝细胞癌（HCC）预后相关的组蛋白磷酸化调控（HPR）基因签名，并探讨了HPR基因是否能预测HCC患者的总体生存	首次构建了与HCC预后相关的组蛋白磷酸化调控基因签名，并验证了其在预测HCC患者生存中的作用	NA	探讨组蛋白磷酸化调控基因在肝细胞癌中的预后价值	肝细胞癌患者及其组蛋白磷酸化调控基因	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序	Cox回归分析，Lasso回归分析	RNA测序数据	使用TCGA、ICGC和GEO数据库中的差异表达基因数据，以及从Gene Expression Omnibus（GEO）下载的HCC单细胞RNA测序数据
20160	2024-08-08	Systematic Characterization of Expression Patterns and Immunocorrelations of Formin-Like Genes in Breast Cancer 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/8577821 PMID:36124068	研究论文	本文系统分析了乳腺癌中formin-like基因（FMNL）的表达模式及其与免疫相关性	首次全面阐述了FMNL基因在乳腺癌中的表达模式及其在临床应用中的可变预后意义	NA	研究FMNL基因在乳腺癌中的表达及其与免疫浸润的关系	乳腺癌组织中的FMNL基因表达及其与免疫细胞浸润的相关性	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组织化学（IHC）	NA	mRNA	NA