单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
961	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
962	2025-06-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台	强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用	未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性	概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台	造血系统的正常和恶性细胞	分子生物学	NA	单细胞多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
963	2025-06-07	scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data 2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性	NA	解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
964	2025-06-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jun, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架	RNA测序数据	未明确说明样本数量
965	2025-06-07	Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression 2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions IF:1.7Q4 PMID:40452200	研究论文	探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验	发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关	未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性	探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用	椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退变	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化	NA	基因表达数据	NA
966	2025-06-07	CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria 2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70425 PMID:40457525	研究论文	本研究探讨了实验性脑疟疾(ECM)中小胶质细胞的异质性及其在招募和激活CD8+ T细胞中的作用	发现了一种独特的ECM相关小胶质细胞亚型CXCL10highTNFαhighKi67+，并揭示了其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和持续激活的机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究小胶质细胞在实验性脑疟疾神经炎症发病机制中的作用	C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞	神经免疫学	脑疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试	小鼠脑疟疾模型	基因表达数据、显微镜图像	未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序等技术
967	2025-06-07	Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer 2025-Jun-01, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061 PMID:40460936	研究论文	通过单细胞和空间转录组分析，揭示了炎症性乳腺癌（IBC）的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境	首次在单细胞和空间水平上分析IBC的免疫细胞群和信号通路，并发现CXCL13的表达与患者预后相关，同时筛选出具有免疫调节潜力的天然产物	研究样本量未明确说明，且体外和体内实验的转化效果需进一步验证	探究IBC的病理和分子基础，开发精准医疗策略	炎症性乳腺癌（IBC）和非IBC样本	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, qRT-PCR, 荧光染色, NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, 肿瘤-免疫细胞共培养实验	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	NA
968	2025-06-07	Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654974 PMID:40475448	研究论文	本文对商业单细胞RNA测序技术的实用性和性能进行了全面评估	对七种最新可用的单细胞转录组测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行了标准化比较，提供了性能与实用因素的平衡依据	研究仅基于PBMCs样本，可能不适用于其他细胞类型或组织	评估和比较不同商业单细胞RNA测序技术的性能和实用性	多种供体的标准化PBMCs样本	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个不同供体的标准化PBMCs样本
969	2025-06-07	Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy 2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654890 PMID:40475675	research paper	开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）的快速反应	该模型保持了人类细胞外基质、细胞间相互作用和组织结构的特征，能够重现非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫治疗的异质性反应	未明确提及具体局限性	评估免疫治疗反应并开发预测NSCLC患者早期反应的生物标志物	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	digital pathology	lung cancer	spatial transcriptomics	3D-LTM	gene expression data	未明确提及具体样本数量
970	2025-06-07	Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.19.654813 PMID:40475507	research paper	该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群	首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性	研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证	探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义	小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术	NA	基因表达数据和图像数据	NA
971	2025-06-07	Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas 2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654515 PMID:40475555	研究论文	本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响	揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异	样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析	探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境	人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤）	数字病理学	胶质瘤	全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium）	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤）
972	2025-06-07	Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner 2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018 PMID:40398562	研究论文	研究他克莫司（FK506）通过诱导髓源性抑制细胞（MDSC）抑制早期树突状细胞（DC）激活，从而延长角膜移植物存活的细胞机制	揭示了FK506通过MDSC依赖性方式抑制DC激活和免疫细胞浸润，从而延长角膜移植物存活的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探究FK506在角膜移植术后免疫抑制和移植物存活延长的细胞机制	小鼠角膜穿透性角膜移植模型	免疫学	角膜移植排斥	单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明小鼠数量
973	2025-06-07	Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits 2025-Apr-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012 PMID:40081369	research paper	该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路	NA	开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联	培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞	分子生物学	自闭症谱系障碍	Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq）	NA	转录组数据、光学成像数据	NA
974	2025-06-07	Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10 2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082 PMID:39734035	research paper	该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联	首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响	研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性	探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响	一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿	免疫学	严重联合免疫缺陷和Omenn综合征	流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序	NA	分子和细胞数据	1名患者及其父母
975	2025-06-07	Exploration of Conserved Human Adipose Subpopulations Using Targeted Single-Nuclei RNA Sequencing Data Sets 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038465 PMID:40094187	研究论文	通过靶向单核RNA测序数据集探索人类脂肪组织中保守的亚群	定义了人类脂肪组织中的祖细胞群体，并测试了人类壁细胞的成脂潜能，揭示了人类脂肪细胞群体与小鼠的不同	研究主要基于体外实验，需要进一步在体内验证	分子定义人类脂肪组织中的祖细胞群体并测试其成脂潜能	人类脂肪组织中的壁细胞（包括周细胞和平滑肌细胞）	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、图像数据	人类脂肪组织样本（包括血管周围、棕色和白色脂肪组织）
976	2025-06-07	Identification of Causal Plasma Proteins in Hepatocellular Carcinoma via Two-Sample Mendelian Randomization and Integrative Transcriptomic‒Proteomic Analysis 2025-03-01, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0553 PMID:39991825	研究论文	通过双样本孟德尔随机化和整合转录组-蛋白质组分析，识别与肝细胞癌（HCC）有因果关系的血浆蛋白	利用UK Biobank Pharma Proteomics Project的大规模血浆蛋白质组数据，结合孟德尔随机化方法，识别出7种与HCC有潜在因果关系的血浆蛋白，并通过单细胞RNA测序数据和分子对接验证了这些蛋白的潜在药物靶点	研究依赖于现有数据库的数据，可能受限于样本量和数据覆盖范围	识别肝细胞癌的早期诊断和治疗靶点	肝细胞癌（HCC）患者和潜在的血浆蛋白标志物	生物信息学	肝细胞癌	双样本孟德尔随机化（MR）、整合转录组-蛋白质组分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	UK Biobank Pharma Proteomics Project的蛋白质组数据及单细胞数据集GSE166635
977	2025-06-07	transCAE: Enhancing Cell Type Annotation in Single-cell RNA-seq Data with Transfer Learning and Convolutional Autoencoder 2025-Feb-15, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.168936 PMID:39798891	research paper	该论文提出了一种名为transCAE的算法，通过结合迁移学习和卷积自编码器来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性	transCAE算法整合了无监督降维和有监督细胞类型分类，充分利用参考和查询数据集的信息，显著提高了分类准确性并有效缓解了批次效应	算法的性能仍然依赖于参考数据集的质量，且在处理多平台数据时可能仍面临挑战	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型注释的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	卷积自编码器(CAE)结合迁移学习	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个参考和查询数据集
978	2025-06-07	Unveiling patterns in spatial transcriptomics data: a novel approach utilizing graph attention autoencoder and multiscale deep subspace clustering network 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giae103 PMID:39804726	研究论文	本文提出了一种名为STMSGAL的新框架，用于分析空间转录组数据，结合了图注意力自编码器和多尺度深度子空间聚类	STMSGAL框架通过构建细胞类型感知的共享最近邻图(ctaSNN)和使用图注意力自编码器及多尺度深度子空间聚类，显著提高了空间转录组数据的分析能力	NA	提高空间转录组数据的分析能力，以更好地理解组织结构和生物功能	空间转录组数据	生物信息学	乳腺癌	空间转录组学(ST)	图注意力自编码器(Graph Attention Autoencoder), 多尺度深度子空间聚类网络(Multiscale Deep Subspace Clustering Network)	空间转录组数据	4个10x Genomics Visium数据集, 1个小鼠视觉皮层STARmap数据集, 2个Stereo-seq小鼠胚胎数据集
979	2025-06-07	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对小鼠健康和病变肝脏中的巨噬细胞进行了详细表征	发现坏死病变相关巨噬细胞亚群，并揭示其在坏死病灶清除中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，人类肝脏中的情况可能有所不同	探究健康和病变肝脏中巨噬细胞的异质性、空间分布及与其他细胞的相互作用	小鼠肝脏中的Kupffer细胞和单核来源巨噬细胞	免疫学	肝病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、scRNA-seq	小鼠模型	图像数据、基因表达数据	未明确说明样本数量，使用健康和ConA处理的小鼠肝脏
980	2025-06-07	Exploring Key Genes of Glutathione Metabolism in Systemic Lupus Erythematosus Based on Mendelian Randomisation, Single-Cell RNA Sequencing and Multiple Machine Learning Approaches 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70021 PMID:40458850	研究论文	本研究通过孟德尔随机化、单细胞RNA测序和多种机器学习方法，探索了谷胱甘肽代谢在系统性红斑狼疮中的关键基因	结合多组学整合和多种机器学习模型，揭示了谷胱甘肽代谢通路在系统性红斑狼疮中的关键作用，并识别出LAP3基因的重要贡献	研究样本量有限，且未进行实验验证	探索系统性红斑狼疮的病因及潜在诊断和治疗靶点	系统性红斑狼疮患者及谷胱甘肽代谢相关基因	生物信息学	系统性红斑狼疮	孟德尔随机化、单细胞RNA测序、机器学习	LASSO回归、CatBoost、XGBoost、NGBoost	多组学数据、scRNA-seq数据	1400种血清代谢物及多个数据集验证