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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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841 | 2025-10-05 |
Triple checkpoint blockade of PD-1, Tim-3, and Lag-3 enhances adoptive T cell immunotherapy in a mouse model of ovarian cancer
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2419888122
PMID:40982684
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研究论文 | 本研究通过联合阻断PD-1、Tim-3和Lag-3三种检查点,增强工程化T细胞在卵巢癌小鼠模型中的免疫治疗效果 | 首次在卵巢癌模型中证明三重检查点阻断(PD-1/Tim-3/Lag-3)与工程化T细胞联合治疗的协同效应 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索多重检查点阻断策略对增强过继性T细胞免疫疗法疗效的作用 | 卵巢癌小鼠模型和工程化靶向MSLN的T细胞 | 免疫治疗 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,T细胞工程化 | 动物模型 | 基因表达数据,生存数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
842 | 2025-10-05 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals ITGA2-Mediated Metabolic Reprogramming and Immune Crosstalk in Pediatric Thyroid Carcinogenesis
2025-Sep-23, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202504088
PMID:40985182
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示ITGA2介导的代谢重编程和免疫串扰在儿童甲状腺癌发生中的作用机制 | 首次在单细胞水平识别出ITGA2-PTC细胞亚群,揭示其通过增强糖酵解通量和诱导M2巨噬细胞极化的双重致癌通路驱动儿童甲状腺癌发生 | 样本量相对有限(4例PPTC和9例APTC),需要更大规模验证 | 阐明儿童甲状腺乳头状癌特异性病理生物学的分子机制 | 儿童和成人甲状腺乳头状癌临床标本 | 单细胞组学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组织化学,类器官模型 | NA | 单细胞转录组数据 | 90234个细胞转录组(来自4例PPTC和9例APTC标本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
843 | 2025-10-05 |
Multiomics Analyses Reveal an Essential Role of Tryptophan in Treatment of csDMARDs in Rheumatoid Arthritis
2025-Sep-23, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202413170
PMID:40985320
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研究论文 | 通过多组学分析揭示色氨酸在类风湿关节炎患者对csDMARDs治疗反应中的关键调节作用 | 首次通过整合代谢组学、微生物组学、转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学和磷酸化蛋白质组学等多组学方法,系统阐明色氨酸在类风湿关节炎治疗中的作用机制 | NA | 阐明类风湿关节炎患者对csDMARDs治疗反应差异的分子机制 | 类风湿关节炎患者(血浆、粪便、外周血单个核细胞)及小鼠模型 | 多组学分析 | 类风湿关节炎 | 代谢组学、微生物组学、转录组学、单细胞转录组学、蛋白质组学、磷酸化蛋白质组学 | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
844 | 2025-10-05 |
Distinct Roles of IL-4, IL-13, and IL-22 in Human Skin Barrier Dysfunction and Atopic Dermatitis
2025-Sep-23, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.70060
PMID:40985485
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和多组学分析揭示了IL-4、IL-13和IL-22在特应性皮炎皮肤屏障功能障碍中的独特作用机制 | 首次在具有完整屏障和免疫细胞的生物稳定化人皮肤模型中系统比较三种细胞因子的差异作用,并发现它们之间的免疫交叉调节机制 | 研究主要基于体外皮肤模型,可能无法完全模拟体内复杂环境 | 阐明IL-4、IL-13和IL-22在特应性皮炎皮肤屏障功能障碍中的特异性作用 | 特应性皮炎患者的皮肤组织和生物稳定化人皮肤模型 | 皮肤生物学 | 特应性皮炎 | 空间转录组学,RNA测序,非靶向蛋白质组学,电阻抗光谱法 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,电生理数据 | 特应性皮炎患者皮肤活检样本和体外皮肤模型 | NA | 空间转录组学,RNA-seq,蛋白质组学 | NA | NA |
845 | 2025-10-05 |
Alleviated T cell exhaustion and SLC1A3-mediated stroma-remodelling dictate chemoimmunotherapy efficacy in oesophageal squamous cell carcinoma
2025-Sep-22, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335642
PMID:40983502
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了化疗联合抗PD-1治疗在食管鳞癌中的协同作用机制及耐药原因 | 发现化疗通过减轻TIGIT-NECTIN2/NECTIN1-CD96免疫检查点相互作用缓解T细胞耗竭,并首次鉴定SLC1A3高表达肿瘤细胞通过COL1A1+肌成纤维细胞诱导基质重塑导致耐药 | 样本量有限,需进一步验证SLC1A3抑制剂的临床转化潜力 | 探究化疗增强免疫检查点抑制剂疗效的机制及耐药因素 | 食管鳞癌患者组织样本及小鼠模型 | 肿瘤免疫学 | 食管鳞癌 | 单细胞转录组测序, T细胞受体谱分析, 多重免疫组化 | 小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据, 免疫组化图像 | 接受化疗联合抗PD-1或抗PD-1单药治疗的ESCC患者纵向组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
846 | 2025-10-05 |
ENO1 promotes cancer metastasis via stimulating metabolism reprogramming in osteosarcoma
2025-Sep-22, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03182-3
PMID:40983627
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示ENO1基因通过刺激代谢重编程促进骨肉瘤转移的机制 | 首次在单细胞水平发现ENO1通过调控糖酵解过程促进骨肉瘤转移 | 样本量较小(仅10例儿科骨肉瘤样本),需要更大规模验证 | 揭示骨肉瘤转移的分子机制并寻找治疗靶点 | 儿科骨肉瘤患者组织样本 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序, 生物信息学分析, 体外功能实验, 体内动物实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 组织样本 | 10例儿科骨肉瘤样本(分为原发无转移组、原发转移组和转移灶组) | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
847 | 2025-10-05 |
Toxic Switch and Key Effectors of Cu in Zebrafish Gills: Coupling Single-Cell RNA Sequencing and Redox Imaging
2025-Sep-22, Environmental science & technology
IF:10.8Q1
DOI:10.1021/acs.est.5c05966
PMID:40983989
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和氧化还原成像技术揭示了铜在斑马鱼鳃中的毒性开关机制 | 首次结合单细胞RNA测序与原位荧光探针技术,系统识别铜毒性开关和关键效应因子 | 研究仅针对斑马鱼鳃组织,结果在其他水生生物中的普适性需要进一步验证 | 探究铜污染对水生生物的毒性机制,特别是毒性开关和关键效应因子 | 斑马鱼鳃组织细胞 | 单细胞生物学 | 重金属中毒 | 单细胞RNA测序, 原位荧光成像 | NA | 单细胞转录组数据, 荧光成像数据 | 斑马鱼鳃组织细胞(6个显著变化的细胞群体) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
848 | 2025-10-05 |
Protocol for single-cell dissociation of head and neck cancer organoids
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103930
PMID:40616840
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研究论文 | 本文介绍了一种将头颈部鳞状细胞癌患者来源类器官解离为可用于下游应用的活单细胞悬液的实验方案 | 开发了通过0.05%胰蛋白酶孵育和温和机械解离最大化单细胞产量的优化方案,避免高浓度胰蛋白酶和长时间孵育导致的细胞聚集和活力下降 | NA | 建立头颈部癌症类器官单细胞解离的实验方案 | 头颈部鳞状细胞癌患者来源类器官 | NA | 头颈部癌症 | 单细胞RNA测序,药物筛选,流式细胞术,活细胞成像 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
849 | 2025-10-05 |
Protocol for predicting single- and multiple-dose-dependent gene expression using deep generative learning
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103932
PMID:40650899
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研究论文 | 提出使用深度生成学习预测单剂量和多剂量依赖性基因表达的协议 | 开发了scVIDR模型,一种专门用于模拟剂量依赖性化学扰动下单细胞基因表达的变分自编码器 | NA | 建立预测剂量依赖性基因表达的计算方法 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | VAE(变分自编码器) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
850 | 2025-10-05 |
Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960
PMID:40700014
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研究论文 | 本文提供了一个使用公开数据集进行单细胞ATAC测序分析的详细操作流程 | 为scATAC-seq分析新手提供了标准化的分析流程指南,包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合 | 仅使用公开数据集作为示例,未涉及实验设计或数据生成阶段 | 建立标准化的单细胞ATAC测序分析流程 | 单细胞染色质可及性数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC测序 | NA | 基因组测序数据 | 公开数据集(未指定具体样本数量) | NA | single-cell ATAC-seq | NA | NA |
851 | 2025-10-05 |
Protocol for automated graph-based clustering of single-cell RNA-seq data with application in mouse intestinal stem cells
2025-Sep-19, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2025.104000
PMID:40748762
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研究论文 | 提出一种从小鼠肠道分离高度纯化的隐窝上皮细胞并进行单细胞RNA测序的自动化流程 | 开发了ACDC Python软件包,实现大规模单细胞RNA测据集的自动化图论聚类分析 | 主要针对小鼠空肠优化,但可适用于其他肠道区域 | 建立单细胞RNA测序数据的自动化聚类分析流程 | 小鼠肠道隐窝上皮细胞 | 单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA测序 | 图论聚类算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
852 | 2025-10-05 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Sep-19, Neoplasia (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.neo.2025.101230
PMID:40974890
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研究论文 | 构建了小鼠前列腺在睾丸切除诱导雄激素剥夺后的时空细胞组成和基因表达图谱 | 发现了新的ORX诱导成纤维细胞亚型,整合空间转录组学和单细胞分析揭示了前列腺各叶对雄激素剥夺的特异性响应 | 研究仅限于小鼠模型,缺乏人类前列腺组织的验证 | 解析雄激素剥夺疗法对前列腺细胞组成和基因表达的时空调控机制 | 小鼠前列腺组织 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | 小鼠前列腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
853 | 2025-10-05 |
Differentiation latency and dormancy signatures define fetal liver hematopoietic stem cells at single-cell resolution
2025-Sep-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116289
PMID:40971295
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研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了胎儿肝脏造血干细胞的分化延迟和休眠特征 | 开发了模拟胎儿肝脏内皮生态位的培养平台,结合多组学技术首次在单细胞水平鉴定出具有连续移植能力的FL-HSCs特征 | 研究主要聚焦于胎儿肝脏阶段,成人HSCs的特征可能有所不同 | 探索胎儿肝脏造血干细胞自我更新的内在和外在调控机制 | 胎儿肝脏造血干细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,活细胞成像,移植实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据,成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
854 | 2025-10-05 |
Predicting the structural impact of human alternative splicing
2025-Sep-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03744-x
PMID:40963109
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研究论文 | 使用AlphaFold2预测人类选择性剪接异构体的结构影响 | 首次大规模预测人类选择性剪接异构体的三维结构,并系统分析剪接对结构特性的影响 | 仅基于计算预测,缺乏实验验证 | 研究选择性剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 11,000多个人类剪接异构体 | 计算生物学 | NA | 蛋白质结构预测,单细胞RNA测序 | AlphaFold2 | 蛋白质序列,单细胞RNA-seq数据 | 超过11,000个人类剪接异构体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens项目的单细胞RNA-seq数据 |
855 | 2025-10-05 |
LIGHT in combination with IL-13 or IL-17 drives inflammatory transcriptional signatures in human pulmonary fibroblasts relevant for human lung disease
2025-Sep-17, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlaf042
PMID:40972652
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研究论文 | 本研究探讨LIGHT与IL-13或IL-17协同作用对人肺成纤维细胞炎症转录特征的影响 | 首次揭示LIGHT与IL-13/IL-17的协同作用能诱导更强的炎症转录特征,并验证这些特征在间质性肺病患者成纤维细胞中存在 | 研究主要基于体外实验,需要进一步体内验证 | 探究驱动肺成纤维细胞炎症转录特征的细胞因子及其在肺部疾病中的作用 | 人肺成纤维细胞 | 转录组学 | 肺部疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
856 | 2025-10-05 |
Smooth muscle expression of RNA editing enzyme ADAR1 controls activation of the RNA sensor MDA5 in atherosclerosis
2025-Sep-16, Nature cardiovascular research
IF:9.4Q1
DOI:10.1038/s44161-025-00710-5
PMID:40958051
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研究论文 | 本研究揭示了RNA编辑酶ADAR1通过调控MDA5激活在动脉粥样硬化中的保护机制 | 首次发现平滑肌细胞特异性需要RNA编辑,并阐明ADAR1-MDA5轴在动脉粥样硬化中的细胞类型特异性调控机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证仍需进一步扩展 | 探究RNA编辑在冠状动脉疾病中的作用机制 | 人类斑块样本、人冠状动脉平滑肌细胞、条件性基因敲除小鼠模型 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因敲除技术 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | Athero-Express颈动脉内膜切除队列样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
857 | 2025-10-05 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Sep-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202508358
PMID:40948400
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研究论文 | 提出了一种多尺度细胞-细胞交互空间转录组学分析方法,整合多尺度拓扑表示和空间深度学习技术 | 首次在空间转录组学分析中考虑多尺度细胞-细胞相互作用,结合多尺度拓扑表示和先进空间深度学习技术 | NA | 开发能够捕捉多尺度细胞-细胞相互作用的先进空间转录组学分析方法 | 空间转录组学数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 空间基因表达数据 | 37个基准空间转录组学数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
858 | 2025-10-05 |
Systematic identification of oscillatory gene expression in single cell types
2025-Sep-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.02.673125
PMID:40950173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和新型计算方法系统识别了单个细胞类型中的振荡基因表达 | 开发了识别振荡基因和细胞类型的严格统计方法,首次在胶质细胞等被忽视的细胞类型中发现振荡基因表达 | 未在神经元或肌肉细胞中检测到振荡基因表达,可能存在技术检测限制 | 系统识别单个细胞类型中的振荡基因表达模式 | 果蝇幼虫发育过程中的各种细胞类型 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, PCA分析, UMAP分析 | 统计模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
859 | 2025-10-05 |
Absolute copy number aware CNV calling of sub-megabase segments in ultra-low coverage single-cell DNA sequencing data
2025-Sep-05, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaf919
PMID:40973453
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研究论文 | 提出ASCENT计算方法,用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据中的拷贝数变异检测 | 基于统计建模而非参考比较实现真正的绝对拷贝状态推断,并实现无需参考的拷贝中性杂合性缺失检测 | 未提及具体样本数量限制或方法适用范围 | 开发适用于超低覆盖度单细胞DNA测序数据的拷贝数变异检测方法 | 单细胞DNA测序数据,特别是儿科B-ALL样本 | 生物信息学 | B细胞急性淋巴细胞白血病 | 全基因组测序,单细胞DNA测序 | 统计建模,联合分割方法 | DNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞DNA测序,全基因组测序 | NA | 基于直接tagmentation的全基因组测序 |
860 | 2025-10-05 |
Mining Spatial Transcriptomics Datasets using DeepSpaceDB
2025-Sep-05, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68892
PMID:40982393
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研究论文 | 介绍空间转录组学数据库DeepSpaceDB及其在生物医学研究中的应用 | 开发了首个综合性动态空间转录组学数据库DeepSpaceDB,提供先进工具和交互功能 | 空间转录组学仍是一项高度专业化的实验技术,存在显著的技术和财务限制 | 促进空间转录组学数据的可及性和探索 | 小鼠脑组织样本和结直肠癌转移的鼠肝组织 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | 多个公开数据集(具体数量未明确说明) | NA | 空间转录组学 | NA | NA |