单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 20101 - 20120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 20101 | 2024-08-08 |
Comparable bidirectional neutrophil immune dysregulation between Kawasaki disease and severe COVID-19
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.995886
PMID:36159873
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了川崎病和严重COVID-19之间的免疫失调差异 | 发现川崎病和严重COVID-19在单细胞RNA测序中显示出相似的免疫失调模式，特别是在中性粒细胞活化和MHC II类分子表达减少方面 | NA | 分析川崎病和严重COVID-19在单细胞RNA测序中的差异 | 川崎病患者和严重COVID-19患者的免疫失调机制 | NA | 川崎病, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 22个单细胞RNA测序数据，共102,355个细胞核 |
| 20102 | 2024-08-08 |
Pan-cancer analysis of prognostic and immunological role of DTYMK in human tumors
2022, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2022.989460
PMID:36159971
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研究论文 | 本研究探讨了脱氧胸苷酸激酶（DTYMK）在人类癌症中的预后价值、功能状态及其与免疫浸润的相关性 | 首次全面分析了DTYMK在多种人类癌症中的表达及其与预后、恶性功能状态和免疫细胞浸润的关系 | NA | 研究DTYMK在人类癌症中的预后作用和免疫学角色 | DTYMK在不同癌症类型中的表达及其与临床病理特征和免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了多个数据库中的数据，包括TCGA、GTEx、UALCAN、CPTAC等 |
| 20103 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals the adverse effects of cadmium on the trajectory of neuronal maturation
2023-08, Cell biology and toxicology
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s10565-022-09775-5
PMID:36114956
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析镉对神经元成熟轨迹的不良影响 | 首次揭示了镉通过改变细胞阶段数量和阻碍细胞成熟来影响神经元成熟轨迹的分子机制 | NA | 探讨镉对神经元成熟的影响及其分子机制 | 新生小鼠侧脑室下区神经干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 神经干细胞在镉处理24小时后分化7天得到的神经元谱系细胞 |
| 20104 | 2024-08-08 |
The impact of antidepressants on human neurodevelopment: Brain organoids as experimental tools
2023-07-30, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2022.09.007
PMID:36115764
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研究论文 | 本文探讨了抗抑郁药对人类神经发育的影响，特别是使用脑类器官作为实验工具的研究 | 利用人诱导多能干细胞（hiPSC）生成脑类器官，克服了2D细胞培养和动物模型的局限性，通过单细胞RNA测序和电生理测量评估抗抑郁药对发育中神经元的影响 | 依赖于维度降低方法分析大规模转录组数据，电生理记录依赖于时间数据序列 | 研究抗抑郁药对人类神经发育的影响 | 抗抑郁药对神经发育的影响及脑类器官的应用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、电生理测量 | 脑类器官 | 转录组数据、电生理数据 | 未具体说明 |
| 20105 | 2024-08-08 |
Thymosin β4 and prothymosin α promote cardiac regeneration post-ischaemic injury in mice
2023-05-02, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac155
PMID:36125329
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研究论文 | 本研究探讨了成年哺乳动物心脏在心肌缺血后心肌细胞的基因表达模式，并发现胸腺素β4和前胸腺素α能促进心脏再生 | 首次揭示了心肌缺血后心肌细胞的转录组特征，并发现胸腺素β4和前胸腺素α的过表达能促进心肌细胞增殖和心脏功能恢复 | NA | 确定心肌缺血后成年心肌细胞的基因表达谱，并识别促进心脏再生的因子 | 成年哺乳动物心脏在心肌缺血后的心肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 小鼠和新生大鼠心肌细胞 |
| 20106 | 2024-08-08 |
Role of lymphoid lineage cells aberrantly expressing alarmins S100A8/A9 in determining the severity of COVID-19
2023-03, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-022-01285-2
PMID:36107397
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研究论文 | 本研究探讨了淋巴细胞异常表达S100A8/A9在COVID-19严重程度中的作用 | 发现淋巴细胞过度表达S100A8/A9与COVID-19患者早期感染阶段的先天免疫反应失调有关 | NA | 研究淋巴细胞表达S100A8/A9在COVID-19患者中的特征 | COVID-19患者的淋巴细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 轻度COVID-19患者12例，重度COVID-19患者7例 |
| 20107 | 2024-08-08 |
Transcriptomic Heterogeneity of Skin Across Different Anatomic Sites
2023-03, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.08.053
PMID:36122800
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研究论文 | 本研究通过RNA测序、单细胞RNA测序和表观基因组学等多组学方法，分析了来自不同解剖部位的159个皮肤样本的转录组异质性 | 首次详细描述了人体皮肤在不同解剖部位的转录组异质性，并揭示了这些异质性与生理和发育变异的关系 | 研究主要基于手术治疗中废弃的正常皮肤组织，可能存在样本选择偏倚 | 探究皮肤在不同解剖部位的基因表达差异及其与皮肤病易感部位的关联 | 来自不同解剖部位的皮肤样本 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 159个皮肤样本 |
| 20108 | 2024-08-08 |
Mostly natural sequencing-by-synthesis for scRNA-seq using Ultima sequencing
2023-02, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01452-6
PMID:36109685
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于Ultima基因组平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）的mostly natural sequencing-by-synthesis（mnSBS）方法，并系统地将其与当前的scRNA-seq技术进行比较 | mnSBS方法使用大部分天然、未修饰的核苷酸和少量的荧光标记核苷酸，提高了聚合酶的进程性和降低了成本 | mnSBS方法在读取位置相对于注释基因边界的结果与Illumina测序存在细微差异，因为Ultima的单端读取更接近基因末端 | 开发一种成本效益高的单细胞RNA测序方法 | 单细胞RNA测序技术及其在不同生物和技术类型中的应用 | 基因组学 | NA | mostly natural sequencing-by-synthesis (mnSBS) | NA | RNA | 包括来自单个个体的5'和3' scRNA-seq、人外周血单个核细胞以及Perturb-Seq等多种类型的样本 |
| 20109 | 2024-08-05 |
HTCA: a database with an in-depth characterization of the single-cell human transcriptome
2023-01-06, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac791
PMID:36130266
|
研究论文 | HTCA是一个数据库，深入表征单细胞人类转录组 | HTCA提供了基于230万个高质量细胞的全面表型轮廓和多种在线分析工具 | 仍缺乏全面的特征化，主要侧重于原始数据和基因表达查询 | 整合和深入探索单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | 约3000个scRNA-seq样本的2.3百万高质量细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq），空间转录组学 | NA | 多组学数据 | 约3000个scRNA-seq样本，230万高质量细胞 |
| 20110 | 2024-08-08 |
Hypertension Promotes the Proliferation and Migration of ccRCC Cells by Downregulation of TIMP3 in Tumor Endothelial Cells through the miR-21-5p/TGFBR2/P38/EGR1 Axis
2023-01-03, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-22-0089
PMID:36125433
|
研究论文 | 本研究探讨了高血压通过下调肿瘤内皮细胞中的TIMP3促进ccRCC细胞增殖和迁移的分子机制 | 首次揭示了高血压通过miR-21-5p/TGFBR2/P38/EGR1轴下调TIMP3表达，进而促进ccRCC细胞增殖和迁移的机制 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型，需要进一步的人体临床试验验证 | 探究高血压与ccRCC肿瘤发生及预后的分子机制 | ccRCC细胞、肿瘤内皮细胞、高血压患者血浆 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | 包括手术切除的ccRCC样本、NCG小鼠模型、人脐静脉内皮细胞 |
| 20111 | 2024-08-05 |
Single-cell profile of tumor and immune cells in primary breast cancer, sentinel lymph node, and metastatic lymph node
2023-Jan, Breast cancer (Tokyo, Japan)
DOI:10.1007/s12282-022-01400-x
PMID:36129636
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研究论文 | 本研究探讨了三阴性乳腺癌患者淋巴结转移的单细胞序列 | 研究揭示了肿瘤与免疫细胞在淋巴结中的相互作用，尤其是在单细胞水平上的新发现 | 研究仅基于一名患者的样本，可能限制了结果的广泛适用性 | 旨在理解淋巴结区域的肿瘤-宿主相互作用 | 研究对象为三阴性乳腺癌患者的原发肿瘤、哨 lymph 结和转移 lymph 结 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 4个样本 |
| 20112 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome atlas reveals protective characteristics of COVID-19 mRNA vaccine
2023-01, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28161
PMID:36124363
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞分析，揭示了基于脂多聚复合物（LPP）的mRNA疫苗SW0123在抑制SARS-CoV-2引起的炎症反应和肺损伤中的保护机制 | 首次详细描述了SW0123疫苗通过抑制促炎巨噬细胞的招募和增加多形核髓源抑制细胞的频率来有效抑制SARS-CoV-2诱导的炎症反应，并显著抑制肺上皮和内皮细胞的凋亡过程 | NA | 探究SW0123 mRNA疫苗在肺部保护中的免疫特征和机制 | SARS-CoV-2感染的小鼠和猕猴模型 | 数字病理学 | 冠状病毒病 | 单细胞分析 | NA | 转录组数据 | 小鼠和猕猴模型 |
| 20113 | 2024-08-08 |
Anomalous Epithelial Variations and Ectopic Inflammatory Response in Chronic Obstructive Pulmonary Disease
2022-12, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2021-0555OC
PMID:36108172
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了慢性阻塞性肺疾病（COPD）患者、吸烟但无COPD者和非吸烟者的肺细胞，以识别与COPD进展相关的细胞类型特异性机制和细胞间相互作用 | 发现了COPD患者中增加的独特AT2细胞亚群，并揭示了这些细胞在炎症反应中的特殊分化路径和细胞间相互作用网络 | 由于肺实质和间质结构的复杂性，COPD中持续炎症过程的具体机制仍未完全明了 | 旨在识别推动COPD进展的细胞类型特异性机制和细胞间相互作用 | COPD患者、吸烟但无COPD者和非吸烟者的肺细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 57,918个细胞 |
| 20114 | 2024-08-08 |
A transcriptional cross species map of pancreatic islet cells
2022-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2022.101595
PMID:36113773
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对来自健康人、猪和鼠的胰腺胰岛内分泌细胞进行了转录组分析，构建了一个跨物种的转录图谱 | 首次系统地描绘了跨物种的胰腺胰岛内分泌细胞的转录异质性和进化保守性，并揭示了人类α-和β-细胞状态的连续转录景观 | 研究主要集中在健康胰岛细胞，未涉及病理状态下的细胞功能 | 旨在精确描述胰腺胰岛内分泌细胞的分子基础，特别是连接动物模型与人类胰岛细胞的关系 | 健康人、猪和鼠的胰腺胰岛内分泌细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过50,000个内分泌细胞 |
| 20115 | 2024-08-08 |
Cancer-associated fibroblasts subtypes and role in invasion and metastasis of gastric cancer
2022-Dec, Neoplasma
IF:2.0Q3
DOI:10.4149/neo_2022_220513N511
PMID:36129833
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综述 | 本文综述了癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在胃癌（GC）侵袭和转移中的作用 | 探讨了单细胞RNA测序技术在分类CAFs中的应用前景，并提出了基于细胞标记和功能的CAFs分选方法 | CAFs的异质性限制了靶向治疗的应用，需要寻找特定的标记物并将其划分为不同的亚群 | 探讨CAFs在胃癌发展中的作用及靶向治疗的可能性 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在胃癌侵袭和转移中的作用 | NA | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 20116 | 2024-08-08 |
Hyaluronic acids mediate the infiltration, migration, and M2 polarization of macrophages: evaluating metabolic molecular phenotypes in gliomas
2022-12, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13315
PMID:36134697
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研究论文 | 本研究系统评估了通过代谢相关通路分类的3068个胶质瘤样本和33个胶质母细胞瘤单细胞测序样本的免疫景观，并验证了代谢集群的分子特征。 | 首次揭示了透明质酸（HA）与胶质瘤免疫浸润之间的显著联系，并发现HA通过IL-1/CHI3L1和TGF-β/CHI3L1轴促进巨噬细胞招募和M2极化。 | NA | 探讨代谢模式与胶质瘤患者生存结果和免疫活性的关系。 | 胶质瘤样本和胶质母细胞瘤单细胞测序样本。 | 数字病理学 | 脑瘤 | 机器学习预测分析（pamr）、代谢组学、RNA测序 | NA | 微阵列数据、单细胞测序数据 | 3068个胶质瘤样本和33个胶质母细胞瘤单细胞测序样本，以及5842个泛癌样本 |
| 20117 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of multimodal single-cell data with structural similarity
2022-11-28, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac781
PMID:36130281
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SAILERX的深度学习框架，用于高效、稳健和灵活地分析多模态单细胞数据 | SAILERX框架采用变分自编码器和不变表示学习来校正测序过程中的技术噪声，并通过多模态数据对齐机制整合来自不同模态的信息，避免了硬对齐导致的噪声过拟合问题 | NA | 旨在解决多模态单细胞数据分析中的计算挑战，有效利用单细胞多组学信息来描绘细胞状态并识别有意义的信号 | 多模态单细胞数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序技术 | 变分自编码器（VAE） | 单细胞数据 | NA |
| 20118 | 2024-08-08 |
Comparison of scRNA-seq data analysis method combinations
2022-11-17, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac027
PMID:36124658
|
研究论文 | 本文比较了不同组合的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，并评估了这些组合在提高分析效率和准确性方面的效果 | 提出了12种技术组合，每种组合包含一整套scRNA-seq数据分析流程，并通过实验验证了这些组合的有效性 | NA | 评估不同scRNA-seq数据分析方法组合的效果 | scRNA-seq数据分析方法的组合 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用公开的scRNA-seq数据集Goolam，可在ArrayExpress数据库中获取，编号为E-MTAB-3321 |
| 20119 | 2024-08-08 |
sgcocaller and comapr: personalised haplotype assembly and comparative crossover map analysis using single-gamete sequencing data
2022-11-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac764
PMID:36107768
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研究论文 | 本文介绍了用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点的软件工具sgcocaller，以及用于从单配子构建、可视化和比较个性化交叉景观的comapr | 提出了sgcocaller和comapr工具，能够在高覆盖率数据集上生成无瑕的单体型结果，并且在低覆盖率单配子测序数据上表现优于现有方法 | NA | 开发高效的软件工具，用于从单配子DNA测序数据生成个性化单体型和调用交叉点，并构建、可视化和比较个性化交叉景观 | 单配子DNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | DNA序列 | 大量单配子样本 |
| 20120 | 2024-08-08 |
Cell type markers indicate distinct contributions of decidual stromal cells and natural killer cells in preeclampsia
2022-11-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-22-0079
PMID:36111648
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研究论文 | 本研究通过整合分析先兆子痫转录组和单细胞转录组数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在早期和晚期先兆子痫中的特定贡献 | 本研究结合了先兆子痫的转录组结果和单细胞测序数据，预测了基质细胞和子宫自然杀伤细胞在先兆子痫中的特定贡献，其中部分结果是出乎意料的 | NA | 研究先兆子痫中不同细胞类型的具体贡献 | 先兆子痫中的基质细胞和子宫自然杀伤细胞 | 数字病理学 | 妊娠相关疾病 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA |