单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 9541 - 9560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 9541 | 2025-10-07 |
scAMZI: attention-based deep autoencoder with zero-inflated layer for clustering scRNA-seq data
2025-Apr-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11511-2
PMID:40197174
|
研究论文 | 提出一种基于注意力自编码器和零膨胀层的深度学习模型scAMZI，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析 | 结合SimAM注意力模块、自编码器、ZINB模型和零膨胀层，能够充分挖掘细胞特征并处理数据中的零值问题 | NA | 开发更有效的单细胞RNA测序数据聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 注意力自编码器, 深度学习 | 基因表达数据 | 14个基准数据集，包含数百至数万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9542 | 2025-10-07 |
Decoding B Cells in Autoimmune Diseases Through ScRNA + BCR-Seq: Current Knowledge and Future Directions
2025-04-03, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14070539
PMID:40214492
|
综述 | 系统总结单细胞RNA测序与B细胞受体测序技术在自身免疫疾病B细胞研究中的应用与前景 | 首次整合分析B细胞亚群转录组与BCR克隆的动态关联，并聚焦双BCR B细胞和B/T双表型细胞在自身免疫中的特殊作用 | NA | 推动自身免疫疾病多组学研究和精准治疗范式的创新 | 自身免疫疾病中的B细胞及其受体 | 自然语言处理 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞B细胞受体测序 | NA | 单细胞转录组数据, BCR序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞BCR-seq | NA | NA |
| 9543 | 2025-10-07 |
Lipid metabolism-related genes are involved in the formation of macrophage extracellular traps in allergic airway inflammation
2025-Apr, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00319-5
PMID:39789299
|
研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证揭示了脂质代谢基因ABCA1在巨噬细胞胞外诱捕网形成中的作用 | 首次发现脂质代谢基因ABCA1参与巨噬细胞胞外诱捕网的形成过程 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证仍需进一步完善 | 探究脂质代谢在过敏性气道炎症中巨噬细胞胞外诱捕网形成的作用机制 | 巨噬细胞和哮喘患者样本 | 生物信息学 | 哮喘 | WGCNA, LASSO回归, 免疫浸润分析, 单细胞转录组分析, 免疫荧光, SYTOX Green染色, Western blot | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 多个GEO数据集(GSE40885, GSE42606, GSE27066, GSE137268, GSE256534)和Tabula Muris数据库 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9544 | 2025-10-07 |
Comprehensive analysis of autophagy status and its relationship with immunity and inflammation in ischemic stroke through integrated transcriptomic and single-cell sequencing
2025-Apr, Genes and immunity
IF:5.0Q2
DOI:10.1038/s41435-025-00320-y
PMID:39827328
|
研究论文 | 通过整合转录组和单细胞测序技术，全面分析缺血性脑卒中中自噬状态及其与免疫和炎症的关系 | 首次系统揭示缺血性脑卒中患者自噬状态受抑制，发现两种具有不同基因表达模式和免疫细胞浸润的IS亚型，并通过单细胞测序证实过氧化物酶体自噬下调 | 研究结果仍需在更大规模队列中进一步验证，自噬相关基因的具体调控机制有待深入探索 | 探究自噬和自噬相关基因在缺血性脑卒中中的作用机制 | 缺血性脑卒中患者和IS小鼠模型 | 生物信息学 | 缺血性脑卒中 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 机器学习, WGCNA | 机器学习预测模型 | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GEO数据库IS数据集、外部验证队列和IS小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
| 9545 | 2025-10-07 |
Integrative analysis of genetic variability and functional traits in lung adenocarcinoma epithelial cells via single-cell RNA sequencing, GWAS, bayesian deconvolution, and machine learning
2025-Apr, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01621-2
PMID:39992528
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序、全基因组关联研究、贝叶斯反卷积和机器学习技术，研究肺腺癌上皮细胞的遗传变异和功能特征 | 首次将单细胞RNA测序与全基因组关联研究通过贝叶斯反卷积和机器学习方法相结合，系统分析肺腺癌上皮细胞的遗传和功能复杂性 | NA | 揭示肺腺癌的遗传和功能复杂性，探索肿瘤进展机制和免疫-上皮细胞相互作用 | 肺腺癌上皮细胞 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联研究, 贝叶斯反卷积, 机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 遗传变异数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9546 | 2025-10-07 |
HISSTA: a human in situ single-cell transcriptome atlas
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf142
PMID:40163697
|
研究论文 | 介绍HISSTA数据库，该数据库用于存储和分析人类组织原位单细胞分辨率转录组数据 | 首个专门用于管理原位单细胞分辨率转录组数据的综合性数据库，整合了多种空间转录组技术数据 | NA | 构建一个用户友好的空间转录组数据存储和分析平台 | 人类多种组织的空间转录组数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 112个样本，2800万个细胞，涵盖16种组织类型，来自63项研究 | 10x Genomics, NanoString, Vizgen | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | Xenium, CosMx SMI, MERFISH | MERFISH, CosMx SMI, Xenium空间转录组技术 |
| 9547 | 2025-10-07 |
uHAF: a unified hierarchical annotation framework for cell type standardization and harmonization
2025-Mar-29, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf149
PMID:40172934
|
研究论文 | 开发了一个统一的层次注释框架uHAF，用于单细胞转录组学中的细胞类型标准化和协调 | 提出了包含器官特异性层次细胞类型树和基于大语言模型的映射工具的统一框架，首次系统解决了单细胞注释中的命名不一致和粒度差异问题 | NA | 解决单细胞转录组学中细胞类型注释不一致的问题，促进数据整合和机器学习应用 | 38个器官的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学，大语言模型 | GPT-4 | 文本注释数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9548 | 2025-10-07 |
Molecular evidence for pre-chordate origins of ovarian cell types and neuroendocrine control of reproduction
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644836
PMID:40196654
|
研究论文 | 本研究通过海星卵巢单细胞测序和3D成像揭示了卵巢细胞类型及其空间组织，为卵巢细胞类型和生殖神经内分泌控制的脊索动物前起源提供了分子证据 | 首次在非脊索动物后口动物中发现与哺乳动物相似的卵巢细胞类型和类下丘脑-垂体-性腺轴的神经内分泌信号系统 | 研究仅基于海星这一特定物种，需要在更多物种中验证这些发现的普适性 | 探究卵巢细胞类型及其信号相互作用的进化起源 | 海星卵巢细胞类型及其空间组织 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 高分辨率3D成像 | NA | 单细胞转录组数据, 3D图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9549 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing analysis reveals the essential role of the m 6A reader YTHDF1 in retinal visual function by regulating TULP1 and DHX38 translation
2025-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析揭示m6A阅读器YTHDF1通过调控TULP1和DHX38翻译在视网膜视觉功能中的关键作用 | 首次发现YTHDF1在成熟视网膜功能维持中的新作用，揭示其通过识别m6A修饰直接调控视网膜变性相关基因TULP1和DHX38翻译的新机制 | 研究主要基于基因敲除模型，在人类视网膜疾病中的直接应用仍需进一步验证 | 探究m6A阅读器YTHDF1在视网膜功能维持中的分子机制 | 小鼠视网膜组织及视网膜细胞 | 单细胞生物学 | 视网膜变性疾病 | 单细胞RNA测序, MeRIP测序, RIP测序 | 基因敲除模型 | 单细胞转录组数据, 表观转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 甲基化RNA免疫沉淀测序 | NA | NA |
| 9550 | 2025-10-07 |
Integrated single-cell transcriptomic map of pig kidney cells across various periods and anatomical sites
2025-Mar-18, Zoological research
IF:4.0Q1
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了猪肾脏在不同时期和不同解剖部位的单细胞转录组图谱 | 首次系统构建了猪肾脏跨胚胎期、育肥期和妊娠期的单细胞转录组图谱，发现了近端小管细胞代谢相关转录因子的表达特征，并揭示了厚壁升支细胞亚群和肾脏驻留巨噬细胞的功能异质性 | 研究样本数量有限（12个样本），且仅针对猪模型，人类肾脏验证数据相对较少 | 构建猪肾脏单细胞转录组图谱，研究肾脏细胞在不同生理时期和不同解剖部位的功能异质性 | 猪肾脏细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，荧光同源双标记 | NA | 单细胞转录组数据，组织切片图像 | 138,469个细胞，来自12个猪肾脏样本（涵盖胚胎期、育肥期和妊娠期） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9551 | 2025-10-07 |
Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 contributes to liver fibrosis by enabling IL-7 signaling in HSC
2025-Mar-13, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001302
PMID:40080840
|
研究论文 | 本研究揭示了前B细胞白血病转录因子1通过激活IL-7信号通路促进肝星状细胞活化和肝纤维化的新机制 | 首次发现PBX1在肝星状细胞活化中的关键作用，并阐明其通过调控IL-7受体表达激活促纤维化信号级联的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床验证数据有限 | 探究PBX1在肝纤维化发生发展中的作用机制 | 肝星状细胞、小鼠模型、肝硬化患者样本 | 分子生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序、报告基因检测、染色质免疫沉淀、转录组分析 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据 | 小鼠模型和肝硬化患者样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9552 | 2025-10-07 |
Mechanistic elucidation of human pancreatic acinar development using single-cell transcriptome analysis on a human iPSC differentiation model
2025-02-07, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-88690-1
PMID:39920294
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究人iPSC分化模型中胰腺腺泡细胞的发育机制 | 首次在hiPSC分化模型中鉴定REG4作为胰腺腺泡祖细胞标志物，并发现cAMP信号通路在腺泡细胞分化中的关键作用 | 研究依赖于小鼠体内分化模型，体外分化效率仍需优化 | 阐明胰腺外分泌腺泡谱系的发育机制，建立hiPSC定向分化为胰腺腺泡细胞的方法 | 人诱导多能干细胞分化的胰腺腺泡细胞 | 单细胞组学 | 胰腺外分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9553 | 2025-10-07 |
Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Circadian Rhythm Disruption-Related Genes Associated with Prognosis and Drug Resistance in Colorectal Cancer Patients
2025, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S499806
PMID:40241740
|
研究论文 | 通过整合单细胞和批量RNA测序数据，鉴定与结直肠癌预后和耐药相关的昼夜节律紊乱基因 | 首次系统揭示昼夜节律相关基因在结直肠癌中的表达特征及其与肿瘤进展和免疫治疗反应的关系 | NA | 探索昼夜节律相关基因在结直肠癌中的作用机制及其临床意义 | 结直肠癌患者样本 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, WGCNA, GSEA | 预后模型 | 基因表达数据 | GSE178318数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 9554 | 2025-10-07 |
An Integrative Analysis of Transcriptome Combined with Machine Learning and Single-Cell RNA-Seq for the Common Biomarkers in Crohn's Disease and Kidney Stone Disease
2025, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S502513
PMID:40242727
|
研究论文 | 通过整合转录组分析结合机器学习和单细胞RNA测序技术，鉴定克罗恩病和肾结石病的共同生物标志物 | 首次整合机器学习算法和单细胞RNA测序技术识别克罗恩病与肾结石病的共同生物标志物 | 研究基于公共数据库数据，样本量有限，需要进一步实验验证 | 识别能够预测克罗恩病合并肾结石病的生物标志物 | 克罗恩病和肾结石病患者数据及人肠道细胞和近端肾小管上皮细胞模型 | 生物信息学 | 克罗恩病,肾结石病 | 转录组分析,机器学习,单细胞RNA测序 | Limma,WGCNA,机器学习算法 | 基因表达数据 | 三个克罗恩病数据集和一个肾结石病数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9555 | 2025-10-07 |
Cross one single body 49 tissues single-cell transcriptome reveals detailed macrophage heterogeneity during pig pregnancy
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1574120
PMID:40242774
|
研究论文 | 通过单头健康怀孕猪49个组织的单细胞转录组测序，揭示妊娠期间巨噬细胞的详细异质性 | 首次在单一个体水平构建了涵盖49个组织的巨噬细胞单细胞转录组图谱，揭示了妊娠期巨噬细胞的跨组织异质性和物种间保守性 | 研究仅基于单一个体，样本量有限，需要在更多个体中验证结果 | 研究妊娠期间巨噬细胞的转录组异质性和组织特异性适应机制 | 健康怀孕猪的巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 妊娠相关生理变化 | 单细胞RNA测序，免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 单头怀孕猪的49个组织，共114,881个巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9556 | 2025-04-19 |
Editorial: Spatial transcriptome and single-cell sequencing for exploring molecular mechanisms of neuroimmunity and discovering novel markers of neurological diseases
2025, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2025.1582019
PMID:40248015
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9557 | 2025-10-07 |
PPARγ-dependent remodeling of translational machinery in adipose progenitors is impaired in obesity
2024-Dec-24, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2024.114945
PMID:39579770
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和核糖体分析揭示了PPARγ激动剂如何通过调控翻译机制促进肥胖状态下脂肪组织的可塑性 | 首次发现PPARγ直接调控核糖体因子表达并通过促进特定mRNA的翻译选择性来增强脂肪生成 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证 | 探究PPARγ激动剂在肥胖状态下对脂肪组织前体细胞翻译机制的重塑作用 | 肥胖小鼠的基质血管组分细胞 | 单细胞生物学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序, 核糖体分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 肥胖小鼠的腹股沟和附睾脂肪组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9558 | 2025-10-07 |
PIEZO-dependent mechanosensing is essential for intestinal stem cell fate decision and maintenance
2024-11-29, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adj7615
PMID:39607940
|
研究论文 | 本研究揭示了PIEZO机械敏感通道通过感知细胞外机械刺激调控肠道干细胞命运决定和维持的机制 | 首次在体内证实PIEZO通道在肠道干细胞机械感知中的关键作用，并建立了从机械信号感知到干细胞功能调控的完整机制通路 | 研究主要基于小鼠模型，在人类肠道干细胞中的适用性需要进一步验证 | 探究肠道干细胞如何感知机械信号并维持稳态 | 小鼠肠道干细胞及其微环境 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，小鼠遗传学，生物工程基质，拉伸装置 | NA | 基因表达数据，机械性能测量数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 9559 | 2025-10-07 |
Epigenetic dysregulation in Alzheimer's disease peripheral immunity
2024-Apr-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.013
PMID:38340719
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传调控异常 | 首次系统研究AD外周免疫系统的表观遗传变化，发现CD8 T细胞中CXCR3基因启动子的顺式调控元件和单核细胞中AD特异的RELA转录因子结合位点 | 外周免疫系统研究相对有限，样本规模未明确说明 | 探究阿尔茨海默病外周免疫系统的表观遗传和转录调控改变 | 阿尔茨海默病患者的外周免疫细胞（CD8 T细胞和单核细胞） | 表观遗传学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序，转座酶可及染色质测定，RNA测序 | NA | 表观遗传数据，转录组数据 | NA | NA | single-cell ATAC-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9560 | 2025-10-07 |
Mechanisms of sex differences in Alzheimer's disease
2024-Apr-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2024.01.024
PMID:38402606
|
综述 | 探讨阿尔茨海默病性别差异的潜在生物学机制 | 整合单细胞RNA测序、代谢组学和多组学分析等先进技术，系统研究性别差异在阿尔茨海默病中的作用机制 | NA | 理解阿尔茨海默病性别差异的生物学基础 | 阿尔茨海默病发病机制中的性别相关因素 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 代谢组学, 多组学分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 多组学 | NA | NA |