单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8261	2024-09-21	High ratio of resident to exhausted CD4 + T cells predicts favorable prognosis and potentially better immunotherapeutic efficacy in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-17, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-024-12916-0 PMID:39289669	研究论文	研究探讨了肝细胞癌中肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的驻留和耗竭状态对预后和免疫治疗效果的影响	首次揭示了驻留与耗竭CD4+ T细胞比例在肝细胞癌中的独立预后价值，并发现SASS6基因作为免疫荒漠亚型的关键预测因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未来需进一步验证临床样本中的发现	探讨肝细胞癌中肿瘤浸润淋巴细胞的驻留和耗竭状态对预后和免疫治疗效果的影响	肝细胞癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞及其驻留和耗竭状态	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确具体数量
8262	2024-09-21	Dual role of targeting NAE1 in nasopharyngeal carcinoma: Antitumor effects yet inducing radiotherapy resistance 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37219 PMID:39296043	研究论文	研究NAE1在鼻咽癌中的双重作用，即抑制肿瘤生长但增加放疗抵抗性	首次探讨了NAE1抑制剂MLN4924在鼻咽癌中的双重作用，即抑制肿瘤生长同时增加放疗抵抗性	研究主要集中在体外和体内实验，缺乏更大规模的临床试验验证	探讨NAE1在鼻咽癌中的作用及其对放疗敏感性的影响	鼻咽癌细胞及其对放疗的敏感性	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	机器学习模型	RNA	体外和体内实验样本
8263	2024-09-21	Single-cell transcriptomics reveals the cellular identity of a novel progenitor population crucial for murine neural tube closure 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37259 PMID:39296075	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了在小鼠神经管闭合中起关键作用的新型前体细胞群体的细胞身份	发现了在神经管闭合过程中起关键作用的新型前体细胞群体，并揭示了其细胞身份	NA	研究小鼠神经管闭合过程中关键的前体细胞群体	小鼠神经管闭合过程中的前体细胞群体	单细胞转录组学	脊柱裂	单细胞转录组学	NA	转录组数据	E8.5时期的小鼠神经管前体细胞群体
8264	2024-09-21	Neutrophil extracellular trap genes predict immunotherapy response in gastric cancer 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37357 PMID:39296112	研究论文	研究探讨了中性粒细胞外陷阱（NET）相关基因在胃癌（GC）中的表达模式及其与临床病理特征、预后、肿瘤微环境（TME）特征和免疫治疗疗效的关系	首次构建了NET相关基因特征，并验证了其在预测胃癌免疫治疗反应中的高准确性	NA	研究NET相关基因在胃癌中的表达及其与免疫治疗反应的关系	胃癌患者的中性粒细胞外陷阱相关基因表达	数字病理学	胃癌	转录组测序和单细胞RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	共1033例胃癌样本，来自TCGA-STAD（415例）、GSE62254（300例）、GSE15459（192例）和GSE183904（26例）
8265	2024-09-21	Performance comparison of high throughput single-cell RNA-Seq platforms in complex tissues 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37185 PMID:39296129	研究论文	本文系统比较了两种高吞吐量的3'-scRNAseq平台（10× Chromium和BD Rhapsody）在复杂肿瘤组织中的性能	首次全面比较了10× Chromium和BD Rhapsody在复杂肿瘤组织中的性能，并探讨了它们在不同条件下的表现差异	研究仅限于两种平台，未涵盖所有scRNAseq系统	比较不同单细胞RNA测序平台在复杂组织中的性能	10× Chromium和BD Rhapsody平台在肿瘤组织中的性能	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	基因表达数据	来自同一肿瘤的新鲜和人工损伤样本
8266	2024-09-21	The contribution of adiponectin to diabetic retinopathy progression: Association with the AGEs-RAGE pathway 2024-Sep-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e36111 PMID:39296166	研究论文	研究探讨了脂联素在糖尿病视网膜病变进展中的作用及其与AGEs-RAGE通路的关系	首次揭示了脂联素在AGEs-RAGE轴中的中心作用，并通过scRNA-seq和ELISA验证了其在糖尿病视网膜病变进展中的关键角色	研究样本量较小，且仅限于特定人群和动物模型，可能影响结果的普适性	阐明脂联素在糖尿病视网膜病变进展中的分子机制	脂联素及其在AGEs-RAGE轴中的作用	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ELISA	NA	基因表达数据	31名患者和11名对照组受试者，以及小鼠模型
8267	2024-09-21	Ferrostatin-1 alleviates skin inflammation and inhibits ferroptosis of neutrophils and CD8+ T cells in allergic contact dermatitis 2024-Aug-29, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.004 PMID:39299894	研究论文	研究了铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用及Ferrostatin-1对其的抑制效果	首次揭示了铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用，并证明了Ferrostatin-1对中性粒细胞和CD8+ T细胞铁死亡的抑制作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨铁死亡在过敏性接触性皮炎中的作用及Ferrostatin-1的治疗效果	过敏性接触性皮炎中的铁死亡现象及Ferrostatin-1的作用	NA	皮肤炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用1-氯-2,4-二硝基氯苯诱导的过敏性接触性皮炎小鼠模型
8268	2024-09-21	Identification of Siglec-10 as a new dendritic cell checkpoint for cervical cancer immunotherapy 2024-Aug-28, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009404 PMID:39209455	研究论文	研究揭示了Siglec-10在宫颈癌免疫治疗中的新作用，作为树突状细胞的检查点	首次发现Siglec-10作为宫颈癌中树突状细胞的抑制性检查点，并提出靶向Siglec-10可能是宫颈癌免疫治疗的新途径	NA	揭示宫颈癌微环境与先天免疫细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗策略	宫颈癌患者的单细胞RNA测序数据和原发性肿瘤样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	宫颈癌患者的原发性肿瘤样本
8269	2024-09-21	Upregulation of hsa-miR-141-3p promotes uterine cervical carcinoma progression via targeting dual-specificity protein phosphatase 1 2024-Aug-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01413-z PMID:39138666	研究论文	研究了hsa-miR-141-3p和双特异性蛋白磷酸酶1（DUSP1）在子宫颈癌（UCC）中的异常表达及其相关机制	首次揭示了hsa-miR-141-3p通过靶向DUSP1促进子宫颈癌进展的机制	研究主要集中在细胞水平，缺乏临床样本的验证	探讨hsa-miR-141-3p和DUSP1在子宫颈癌中的异常表达及其相关机制	hsa-miR-141-3p和DUSP1在子宫颈癌中的表达及其功能	数字病理学	子宫颈癌	定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）、免疫组织化学（IHC）染色、基因芯片、RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	NA	基因表达数据	558个子宫颈癌组织样本和1,268个样本用于DUSP1表达分析
8270	2024-09-21	Single-cell analysis identified PDIA3 as regulator of malignant characteristics and macrophage function in human cancers 2024-Aug-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-024-01416-w PMID:39138692	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了PDIA3在人类癌症中的恶性特征和巨噬细胞功能调控作用	首次系统探讨了PDIA3在单细胞水平上的免疫功能，包括细胞通讯、细胞代谢、细胞进化和表观遗传修饰，并验证了其在免疫治疗反应中的预测价值	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨PDIA3在不同肿瘤恶性特征和肿瘤免疫中的作用	PDIA3在人类癌症中的表达及其对肿瘤细胞和巨噬细胞功能的影响	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	多个数据库的泛癌数据
8271	2024-09-21	Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas 2024-Jun-13, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.178767 PMID:39133651	研究论文	研究通过瘤内注射TLR9激动剂CpG增强自发性小鼠肉瘤对放疗的反应	首次在自发性小鼠肉瘤模型中验证了TLR9激动剂CpG与放疗联合使用的疗效，并揭示了其通过增强CD8+ T细胞介导的免疫反应来实现	研究仅在动物模型中进行，尚未在临床试验中验证	探讨TLR9激动剂CpG与放疗联合使用对软组织肉瘤的治疗效果及其机制	自发性小鼠肉瘤	NA	软组织肉瘤	CRISPR/Cas9基因编辑技术、RNA测序、质谱流式细胞术	NA	RNA	小鼠肉瘤样本
8272	2024-09-21	Ancient origin of the rod bipolar cell pathway in the vertebrate retina 2024-Jun, Nature ecology & evolution IF:13.9Q1 DOI:10.1038/s41559-024-02404-w PMID:38627529	研究论文	本文研究了脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的古老起源	发现哺乳动物的初级杆状通路在斑马鱼中得以保存，并揭示了该通路的细胞类型和电路设计在辐鳍鱼和哺乳动物分化之前就已经出现	NA	探讨脊椎动物视网膜中杆状双极细胞通路的起源和进化	斑马鱼和哺乳动物的杆状双极细胞及其下游电路	NA	NA	单细胞RNA测序、电生理学、组织学和超微结构重建	NA	RNA序列	NA
8273	2024-09-21	Interactions between LAMP3+ dendritic cells and T-cell subpopulations promote immune evasion in papillary thyroid carcinoma 2024-May-30, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-008983 PMID:38816233	研究论文	研究探讨了LAMP3+树突状细胞与T细胞亚群在乳头状甲状腺癌中的相互作用及其对免疫逃逸的影响	首次揭示了LAMP3+树突状细胞在乳头状甲状腺癌进展中的高度浸润及其与T细胞亚群的相互作用，为免疫治疗提供了新的思路	研究样本量较小，且仅限于手术组织样本，可能影响结果的普适性	探讨乳头状甲状腺癌免疫重塑的机制，寻找新的治疗靶点	LAMP3+树突状细胞与T细胞亚群在乳头状甲状腺癌中的相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	18个手术组织样本，来自14名患者
8274	2024-09-21	FOXO1 reshapes neutrophils to aggravate acute brain damage and promote late depression after traumatic brain injury 2024-Mar-31, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-024-00523-w PMID:38556884	研究论文	研究探讨了FOXO1蛋白在创伤性脑损伤（TBI）后中性粒细胞中的表达及其对脑损伤和后期抑郁的影响	首次揭示了FOXO1高表达的中性粒细胞在TBI急性期和慢性期对脑损伤和抑郁的促进作用	NA	研究TBI后中性粒细胞的异质性、多功能性和时间依赖性调节对脑损伤和结果的影响	TBI患者和TBI小鼠模型中的中性粒细胞	NA	创伤性脑损伤	单细胞转录组学、代谢组学、蛋白质组学分析	NA	转录组数据、代谢数据、蛋白质数据	TBI患者和TBI小鼠模型
8275	2024-09-21	A human stomach cell type transcriptome atlas 2024-Feb-14, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01812-5 PMID:38355543	研究论文	本文通过整合相关分析方法，利用未分选的胃RNAseq数据，预测了人类胃细胞类型的转录组特征	首次详细描述了胃细胞类型的基因富集谱，并发现了与胃癌进展相关的非编码基因	NA	识别细胞类型特异性基因及其在不同条件下的修饰，以增进对人类健康和疾病的理解	胃细胞类型的转录组特征	NA	胃癌	RNA-seq	NA	RNA	359名个体
8276	2024-09-21	The effect of background noise and its removal on the analysis of single-cell expression data 2023-06-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02978-x PMID:37337297	研究论文	研究背景噪音及其去除对单细胞表达数据分析的影响	通过基因型估计评估了三种去除背景噪音方法的性能，发现CellBender在背景噪音水平估计和标记基因检测方面表现最佳	背景噪音去除可能对细胞聚类和分类的精细结构产生影响	探讨背景噪音在单细胞实验中的程度、来源及其影响，并提供处理背景噪音的指导	背景噪音在单细胞和单核RNA-seq实验中的影响	单细胞测序	NA	RNA-seq	NA	表达数据	三个scRNA-seq和两个snRNA-seq的小鼠肾脏重复实验，涉及两种小鼠亚种的细胞混合
8277	2024-09-21	eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells 2023-Jun-15, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05355-4 PMID:37322439	研究论文	本文介绍了一种名为eSPRESSO的新方法，用于通过单细胞转录组数据进行拓扑聚类，以揭示细胞时空结构中的信息基因	eSPRESSO方法通过随机自组织映射聚类和马尔可夫链蒙特卡罗计算，能够有效地从转录组数据中重建细胞的时空拓扑结构，并揭示拓扑信息基因	NA	研究动物发育过程中基因表达的时空动态，并开发新的计算方法来重建组织结构	人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞时空结构	生物信息学	NA	随机自组织映射聚类、马尔可夫链蒙特卡罗计算	NA	转录组数据	人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞
8278	2024-09-21	Integration single-cell and bulk RNA-sequencing data to reveal senescence gene expression profiles in heart failure 2023-Jun, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e16214 PMID:37332931	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了心力衰竭中的衰老基因表达谱	首次整合单细胞和批量RNA测序数据来研究心力衰竭中的衰老基因表达谱	需要进一步研究衰老基因在心力衰竭中的表达模式和分子调控机制	揭示衰老在心力衰竭中的作用	心力衰竭心脏样本和衰老基因数据	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	基因表达数据	心力衰竭心脏样本数据来自Gene Expression Omnibus数据库，衰老基因数据来自CellAge
8279	2024-09-21	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of chemotherapy on human pancreatic adenocarcinoma and its tumor microenvironment 2023-02-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-36296-4 PMID:36781852	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了化疗对人类胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境的影响	首次深入分析了化疗前后胰腺导管腺癌肿瘤微环境的单细胞特征，揭示了化疗对肿瘤细胞和免疫细胞的转录组影响	研究样本仅限于化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本，可能无法全面代表所有患者的情况	探讨化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其与免疫治疗抵抗的关系	化疗前后的胰腺导管腺癌样本及其肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本
8280	2024-09-21	From neurodevelopment to neurodegeneration: utilizing human stem cell models to gain insight into Down syndrome 2023, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2023.1198129 PMID:37323671	综述	本文综述了利用人类干细胞模型研究唐氏综合症（DS）的最新进展	本文介绍了利用人类干细胞培养方法、基因编辑技术和单细胞转录组学等新技术，为研究复杂神经系统疾病如DS提供了新的视角	尽管本文综述了多种新技术，但仍有许多DS的神经学特征的细胞和分子机制尚未完全理解	探讨如何利用人类干细胞模型深入理解唐氏综合症的神经发育和神经退行性病变	唐氏综合症的神经学特征及其相关器官系统	干细胞研究	唐氏综合症	单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA