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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6341 | 2025-10-06 | Anoikis in hepatocellular carcinoma: genetic alterations and immune microenvironment insights from single-cell and computational analysis 
          2025-May-31, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1007/s12672-025-02770-2
          PMID:40447878
         | 研究论文 | 通过单细胞测序和计算分析研究肝细胞癌中失巢凋亡的遗传改变和免疫微环境特征 | 首次结合单细胞测序和101种机器学习算法构建失巢凋亡相关预后模型,揭示KPNA2基因在肝癌中的致癌作用 | 研究样本量有限,主要依赖公共数据库数据,需要更多临床样本验证 | 分析肝细胞癌的细胞异质性并构建失巢凋亡相关预后模型 | 肝细胞癌患者样本和Hep-3B细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, qPCR, shRNA基因敲除 | AUCell算法, Cox回归, 多种机器学习算法 | 单细胞测序数据, 基因表达数据, 临床样本 | 来自GEO、TCGA和ICGC数据库的多个数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6342 | 2025-10-06 | GSTM1 suppresses cardiac fibrosis post-myocardial infarction through inhibiting lipid peroxidation and ferroptosis 
          2025-May-31, Military Medical Research
          
          IF:16.7Q1
          
         
          DOI:10.1186/s40779-025-00610-6
          PMID:40448227
         | 研究论文 | 本研究探讨了GSTM1通过抑制脂质过氧化和铁死亡来减轻心肌梗死后心脏纤维化的作用机制 | 首次发现GSTM1在心肌梗死后心脏成纤维细胞中表达下调,并通过调节脂质代谢和铁死亡通路抑制纤维化进程 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验,在人类患者中的验证仍需进一步研究 | 探究GSTM1在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其分子机制 | 小鼠心脏成纤维细胞、人类扩张型心肌病患者心脏组织 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blotting、免疫荧光、实时定量PCR、转录组学、脂质过氧化检测 | NA | 蛋白质数据、基因表达数据、细胞表型数据 | 小鼠冠状动脉结扎模型、人类扩张型心肌病患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq、蛋白质组学 | NA | NA | 
| 6343 | 2025-10-06 | Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal tumor heterogeneity and immune remodeling involved in pituitary neuroendocrine tumor progression 
          2025-May-30, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
          DOI:10.1038/s41467-025-60028-5
          PMID:40442104
         | 研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析揭示垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫重塑机制 | 首次整合单细胞RNA测序和空间转录组学分析垂体神经内分泌肿瘤,识别了与肿瘤进展相关的侵袭性肿瘤亚群和SPP1+肿瘤相关巨噬细胞的作用机制 | 样本量相对有限(57个组织样本),机制研究需要进一步实验验证 | 探索垂体神经内分泌肿瘤进展和侵袭的分子机制 | 垂体神经内分泌肿瘤(PitNETs)组织和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 垂体神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 57个组织样本,超过177,000个细胞和35,000个spots | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA | 
| 6344 | 2025-10-06 | Identification of predictors for bacterial meningitis diagnosis based on transcriptomics and genetic analysis 
          2025-May-30, AMB Express
          
          IF:3.5Q2
          
         
          DOI:10.1186/s13568-025-01893-7
          PMID:40445403
         | 研究论文 | 本研究通过转录组学和遗传分析识别细菌性脑膜炎的诊断预测因子 | 首次通过整合孟德尔随机化、单细胞RNA测序和伪时间分析等方法,系统识别了RNF144B和FYN作为细菌性脑膜炎的潜在生物标志物 | 研究样本量有限,需要在更大队列中验证生物标志物的临床适用性 | 改善细菌性脑膜炎的诊断和治疗策略 | 细菌性脑膜炎患者的免疫相关基因和免疫细胞 | 生物信息学 | 细菌性脑膜炎 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 差异基因表达分析, 共表达网络分析, 基因集富集分析, 伪时间分析 | NA | 转录组数据, 遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6345 | 2025-10-06 | Development of an immune scoring system based on exosome-related gene expression for prognosis and treatment response prediction in breast cancer 
          2025-May-30, Discover oncology
          
          IF:2.8Q2
          
         
          DOI:10.1007/s12672-025-02702-0
          PMID:40445462
         | 研究论文 | 基于外泌体相关基因表达开发免疫评分系统,用于乳腺癌预后和治疗反应预测 | 首次将外泌体相关基因与免疫评分系统结合,建立了新的乳腺癌预后预测模型 | 研究基于回顾性数据,需要前瞻性研究进一步验证 | 开发基于外泌体相关基因的免疫评分系统,预测乳腺癌预后和治疗反应 | 乳腺癌患者及其基因表达数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫印迹 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个数据集的乳腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA | 
| 6346 | 2025-10-06 | TCF7 enhances pulmonary hypertension by boosting stressed natural killer cells and their interaction with pulmonary arterial smooth muscle cells 
          2025-May-29, Respiratory research
          
          IF:4.7Q1
          
         
          DOI:10.1186/s12931-025-03276-9
          PMID:40442690
         | 研究论文 | 本研究揭示TCF7通过增强应激自然杀伤细胞及其与肺动脉平滑肌细胞的相互作用加剧肺动脉高压 | 首次发现TCF7在应激NK细胞中的关键作用及其通过SPP1分泌促进肺动脉平滑肌细胞增殖迁移的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞系,人类样本验证仍需进一步开展 | 探究自然杀伤细胞在肺动脉高压中的作用机制及TCF7的调控功能 | 人类PAH患者、MCT诱导PH大鼠模型、Tcf7条件性敲除小鼠、NK92细胞系和原代人肺动脉平滑肌细胞 | 单细胞生物学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序, 基因敲除, 病毒载体过表达, 细胞培养 | 动物模型, 细胞模型 | 单细胞RNA测序数据, 基因表达数据, 蛋白质数据 | 人类PAH患者和PH大鼠肺组织单细胞数据, 多种基因工程动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6347 | 2025-10-06 | Atherosclerosis enhances the efficacy of liposome-encapsulated bromocriptine in reducing the incidence of prolactinemia in pituitary tumors 
          2025-May-29, Journal of nanobiotechnology
          
          IF:10.6Q1
          
         
          DOI:10.1186/s12951-025-03465-0
          PMID:40442804
         | 研究论文 | 本研究探讨动脉粥样硬化如何增强脂质体包裹溴隐亭对垂体泌乳素瘤伴高泌乳素血症的治疗效果 | 首次报道利用动脉粥样硬化小鼠模型中血脑屏障改变增强纳米颗粒介导的溴隐亭递送至下丘脑的策略 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类中进行验证 | 探索动脉粥样硬化对纳米载体药物递送效率的影响及其在泌乳素瘤治疗中的应用 | 垂体泌乳素瘤伴高泌乳素血症患者和动脉粥样硬化小鼠模型 | NA | 垂体肿瘤/泌乳素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、药物浓度数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6348 | 2025-10-06 | Single-cell RNA sequencing reveals the role of GTF2F2 in ovarian cancer oncogenesis and progression 
          2025-May-29, Journal of ovarian research
          
          IF:3.8Q1
          
         
          DOI:10.1186/s13048-025-01686-3
          PMID:40442848
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了卵巢癌恶性上皮细胞的异质性,并构建了基于UBE2C+上皮亚群的风险评分模型 | 首次识别出三种主要恶性上皮细胞亚群,发现UBE2C+Epi亚群具有更高干性和侵袭性,并验证了GTF2F2基因在卵巢癌进展中的关键作用 | 研究仅使用ES-2卵巢癌细胞系进行验证,样本来源和数量有限 | 探究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性及其在治疗和预后中的意义 | 卵巢癌恶性上皮细胞 | 单细胞转录组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序,拷贝数变异分析,细胞间通讯分析,基因敲低实验,Western blot | LASSO回归,多变量Cox回归 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6349 | 2025-10-06 | Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 
          2025-May-27, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612
          PMID:40272982
         | 研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学揭示慢性肉芽肿病在自然模型中的发病机制 | 通过环境控制建立自然CGD模型,发现促炎性NOS2中性粒细胞和促纤维化MMP12巨噬细胞在肉芽肿形成中的空间分布特征 | 研究仅限于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明慢性肉芽肿病中肉芽肿形成的分子机制 | Ncf2基因缺陷小鼠的肺组织 | 数字病理学 | 慢性肉芽肿病 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 基因表达数据,空间定位数据 | Ncf2缺陷小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA | 
| 6350 | 2025-10-06 | Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 
          2025-May-27, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620
          PMID:40315055
         | 研究论文 | 本研究证明存在于多种组织中的通用成纤维细胞能够分化为具有造血干细胞维持功能的骨髓CAR/LepR生态位细胞 | 首次提供直接证据表明骨骼系统外的通用成纤维细胞能够分化为骨髓特异性造血干细胞生态位细胞 | NA | 探究通用成纤维细胞分化为造血干细胞生态位细胞的潜能 | CD248通用成纤维细胞、造血干细胞、CAR/LepR生态位细胞 | 单细胞生物学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6351 | 2025-10-06 | Fitness and transcriptional plasticity of human breast cancer single-cell-derived clones 
          2025-May-27, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2025.115699
          PMID:40359107
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术结合细胞条形码,系统分析了人类乳腺癌单细胞衍生克隆的适应性与转录可塑性 | 首次将细胞条形码与单细胞RNA测序结合,直接关联单细胞转录组与体内克隆生长特性 | 研究仅基于26个患者来源的乳腺癌异种移植模型,样本来源相对有限 | 探索乳腺癌克隆适应性与转录可塑性的分子机制 | 人类乳腺癌单细胞衍生克隆 | 单细胞生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 慢病毒细胞条形码 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 26个患者来源的乳腺癌异种移植模型,110个异种移植样本,20,000多个单细胞衍生克隆,167,375个单细胞RNA谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6352 | 2025-10-06 | Time-resolved single-cell atlas identifies the spatiotemporal transcription dynamics in vernalization response in Brassica rapa 
          2025-May-27, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2025.115725
          PMID:40378040
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了芸苔属植物春化过程中时空转录动态特征 | 首次在单细胞水平解析芸苔春化反应的时空转录动态,发现叶肉细胞对低温响应最显著,并揭示春化通过数字细胞响应的定量调控机制 | 研究仅针对芸苔属植物,其他温带植物的春化机制可能有所不同 | 探究春化过程中单细胞水平的基因表达动态和时空调控机制 | 芸苔属植物(Brassica rapa) | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA | 
| 6353 | 2025-10-06 | The impact of breast radiotherapy on the tumor genome and immune ecosystem 
          2025-May-27, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
          DOI:10.1016/j.celrep.2025.115703
          PMID:40378044
         | 研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术探索放疗对乳腺癌肿瘤基因组和免疫微环境的影响 | 首次在雌激素受体阳性乳腺癌患者中结合单细胞DNA和RNA测序,系统分析放疗前后肿瘤基因组和免疫细胞群的动态变化 | 样本量较小(20例患者),仅分析了放疗后7天的短期效应 | 阐明放疗如何调节乳腺癌肿瘤微环境 | 20例雌激素受体阳性乳腺癌患者接受新辅助放疗前后的肿瘤活检样本 | 数字病理 | 乳腺癌 | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 20例患者,放疗前后配对样本 | NA | 单细胞DNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6354 | 2025-10-06 | AI-Assisted Hypothesis Generation to Address Challenges in Cardiotoxicity Research: Simulation Study Using ChatGPT With GPT-4o 
          2025-May-15, Journal of medical Internet research
          
          IF:5.8Q1
          
         
          DOI:10.2196/66161
          PMID:40373295
         | 研究论文 | 本研究探索ChatGPT与GPT-4o在生成心脏毒性研究创新假设方面的能力 | 首次系统评估AI模型在心脏毒性研究领域生成创新假设的潜力 | 实验设计常被认为过于理想化,需要更多实际考量 | 探索AI辅助假设生成在解决心脏毒性研究挑战中的应用 | 心脏毒性研究的五大挑战:机制复杂性、患者变异性、检测灵敏度不足、可靠生物标志物缺乏、动物模型局限性 | 自然语言处理 | 心血管疾病 | AI辅助假设生成,文献检索验证 | GPT-4o | 文本 | 96个生成假设,其中5个被选为最有前景的假设 | OpenAI | 大型语言模型 | ChatGPT | GPT-4o模型 | 
| 6355 | 2025-10-06 | Follicular cytotoxic T cells is dysfunctional in chronic hepatitis B patients with non-alcoholic fatty liver disease 
          2025-03, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
          
         
          DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167646
          PMID:39743024
         | 研究论文 | 本研究探讨了慢性乙型肝炎合并非酒精性脂肪肝病患者中滤泡细胞毒性T细胞的异质性和功能状态 | 首次揭示CHB合并NAFLD患者中Tfc细胞的记忆特性和功能受损机制,发现氧化还原平衡调节可部分恢复效应记忆表型 | 样本量相对有限(87例),且为单中心研究 | 探索慢性乙型肝炎合并非酒精性脂肪肝病患者中滤泡细胞毒性T细胞的异质性和功能状态 | 32名健康对照、36名初治CHB患者、19名初治CHB+NAFLD患者 | 免疫学 | 慢性乙型肝炎, 非酒精性脂肪肝病 | 多色流式细胞术, 单细胞RNA测序, 细胞共培养 | NA | 流式细胞数据, 单细胞转录组数据 | 87例(32健康对照+36 CHB患者+19 CHB+NAFLD患者) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6356 | 2025-10-06 | Bulk integrated single-cell-spatial transcriptomics reveals the impact of preoperative chemotherapy on cancer-associated fibroblasts and tumor cells in colorectal cancer, and construction of related predictive models using machine learning 
          2025-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
          
         
          DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167535
          PMID:39374811
         | 研究论文 | 本研究通过整合多种转录组数据揭示了术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞的影响,并构建了机器学习预测模型 | 首次整合bulk、单细胞和空间转录组数据系统研究术前化疗对结直肠癌微环境的影响,并构建了优于89个已发表模型的预测模型 | 研究样本量相对有限(22个独立队列),需要进一步实验验证 | 探究术前化疗对结直肠癌中成纤维细胞和上皮细胞生物学功能的影响 | 结直肠癌患者样本中的成纤维细胞和上皮细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序, 空间转录组测序 | 机器学习 | 转录组数据 | 22个独立结直肠癌队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | NA | 
| 6357 | 2025-10-06 | Binding profiles for 961 Drosophila and C. elegans transcription factors reveal tissue-specific regulatory relationships 
          2024-Dec-23, Genome research
          
          IF:6.2Q1
          
         
          DOI:10.1101/gr.279037.124
          PMID:39438113
         | 研究论文 | 本研究通过系统分析果蝇和线虫的转录因子结合位点,揭示了组织特异性调控关系 | 首次在两个主要模式生物中系统性地构建了转录因子结合位点图谱,提出了'元峰'概念并建立了机器学习模型识别细胞类型特异性调控因子 | 研究主要基于模式生物,结果向其他物种的普适性需要进一步验证 | 构建转录因子结合位点图谱并解析调控网络 | 果蝇和线虫的转录因子 | 基因组学 | NA | ChIP-seq, 单细胞RNA-seq | 机器学习模型 | 基因组测序数据,转录组数据 | 961个转录因子(果蝇605个,线虫356个),识别460万个结合位点 | NA | 染色质免疫沉淀测序,单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6358 | 2025-10-06 | Epigenetic Alteration of Smooth Muscle Cells Regulates Endothelin-Dependent Blood Pressure and Hypertensive Arterial Remodeling 
          2024-Jul-10, medRxiv : the preprint server for health sciences
          
         
          DOI:10.1101/2024.07.09.24310178
          PMID:39040193
         | 研究论文 | 本研究揭示了表观遗传酶JMJD3通过调控平滑肌细胞可塑性影响血压和高血压动脉重塑的机制 | 首次将高血压相关人类DNA变异与平滑肌细胞表观遗传调控联系起来,并建立了新型平滑肌细胞特异性Jmjd3缺陷小鼠模型 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索表观遗传机制在高血压发病和动脉重塑中的作用 | 平滑肌细胞、人类遗传变异、小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | GWAS、孟德尔随机化、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、基因表达数据 | 三个独立的人类GWAS研究数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6359 | 2025-10-06 | Deciphering the heterogeneity of differentiating hPSC-derived corneal limbal stem cells through single-cell RNA sequencing 
          2024-07-09, Stem cell reports
          
          IF:5.9Q2
          
         
          DOI:10.1016/j.stemcr.2024.06.001
          PMID:38942029
         | 研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析人源多能干细胞分化为角膜缘干细胞过程中的异质性 | 首次在hPSC-LSC分化过程中发现并描述了四种先前未知的细胞状态(中胚层样或未分化亚群) | 研究仅涉及三种hPSC细胞系,样本规模有限 | 解析hPSC分化为角膜缘干细胞过程中的细胞异质性 | 人源多能干细胞分化的角膜缘干细胞 | 单细胞组学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序,免疫荧光分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 三种hPSC细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 
| 6360 | 2025-10-06 | Human pluripotent stem cell-derived kidney organoids reveal tubular epithelial pathobiology of heterozygous HNF1B-associated dysplastic kidney malformations 
          2024-06-11, Stem cell reports
          
          IF:5.9Q2
          
         
          DOI:10.1016/j.stemcr.2024.04.011
          PMID:38788724
         | 研究论文 | 本研究通过人类多能干细胞衍生的肾脏类器官揭示HNF1B杂合突变导致肾发育不良的肾小管上皮病理机制 | 首次利用CRISPR-Cas9基因编辑技术构建HNF1B杂合突变肾脏类器官模型,发现谷氨酸能信号通路在肾脏发育中的新作用 | 类器官模型可能无法完全模拟体内肾脏发育的复杂性 | 研究HNF1B杂合突变导致肾发育不良的病理机制 | 人类胚胎干细胞和诱导多能干细胞衍生的肾脏类器官 | 发育生物学 | 肾发育不良 | CRISPR-Cas9基因编辑, RNA测序 | 肾脏类器官模型 | 基因表达数据 | 来自HNF1B相关肾发育不良家族的iPSCs和基因编辑的ESCs | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |