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当前共找到 44757 篇文献，本页显示第 1981 - 2000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1981 | 2026-09-29 |
Single-cell analysis identifies MKI67+ microglia as drivers of neovascularization in proliferative diabetic retinopathy
2025-03-11, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06320-w
PMID:40069725
|
研究论文 | 该研究通过单细胞RNA测序鉴定了增殖性糖尿病视网膜病变中一种新型的MKI67+小胶质细胞亚群，该亚群通过乳酸代谢和SPP1-ITGA4信号促进病理性新生血管形成 | 首次鉴定出MKI67+小胶质细胞亚群，该亚群以乳酸代谢和增殖相关基因（如MKI67、PARK7、LDHA）显著上调及糖酵解通路富集为特征，并通过SPP1-ITGA4信号与内皮细胞互作促进血管生成 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 探究乳酸在增殖性糖尿病视网膜病变病理性新生血管形成中的作用机制，并鉴定与乳酸代谢相关的关键细胞类型 | 增殖性糖尿病视网膜病变患者样本、高糖处理的小胶质细胞培养物、氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1982 | 2026-09-29 |
Prognostic implications and characterization of tumor-associated tertiary lymphoid structures genes in pancreatic cancer
2025-03-10, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06152-8
PMID:40065365
|
研究论文 | 该研究整合了310例胰腺导管腺癌（PDAC）患者的转录组和临床数据，基于肿瘤相关三级淋巴结构（TA-TLS）基因进行共识聚类，构建了TLS评分系统和风险预测模型，并探索了关键基因DNASE1L3的功能 | 首次基于TA-TLS基因对PDAC进行共识聚类识别三种分子亚型，构建了TLS基因评分系统和风险预测模型，并揭示了DNASE1L3在PDAC中的抗肿瘤功能及免疫相关机制 | 研究主要基于公共数据库GEO的回顾性数据，样本量有限（310例），缺乏前瞻性临床试验验证，DNASE1L3的分子机制仍需进一步体内实验验证 | 阐明TA-TLS基因在PDAC中的表达特征，构建基于TLS基因的评分系统和风险模型，探索关键基因的功能及潜在抗肿瘤机制，为增强PDAC的TLS靶向免疫治疗策略提供依据 | 310例胰腺导管腺癌（PDAC）患者的转录组和临床数据，以及PDAC细胞系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 免疫组化, 多重细胞因子分析 | LASSO | 转录组数据, 图像, 文本 | 310例PDAC患者的转录组和临床数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1983 | 2026-09-29 |
Unveiling ac4C modification pattern: a prospective target for improving the response to immunotherapeutic strategies in melanoma
2025-03-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06297-6
PMID:40050821
|
研究论文 | 本研究整合单细胞测序数据与转录组学，识别与黑色素瘤进展相关的ac4C相关基因，并构建了一个可预测黑色素瘤患者预后及免疫治疗响应的acRG相关signature | 首次系统性地揭示ac4C mRNA修饰模式在黑色素瘤中的临床意义，利用10种机器学习算法生成的101种算法组合构建了acRGS，其性能优于120个已报道的黑色素瘤signature，并揭示了acRGS与免疫检查点基因、免疫细胞浸润及肿瘤突变负荷的关联 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床试验验证；acRGS的临床转化应用仍需进一步多中心大样本研究验证 | 探究ac4C mRNA修饰模式对黑色素瘤患者临床结局的影响，并构建可用于预测预后和免疫治疗响应的acRG相关signature | 黑色素瘤患者样本及黑色素瘤细胞 | 机器学习 | 黑色素瘤 | 单细胞测序, 转录组学 | 机器学习算法组合（10种机器学习算法, 101种组合） | 单细胞测序数据, 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1984 | 2026-09-29 |
Single-cell and spatial transcriptome profiling reveal CTHRC1+ fibroblasts promote EMT through WNT5A signaling in colorectal cancer
2025-03-06, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06236-5
PMID:40050872
|
研究论文 | 该研究结合单细胞RNA测序和空间转录组技术，揭示了结直肠癌中CTHRC1+成纤维细胞通过WNT5A信号通路促进上皮-间质转化的机制 | 首次鉴定出CTHRC1+癌症相关成纤维细胞与恶性上皮细胞在EMT活跃空间生态位中的显著空间共定位，并阐明CTHRC1+ CAF来源的WNT5A通过上调邻近恶性上皮细胞MSLN表达促进EMT的新信号轴 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解析结直肠癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与肿瘤细胞的相互作用，探索精准有效的治疗靶点 | 结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞亚型及恶性上皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 图像, 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1985 | 2026-09-29 |
MCT4: a key player influencing gastric cancer metastasis and participating in the regulation of the metastatic immune microenvironment
2025-03-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06279-8
PMID:40045374
|
研究论文 | 该研究综合运用单细胞测序、转录组测序数据库分析及体内外实验，探讨MCT4在胃癌转移及转移性免疫微环境调控中的作用 | 首次系统揭示MCT4在胃癌转移中的关键作用及其参与塑造免疫抑制性肿瘤微环境的机制，并结合多组学分析与实验验证 | 摘要中未明确提及研究的局限性 | 阐明MCT4在胃癌发生发展及转移中的作用机制及其对免疫微环境的调控 | 胃癌细胞系、胃癌肝转移及皮下成瘤小鼠模型、临床胃癌患者的肿瘤与正常组织样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序、转录组测序、免疫组化、多重免疫荧光 | NA | 图像、文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1986 | 2026-09-29 |
Single-cell lineage tracing techniques in hematology: unraveling the cellular narrative
2025-03-04, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06318-4
PMID:40038725
|
综述 | 本文综述了单细胞谱系追踪技术（包括整合条形码、CRISPR条形码和碱基编辑器）在血液学系统中的应用，总结了其在揭示正常和病理背景下复杂细胞行为与谱系动态方面的潜力。 | 系统聚焦于新兴的单细胞谱系追踪技术——整合条形码、CRISPR条形码和碱基编辑器，并总结其在血液学系统中的应用。 | 作为综述文章，未涉及原始实验数据或新方法开发，主要依赖已有研究的归纳总结。 | 探讨单细胞谱系追踪技术在血液学领域的应用，揭示造血干细胞功能与结构异质性以及血液系统恶性肿瘤细胞异质性等关键问题。 | 血液学系统，包括造血干细胞和血液系统恶性肿瘤细胞。 | 单细胞组学 | 血液系统恶性肿瘤 | 单细胞谱系追踪，整合条形码，CRISPR条形码，碱基编辑器 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1987 | 2026-09-29 |
The critical role of endoplasmic reticulum stress and the stimulator of interferon genes (STING) pathway in kidney fibrosis
2025-02, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.10.021
PMID:39566842
|
研究论文 | 该研究揭示了内质网应激和STING通路在肾脏纤维化中的关键作用，发现STING是肾小管细胞中PERK和ER应激的上游调控因子 | 首次发现STING是肾脏纤维化过程中肾小管细胞内质网应激的重要上游激活因子，STING与PERK存在物理相互作用，STING激动剂可诱导PERK激活 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 研究内质网应激在肾脏疾病中的精确激活机制和作用，以及STING通路在肾脏纤维化中的角色 | 慢性肾脏病患者肾脏样本、急性及慢性肾损伤小鼠模型（顺铂和单侧输尿管梗阻）、叶酸及TFAM敲除小鼠数据、STING激活突变小鼠、肾小管特异性STING敲除小鼠 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 无偏转录组学分析、空间转录组学 | NA | 转录组数据、图像 | NA | NA | 空间转录组学、批量RNA-seq | NA | NA |
| 1988 | 2026-09-29 |
Generating Neuroimmune Assembloids Using Human Induced Pluripotent Stem Cell (iPSC)-Derived Cortical Organoids and Microglia
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/7651_2024_554
PMID:38976205
|
研究方法 | 本文提出了一种利用人诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮层类器官与小胶质细胞共培养生成神经免疫组装体的新方法 | 在既往髓鞘化皮层类器官工作基础上，创新性地将小胶质细胞整合入类器官中，确保其长期存活与成熟，并提供了两种整合方法及下游单细胞RNA测序分析流程 | 未明确说明该方法在重现体内神经免疫微环境复杂性方面的局限，以及组装体长期培养稳定性和可重复性的潜在挑战 | 建立一种能够模拟神经细胞与免疫细胞相互作用的体外神经免疫组装体模型，用于神经发育和神经系统疾病研究 | 人诱导多能干细胞（iPSC）来源的皮层类器官、小胶质细胞及小胶质细胞祖细胞 | 神经科学、干细胞生物学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫染色、冷冻切片 | NA | 图像、文本 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1989 | 2026-09-29 |
Interleukin-27-polarized HIV-resistant M2 macrophages are a novel subtype of macrophages that express distinct antiviral gene profiles in individual cells: implication for the antiviral effect via different mechanisms in the individual cell-dependent manner
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1550699
PMID:40129989
|
研究论文 | 本研究比较了IL-27极化的巨噬细胞（27-Mac）与M2d亚型巨噬细胞的生物学功能和基因表达谱，发现27-Mac是一种新型的抗HIV巨噬细胞亚型 | 首次发现27-Mac可能被归类为M1样亚型或M2的新型亚型，其通过不同机制在单个细胞中抵抗HIV感染，且每个27-Mac表达不同的抗病毒基因组合 | 样本来源于健康供体，未涉及HIV感染患者的巨噬细胞，且未进行体内实验验证 | 比较27-Mac与M2d亚型巨噬细胞的生物学功能和基因表达谱，探究IL-27极化巨噬细胞的抗HIV机制 | 健康供体外周血单核细胞衍生巨噬细胞，包括27-Mac、IL-6极化的M2d（6-M2d）和BAY60-658极化的M2d（BAY-M2d） | 免疫学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序、p24抗原捕获试验、过氧化氢检测、吞噬试验 | NA | 单细胞基因表达数据、细胞功能数据 | 来自健康供体的单核细胞衍生巨噬细胞，具体数量未在摘要中说明 | IsoPlexis | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1990 | 2026-09-29 |
Single-cell multi-omic and spatial profiling of human kidneys implicates the fibrotic microenvironment in kidney disease progression
2024-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-024-01802-x
PMID:39048792
|
研究论文 | 该研究通过单细胞多组学和空间转录组学技术，对人类肾脏进行了全面分析，揭示了纤维化微环境在肾脏疾病进展中的作用 | 首次结合单细胞多组学和空间转录组学，构建了人类肾脏的全面空间分子图谱，并发现纤维化微环境可用于分子分类和预后评估 | 未明确提及 | 解析人类肾脏健康和疾病的空间和分子原理，特别是纤维化微环境在疾病进展中的作用 | 人类肾脏样本，包括健康、糖尿病和高血压患病肾脏 | 空间转录组学, 单细胞多组学 | 肾脏疾病, 糖尿病, 高血压 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 单核开放染色质测序 | NA | 单细胞表达数据, 空间表达数据, 开放染色质数据 | 81个样本 | 10x Genomics, NanoString | single-cell RNA-seq, single-nuclear RNA-seq, spatial transcriptomics, single-nuclear ATAC-seq | 10x Chromium, 10x Visium, CosMx | 10x Chromium Single Cell, 10x Visium Spatial Gene Expression, CosMx Spatial Molecular Imager |
| 1991 | 2026-09-29 |
Principled and interpretable alignability testing and integration of single-cell data
2024-03-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2313719121
PMID:38416677
|
研究论文 | 提出SMAI框架，用于单细胞数据的可对齐性检验和结构保持整合 | 提供基于高维统计理论的统计检验来评估数据集间可对齐性，避免误导性推断，并实现结构保持的整合 | 未在摘要中明确说明 | 克服现有单细胞数据整合方法的局限性，实现原则性和可解释的可对齐性检验与整合 | 具有相同特征类型的单细胞数据集 | 机器学习 | NA | NA | 谱流形对齐与推断 | 单细胞数据 | 多种真实和模拟基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1992 | 2026-09-29 |
Niche-DE: niche-differential gene expression analysis in spatial transcriptomics data identifies context-dependent cell-cell interactions
2024-01-12, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03159-6
PMID:38217002
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研究论文 | 该文章提出了一种名为niche-DE的统计方法，用于在空间转录组数据中识别细胞类型特异性的生态位相关基因，并开发了niche-LR方法以揭示配体-受体信号机制 | 首次提出niche-differential expression分析，能够识别在特定空间生态位背景下差异表达的细胞类型特异性基因，而非仅关注全局基因表达变化；同时开发niche-LR方法揭示驱动这些表达模式的配体-受体信号机制；适用于低分辨率基于斑点的空间转录组数据以及单细胞或亚细胞分辨率的数据 | 摘要中未提及 | 在空间转录组数据中分析由细胞-细胞相互作用驱动的局部基因表达变化，识别上下文依赖的细胞-细胞相互作用 | 空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 统计模型 | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1993 | 2026-09-29 |
Combing Genome-Wide Association Studies and Single-Cell Analysis to Elucidate the Mechanisms of Kidney Disease: Proceedings of the Henry Shavelle Professorship
2023 Jan-Dec, Glomerular diseases
DOI:10.1159/000534678
PMID:38033715
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综述 | 该综述探讨了整合全基因组关联研究（GWAS）与单细胞组学（包括转录组学）以阐明肾脏疾病机制的新方法 | 将GWAS与单细胞组学（尤其是scRNA-seq）相结合，以解析遗传变异如何影响细胞表型，从而揭示肾脏疾病的复杂病因 | 未明确提及 | 深入理解肾脏疾病的复杂病因，并为精准诊断和个性化治疗开辟道路 | 肾脏疾病 | 机器学习 | 肾脏疾病 | GWAS，scRNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1994 | 2026-09-29 |
A Novel Algorithm for Feature Selection Using Penalized Regression with Applications to Single-Cell RNA Sequencing Data
2022-Oct-12, Biology
DOI:10.3390/biology11101495
PMID:36290397
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研究论文 | 本文分析比较了多种惩罚回归方法在单细胞RNA测序数据特征选择中的性能，并提出了一种基于惩罚回归的新特征选择算法 | 提出了一种新的特征选择算法，通过先选择小部分基因子集，再应用SGL进行差异表达基因选择，并利用层次聚类对基因进行分组，从而绕过了对领域特定基因分组信息的需求 | 仅基于所分析的单细胞RNA测序数据集进行验证，未在更广泛的数据集或其他类型的高维数据上进行验证 | 分析和比较多种惩罚回归方法在单细胞RNA测序数据特征选择中的性能，并提出更优的特征选择算法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达特征 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 惩罚回归模型（稀疏组lasso、岭回归、lasso、弹性网络、drop lasso、组lasso、big lasso） | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1995 | 2026-09-29 |
A Markov random field model-based approach for differentially expressed gene detection from single-cell RNA-seq data
2022-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac166
PMID:35514182
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研究论文 | 本文提出了一种名为MARBLES的新型统计模型，用于从单细胞RNA测序数据中检测跨条件的差异表达基因 | MARBLES采用马尔可夫随机场模型在相似细胞类型间借用信息，并利用细胞类型特异性的伪批量计数来考虑样本级变异性 | 未明确提及 | 从单细胞RNA测序数据中检测跨条件的差异表达基因 | 单细胞脂多糖小鼠数据集和帕金森病人体数据集 | 机器学习 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | 马尔可夫随机场模型 | 基因表达数据 | 单细胞脂多糖小鼠数据集24381个细胞和11076个基因，帕金森病人体数据集76212个细胞和15891个基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1996 | 2026-09-29 |
Comparative single-cell transcriptional atlases of Babesia species reveal conserved and species-specific expression profiles
2022-09, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001816
PMID:36137068
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研究论文 | 本文应用单细胞RNA测序技术对三种巴贝虫物种进行了转录组图谱分析，揭示了保守和物种特异性的表达谱 | 首次对三种巴贝虫物种进行单细胞转录组分析，克服了同步化限制，构建了伪同步时间过程基因表达谱，并开发了交互式网络应用 | 由于巴贝虫同步化的限制，无法获得精细的时间过程转录组资源，研究依赖于计算分析方法 | 比较三种巴贝虫物种的单细胞转录图谱，以了解其复制周期进展和调控机制 | 三种巴贝虫物种：B. divergens、B. bovis和B. bigemina | 机器学习 | 巴贝虫病 | 单细胞RNA测序 | 正则化高斯图模型 | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1997 | 2026-09-29 |
Single-cell analysis of the adaptive immune response to SARS-CoV-2 infection and vaccination
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.964976
PMID:36119105
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综述 | 本文综述了利用单细胞多组学技术（包括流式细胞术、单细胞转录组学、单细胞TCR和BCR分析）研究SARS-CoV-2感染和疫苗接种后适应性免疫应答（T细胞和B细胞）的进展 | 聚焦于单细胞多组学技术在揭示SARS-CoV-2感染和疫苗接种诱导的适应性免疫应答中的应用，并通过比较自然感染和疫苗接种诱导的免疫应答，探索免疫保护和发病机制的关键组成部分 | 作为综述，未涉及原始实验数据，可能受限于已发表研究的异质性和单细胞技术的局限性 | 全面理解宿主对SARS-CoV-2及其变异株的适应性免疫应答，为改进疫苗和治疗策略提供依据 | SARS-CoV-2感染和疫苗接种后的适应性免疫应答（T细胞和B细胞） | 单细胞多组学 | COVID-19 | 单细胞多组学技术（流式细胞术、单细胞转录组学、单细胞TCR和BCR分析） | NA | 文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1998 | 2026-09-29 |
A convolutional neural network for common coordinate registration of high-resolution histology images
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab447
PMID:34128955
|
研究论文 | 本文提出了一种新型卷积神经网络架构，用于高分辨率组织学图像的共同坐标配准，结合局部分类CNN和全局分割CNN | 提出了一种混合卷积神经网络架构，结合稀疏采样的局部分类CNN和全局分割CNN，可端到端训练，在高分辨率组织学图像配准上优于现有方法 | 摘要中未明确提及研究局限性 | 解决大规模空间组学数据研究中多来源组织学图像的配准问题，实现共同坐标配准以支持跨样本相似区域的定量比较 | 高分辨率组织学图像，包括参考组织学数据集和两个已发表的空间转录组学数据集 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | CNN | 图像 | 参考组织学数据集和两个已发表的空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1999 | 2026-09-29 |
Tissue disaggregation and isolation of specific cell types from transgenic Xenopus appendages for transcriptional analysis by FACS
2021-09, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists
IF:2.0Q3
DOI:10.1002/dvdy.268
PMID:33137227
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研究方法 | 本文提出了一种从转基因非洲爪蟾附属器官中解聚组织并通过FACS分离特定细胞类型以进行转录分析的方法 | 该协议解决了非洲爪蟾胚胎和蝌蚪中母源卵黄血小板存储导致的光散射和FACS分析假阳性问题，并采用双重门控策略（排除非转基因和广泛表达转基因动物）以减少假阳性和假阴性 | 摘要中未明确提及限制，但该方法可能依赖于现有的转基因报告系，且可能不适用于无转基因报告系的细胞类型 | 开发一种从非洲爪蟾附属器官中分离特定细胞类型并进行高质量转录分析的方法 | 转基因非洲爪蟾（Xenopus tropicalis）的尾和肢芽组织 | 发育生物学、再生生物学、转录组学 | NA | 组织解聚、荧光激活细胞分选（FACS）、转录分析 | NA | 细胞、核酸 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2000 | 2026-09-29 |
Independent component analysis based gene co-expression network inference (ICAnet) to decipher functional modules for better single-cell clustering and batch integration
2021-05-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab089
PMID:33619563
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研究论文 | 开发了基于独立成分分析的基因共表达网络推断方法ICAnet，用于单细胞RNA测序数据的细胞聚类、批次整合和稀有细胞类型发现 | 首次将独立成分分析应用于基因共表达网络推断，能够发现仅存在于部分细胞亚群中的共表达模式，克服了传统方法基于整体共表达相关性的局限 | 摘要中未明确提及该方法的局限性 | 提高单细胞RNA测序数据的细胞聚类精度、批次整合效果和稀有细胞类型发现能力 | 单细胞RNA测序数据集，涵盖多种细胞、组织、供体和文库类型 | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 独立成分分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |