单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1361	2025-09-09	Transcription factors that define the epigenome structures and transcriptomes in microglia 2025-Sep, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104814 PMID:40425139	研究论文	本文通过基因组学技术鉴定调控小胶质细胞转录组程序的关键转录因子	发现PU.1、Irf8、Sall1和Smad4四种转录因子形成增强子复合物作为谱系决定因子，并揭示TGF-β驱动转录因子结合的机制	NA	解析小胶质细胞表观基因组结构和转录组的调控机制	小胶质细胞及其转录因子调控网络	基因组学	神经炎症性疾病与神经退行性疾病	ATAC-seq, ChIP-seq/CUT&RUN, 单细胞RNA-seq	NA	基因组测序数据	NA
1362	2025-09-09	CD300A+ CD8+ T Cells as Predictive Biomarkers for Achieving Functional Cure in Chronic Hepatitis B Patients Undergoing Pegylated Interferon-Alpha Therapy 2025-Sep, Alimentary pharmacology & therapeutics IF:6.6Q1 DOI:10.1111/apt.70214 PMID:40454546	研究论文	本研究通过单细胞转录组和T细胞受体测序技术，鉴定CD300A+ CD8+ T细胞作为慢性乙型肝炎患者聚乙二醇干扰素-α治疗中获得功能性治愈的预测生物标志物	首次发现CD300A+ CD8+ T细胞亚群在功能性治愈患者中显著富集，并具有克隆扩增增强、细胞毒性提高和HBV抗原特异性等特征	研究样本量有限，且结果需要在更大规模队列中进一步验证	寻找能够预测慢性乙型肝炎患者聚乙二醇干扰素-α治疗疗效的生物标志物	慢性乙型肝炎患者	免疫学	慢性乙型肝炎	单细胞转录组测序、T细胞受体测序、流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据、流式细胞数据	发现队列和独立验证队列的慢性乙型肝炎患者
1363	2025-09-09	An integrated single-nucleus and spatial transcriptomics atlas reveals the molecular landscape of the human hippocampus 2025-Sep, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-02022-0 PMID:40739059	研究论文	本研究通过整合单核与空间转录组学数据，构建了人类海马体的分子图谱，揭示了其细胞类型的空间组织和功能特征	首次结合空间转录组学（SRT）和单核RNA测序（snRNA-seq）数据，使用非负矩阵分解（NMF）和标签转移方法整合分析，揭示了人类海马体神经元细胞类型的空间分布和突触特化模式	研究仅基于10名神经典型成年捐赠者的样本，样本量相对有限，且主要聚焦前海马体区域	解析人类海马体的细胞类型空间组织与分子特征，探索其与认知和情绪功能的关联	人类海马体组织，特别是前海马体区域的细胞	空间转录组学	NA	空间转录组学（SRT），单核RNA测序（snRNA-seq），非负矩阵分解（NMF），标签转移	NA	转录组数据，空间位置数据	10名神经典型成年捐赠者的海马体样本
1364	2025-09-09	Single-cell RNA-sequencing as a potential approach for studying intratumor heterogeneity in pleural mesothelioma 2025-Sep, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108679 PMID:40782703	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索胸膜间皮瘤的瘤内异质性	首次应用单细胞RNA测序技术分析多部位肿瘤样本中的瘤内异质性	NA	表征胸膜间皮瘤的瘤内异质性以解释治疗反应差的原因	胸膜间皮瘤患者的多部位肿瘤样本	生物信息学	胸膜间皮瘤	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA
1365	2025-09-09	Regional Transcriptomic Architecture of Glioblastoma Reveals NUCB2 as a Key Orchestrator of Tumour Aggression and Immune Dysfunction 2025-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70814 PMID:40913484	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序分析揭示NUCB2作为胶质母细胞瘤侵袭性和免疫功能障碍的关键调控因子	首次发现NUCB2在肿瘤中心区域神经祖细胞样肿瘤细胞中显著上调，并证实其同时调控肿瘤干细胞增殖和免疫抑制功能	基于公共数据集分析，需要实验验证NUCB2作为治疗靶点的临床可行性	阐明胶质母细胞瘤空间分子程序驱动肿瘤进展的机制	胶质母细胞瘤中心和外周区域的细胞群体	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	两个公共数据集中的多样化细胞群体
1366	2025-09-09	Single cell RNA sequencing reveals the reshaping effect of perfluorooctanoic acid on the intestinal microenvironment of mice 2025-Sep-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118540 PMID:40570792	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示全氟辛酸对小鼠肠道微环境的重塑作用	首次在单细胞分辨率下全面解析PFOA诱导的肠道微环境重塑，发现Ada肠上皮细胞异常增殖及CCR1-CCL5轴介导的巨噬细胞-CD8 T细胞互作新机制	研究主要聚焦雌性小鼠，性别差异影响的全面性有待进一步验证	探究全氟辛酸(PFOA)对肠道微环境的具体影响机制	C57BL/6小鼠（雌雄双性别）的肠道组织	单细胞组学	胃肠道疾病	scRNA-seq, 流式细胞术, 免疫组化	NA	单细胞转录组数据	C57BL/6小鼠（0/1/5/10 mg/kg/day剂量组，雌雄各半），雌鼠肠道组织进行scRNA-seq
1367	2025-09-09	Cholinergic Waves Have a Modest Influence on the Transcriptome of Retinal Ganglion Cells 2025-Aug-27, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0165-25.2025 PMID:40695599	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胆碱能波对小鼠视网膜神经节细胞转录组的类型特异性影响	首次在单细胞水平揭示胆碱能波对特定功能类型RGC转录组的微妙调控，而非此前认为的广泛影响	研究仅关注出生后第一周，未探讨更长期发育影响；样本来源于基因敲除模型，可能存在补偿机制	探究β2KO小鼠模型中胆碱能波缺失对视网膜神经节细胞基因表达的影响	野生型和β2KO小鼠的视网膜神经节细胞（RGCs）	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、原位杂交、全细胞记录	NA	基因表达数据、电生理数据	野生型和β2KO小鼠出生后第一周的视网膜神经节细胞
1368	2025-09-09	A Benchmark of Semi-Supervised scRNA-seq Integration Methods in Real-World Scenarios 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.23.671952 PMID:40909636	研究论文	系统评估五种半监督单细胞RNA测序整合方法在真实场景下的性能表现	首次在六种不同数据集和五种实际标注场景下系统比较半监督与无监督整合方法	仅评估了五种半监督方法，可能未涵盖所有现有方法	评估半监督scRNA-seq整合方法在实际应用中的有效性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	scANVI, scGEN, ssSTACAS, scDREAMER, ItClust	基因表达数据	六个不同数据集
1369	2025-09-09	A spatiotemporal atlas of mouse gastrulation and early organogenesis to explore axial patterning and project in vitro models onto in vivo space 2025-Aug-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116047 PMID:40728928	研究论文	构建了一个小鼠原肠胚形成和早期器官发生的时空图谱，用于探索轴向模式并将体外模型投影到体内空间	整合了E7.25和E7.5天的空间转录组数据与现有单细胞RNA-seq图谱，创建了包含15万多个细胞的高分辨率时空图谱	NA	研究小鼠胚胎发育过程中的空间分化模式和细胞命运决定机制	小鼠胚胎（E6.5-E9.5天）	发育生物学	NA	空间转录组学，单细胞RNA-seq	计算分析流程	空间转录组数据，单细胞RNA-seq数据	超过150,000个细胞，涵盖E6.5至E9.5天的小鼠胚胎
1370	2025-09-09	A Low Sodium Diet Activates HSD2 Neurons in the Nucleus Tractus Solitarii to Promote Sodium Appetite Via the cAMP/MAPK Signaling Pathway 2025-Aug-26, Journal of integrative neuroscience IF:2.5Q3 DOI:10.31083/JIN42286 PMID:40919635	研究论文	本研究探讨低钠饮食通过激活NTS中的HSD2神经元经cAMP/MAPK信号通路促进钠食欲的神经机制	首次揭示HSD2神经元通过cAMP/MAPK信号通路介导钠食欲，并明确其下游神经投射靶点	研究仅使用小鼠模型，未在其它物种验证；神经元激活对自主神经功能的影响需进一步探讨	阐明低钠饮食条件下钠食欲的神经生物学机制	小鼠模型中的HSD2神经元及其神经通路	神经科学	NA	scRNA-seq, 药理学干预, 顺行追踪, 免疫组化	NA	基因表达数据, 生理参数数据, 神经成像数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
1371	2025-09-09	Stem cells within the HPA axis in tissue homeostasis and disease 2025-Aug-22, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf039 PMID:40590582	综述	本文总结了HPA轴内干细胞在组织稳态和疾病中的作用，包括其起源、分布及性别特异性活动	强调单细胞RNA测序揭示的干细胞群体异质性，并讨论体外分化HPA轴干细胞的新策略	对HPA轴动态组织可塑性机制的理解仍有限，尤其在人类研究中	探讨HPA轴干细胞在生理和病理条件下的调控功能及治疗潜力	下丘脑-垂体-肾上腺轴（HPA轴）中的干细胞和祖细胞	NA	代谢疾病、癌症	单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	NA	NA
1372	2025-09-09	Human single-cell atlas analysis reveals heterogeneous endothelial signaling 2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.15.670370 PMID:40894541	研究论文	通过整合人类15个组织的单细胞RNA测序数据，系统分析内皮细胞异质性及其在组织微环境中的信号交互	开发计算流程分析代谢物或蛋白质介导的细胞间通讯，并首次使用主题建模识别组织特异性的内皮细胞交互模式	研究仅基于scRNA-seq数据，可能未完全捕捉蛋白质修饰或空间组织等层面信息	探究内皮细胞在不同组织和血管类型中的异质性及微环境调控机制	人类15个组织中的内皮细胞及其他组织驻留细胞	单细胞基因组学	NA	scRNA-seq, 主题建模, 细胞间通讯分析	主题模型	单细胞RNA测序数据	超过300万个单细胞，涵盖15个人体组织
1373	2025-09-09	Reviewing the Developing Significance of the Serine Protease PRSS23 2025-Aug-18, Frontiers in bioscience (Landmark edition) DOI:10.31083/FBL27294 PMID:40917042	综述	本文综述了丝氨酸蛋白酶PRSS23在多种生理和病理过程中的作用及其研究进展	整合了PRSS23从最初发现到近期在癌症、发育生物学和单细胞技术应用中的多功能性研究	NA	总结PRSS23的生物学功能和临床意义	丝氨酸蛋白酶PRSS23及其在正常生理和疾病中的作用	分子生物学	乳腺癌、胃癌、硬皮病	scRNA-seq、生物信息学分析	NA	文献数据	NA
1374	2025-09-09	Astaxanthin promotes in vitro maturation of mouse oocytes by regulating mitochondrial functions and protein homeostasis† 2025-Aug-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioaf107 PMID:40324205	研究论文	本研究探讨虾青素通过调节线粒体功能和蛋白质稳态促进小鼠卵母细胞体外成熟	首次报道虾青素在卵母细胞体外成熟中的作用，并采用单细胞转录组测序和微蛋白质组学揭示其作用机制	研究仅限于小鼠模型，未涉及其他物种或临床前试验	提高小鼠卵母细胞体外成熟质量及早期胚胎发育能力	小鼠卵母细胞	生殖生物学	NA	单细胞转录组测序, 微蛋白质组学, 透明带激光打孔辅助体外受精	NA	转录组数据, 蛋白质组数据	小鼠卵母细胞样本（具体数量未明确说明）
1375	2025-07-06	Developmental cues from epicardial cells simultaneously promote cardiomyocyte proliferation and electrochemical maturation 2025-Aug-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102572 PMID:40614731	研究论文	研究探讨心外膜细胞如何同时促进心肌细胞增殖和电化学成熟	通过共培养hiPSC-CM与EPCs及EPD-FBs，揭示了心肌细胞增殖与成熟之间的新关系	3D-EHTs中的增殖效果有限，且研究未涉及体内环境验证	探究心外膜细胞对心肌细胞增殖和成熟的影响	人类诱导多能干细胞衍生的心肌细胞(hiPSC-CMs)和心外膜细胞(EPCs)	细胞生物学	心血管疾病	单细胞转录组学、2D共培养、3D工程心脏组织(EHTs)	NA	基因表达数据、电生理数据	NA
1376	2025-09-09	A clonally expanded nodal T-cell population diagnosed as T-cell lymphoma after CAR-T therapy 2025-Aug-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-62709-7 PMID:40796743	研究论文	报道一例CAR-T治疗后出现T细胞淋巴瘤的克隆性扩增淋巴结T细胞群体	首次结合基因组测序和单细胞空间转录组学揭示CAR-T后T细胞淋巴瘤的克隆特征和空间分布	单病例报告，样本量有限	探讨CAR-T治疗后继发T细胞恶性肿瘤的分子特征	弥漫性大B细胞淋巴瘤患者	数字病理学	淋巴瘤	基因组测序，单细胞空间转录组学	NA	基因组数据，转录组数据，空间转录组数据	1例患者
1377	2025-09-09	Singletrome enhances detection of long noncoding RNAs in single cell transcriptomes 2025-Aug-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-13528-9 PMID:40796606	研究论文	介绍Singletrome工具，用于增强单细胞转录组中长链非编码RNA的检测与分析	开发了Singletrome这一Singularity镜像工具，能整合蛋白质编码基因和lncRNA的GTF注释，考虑基因的正反义重叠，生成增强注释并支持下游分析	NA	提升单细胞RNA测序数据中长链非编码RNA的检测和注释准确性	长链非编码RNA（lncRNAs）和单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 机器学习	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1378	2025-09-09	Multi-omics single-cell data alignment and integration with enhanced contrastive learning and differential attention mechanism 2025-Aug-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf443 PMID:40795161	研究论文	提出一种基于增强对比学习和差异注意力机制的单细胞多组学数据对齐与整合方法scECDA	采用独立设计的自编码器自主学习各组学数据特征分布，结合增强对比学习和差异注意力机制有效降低噪声干扰	NA	提高单细胞多组学数据整合的准确性和细胞类型识别精度	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序技术，包括10X Multiome、CITE-seq和TEA-seq	自编码器、对比学习、注意力机制	单细胞多组学数据	八个配对单细胞多组学数据集
1379	2025-09-09	A Single-Cell Atlas-Inspired Hitchhiking Therapeutic Strategy for Acute Pancreatitis by Restricting ROS in Neutrophils 2025-Aug, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202502200 PMID:40395143	研究论文	本研究通过单细胞测序解析急性胰腺炎中中性粒细胞亚群，并开发了一种基于纳米反应器的靶向治疗策略以调控中性粒细胞极化	首次构建急性胰腺炎中性粒细胞单细胞图谱，并提出基于中性粒细胞'搭便车'的纳米治疗策略，实现原位合成抗氧化剂并同时抑制N1/N2极化	NA	开发针对急性胰腺炎的靶向治疗策略，通过调控中性粒细胞极化减轻炎症	中性粒细胞及其在急性胰腺炎中的亚群	数字病理	急性胰腺炎	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
1380	2025-09-09	Decoding neuronal diversity: Mechanisms governing neural cell fate in Drosophila 2025-Aug, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.103061 PMID:40482397	综述	本文综述了果蝇神经细胞命运决定的机制，重点探讨空间模式、时间模式和终端选择转录因子的作用	整合单细胞转录组学和全脑连接组学的最新突破，全面解析神经细胞身份编码机制	NA	揭示果蝇神经干细胞如何产生神经元多样性的机制	果蝇神经干细胞和神经元	神经科学	NA	单细胞转录组学、全脑连接组学、经典遗传学、标记工具	NA	转录组数据、连接组数据	NA