单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27621 篇文献，本页显示第 7201 - 7220 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 7201 | 2024-10-24 |
Scalable spatial single-cell transcriptomics and translatomics in 3D thick tissue blocks
2024-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.05.606553
PMID:39149316
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研究论文 | 本文开发了Deep-STARmap和Deep-RIBOmap技术，能够在3D厚组织块中量化数千个基因转录本及其相应的翻译活动 | 本文首次实现了在200μm厚组织块中进行3D空间单细胞转录组和翻译组学分析 | NA | 揭示基因如何在三维组织环境中塑造组织结构和功能 | 基因转录和翻译活动在三维组织中的表达模式 | 数字病理学 | 皮肤癌 | NA | NA | NA | NA |
| 7202 | 2024-10-24 |
Physical modeling of embryonic transcriptomes identifies collective modes of gene expression
2024-Aug-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.26.605398
PMID:39131269
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研究论文 | 本文利用单细胞测序数据和统计物理学的建模与推断技术，研究了早期海胆胚胎的转录组，识别了基因表达的集体模式 | 本文开发了一种稳健且基于生物物理学的方法来识别不同的转录组状态或细胞类型，并揭示了细胞间相互作用的集体模式 | NA | 研究早期胚胎发育过程中细胞间的协调和基因表达的集体模式 | 早期海胆胚胎的单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计物理模型 | 转录组数据 | 早期海胆胚胎的多个样本 |
| 7203 | 2024-10-24 |
Imputing abundance of over 2500 surface proteins from single-cell transcriptomes with context-agnostic zero-shot deep ensembles
2024-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.605432
PMID:39131290
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研究论文 | 本文提出了一种名为SPIDER的上下文无关零样本深度集成模型，用于从单细胞转录组中大规模预测细胞表面蛋白的丰度 | SPIDER模型能够更好地泛化到各种上下文，如不同组织或疾病状态，并且能够预测超过2500种细胞表面蛋白的丰度 | NA | 开发一种能够从单细胞转录组数据中大规模预测细胞表面蛋白丰度的计算方法 | 细胞表面蛋白的丰度预测及其在细胞类型注释、生物标志物/靶点识别和细胞间相互作用分析中的应用 | 机器学习 | NA | CITE-seq | 深度集成模型 | 转录组数据 | NA |
| 7204 | 2024-10-24 |
Integrative, high-resolution analysis of single cells across experimental conditions with PARAFAC2
2024-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.29.605698
PMID:39131377
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研究论文 | 本文介绍了使用PARAFAC2方法对跨实验条件的单细胞数据进行高分辨率分析 | 提出了PARAFAC2方法，能够在不限制假设的情况下，灵活处理跨实验条件的单细胞数据，并有效分离条件间和细胞间的变异 | NA | 开发有效的工具来探索和分析大规模单细胞测量数据 | 单细胞RNA测序数据，特别是外周免疫细胞在药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本中的数据 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | PARAFAC2 | 基因表达数据 | 涉及药物干扰和系统性红斑狼疮患者样本的单细胞RNA测序实验 |
| 7205 | 2024-10-24 |
Modulation of Neuronal Excitability and Plasticity by BHLHE41 Conveys Lithium Non-Responsiveness
2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.25.605130
PMID:39372797
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研究论文 | 研究探讨了BHLHE41基因对锂非应答性的影响及其在神经元兴奋性和可塑性中的作用 | 首次揭示了BHLHE41基因在锂非应答性中的关键作用，并通过基因集富集分析和单细胞RNA测序等技术，深入研究了锂在神经元代谢和兴奋性中的细胞特异性作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探究锂非应答性的分子机制及其与BHLHE41基因的关系 | 双敲除突变小鼠（DKO）的神经元兴奋性和可塑性 | 神经科学 | 双相情感障碍 | 基因集富集分析、单细胞RNA测序、膜片钳记录 | NA | 基因表达数据、电生理数据 | 双敲除突变小鼠（DKO） |
| 7206 | 2024-10-24 |
Genetic evolution of keratinocytes to cutaneous squamous cell carcinoma
2024-Jul-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604673
PMID:39091884
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研究论文 | 研究了表皮角质形成细胞向皮肤鳞状细胞癌的遗传演变过程 | 通过多组学分析和单细胞突变分析，揭示了皮肤癌变过程中分子转变的关键事件 | NA | 理解皮肤癌变过程中分子层面的转变 | 表皮角质形成细胞、光化性角化病和鳞状细胞癌 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞突变分析、空间转录组学 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 涉及正常皮肤、光化性角化病和鳞状细胞癌的多个样本 |
| 7207 | 2024-10-24 |
Cell cycle-driven transcriptome maturation confers multilineage competence to cardiopharyngeal progenitors
2024-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.23.604718
PMID:39091743
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研究论文 | 研究了多能心脏咽部祖细胞在细胞周期驱动下获得多谱系能力的过程 | 首次揭示了转录组成熟过程与细胞周期进展之间的耦合关系，并提出了“行为能力”的概念 | 研究仅限于tunicate Ciona，可能不适用于其他物种 | 探讨多能心脏咽部祖细胞如何通过细胞周期进展获得多谱系能力 | 多能心脏咽部祖细胞及其在细胞周期不同阶段的转录组动态 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及tunicate Ciona的多能心脏咽部祖细胞 |
| 7208 | 2024-10-24 |
The role of polycystic kidney disease-like homologs in planarian nervous system regeneration and function
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603829
PMID:39091889
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研究论文 | 研究了多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 首次全面分析了涡虫基因组中所有相关基因的表达和功能，并开发了用于机械感觉刺激获取和分析的自动化设置 | 对数十种神经亚型的功能了解仍然不足 | 探讨多囊肾病样同源基因在涡虫神经系统再生和功能中的作用 | 涡虫的神经系统再生和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及无性和雌雄同体两种涡虫品系 |
| 7209 | 2024-10-24 |
Transcriptional, developmental, and functional parallels of lymphatic and venous smooth muscle
2024-Jul-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.18.604042
PMID:39091770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、谱系追踪和成像技术，探讨了淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs）的转录组和发育基础 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了LMCs和静脉SMCs的转录组相似性，并发现它们可能源自相关的间充质祖细胞 | 研究仅限于小鼠后肢的淋巴和静脉血管，未涵盖其他物种或组织 | 探讨淋巴肌肉细胞和静脉平滑肌细胞的转录组和发育基础，以理解其独特的收缩特性 | 淋巴肌肉细胞（LMCs）和静脉平滑肌细胞（SMCs） | 生物医学 | 淋巴水肿 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 小鼠后肢的LMCs和SMCs样本 |
| 7210 | 2024-10-24 |
Immune disease dialogue of chemokine-based cell communications as revealed by single-cell RNA sequencing meta-analysis
2024-Jul-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.17.603936
PMID:39071425
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序元分析揭示了基于趋化因子的细胞间通信在免疫疾病中的对话 | 本文通过元分析揭示了不同免疫疾病和组织中细胞间通信的复杂模式，为精准医学提供了新的见解 | 本文依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 揭示免疫疾病中细胞间通信的疾病特异性模式，为开发靶向治疗提供理论基础 | 多种免疫疾病（如特应性皮炎、银屑病、慢性阻塞性肺病、特发性肺纤维化、溃疡性结肠炎、IgA肾病和狼疮性肾炎）及其相关组织 | 数字病理学 | 免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种免疫疾病和组织的单细胞RNA测序数据 |
| 7211 | 2024-10-24 |
SmartImpute: A Targeted Imputation Framework for Single-cell Transcriptome Data
2024-Jul-18, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.15.603649
PMID:39071378
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研究论文 | 提出了一种名为SmartImpute的计算框架，用于单细胞转录组数据的靶向插补 | SmartImpute通过聚焦于预定义的标记基因，提高了插补过程的生物学相关性和计算效率，同时减少了模型误设的风险 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的缺失值问题，提高细胞类型注释和聚类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失基因表达值 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 生成对抗插补网络 | 基因表达数据 | 头颈部鳞状细胞癌和人类骨髓的单细胞RNA测序数据 |
| 7212 | 2024-10-24 |
A Single Trophoblast Layer Acts as the Gatekeeper at the Endothelial-Hematopoietic Crossroad in the Placenta
2024-Jul-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.12.603303
PMID:39071312
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研究论文 | 研究探讨了胎盘中滋养层巨细胞在调节血管内皮与造血细胞过渡中的作用 | 通过单细胞RNA测序和受体-配体对分析，揭示了滋养层巨细胞分泌的旁分泌因子在维持胎盘造血-血管生成平衡中的新机制 | 研究基于特定敲除小鼠模型，结果可能不适用于所有物种 | 阐明胎盘中滋养层巨细胞在调节造血微环境中的分子机制 | 胎盘中的滋养层巨细胞及其分泌的旁分泌因子 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 特定敲除小鼠模型的胎盘样本 |
| 7213 | 2024-10-24 |
CD38+ Alveolar macrophages mediate early control of M. tuberculosis proliferation in the lung
2024-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3934768/v1
PMID:39070650
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研究论文 | 研究探讨了CD38+肺泡巨噬细胞在早期控制结核分枝杆菌（M. tuberculosis）肺部增殖中的作用 | 首次揭示了CD38+肺泡巨噬细胞在结核分枝杆菌感染早期的重要控制作用，并通过多模态单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序分析了巨噬细胞亚群的功能和表观遗传特征 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需要在临床环境中验证这些发现 | 探讨肺泡巨噬细胞在结核病早期控制中的作用，并揭示潜在的疫苗和免疫治疗策略 | CD38+肺泡巨噬细胞及其在结核分枝杆菌感染中的动态变化 | 免疫学 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | 多个感染时间点的肺泡巨噬细胞样本 |
| 7214 | 2024-10-24 |
Eed controls craniofacial osteoblast differentiation and mesenchymal proliferation from the neural crest
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.13.584903
PMID:38558995
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研究论文 | 研究了Polycomb抑制复合物2（PRC2）的核心亚基Eed在神经嵴诱导后对颅面成骨细胞分化和间充质增殖的影响 | 通过整合小鼠遗传学和单细胞RNA测序，揭示了Eed在神经嵴细胞诱导后对颅面发育的关键作用 | 对PRC2活性在神经嵴诱导后的胚胎、细胞和分子后果的理解尚不完全 | 探讨PRC2在神经嵴诱导后对颅面发育的影响及其分子机制 | Eed在颅面成骨细胞分化和间充质增殖中的作用 | 发育生物学 | 先天性畸形 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠遗传学模型和单细胞RNA测序数据 |
| 7215 | 2024-10-24 |
Endogenous FGFs drive ERK-dependent cell fate patterning in 2D human gastruloids
2024-Jul-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.08.602611
PMID:39026750
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研究论文 | 研究内源性FGF在2D人类胚胎体中驱动ERK依赖的细胞命运模式的作用 | 发现了FGF依赖的ERK信号在2D胚胎体中的新作用，揭示了FGF4和FGF17通过基底定位的FGFR1诱导原始条纹样细胞的机制 | NA | 探讨FGF在人类胚胎发育中的作用及其机制 | 2D人类胚胎体中的FGF依赖的ERK活性模式 | NA | NA | 原位杂交和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 7216 | 2024-10-24 |
Cell Simulation as Cell Segmentation
2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.25.591218
PMID:38712065
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研究论文 | 本文采用从头细胞模拟方法来快速推断形态上合理的细胞边界，以提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 本文创新性地将从头细胞模拟方法应用于细胞分割，显著提高了分割精度和计算效率 | NA | 提高单细胞空间转录组学数据的细胞分割精度 | 单细胞空间转录组学数据中的细胞分割 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 从头细胞模拟 | NA | 转录组数据 | 来自肾细胞癌患者样本的数据 |
| 7217 | 2024-10-24 |
GeneSurfer Enables Transcriptome-wide Exploration and Functional Annotation of Gene Co-expression Modules in 3D Spatial Transcriptomics Data
2024-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.05.602230
PMID:39005368
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GeneSurfer的交互式界面，用于探索3D空间转录组数据中的局部基因共表达模式 | GeneSurfer提供了一种新的方法来探索大规模数据集中局部基因共表达模式，并支持实时基因本体论术语注释 | NA | 开发一种工具来探索和注释3D空间转录组数据中的基因共表达模块 | 3D空间转录组数据中的基因共表达模式 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了Allen Brain Cell Atlas中的空间转录组和单细胞RNA测序数据 |
| 7218 | 2024-10-24 |
Spatial transcriptomics reveals influence of microenvironment on intrinsic fates in melanoma therapy resistance
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.30.601416
PMID:39005406
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研究论文 | 本文通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了黑色素瘤治疗抵抗中内在命运与微环境的相互影响 | 本文首次揭示了不同遗传背景下黑色素瘤细胞抵抗命运的共享内在抵抗程序，并展示了这些抵抗程序与肿瘤微环境的密切关联 | 本文主要基于空间转录组学和单细胞RNA测序数据，未涉及其他类型的实验验证 | 研究黑色素瘤治疗抵抗中细胞内在命运与微环境因素的相互作用 | 黑色素瘤细胞及其抵抗命运 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 多个细胞系和患者样本 |
| 7219 | 2024-10-24 |
Genomic and single-cell characterization of patient-derived tumor organoid models of head and neck squamous cell carcinoma
2024-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.28.601068
PMID:39005427
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研究论文 | 本研究通过建立头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型，探讨了肿瘤异质性和治疗反应的分子机制 | 首次在头颈部鳞状细胞癌中建立了患者来源的肿瘤类器官模型，并揭示了与顺铂耐药相关的分子亚型和异质性程序 | 样本量相对较小，可能影响结果的普适性 | 提高对头颈部鳞状细胞癌生物学特性的理解，并为个性化治疗提供新的靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤类器官模型 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31名头颈部鳞状细胞癌患者 |
| 7220 | 2024-10-24 |
Global trends of single cell sequence associated in cancer from 2011 to 2024: A bibliometric analysis
2024-Jun-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e32847
PMID:38975217
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meta-analysis | 本文通过文献计量分析探讨了2011年至2024年间与癌症相关的单细胞测序研究的趋势和前沿 | 本文首次通过文献计量分析方法，系统地总结了单细胞测序在癌症研究中的应用趋势和前沿 | 本文主要依赖于文献计量分析，未涉及具体的实验数据或技术细节 | 探索基于单细胞测序的癌症分子和临床病理特征，揭示肿瘤间异质性，并为癌症的早期诊断、治疗和预后分析提供新思路 | 2011年至2024年间发表的与癌症相关的单细胞测序研究 | digital pathology | NA | 单细胞测序 | NA | 文本 | 6189篇文章 |