单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4061	2025-03-06	scHNTL: single-cell RNA-seq data clustering augmented by high-order neighbors and triplet loss 2025-Feb-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf044 PMID:39878904	研究论文	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类算法scHNTL，通过高阶邻居和三重损失增强聚类效果	scHNTL算法通过构建辅助相似图、使用图注意力自编码器学习细胞初始嵌入，并通过探索相似图的高阶结构和利用对比学习的三重损失来改进嵌入，从而在保持结构信息的同时分离不相似对，提高了聚类的性能	现有方法通常只关注最小化重构损失和保持直接相关细胞的嵌入相似性，而忽略了不相似性，导致聚类性能受限	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图注意力自编码器	单细胞RNA测序数据	16个真实世界数据集
4062	2025-03-06	ANKRD22 participates in the proinflammatory activities of macrophages in the colon cancer tumor microenvironment 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03930-z PMID:39891675	研究论文	本文研究了ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞的促炎活动中的作用	揭示了ANKRD22在调节巨噬细胞功能状态转变中的关键作用，并发现了一种小分子ANKRD22上调剂，可能有助于开发针对TAM重塑的新疗法	ANKRD22在结肠TAMs中的具体作用及其对肿瘤增殖的影响仍需进一步研究	研究ANKRD22在结肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能状态转变中的作用	结肠癌肿瘤微环境中的巨噬细胞	肿瘤免疫学	结肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组学研究、小鼠皮下异种移植实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	结肠癌患者的巨噬细胞样本
4063	2025-03-06	Elevated SAMD3 expression in T cells predicts improved survival in pancreatic ductal adenocarcinoma patients 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-03948-x PMID:39891760	研究论文	本研究探讨了SAMD3在胰腺导管腺癌（PDAC）患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	首次发现SAMD3在T细胞中的高表达与PDAC患者的生存率改善相关，并揭示了其在T细胞功能中的重要作用	研究样本量有限，且需要进一步验证SAMD3作为生物标志物的临床实用性	探讨SAMD3在PDAC患者T细胞中的表达及其与生存率的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）、免疫组织化学（IHC）分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据	人类PDAC样本和OT-I/卵白蛋白（OVA）小鼠模型
4064	2025-03-06	Pre-immunotherapy alters stereotactic ablative radiotherapy-induced systemic T cell responses in early-stage NSCLC 2025-Feb-01, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03935-8 PMID:39891774	研究论文	本文通过单细胞RNA和T细胞受体（TCR）测序，研究了早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者在立体定向消融放疗（SABR）前后，有或没有预先免疫治疗/化疗的情况下，系统性T细胞反应的高分辨率转录组分析	揭示了SABR和免疫治疗之间复杂的相互作用，为NSCLC患者的治疗策略提供了新的见解	样本量较小，仅涉及7名患者	研究SABR和免疫治疗/化疗对NSCLC患者系统性T细胞反应的影响	早期非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序，T细胞受体（TCR）测序	NA	RNA-seq数据	7名早期NSCLC患者
4065	2025-03-06	Jellyfish stings-induced cardiac failure was ameliorated through AAG-mediated glycogen-driven ATP production 2025-Feb, Exploration (Beijing, China) DOI:10.1002/EXP.20230089 PMID:40040825	研究论文	本文研究了水母蜇伤引起的心脏衰竭，并探讨了通过AAG介导的糖原驱动的ATP生产来改善心脏功能	首次揭示了AAG通过糖原驱动的ATP生产改善水母蜇伤引起的心脏衰竭的机制，并提出了CCR5和PGC-1α在这一过程中的作用	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	探讨水母蜇伤引起的心脏衰竭的改善机制	水母蜇伤引起的心脏衰竭患者	生物医学	心脏衰竭	单细胞测序、空间转录技术	NA	RNA测序数据	NA
4066	2025-03-06	Overexpression of ornithine decarboxylase 1 mediates the immune-deserted microenvironment and poor prognosis in diffuse large B-cell lymphoma 2025-Feb, Journal of the National Cancer Center IF:7.6Q1 DOI:10.1016/j.jncc.2024.10.001 PMID:40040873	研究论文	本研究通过大规模数据和机器学习算法识别出具有干细胞样特征的高风险弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）亚组，并探讨了其潜在机制	首次识别出具有干细胞样特征的高风险DLBCL亚组，并揭示了ODC1过表达与免疫荒漠微环境共同塑造这一亚组的机制	研究主要基于数据分析和体外实验，缺乏体内实验验证	推进DLBCL的精确风险分层，揭示ODC1和免疫荒漠微环境在DLBCL中的作用	弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）患者	机器学习	淋巴瘤	转录组分析、基因组分析、单细胞RNA-seq、体外实验	机器学习算法	转录组数据、基因组数据、单细胞RNA-seq数据	2133例DLBCL患者
4067	2025-03-06	TIME-CoExpress: Temporal Trajectory Modeling of Dynamic Gene Co-expression Patterns Using Single-Cell Transcriptomics Data 2025-Jan-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.23.634392 PMID:39896591	研究论文	本文提出了一种基于copula的方法，用于建模单细胞转录组数据中基因共表达的非线性变化	提出了一种新的copula方法，结合数据驱动的平滑函数，能够建模基因共表达的非线性变化，并考虑了单细胞RNA测序数据中的过离散和零膨胀特性	NA	研究单细胞转录组数据中基因共表达模式的时间轨迹建模	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	copula模型	单细胞RNA测序数据	NA
4068	2025-03-06	A regularized Bayesian Dirichlet-multinomial regression model for integrating single-cell-level omics and patient-level clinical study data 2025-Jan-07, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1093/biomtc/ujaf005 PMID:39887052	研究论文	本文提出了一种正则化的贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型，用于整合单细胞水平的组学数据和患者水平的临床研究数据	该模型采用了一种新颖的层次树结构，以在不同细胞类型水平上识别单细胞RNA测序数据与临床数据之间的关系	当前整合单细胞水平组学数据与临床变量的方法不足，本文提出的方法仍需进一步验证和优化	研究单细胞RNA测序数据与患者水平临床数据之间的关系	单细胞RNA测序数据和患者水平临床数据	生物信息学	肺纤维化, COVID-19, 非小细胞肺癌	单细胞RNA测序	贝叶斯狄利克雷-多项式回归模型	单细胞RNA测序数据, 临床数据	涉及三种不同疾病的患者数据
4069	2025-03-06	Matrix glycosaminoglycans and proteoglycans in human cornea organoids and similarities with fetal corneal stages 2025-Jan, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.11.007 PMID:39615587	研究论文	本研究通过诱导多能干细胞（iPSCs）开发了人类角膜类器官（HCOs），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析比较了其与人类胎儿角膜的相似性	首次使用单细胞RNA测序技术比较人类角膜类器官与胎儿角膜的发育阶段相似性，并评估了其成熟度	研究结果基于两种iPSC系生成的HCOs，样本量有限，且HCOs的成熟度仍需进一步优化	评估人类角膜类器官（HCOs）的发育成熟度及其与胎儿角膜的相似性	人类角膜类器官（HCOs）和胎儿角膜	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、免疫组织化学	NA	RNA测序数据、组织切片图像	两种iPSC系生成的HCOs（IMR90.4和NCRM-1）
4070	2025-03-06	Deciphering novel mitochondrial signatures: multi-omics analysis uncovers cross-disease markers and oligodendrocyte pathways in Alzheimer's disease and glioblastoma 2025, Frontiers in aging neuroscience IF:4.1Q2 DOI:10.3389/fnagi.2025.1536142 PMID:40018519	研究论文	本研究通过多组学分析揭示了阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的新型线粒体标志物和少突胶质细胞通路	首次使用10种机器学习算法分析单细胞转录组数据，识别出跨疾病的线粒体相关细胞特异性标志物，并验证了这些标志物在多种细胞类型中的表达和甲基化数据	当前研究缺乏有效代表阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中线粒体动力学的细胞特异性标志物	揭示阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤中的分子机制，特别是涉及线粒体功能障碍的机制	阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者	生物信息学	阿尔茨海默病, 胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 单核RNA测序 (snRNA-seq), DNA甲基化分析	机器学习算法	基因表达数据, 甲基化数据	来自ROSMAP、ADNI、TCGA和CGGA队列的阿尔茨海默病和胶质母细胞瘤患者的单细胞和单核RNA测序数据
4071	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing and spatial transcriptome analysis in bladder cancer: Current status and future perspectives 2025 Jan-Mar, Bladder cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1177/23523735251322017 PMID:40034247	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）在膀胱癌研究中的应用现状及未来展望	整合scRNA-seq和ST技术，深入分析膀胱癌的细胞异质性、基因表达及细胞间相互作用，揭示了肿瘤微环境的作用机制	技术限制和获取难度是未来临床应用需要解决的主要挑战	探讨scRNA-seq和ST在膀胱癌研究中的应用，以揭示肿瘤异质性和微环境的作用机制	膀胱癌	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	NA
4072	2025-03-06	WCSGNet: a graph neural network approach using weighted cell-specific networks for cell-type annotation in scRNA-seq 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1553352 PMID:40034748	研究论文	本文介绍了一种基于图神经网络的算法WCSGNet，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释，利用加权细胞特异性网络来提高分类准确性	WCSGNet首次利用加权细胞特异性网络（WCSNs）来捕捉单个细胞内的独特基因相互作用模式，从而提高了细胞类型分类的准确性	尽管WCSGNet在多种数据集上表现出色，但其在处理不平衡数据集时的优势仍需进一步验证	开发一种新的算法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	图神经网络（GNN）	基因表达数据	多种数据集
4073	2025-03-06	Weighted Gene Coexpression Network Analysis Identifies Neutrophil-Related Molecular Subtypes and Their Clinical Significance in Gastric Cancer 2025, Cancer management and research IF:2.5Q3 DOI:10.2147/CMAR.S500215 PMID:40040634	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和加权基因共表达网络分析，识别了与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型及其临床意义	识别了两种与中性粒细胞相关的胃癌分子亚型，并揭示了三个新的关键基因（VIM、RBMS1和RGS2）与胃癌预后的高度相关性	研究依赖于单细胞RNA测序数据，样本量和数据来源可能限制了结果的普适性	提高胃癌患者的预后，通过更准确的分子分型系统	胃癌患者	生物信息学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、加权基因共表达网络分析（hdWGCNA）	随机生存森林分析	RNA测序数据	NA
4074	2025-03-06	Integrative Analysis of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq Identifies Plasma Cell Related Genes and Constructs a Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S509749 PMID:40040881	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）数据，识别了与肝细胞癌（HCC）发展相关的浆细胞相关基因，并构建了一个预后模型	首次通过整合scRNA-Seq和Bulk RNA-Seq数据，识别出浆细胞作为HCC发展的关键细胞群，并构建了一个基于浆细胞相关基因的八基因预后模型	研究主要依赖于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞实验，缺乏体内实验验证	识别与HCC发展相关的关键细胞群及其机制，并构建预后模型以指导临床治疗	肝细胞癌（HCC）的肿瘤免疫微环境（TIME）	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（Bulk RNA-Seq）	预后模型	RNA测序数据	正常组织和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据，内部和外部数据集
4075	2025-03-06	Single-cell RNA sequencing reveals the impaired epidermal differentiation and pathological microenvironment in diabetic foot ulcer 2025, Burns & trauma IF:6.3Q1 DOI:10.1093/burnst/tkae065 PMID:40040959	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	首次在单细胞水平上全面分析了DFU中表皮分化受损的潜在机制，并识别了两种可能在表皮稳态受损中起关键作用的角质形成细胞亚型	研究样本量有限，且未进行长期随访以验证治疗靶点的有效性	探索糖尿病足溃疡（DFU）中表皮分化受损和病理微环境的潜在机制	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、激光捕获显微镜结合RNA测序（LCM-seq）、多重免疫组化	NA	RNA测序数据、图像数据	人类正常皮肤、急性伤口和DFU组织样本
4076	2025-03-06	Identification of cancer-associated fibroblast signature genes for prognostic prediction in colorectal cancer 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1476092 PMID:40041860	研究论文	本研究旨在鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出与CAFs相关的差异表达基因，并建立了一个高精度的预后预测模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到数据质量和样本选择的限制	鉴定与结直肠癌相关的成纤维细胞特征基因，并建立用于预后预测的CAFs风险模型	结直肠癌患者	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq），qRT-PCR	LASSO算法	RNA测序数据	来自GEO和TCGA数据库的结直肠癌样本
4077	2025-03-06	ETV2 transcriptionally activates Rig1 gene expression and promotes reprogramming of the endothelial lineage 2024-11-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-78115-w PMID:39562637	研究论文	本研究探讨了ETV2-RIG1级联在ETV2介导的细胞重编程中的作用，揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	首次揭示了ETV2通过直接激活RIG1基因表达来促进成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	研究主要基于小鼠胚胎成纤维细胞，尚未在人类细胞中进行验证	探讨ETV2介导的成纤维细胞向内皮细胞重编程的分子机制	小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）	细胞生物学	缺血性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）、电泳迁移率变动分析（EMSA）	NA	基因表达数据	小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）
4078	2025-03-06	Single-Cell Profiling Uncovers Evolutionary Divergence of Hypocretin/Orexin Neuronal Subpopulations 2024-Sep-04, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience DOI:10.1523/JNEUROSCI.0095-24.2024 PMID:39122556	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了斑马鱼下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	首次在斑马鱼中通过单细胞RNA测序和高分辨率成像技术，揭示了Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	研究主要集中于斑马鱼和小鼠，未涉及其他脊椎动物，可能限制了结果的普适性	揭示下丘脑中Hcrt神经元的亚群功能异质性及其在进化中的保守与分歧	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），高分辨率成像	NA	RNA测序数据，成像数据	成年雄性和雌性斑马鱼下丘脑室周区的神经元
4079	2025-03-06	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	研究论文	本文通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明了调控血管平滑肌细胞（VSMC）增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制，以寻找血管疾病的潜在治疗靶点	血管平滑肌细胞（VSMC）	生物信息学	心血管疾病	单细胞转录组学，表观遗传分析	基因调控网络	基因表达数据，表观遗传数据	NA
4080	2025-03-06	Construction and validation of a novel NAD+ metabolism-related risk model for prognostic prediction in osteosarcoma 2024-05, Journal of orthopaedic research : official publication of the Orthopaedic Research Society IF:2.1Q2 DOI:10.1002/jor.25757 PMID:38047487	研究论文	本研究构建并验证了一个与NAD+代谢相关的新型风险模型，用于骨肉瘤的预后预测	通过结合生物信息学分析和体外实验验证，首次揭示了NAD代谢相关基因在骨肉瘤肿瘤免疫微环境中的作用及其对预后的影响	研究主要依赖于公开数据库的数据，且体外实验的样本量可能有限	探讨NAD代谢相关基因与骨肉瘤肿瘤免疫微环境、免疫治疗反应及预后的关联	骨肉瘤患者	生物信息学	骨肉瘤	Cox分析、共识聚类、主成分分析、t-SNE、UMAP、基因集富集分析、基因集变异分析、Lasso分析、生存和ROC曲线、Nomogram、免疫相关分析、药物敏感性分析、单细胞RNA测序分析	风险模型和Nomogram	基因表达数据	从TARGET和GEO数据库获取的骨肉瘤数据