单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
541	2025-06-07	A Dual Approach with Organoid and CRISPR Screening Reveals ERCC6 as a Determinant of Cisplatin Resistance in Osteosarcoma 2025-Jun-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500632 PMID:40476445	研究论文	该研究通过建立患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选，揭示了ERCC6在骨肉瘤顺铂耐药性中的关键作用	首次结合患者来源的骨肉瘤类器官模型和CRISPR筛选技术鉴定ERCC6为顺铂耐药性的关键调控因子	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探究骨肉瘤对顺铂产生耐药性的分子机制	骨肉瘤患者来源的类器官模型和骨肉瘤细胞系	癌症研究	骨肉瘤	单细胞RNA测序、批量RNA测序、CRISPR筛选	类器官模型	RNA测序数据、组织病理学数据	患者来源的骨肉瘤类器官模型和骨肉瘤细胞系
542	2025-06-07	Mapping the immune cells of the testis: Key insights into sexual maturation 2025-Jun-06, Andrology IF:3.2Q1 DOI:10.1111/andr.70077 PMID:40478222	研究论文	通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术，系统描绘了性成熟前后小鼠睾丸免疫细胞图谱和发育轨迹	发现了睾丸中罕见但功能重要的B淋巴细胞群体，揭示了髓系细胞的发育可塑性，并阐明了成熟过程中间质细胞与免疫细胞之间的信号轴	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	系统性描绘性成熟前后睾丸白细胞图谱和发育轨迹	小鼠睾丸免疫细胞	生殖免疫学	NA	scRNA-seq, CyTOF, MACS	NA	单细胞转录组数据	8周龄(性成熟后)和2周龄(性成熟前)小鼠睾丸样本
543	2025-06-07	Between Cluster Analysis: Supervised Dimensionality Reduction for Trajectory Inference 2025-Jun-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf306 PMID:40471707	研究论文	提出了一种名为BCA的监督线性降维技术，用于优化单细胞RNA测序数据的轨迹推断	BCA利用细胞簇标签作为先验信息，计算最大化簇间方差的嵌入，相比其他降维方法（如LDA）能更好地改进轨迹推断	现有常用评估指标仅评估细胞类型的排序，而忽略了中间细胞状态的识别或排序	优化单细胞RNA测序数据的降维和轨迹推断	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	BCA, LDA	基因表达数据	模拟数据和真实数据
544	2025-06-07	Multi-omic spatial profiling reveals the unique SARS-CoV-2 lung microenvironment and collagen VI as a predictive biomarker in severe COVID-19 2025-Jun-05, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.01699-2023 PMID:40473310	研究论文	通过多组学空间分析揭示了SARS-CoV-2肺部微环境的独特性，并发现胶原VI可作为严重COVID-19的预测生物标志物	首次使用多组学方法综合分析了COVID-19肺部组织的病毒分布、免疫组成和细胞外基质，揭示了胶原VI在疾病早期的作用及其作为预后标志物的潜力	研究样本主要来自尸检组织，可能无法完全反映活体患者的动态变化过程	理解COVID-19肺部微环境相互作用和细胞外基质的致病作用	尸检福尔马林固定石蜡包埋的COVID-19肺组织及非呼吸系统死亡对照肺组织	数字病理学	COVID-19	Quantseq Bulk RNA测序、Nanostring GeoMX空间转录组学、RNAscope、多重免疫荧光、免疫组化、ELISA	NA	组织样本、血清样本	215例COVID-19患者血清样本和54例健康志愿者对照
545	2025-06-07	CagA-dependent Hobit+ gastric tissue-resident memory T cells confer full protection from Helicobacter pylori reinfection 2025-Jun-05, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2025-334781 PMID:40473399	research paper	研究探讨了胃组织中Hobit+组织驻留记忆T细胞（TRM）在幽门螺杆菌再感染中的保护作用	首次揭示了Hobit转录因子在胃TRM细胞诱导和发育中的关键作用，并证实这些细胞依赖幽门螺杆菌毒力因子CagA的存在	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	探究幽门螺杆菌初次和二次感染期间胃TRM细胞的诱导、发育和功能	小鼠和人类的胃H. pylori特异性TRM细胞	免疫学	幽门螺杆菌感染	流式细胞术、免疫组织化学、免疫荧光、ChipCytometry染色和单细胞RNA测序	NA	细胞表型数据和转录组数据	NA（未明确提及具体样本数量）
546	2025-06-07	Therapeutic potential of tumor-associated neutrophils: dual role and phenotypic plasticity 2025-Jun-04, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02242-7 PMID:40461514	综述	本文总结了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其表型可塑性，探讨了其抗肿瘤和促肿瘤效应的分子机制及潜在治疗应用	通过单细胞RNA测序分析揭示了TANs在不同类型肿瘤中的起源和亚型，并探讨了TANs与免疫抑制或免疫刺激TME的相互作用及TGF-β等信号通路在TAN表型转换中的作用	NA	探讨肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在肿瘤微环境中的双重作用及其潜在治疗应用	肿瘤相关中性粒细胞（TANs）及其与肿瘤微环境（TME）的相互作用	肿瘤免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
547	2025-06-07	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2025-Jun-03, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	research paper	该研究通过整合高plex成像和空间转录组学技术，分析了人类高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的组织样本，揭示了从癌前病变到癌症的分子变化	揭示了输卵管前体病变中免疫调节机制及肿瘤微环境的渐进性变化，为HGSOC的早期干预提供了潜在生物标志物和治疗靶点	NA	阐明高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）从癌前病变到癌症发展过程中的分子变化	人类输卵管组织样本（包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC）	digital pathology	ovarian cancer	high-plex imaging, spatial transcriptomics	NA	image, transcriptomic data	人类组织样本（具体数量未提及）
548	2025-06-07	Identify the co-expressed genes of hypertensive nephropathy and diabetic nephropathy 2025-Jun-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04679-w PMID:40461634	research paper	本研究探讨了高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）在分子和病理机制上的复杂联系	发现了42个共享的差异表达基因（DEGs），并通过PPI网络分析确定了8个核心基因，同时识别了5个重要的microRNAs、6个关键转录因子（TFs）、11种药物化学物质、7种相关疾病和10个重要的RNA结合蛋白（RBPs），为HN和DN的联合诊断和治疗提供了新的治疗靶点	研究依赖于GEO数据库的样本，可能受到数据来源的限制	研究高血压肾病和糖尿病肾病在分子和病理机制上的联系	高血压肾病（HN）和糖尿病肾病（DN）	生物信息学	肾病	差异分析、GO/KEGG和GSEA分析、PPI网络分析、单细胞测序分析、分子对接模拟	NA	基因表达数据	来自GEO数据库的GSE37460、GSE142153（训练集）和GSE37455、GSE30529（验证集）
549	2025-06-07	Spatiotemporal and single-cell atlases to dissect regional specific cell types of the developing ovary 2025-Jun-03, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08277-4 PMID:40461746	研究论文	结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了从胎儿期到成年期卵巢的时空发育图谱，揭示了卵巢发育过程中的细胞异质性和分子多样性	首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术，构建了卵巢发育的时空图谱，并发现了Onecut2阳性黄体细胞的特异性空间分布及其来源	研究主要关注卵巢发育的细胞和分子层面，可能未涵盖所有生理或病理条件下的卵巢发育过程	解析卵巢发育过程中的区域特异性细胞类型及其分子机制	从胎儿期到成年期的卵巢组织	生物信息学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从胎儿期到成年期的多个卵巢样本
550	2025-06-07	Pericytes in castration-resistant prostate cancer associated with disease progression and immunotherapy response: insights from single-cell analysis 2025-Jun-03, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03838-3 PMID:40462105	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了周细胞在去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的作用及其与肿瘤微环境的相互作用，为免疫治疗提供了新策略	首次在单细胞水平鉴定CRPC特异性周细胞亚群，揭示其促肿瘤和免疫抑制特性，并证明PDGFR抑制剂与抗PD-1疗法的协同效应	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果需进一步验证	探究周细胞在CRPC进展和免疫治疗抵抗中的作用机制	去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的周细胞亚群	digital pathology	prostate cancer	single-cell transcriptomics, immunofluorescence staining, bulk RNA-seq	RM-1皮下肿瘤模型	单细胞转录组数据、免疫荧光图像、RNA-seq数据	多个bulk RNA-seq和微阵列数据集，小鼠肿瘤模型
551	2025-06-07	DeepGFT: identifying spatial domains in spatial transcriptomics of complex and 3D tissue using deep learning and graph Fourier transform 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03631-5 PMID:40462157	research paper	提出了一种名为DeepGFT的新方法，通过结合深度学习和图傅里叶变换来识别空间转录组学中的空间域	DeepGFT方法首次同时建模点对点和基因对基因的关系，用于空间域识别	未明确提及方法的计算复杂度或对特定数据类型的适应性限制	提高空间转录组学中空间域识别的准确性	人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据	digital pathology	breast cancer	spatially resolved transcriptomics (SRT)	deep learning, graph Fourier transform	spatial transcriptomics data	涉及人类乳腺癌、人类淋巴结和3D果蝇数据，具体样本量未明确
552	2025-06-07	PDE3B and HBB are key prognostic biomarkers driving cell proliferation and regulating immune microenvironment in breast cancer 2025-Jun-03, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00470-z PMID:40462176	研究论文	本研究探讨了PDE3B和HBB在乳腺癌中的预后和功能作用，重点关注它们对细胞增殖和免疫微环境调节的贡献	首次将PDE3B和HBB鉴定为乳腺癌的预后标志物，并证实它们在细胞增殖和免疫微环境调节中的关键作用	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探索乳腺癌中新的预后标志物和治疗靶点	乳腺癌细胞和肿瘤微环境	癌症研究	乳腺癌	scRNA-seq, TCGA数据分析, qRT-PCR, IHC, Western blot	LASSO回归, Kaplan-Meier生存分析	RNA测序数据, 临床数据	TCGA数据库中的乳腺癌样本和MDA-MB-231细胞系
553	2025-06-07	Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination 2025-Jun-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03623-5 PMID:40462200	research paper	该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用	首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用	研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制	深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响	转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本	digital pathology	prostate cancer	bulk and single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq data	未明确提及具体样本数量
554	2025-06-07	Potential regulatory mechanism of overexpression of phosphatidylinositol glycan anchor biosynthesis class U on the glycolytic pathway in hepatocellular carcinoma 2025-Jun-03, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2025.149603 PMID:40473062	研究论文	探讨磷脂酰肌醇聚糖锚定生物合成U类(PIGU)在肝细胞癌(HCC)糖酵解中的潜在分子调控机制	首次综合运用多种组学数据和CRISPR敲除技术，揭示了PIGU通过调控糖酵解途径促进HCC发展的新机制	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内动物模型验证	探索PIGU在HCC糖酵解中的调控作用及其分子机制	肝细胞癌(HCC)细胞系(SMMC-7721和Huh7)	肿瘤代谢	肝癌	RNA测序(bulk RNA和scRNA-seq)、CRISPR敲除、免疫组化(IHC)、蛋白质组学	NA	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞数据	3773例HCC样本(bulk RNA)、234例HCC样本(IHC和蛋白质组学)、22861个HCC细胞(scRNA-seq)
555	2025-06-07	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM	通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM	模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降	提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法	ResNet18	全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据	TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列
556	2025-06-07	Multi-omics characterization of oncosis in spinal cord injury 2025-Jun-02, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.106982 PMID:40467009	研究论文	本研究通过多组学方法表征脊髓损伤中的肿胀性坏死（oncosis）过程，揭示了相关基因的表达动态和细胞定位	首次提供了脊髓损伤后肿胀性坏死基因调控的时空图谱，并确定了潜在的治疗靶点	研究主要基于大鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	阐明肿胀性坏死在脊髓损伤中的作用机制	脊髓损伤后的肿胀性坏死相关基因	多组学分析	脊髓损伤	bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序, 空间转录组学, qRT-PCR, 免疫荧光, TEM	大鼠脊髓损伤模型	RNA测序数据, 显微镜图像	五个不同时间点的脊髓损伤样本
557	2025-06-07	Emerging technologies of single-cell multi-omics 2025-Jun-01, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2022.282557 PMID:39911109	review	本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台	强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用	未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性	概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台	造血系统的正常和恶性细胞	分子生物学	NA	单细胞多组学技术	NA	单细胞测序数据	NA
558	2025-06-07	scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data 2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784 PMID:40031269	研究论文	提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析	通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性	NA	解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	单细胞多组学测序技术	深度多视图子空间学习	单细胞多组学数据	多个真实和模拟数据集
559	2025-06-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Jun, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因	研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架	RNA测序数据	未明确说明样本数量
560	2025-06-07	Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression 2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions IF:1.7Q4 PMID:40452200	研究论文	探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验	发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关	未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性	探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用	椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞	生物信息学	椎间盘退变	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化	NA	基因表达数据	NA