单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
581	2025-07-25	Differential molecular signatures in response to CD19-CAR T cell therapy compared with conventional pharmacotherapy in systemic lupus erythematosus 2025-Jul-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.06.2132 PMID:40701862	研究论文	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在系统性红斑狼疮(SLE)中的分子特征差异	首次揭示了CD19-CAR T细胞疗法在SLE中诱导的独特分子特征，包括补体激活和I型干扰素反应的显著抑制，以及脂质代谢途径的上调	样本量较小(7例接受CAR-T治疗的患者)，且为观察性研究	比较CD19-CAR T细胞疗法与传统药物治疗在SLE中的生物学效应差异	系统性红斑狼疮患者	免疫治疗	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序，全血转录组分析	NA	基因表达数据	7例接受CD19-CAR T治疗的患者，30例标准药物治疗后缓解的患者，31例接受利妥昔单抗、贝利尤单抗或环磷酰胺治疗的患者
582	2025-07-25	Systematic characterization of full-length RNA isoforms in human colorectal cancer at single-cell resolution 2025-Jul-22, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf049 PMID:40702779	研究论文	本研究通过高深度长读长单细胞RNA测序技术，系统表征了人类结直肠癌中全长RNA异构体的多样性及其剪接变化	首次在单细胞分辨率下全面解析结直肠癌中全长转录本变异，揭示了癌症细胞转录复杂性的增加、3'-UTR缩短及内含子保留减少等新特征，并发现iCMS3亚型具有更高的剪接因子活性和更显著的3'-UTR缩短	样本量相对较小（仅12例CRC患者），且仅关注结直肠上皮细胞	探究结直肠癌中RNA剪接失调的分子机制及其在肿瘤发生中的作用	结直肠癌患者的结直肠上皮细胞	基因组学	结直肠癌	高深度长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	12例CRC患者的结直肠上皮细胞
583	2025-07-25	Protocol for conducting a single-cell sequencing assay for transposase-accessible chromatin analysis 2025-Jul-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103960 PMID:40700014	研究论文	本文提供了一个用于进行单细胞转座酶可及染色质测序分析（scATAC-seq）的协议	提供了一个详细的scATAC-seq分析协议，包括数据预处理、下游分析和计算多组学整合的步骤	协议主要面向scATAC-seq新手，可能对经验丰富的研究者帮助有限	简化scATAC-seq的分析流程，帮助研究人员更好地进行染色质可及性研究	公开可用的scATAC-seq数据集	基因组学	NA	scATAC-seq	NA	基因组数据	NA
584	2025-07-25	Single-cell and spatial multiomics identifies heterogeneous xylem development driven by mechanical stress in Populus 2025-Jul-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.038 PMID:40701155	研究论文	通过单细胞和空间多组学技术研究机械应力驱动的杨树木材异质性发育	首次结合单细胞RNA测序、空间转录组学和代谢组学技术，揭示了正常木材和张力木材中纤维细胞的同一性和发育异质性	研究主要集中于杨树，结果在其他树种中的普适性需要进一步验证	探究机械应力下木材形成的细胞和分子机制	杨树正常木材、张力木材和对侧木材	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、代谢组学、磷酸化蛋白质组学	NA	单细胞转录组数据、空间转录组数据、代谢组数据、磷酸化蛋白质组数据	三种不同发育状态的杨树木材组织(正常、张力、对侧)
585	2025-07-25	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文探讨了利用RNA-seq反卷积技术改进复杂体外模型（CIVMs）的表征方法	提出使用公开可用的单细胞RNA-seq数据集通过RNA-seq反卷积预测CIVMs中的细胞比例，并评估了多种反卷积方法的准确性	反卷积方法的准确性在不同分析中存在显著差异	开发新方法来表征复杂体外模型（CIVMs）以用于毒理学和药物开发	基于干细胞的人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM	生物信息学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	两种复杂体外模型（人类肠道类器官CIVM和新生啮齿动物睾丸CIVM）
586	2025-07-25	Single Cell Profiling in the Sox10Dom Hirschsprung Mouse Implicates Hox genes in Enteric Neuron Trajectory Allocation 2025-Jul-21, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101590 PMID:40701368	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探究了Sox10Dom突变对肠神经系统发育中神经元轨迹分配的影响，并揭示了Hox基因在此过程中的作用	首次将Hox基因表达变化（特别是Hoxa6）与肠神经元轨迹改变相关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Sox10缺乏如何改变肠神经元比例及其分子机制	肠神经系统发育中的神经嵴来源祖细胞(ENCP)和成熟肠神经元	发育生物学	先天性巨结肠症(HSCR)	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 免疫组化, 杂交链式反应(HCR)	Sox10Dom/+小鼠模型	单细胞转录组数据	Sox10+/+和Sox10Dom/+同窝小鼠的肠神经系统细胞
587	2025-07-25	A systematic review of single-cell RNA sequencing applications and insights in Oryza sativa response to environmental stresses 2025-Jul-19, Molecular biology reports IF:2.6Q3 DOI:10.1007/s11033-025-10836-1 PMID:40682700	综述	本文系统综述了2017年至2024年间在水稻中进行的单细胞RNA测序（scRNA-seq）研究，重点关注水稻对环境胁迫的响应	填补了水稻单细胞RNA测序研究综述的空白，并强调了scRNA-seq技术在水稻研究中的最新进展和应用	仅涵盖2017至2024年间的研究，可能未包括最新的研究成果	探讨scRNA-seq技术在水稻研究中的应用及其对作物改良策略的贡献	水稻（Oryza sativa）的不同组织（根、叶、花和种子）及其对环境胁迫的响应	植物生物学	NA	scRNA-seq, ATCT-seq, snRNA-seq, Stereo-seq	NA	转录组数据	涵盖2017至2024年间的水稻scRNA-seq研究
588	2025-07-25	A STAT3/integrin axis accelerates pancreatic cancer initiation and progression 2025-Jul-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116010 PMID:40701148	研究论文	该研究揭示了STAT3/integrin轴在加速胰腺癌起始和进展中的作用	发现ITGB3作为STAT3的靶基因促进胰腺癌的起始和进展，并揭示了STAT3通过调控ITGB3增强子的染色质可塑性来诱导其表达的机制	研究主要基于细胞模型和转录组学数据，缺乏体内实验验证	探究STAT3信号通路在胰腺导管腺癌(PDAC)进展中的作用机制	胰腺导管腺癌细胞	癌症生物学	胰腺癌	ChIP-seq, 单细胞转录组学	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
589	2025-07-25	Sceptic: pseudotime analysis for time-series single-cell sequencing and imaging data 2025-Jul-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03679-3 PMID:40676652	研究论文	提出了一种名为Sceptic的支持向量机模型，用于监督性伪时间分析，以提高单细胞数据的时间顺序预测准确性	Sceptic模型在预测能力上显著优于现有方法，并且能够应用于多种单细胞数据类型，包括单核图像数据	未明确提及具体局限性，但可能包括对新数据类型的适应性和计算效率问题	提高单细胞伪时间嵌入的预测准确性，并扩展其应用范围至多种单细胞数据类型	时间序列单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据和显微镜图像数据	生物信息学	NA	支持向量机(SVM)	SVM	单细胞RNA测序数据、scATAC-seq数据、显微镜图像数据	NA
590	2025-07-25	Exploring the mechanism of action of trastuzumab-induced cardiomyocyte atrophy based on the FN1/PI3K/AKT-mediated mTOR-independent signaling pathway 2025-Jul-17, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111087 PMID:40683573	研究论文	本研究基于单细胞转录组测序和生物信息学方法，探讨了曲妥珠单抗（TRZ）诱导心肌细胞萎缩的潜在靶点和信号通路	揭示了TRZ通过免疫细胞释放FN1，通过ECM触发心肌细胞中非经典（mTOR非依赖）PI3K/AKT信号传导的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，需进一步体内实验验证	探究TRZ诱导心脏毒性的分子机制	HER-2阳性乳腺癌患者的心肌细胞	生物医学	乳腺癌	scRNA-seq, 生物信息学分析, RT-PCR, Western blot, TEM, 免疫荧光分析	NA	基因表达数据, 蛋白质表达数据, 细胞图像	NA
591	2025-07-25	Meta-Analysis of Gene Expression in Bulk-Processed Post-Mortem Spinal Cord from ALS Patients and Normal Controls 2025-Jul-16, NeuroSci IF:1.6Q4 DOI:10.3390/neurosci6030065 PMID:40700130	meta-analysis	该研究对ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织进行了基因表达的荟萃分析	通过荟萃分析减弱了个体研究中基因表达偏差的影响，并识别出213个差异表达基因	研究基于批量处理的尸检组织，可能掩盖了细胞类型特异性的表达变化	探究ALS患者脊髓组织中基因表达的差异及其与疾病病理的关系	ALS患者和正常对照者的尸检脊髓组织	生物信息学	肌萎缩侧索硬化症(ALS)	基因表达荟萃分析，空间转录组学	NA	基因表达数据	569个样本（454个ALS，115个对照），来自348个个体（262个ALS，86个对照）
592	2025-07-25	EDNRB2 regulates fate, migration, and maturation of hair cell precursors in regenerating avian auditory epithelium explants 2025-Jul-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2502713122 PMID:40627393	研究论文	本研究揭示了EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生过程中对前体细胞命运、迁移和成熟的关键调控作用	首次发现EDNRB2信号通路在鸟类毛细胞再生过程中调控前体细胞命运决定、迁移和成熟的关键作用	研究仅基于体外鸡基底乳头培养模型，未验证在体情况	阐明EDNRB2在鸟类听觉上皮毛细胞再生中的具体作用机制	鸡基底乳头的支持细胞和毛细胞前体细胞	听觉再生生物学	听力损失	单细胞RNA测序、RNA测序、药理学抑制、组织学评估	鸡基底乳头外植体培养模型	基因表达数据、组织学图像数据	未明确说明具体样本数量（鸡基底乳头外植体）
593	2025-07-25	Phenotypic heterogeneity and plasticity in colorectal cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100881 PMID:40393458	研究论文	本研究探讨了结直肠癌（CRC）中表型异质性和可塑性在肿瘤进展、转移和治疗抵抗中的关键作用	通过单细胞多组学和空间转录组学数据揭示了具有再生和炎症表型的癌细胞状态，并鉴定了AP-1和NF-κB作为关键调控因子	研究中发现的调控因子和外在信号驱动表型异质性的具体机制仍需进一步验证	揭示结直肠癌转移中表型异质性和可塑性的调控机制	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞多组学、空间转录组学	NA	单细胞多组学数据、空间转录组学数据	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤样本（具体数量未提及）
594	2025-07-25	Single-cell profiling of bone metastasis ecosystems from multiple cancer types reveals convergent and divergent mechanisms of bone colonization 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100888 PMID:40412393	research paper	通过单细胞RNA测序分析多种癌症类型骨转移生态系统的异质性，揭示了骨转移的趋同和趋异机制	首次在多种癌症类型的骨转移中识别出三种不同的生态系统原型，并验证了这些原型与组织来源之间的相关性	样本量相对较小（42例骨转移样本），且未涵盖所有可能的癌症类型	研究骨转移生态系统的异质性及其机制	42例来自8种癌症类型的骨转移样本	digital pathology	multiple cancer types	single-cell RNA sequencing, immunostaining, bulk RNA sequencing/microarray	NA	RNA sequencing data, tissue sections	42例骨转移样本（来自8种癌症类型）和158例骨转移样本（来自超过10种癌症类型）的验证数据
595	2025-07-25	SpaLinker identifies phenotype-associated spatial tumor microenvironment features by integrating bulk and spatial sequencing data 2025-Jul-09, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100893 PMID:40480216	研究论文	介绍了一种名为SpaLinker的创新集成框架，用于通过整合大量和空间测序数据来识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	SpaLinker利用空间转录组学数据在分子、细胞和组织结构水平上解析空间分辨的肿瘤微环境，并通过整合大量RNA测序数据评估空间定义特征的预后意义	由于空间测序样本的临床注释稀缺，定量关联空间分辨特征与临床表型仍具挑战性	提高空间测序技术的临床实用性，识别与表型相关的空间肿瘤微环境特征	肿瘤微环境（TME）	数字病理学	泛癌	空间转录组学（ST）、RNA-seq	NA	空间测序数据、RNA测序数据	多种肿瘤ST数据集
596	2025-07-25	Shared Lineage, Distinct Outcomes: Yap and Taz Loss Differentially Impact Schwann and Olfactory Ensheathing Cell Development Without Disrupting GnRH-1 Migration 2025-Jul-09, Glia IF:5.4Q1 DOI:10.1002/glia.70057 PMID:40631762	research paper	本研究探讨了Yap和Taz缺失对嗅觉鞘细胞（OECs）和施万细胞发育的不同影响，以及对GnRH-1神经元迁移的影响	揭示了Yap和Taz在OEC和施万细胞发育中的不同作用，同时发现GnRH-1神经元迁移不受影响	研究仅基于小鼠模型，人类相关性的验证尚未进行	探究Yap和Taz在神经嵴衍生细胞发育中的作用及其对GnRH-1神经元迁移的影响	小鼠胚胎鼻组织中的OECs、施万细胞和GnRH-1神经元	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	Sox10-Cre小鼠模型	基因表达数据	小鼠胚胎鼻组织
597	2025-07-25	Integrin β1 activity controls colony morphology during human pluripotent stem cell state transitions 2025-Jul-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102538 PMID:40541174	研究论文	研究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞（hiPSC）从初始态到启动态转变过程中对集落形态的影响	揭示了整合素β1在调控多能干细胞状态转变中的新作用，并展示了整合素抑制剂如何帮助在体外精确调控hiPSC的功能和特性	研究仅限于体外实验，未涉及体内环境的影响	探究整合素β1在调控人类诱导多能干细胞状态转变中的作用	人类诱导多能干细胞（hiPSC）	干细胞生物学	NA	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
598	2025-07-25	spRefine Denoises and Imputes Spatial Transcriptomics with a Reference-Free Framework Powered by Genomic Language Model 2025-Jul-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.22.649977 PMID:40631230	研究论文	介绍了一个名为spRefine的深度学习框架，利用基因组语言模型对空间转录组数据进行去噪和插补	spRefine是一个无需参考框架的深度学习模型，能够联合去噪和插补空间转录组数据，并提高数据整合的鲁棒性	未明确提及具体限制	克服空间转录组数据的高噪声和缺失基因测量问题，提高数据质量和分析准确性	空间转录组数据	空间转录组学	NA	基因组语言模型	深度学习框架	空间转录组数据	不同规模的数据集
599	2025-07-25	PROFET Predicts Continuous Gene Expression Dynamics from scRNA-seq Data to Elucidate Heterogeneity of Cancer Treatment Responses 2025-Jul-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.662030 PMID:40631077	研究论文	开发了一个名为PROFET的计算框架，用于从稀疏采样的单细胞RNA测序数据中重建连续的、非线性的单细胞基因表达轨迹	PROFET采用了一种新颖的Lipschitz正则化梯度流方法和神经力匹配技术，首次实现了从静态快照数据中推断连续的单细胞表达轨迹	方法在合成数据上开发，虽然在小鼠和人类数据集上进行了验证，但可能仍需更多真实世界数据的进一步验证	研究旨在解决单细胞RNA测序无法追踪连续基因表达动态变化的问题，并解析癌症治疗反应中的异质性	激素受体阳性乳腺癌细胞对CDK4/6抑制剂palbociclib的治疗反应	计算生物学	乳腺癌	scRNA-seq, 神经力匹配	PROFET框架(基于Lipschitz正则化梯度流和神经力匹配)	单细胞RNA测序数据	合成数据、小鼠和人类数据集(具体数量未明确说明)
600	2025-07-25	HMBOX1 reverses autophagy mediated 5-fluorouracil resistance through promoting HACE1-induced ubiquitination and degradation of ATG5 in colorectal cancer 2025-07, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2025.2477443 PMID:40126194	研究论文	本研究揭示了转录因子HMBOX1通过促进HACE1诱导的ATG5泛素化和降解，逆转自噬介导的5-氟尿嘧啶耐药性，从而增强结直肠癌对化疗的敏感性	首次发现HMBOX1通过调控HACE1介导的ATG5泛素化降解途径抑制自噬，进而逆转5-FU耐药性	研究主要基于体外实验和临床样本分析，缺乏动物模型验证	探索结直肠癌化疗耐药性的分子机制并寻找潜在治疗靶点	结直肠癌细胞及患者组织样本	肿瘤生物学	结直肠癌	RNA测序、单细胞RNA测序、免疫组化、质谱蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质组数据	结直肠癌耐药细胞系及患者组织样本（具体数量未明确说明）