单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1301	2025-09-13	Precision Medicine in Surgery: Immunomodulation and Cellular Regeneration Strategies for Immunologic and Surgical Diseases 2025-Oct-01, Annals of surgery IF:7.5Q1 DOI:10.1097/SLA.0000000000006849 PMID:40698837	研究论文	本文提出了一种研究lacritin肽对β细胞增殖、胰岛存活和免疫调节作用的方法学框架	结合体外和体内模型系统研究lacritin肽的双重免疫调节和再生功能	NA	探索精准医疗在免疫和外科疾病中的应用，特别是lacritin肽的治疗潜力	胰岛细胞、免疫细胞、糖尿病小鼠模型	精准医疗	自身免疫疾病、糖尿病	mass cytometry, imaging mass cytometry, single-cell RNA sequencing	NA	分子数据、细胞成像数据	使用糖尿病小鼠模型进行临床前评估
1302	2025-09-13	Complete Response to BET Inhibitor in Primary Pulmonary NUT Carcinoma With Single-Cell Sequencing-Based Analysis: A Case Report 2025-Oct, JTO clinical and research reports IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.jtocrr.2025.100885 PMID:40926997	病例报告	一例原发性肺NUT癌患者通过BET抑制剂NHWD-870单药治疗实现完全缓解，并利用单细胞测序分析其免疫微环境变化	首次报道BET抑制剂单药治疗实现NUT癌完全缓解，并通过单细胞测序揭示其通过激活CD8+ T细胞调控肿瘤微环境的双重作用机制	单病例报告，样本量有限，需要更大规模研究验证	探讨BET抑制剂在NUT癌治疗中的疗效及作用机制	36岁IIIB期原发性肺NUT癌患者	肿瘤学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1例患者肿瘤组织
1303	2025-09-13	Fueling fibrosis: metabolic dysregulation in systemic sclerosis 2025-Sep-15, Current opinion in rheumatology IF:5.2Q1 DOI:10.1097/BOR.0000000000001123 PMID:40916994	综述	本综述探讨代谢重编程如何驱动系统性硬化症（SSc）中的纤维化和免疫失调，重点关注营养感知和能量通路在疾病进展中的作用	揭示了SSc中从分解代谢向合成代谢的转变机制，强调了代谢物（如αKG、琥珀酸和富马酸盐）在表观遗传调控和纤维化信号中的非传统作用，并指出单细胞转录组学发现不同成纤维细胞亚型具有独特的代谢程序	NA	分析代谢重编程在系统性硬化症纤维化和免疫失调中的作用机制	系统性硬化症（SSc）相关的代谢通路、免疫细胞和成纤维细胞	代谢组学与纤维化疾病机制	系统性硬化症	代谢组学分析、单细胞转录组学	NA	代谢组数据、转录组数据	NA
1304	2025-09-13	Spatiotemporal Proliferative Heterogeneity of Intraorgan Endothelial Cells 2025-Sep-12, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326748 PMID:40814781	研究论文	本研究揭示了心脏、肝脏和肺脏中内皮细胞增殖的时空异质性及其分子机制	首次发现同一器官内不同区域内皮细胞存在显著增殖异质性，并鉴定出区域特异性基因表达程序	研究主要聚焦于三种器官，其他器官的异质性尚未探索；体内抑制实验可能存在脱靶效应	探究同一器官内内皮细胞的增殖异质性及其调控机制	心脏、肝脏和肺脏中的内皮细胞	细胞生物学	血管相关疾病	RNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序、MAPK信号通路抑制	NA	基因表达数据、空间转录数据	利用多种损伤模型（主动脉缩窄、心肌梗死、部分肝切除、肺切除）进行研究
1305	2025-09-13	Customized Design and Preparation of Bionic Drug Delivery System Leveraging Single-Cell RNA Sequencing for Precisely Targeted Therapy 2025-Sep-12, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501497 PMID:40936355	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术指导设计和制备了一种仿生药物递送系统，用于急性肾损伤的精准靶向治疗	首次采用scRNA-seq识别急性肾损伤的关键细胞亚型(PTIs)并确定特异性靶向介质(VCAM1和ICAM1)，实现了个性化仿生DDS的设计	NA	开发针对急性肾损伤关键细胞亚型的精准靶向药物递送系统	急性肾损伤(AKI)的肾小管上皮细胞亚型(PTIs)	生物医学工程	急性肾损伤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
1306	2025-09-13	Retinoic Acid Inhibition Alters Intestinal Composition in Zebrafish: A Non-genetic Model to Study Hirschsprung Disease? 2025-Sep-12, Neurogastroenterology and motility IF:3.5Q2 DOI:10.1111/nmo.70155 PMID:40937495	研究论文	本研究通过抑制斑马鱼体内的视黄酸合成，探究其对肠道细胞组成的广泛影响及其作为先天性巨结肠疾病模型的潜力	首次在斑马鱼模型中系统揭示视黄酸抑制不仅影响ENS细胞，还显著改变非神经元细胞群组成，并对比了ret突变模型与药物抑制模型的差异	研究基于斑马鱼模型，结果向人类疾病的直接转化需进一步验证；未探讨视黄酸抑制的长期效应	探究视黄酸在肠道发育中的作用及其与先天性巨结肠疾病的关联	斑马鱼幼虫（DEAB处理组、野生型、ret突变HSCR模型）	发育生物学	先天性巨结肠疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	斑马鱼幼虫（具体数量未明确说明）
1307	2025-09-13	Single-cell RNA sequencing reveals developmental trajectories and environmental regulation of callus formation in Arabidopsis 2025-Sep-12, Stress biology DOI:10.1007/s44154-025-00255-4 PMID:40938467	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了拟南芥愈伤组织形成过程中的发育轨迹和环境调控机制	首次在关键发育阶段（起始、增殖和绿化）系统解析愈伤组织细胞的转录组动态，并通过伪时间分析揭示独特的转录因子调控网络	研究聚焦于拟南芥模型，结论在其他植物物种中的普适性仍需验证	探究植物愈伤组织发育的调控网络和细胞命运机制	拟南芥愈伤组织细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, UMAP聚类, 伪时间分析, 基因本体分析	NA	单细胞转录组数据	未明确样本数量，但涵盖愈伤组织发育三个关键阶段
1308	2025-09-13	Novel Genetic Loci for Nontuberculous Mycobacterial Pulmonary Disease and Potential Protective Effect of Body Mass Index 2025-Sep-12, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202406-1253OC PMID:40938630	研究论文	通过全基因组关联研究识别与非结核分枝杆菌肺病相关的遗传位点，并探讨体重指数的潜在保护作用	发现两个新的遗传位点（rs60084385和rs1479595）并验证一个已知位点（rs194792）与NTM-PD显著相关，首次揭示BMI与NTM-PD存在负向遗传相关和潜在因果关系	研究主要基于东亚（韩国、日本）和欧洲人群，结果在其他人群中的普适性需进一步验证	探究非结核分枝杆菌肺病（NTM-PD）的遗传基础及其与风险因素的关联	人类基因组变异与NTM-PD易感性	遗传学	肺部疾病	全基因组关联研究（GWAS）、数量性状位点分析、孟德尔随机化、单细胞转录组分析	统计遗传学模型	基因组数据、临床数据	总计5,900人（包括1,949例NTM-PD患者和2,955名健康对照，并在日本和欧洲队列中验证）
1309	2025-09-13	Insulin signalling-associated cell fate promotes neoplastic invasiveness in non-functioning pituitary gonadotroph adenoma via cis-regulatory elements activation 2025-Sep-11, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03122-1 PMID:40935899	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组和染色质可及性数据，揭示了胰岛素信号相关细胞命运通过顺式调控元件激活促进无功能垂体促性腺激素腺瘤的侵袭性	首次发现胰岛素信号相关细胞命运是肿瘤侵袭性的驱动因素，并鉴定出SREBF1和IGF2BP2相关的顺式调控元件在染色质互作重建中的关键作用	样本量较小（仅3例患者进行单细胞分析），需要更大规模研究验证发现	探究无功能垂体促性腺激素腺瘤侵袭性的细胞机制和分子基础	无功能垂体促性腺激素腺瘤患者肿瘤组织和原代细胞系	肿瘤生物学	垂体腺瘤	scRNA-seq, scATAC-seq, 顺式共可及网络分析	NA	单细胞转录组数据、染色质可及性数据	3例患者进行单细胞测序，210例患者队列验证，3个原代细胞系
1310	2025-09-13	AP2X-1 is a negative regulator of Toxoplasma gondii sexual commitment 2025-Sep-10, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.00052-25 PMID:40823841	研究论文	本研究揭示AP2X-1作为弓形虫有性发育的关键负调控因子，通过调控染色质可及性抑制缓殖子和有性阶段基因表达	首次发现AP2X-1通过HDAC3/MORC复合物调控染色质压缩，从而抑制弓形虫有性发育的新机制	研究主要基于基因敲除模型，体内具体调控网络和上下游信号通路仍需进一步验证	探究弓形虫生命周期转换的调控机制，特别是AP2X-1在发育阶段转换中的作用	弓形虫（Toxoplasma gondii）的速殖子、缓殖子、裂殖子和子孢子等发育阶段	分子寄生虫学	寄生虫感染	基因敲除、单细胞测序、CUT&Tag、ATAC-seq	NA	基因组学数据、表观遗传学数据	弓形虫野生型和AP2X-1敲除株系
1311	2025-09-13	Single-cell sequencing reveals the immune microenvironment in osteoarthritis: from heterogeneity to therapeutic targets 2025-Sep-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115521 PMID:40934543	综述	本文系统总结了单细胞RNA测序技术在解析骨关节炎免疫微环境中的关键进展，包括免疫细胞异质性、动态轨迹及细胞间互作网络	利用scRNA-seq技术首次在单细胞分辨率下揭示OA关节中免疫微环境的异质性及细胞间通讯网络	未明确提及具体数据量或技术验证的局限性，主要侧重于技术应用的系统性综述	深化对骨关节炎免疫微环境的理解并推动临床转化	骨关节炎患者的关节组织免疫细胞（如巨噬细胞、T细胞等）及关节常驻细胞（滑膜成纤维细胞、软骨细胞、成骨细胞）	单细胞组学	骨关节炎	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	NA（未明确样本数量，聚焦技术应用综述）
1312	2025-09-13	Endothelin B receptor inhibition rescues aging-dependent neuronal regenerative decline 2025-Sep-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.100217 PMID:40924015	研究论文	本研究揭示了抑制内皮素B受体（ETBR）可改善衰老导致的神经元轴突再生能力下降	首次发现卫星胶质细胞表达ETBR，并通过FDA批准药物Bosentan逆转年龄相关的轴突再生衰退	机制尚未完全阐明，且研究主要基于小鼠模型	探究衰老过程中神经元再生能力下降的机制及干预策略	背根神经节中的感觉神经元和卫星胶质细胞	神经再生生物学	衰老相关神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序，电子显微镜分析	NA	基因表达数据，显微图像数据	成年和老年小鼠的背根神经节样本
1313	2025-09-13	Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data 2025-Sep-09, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01104-3 PMID:40925915	研究论文	本研究提出一种计算病理图像分析流程，用于增强乳腺癌空间转录组数据的解析和解释	利用机器学习算法在Visium平台数据上实现高分辨率肿瘤、间质和免疫区室注释，提升单细胞水平数据分析能力	研究仅基于4名患者的23个肿瘤切片，样本规模有限	解析乳腺癌空间异质性并提升空间转录组数据解释精度	乳腺癌组织切片	数字病理	乳腺癌	空间转录组学（Visium平台），H&E染色成像	机器学习算法	图像，测序数据	4名患者的23个乳腺癌组织切片
1314	2025-09-13	Dynamic interaction of oligodendrocyte precursor cells with other cell types in the central nervous system 2025-Sep-08, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106050 PMID:40930164	综述	本文系统梳理了少突胶质前体细胞（OPCs）与中枢神经系统其他细胞类型的动态相互作用及其功能多样性	整合单细胞测序和活体成像技术揭示OPCs在发育、稳态和病理状态下的空间特异性功能可塑性	NA	探讨OPCs的非髓鞘形成功能及其在神经再生医学中的治疗靶点	少突胶质前体细胞（OPCs）、神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、血管内皮细胞	神经科学	多发性硬化症、脑缺血	单细胞测序、活体成像	NA	NA	NA
1315	2025-09-13	Single-cell and spatial transcriptomics identify dihydrolipoic acid succinyltransferase as a promoter of tumor invasion via vascular pathways in cutaneous melanoma 2025-Sep-07, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147504 PMID:40925436	研究论文	本文通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了二氢硫辛酸琥珀酰转移酶（DLST）通过血管途径促进皮肤黑色素瘤侵袭的新机制	首次发现DLST通过调控组蛋白去甲基化酶KDM4C活性，同时影响代谢和表观遗传机制驱动黑色素瘤进展	NA	探究DLST在黑色素瘤中的表达与预后关系及其作用机制	皮肤黑色素瘤患者及肿瘤细胞	生物信息学	皮肤黑色素瘤	单细胞转录组学、空间转录组学、siRNA沉默、共免疫沉淀、免疫荧光	NA	转录组数据、蛋白质相互作用数据	NA
1316	2025-09-13	DNA methylation subtypes dictate metastatic heterogeneity of osteosarcoma via distinct tumor-stromal interactions: Multi-omics profiling and decitabine validation 2025-Sep-05, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147473 PMID:40915448	研究论文	本研究通过整合DNA甲基化分析和单细胞测序技术，揭示了骨肉瘤转移异质性的表观遗传机制，并验证了地西他滨的治疗潜力	首次通过多组学方法鉴定骨肉瘤DNA甲基化亚型，揭示其通过不同的肿瘤-基质相互作用决定转移路径，并实验验证表观遗传治疗策略	NA	阐明骨肉瘤转移异质性的表观遗传驱动机制并探索治疗靶点	骨肉瘤患者样本和细胞系	表观遗传学	骨肉瘤	DNA甲基化分析、scRNA-seq、WGCNA、假时序分析	共识聚类、基因共表达网络	基因组数据、单细胞转录组数据	NA
1317	2025-09-13	FmH2ST: foundation model-based spatial transcriptomics generation from histological images 2025-Sep-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf865 PMID:40923764	研究论文	提出一种基于基础模型的FmH2ST方法，从组织学图像预测空间基因表达	利用预训练基础模型整合先验知识，采用双分支框架和双图策略捕获切片间异质性和切片内复杂性	NA	解决空间转录组数据有限和复杂组织特征捕获不足的挑战	组织学图像和空间基因表达数据	数字病理	癌症（未指定具体类型）	空间转录组学（ST）	Transformer, 图神经网络（GNN）, CNN	图像	NA
1318	2025-09-13	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Sep, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关联	首次使用单细胞RNA测序技术分析ALAD患者小气道细胞组成和转录变化，并发现与疾病进展相关的特定细胞亚群变化	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	识别ALAD进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的分子标志物	肺移植受体患者	生物医学研究	肺移植相关疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20例患者（8例对照组，4例恢复组，5例持续组，3例进展组）
1319	2025-09-13	Global transcriptome characterization of peripheral blood mononuclear cells in individuals with chronic HIV infection 2025-Sep, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111082 PMID:40639496	研究论文	本研究利用RNA-seq技术分析慢性HIV感染者外周血单个核细胞的免疫代谢差异	首次对不同HIV感染人群（IRs、INRs、ECs和TPs）进行单细胞测序比较，揭示群体间免疫代谢特征差异	样本量较小（仅18例），且未说明样本选择标准或潜在混杂因素控制	探究HIV感染不同临床进展群体的免疫代谢特征差异	HIV感染者的外周血单个核细胞（PBMCs）	生物信息学	HIV感染/艾滋病	RNA-seq，单细胞测序	NA	转录组数据	18例HIV感染者（4例IRs、5例INRs、5例TPs、4例ECs）
1320	2025-09-13	Pericytes change function depending on glioblastoma vicinity: emphasis on immune regulation 2025-Sep, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.70095 PMID:40674254	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胶质母细胞瘤微环境中壁细胞（包括周细胞）的转录组异质性，揭示其根据肿瘤邻近性的功能变化	首次发现周细胞的功能状态具有空间依赖性，肿瘤内部周细胞显示免疫调节相关基因上调和信号活性增强，而边界区域周细胞活性降低	NA	探究胶质母细胞瘤微环境中壁细胞与免疫细胞相互作用的区域差异性	小鼠和人类胶质母细胞瘤样本中的壁细胞（周细胞和平滑肌细胞）	肿瘤微环境研究	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类GBM样本（具体数量未明确说明）