单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
4041	2025-03-07	Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer 2025-Mar-06, Endocrine IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s12020-025-04205-y PMID:40048012	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法揭示了甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并识别出ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用	首次使用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在肿瘤侵袭和血管生成中的核心作用	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系	甲状腺乳头状癌（PTC）	生物信息学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4042	2025-03-06	EPAS1 induction drives myocardial degeneration in desmoplakin-cardiomyopathy 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111895 PMID:40034852	研究论文	本文通过空间转录组学分析，揭示了EPAS1在DSP心肌病中的心肌退化调控作用	首次发现EPAS1在DSP心肌病中作为线粒体稳态的潜在调节因子，并揭示了其在心肌细胞中的功能异常	研究样本量有限，仅基于一名患者的移植心脏和少量遗传性心肌病患者的移植心脏	探究DSP心肌病中心肌退化的分子机制	携带致病性DSP基因变异的心肌细胞	分子生物学	心肌病	空间转录组学	NA	基因表达数据	一名DSP心肌病患者的移植心脏及少量遗传性心肌病患者的移植心脏
4043	2025-03-06	A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro 2025-Mar-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.111744 PMID:40040808	研究论文	本文介绍了一种微流控平台，通过体外应用相反的形态发生素梯度来实现人类内胚层的前后模式化	使用微流控设备在体外应用相反的形态发生素梯度，成功实现了人类内胚层细胞的空间模式化	该研究依赖于体外实验，可能无法完全模拟体内复杂的发育环境	研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，特别是人类内胚层的前后模式化	人类多能干细胞（hPSC）衍生的内胚层细胞	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	NA
4044	2025-03-06	Mathematical Modeling Predicts Optimal Immune Checkpoint Inhibitor and Radiotherapy Combinations and Timing of Administration 2025-Mar-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-24-0610 PMID:39666379	研究论文	本文通过数学建模预测了免疫检查点抑制剂与放疗的最佳组合及给药时间	首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析揭示了放疗期间淋巴细胞介导的分子相互作用动态变化，并构建了数学模型预测不同时间点给药的效果	研究仅基于食管癌患者的组织样本，结果可能不适用于其他类型癌症	探索放疗与免疫检查点抑制剂联合治疗的最佳给药时间点和药物组合	食管癌患者的组织样本	数字病理	食管癌	单细胞RNA测序, 空间转录组分析	数学模型	RNA测序数据, 空间转录组数据	食管癌患者的组织样本
4045	2025-03-06	CD36 Promotes Iron Accumulation and Dysfunction in CD8+ T Cells via the p38-CEBPB-TfR1 Axis in Early-stage Hepatocellular Carcinoma 2025-Mar-04, Clinical and molecular hepatology IF:14.0Q1 DOI:10.3350/cmh.2024.0948 PMID:40037690	研究论文	本文揭示了CD36通过p38-CEBPB-TfR1轴在早期肝细胞癌中促进CD8+ T细胞铁积累和功能障碍的机制	发现了CD36通过调控铁摄取蛋白TfR1的表达，导致CD8+ T细胞功能障碍的新机制，并提出了通过激活NRF2来恢复T细胞功能的潜在治疗方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究	探索早期肝细胞癌中CD8+ T细胞功能障碍的机制	早期肝细胞癌中的CD8+ T细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，流式细胞术	小鼠HCC模型	RNA测序数据，流式细胞数据	小鼠和人类早期肝细胞癌样本
4046	2025-03-06	Single-cell Atlas of Developing Mouse Palates Reveals Cellular and Molecular Transitions in Periderm Cell Fate 2025-Mar-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf013 PMID:40037804	研究论文	本研究通过单细胞转录组学探索了小鼠腭部发育过程中的细胞和分子转变，特别是关于periderm细胞的亚群和发育轨迹	揭示了periderm细胞在腭部发育中的四个亚群及其细胞命运的两条不同轨迹，并发现了claudin家族基因和Arhgap29在腭板接触前的非粘附功能，以及Pitx2在腭板接触时的粘附作用	研究局限于小鼠模型，未涉及人类样本	理解腭部发育过程中的细胞和分子机制，特别是periderm细胞的命运决定	小鼠胚胎腭部发育过程中的细胞	单细胞转录组学	腭裂	单细胞转录组测序	NA	单细胞转录组数据	小鼠胚胎从E10.5到E16.5的腭部样本
4047	2025-03-06	spatialGE Is a User-Friendly Web Application That Facilitates Spatial Transcriptomics Data Analysis 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2346 PMID:39636739	研究论文	本文介绍了spatialGE，一个用户友好的网络应用程序，旨在简化空间转录组学数据分析	开发了一个无需编程技能即可进行空间转录组学数据分析的网络应用程序，支持多种分析流程和技术	未明确提及具体的技术限制或应用范围限制	简化空间转录组学数据分析，使其对更广泛的科研人员可用	空间转录组学数据	生物信息学	黑色素瘤转移和默克尔细胞癌	空间转录组学技术（如10× Visium和NanoString CosMx）	NA	空间转录组学数据	两个数据集：黑色素瘤转移的10× Visium样本和默克尔细胞癌的NanoString CosMx视野样本
4048	2025-03-06	Spatiotemporal Profiling Defines Persistence and Resistance Dynamics during Targeted Treatment of Melanoma 2025-Mar-03, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0690 PMID:39700408	研究论文	本研究通过空间转录组学在患者来源的异种移植模型中捕捉了治疗期间的克隆谱系演化，揭示了BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态	利用空间转录组学和深度学习技术，结合转录组学和组织学数据，识别了表型不同的细胞群体，并揭示了治疗期间状态变化和谱系选择的时空分辨率	研究主要依赖于患者来源的异种移植模型，可能无法完全反映人类肿瘤的复杂性	理解BRAF突变黑色素瘤在靶向治疗中的持久性和耐药性动态，以识别防止治疗失败的策略	BRAF突变黑色素瘤	数字病理学	黑色素瘤	空间转录组学, 深度学习	深度学习模型	转录组数据, 组织学图像	患者来源的异种移植模型
4049	2025-03-06	Single cell transcriptomic analysis reveals tumor immune infiltration by macrophage cells gene signature in lung adenocarcinoma 2025-Mar-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01834-7 PMID:40029500	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肺腺癌中肿瘤相关巨噬细胞的基因特征及其在肿瘤免疫浸润中的作用	利用单细胞RNA测序数据构建了一个新的肿瘤相关巨噬细胞基因特征（TGS）评分，用于预测肺腺癌患者的预后和免疫反应	研究样本量相对较小，仅包括19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本	识别肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）相关的生物标志物，并探讨巨噬细胞浸润在肺腺癌中的意义	肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO Cox回归	RNA测序数据	19名肺腺癌患者的29个单细胞RNA测序样本
4050	2025-03-06	Single-cell technology grows up: Leveraging high-resolution omics approaches to understand neurodevelopmental disorders 2025-Mar-03, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2025.102990 PMID:40036988	review	本文探讨了利用单细胞和单核基因组技术创建高分辨率脑细胞图谱，以系统定义神经发育障碍（NDD）的病因	结合突变模型和基因组学方法，在细胞分辨率上系统定义NDD的病因，并应用单细胞和空间转录组学技术研究发育轨迹、细胞组成、电路活动和连接性	需要大规模实施这些方法以最大化洞察力并促进可重复性	理解神经发育障碍的病因，并在分子、细胞和电路水平上识别NDD之间的共同点	神经发育障碍（NDD）基因突变模型和人类组织	基因组学	神经发育障碍	单细胞和单核基因组技术、空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	NA
4051	2025-03-06	Cancer-associated fibroblast-derived MMP11 promotes tumor progression in pancreatic cancer 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16418 PMID:39639765	研究论文	本研究探讨了基质金属蛋白酶11（MMP11）在胰腺导管腺癌（PDAC）中的表达模式及其作用，揭示了MMP11在癌症相关成纤维细胞（CAFs）中的主要表达及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了MMP11在PDAC中的表达模式及其通过PI3K/AKT途径促进肿瘤侵袭的机制，明确了CAF与癌细胞之间的TGF-β1和MMP11介导的相互作用	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探讨MMP11在PDAC中的表达模式及其在肿瘤进展中的作用	胰腺导管腺癌（PDAC）组织和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	癌症生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、共免疫荧光染色	NA	基因表达数据、免疫荧光图像	PDAC组织和CAFs细胞系（AsPC-1和BxPC-3）
4052	2025-03-06	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Tumor Heterogeneity and Immunosuppressive Microenvironment in Urothelial Carcinoma 2025-Mar, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.16436 PMID:39726326	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了尿路上皮癌（UC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境	发现了具有上皮-间质转化（EMT）和癌症干细胞（CSC）特征的罕见上皮细胞亚型EP9，并揭示了不同UC亚型中ACKR1+内皮细胞、炎症性癌症相关成纤维细胞（iCAFs）、ESM1+内皮细胞、CD8+效应T细胞、Tregs、C1QC+巨噬细胞和LAMP3+树突状细胞的分布差异	样本量较小，仅涉及13名患者	研究尿路上皮癌的细胞异质性和微环境组成，以指导新疗法的开发	尿路上皮癌患者（膀胱、输尿管、肾盂）	数字病理学	尿路上皮癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	13名患者（4名膀胱UC，5名输尿管UC，4名肾盂UC）
4053	2025-03-06	Unveiling tumor-infiltrating immune cell-driven immune-mediated drug resistance in clear cell renal cell carcinoma: prognostic insights and therapeutic strategies 2025-Mar-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-01890-z PMID:40025304	研究论文	本研究探讨了肿瘤浸润免疫细胞（TIICs）在透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的预后和治疗意义，旨在揭示药物抵抗的分子基础及潜在对策	通过整合转录组和单细胞RNA测序数据，构建了基于TIIC的预后模型，并验证了其在预测患者结果方面的优越性	研究依赖于现有数据集，可能受到样本量和数据质量的限制	揭示ccRCC中TIICs在药物抵抗中的作用，并开发针对肿瘤微环境的精准治疗策略	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）患者	数字病理学	肾癌	转录组分析，单细胞RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	多个队列的转录组和单细胞RNA测序数据
4054	2025-03-06	Association between cancer-associated fibroblasts and prognosis of neoadjuvant chemoradiotherapy in esophageal squamous cell carcinoma: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing 2025-Mar-01, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03709-x PMID:40025479	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了新辅助放化疗（NCRT）对食管鳞状细胞癌（ESCC）微环境的影响，并构建了预后模型	首次系统性地描述了NCRT后ESCC微环境中肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的亚型及其与预后的关系，并构建了基于myCAFs标志基因的预后模型	需要进一步的研究来验证这些发现并探索其临床意义	探讨新辅助放化疗对食管鳞状细胞癌微环境的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者	生物信息学	食管癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
4055	2025-03-06	Identification and multi-omics analysis of essential coding and long non-coding genes in colorectal cancer 2025-Mar, Biochemistry and biophysics reports IF:2.3Q3 DOI:10.1016/j.bbrep.2025.101938 PMID:40034256	研究论文	本文通过整合CRISPR/Cas9基因筛选和单细胞RNA测序数据，识别了结直肠癌中的关键编码基因和长非编码基因，并进行了多组学分析	首次在单细胞水平上识别结直肠癌中的关键基因，并揭示了这些基因对肿瘤微环境的影响	研究主要基于细胞系和组织样本，未涉及临床患者数据的验证	识别结直肠癌中的关键基因并探索其作为治疗靶点的潜力	结直肠癌细胞系和组织样本	数字病理学	结直肠癌	CRISPR/Cas9基因筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Hypergeometric Test (HT)、Personalized PageRank (PPR)	基因表达数据、DNA突变数据、DNA甲基化数据	8个全基因组CRISPR功能缺失筛选数据集和结直肠癌组织的单细胞RNA测序数据
4056	2025-03-06	Single-cell analyses reveal metastasis mechanism and microenvironment remodeling of lymph node in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Mar, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2024.101275 PMID:40041119	研究论文	本研究通过单细胞和多组学分析，系统探索了肝内胆管癌（iCCA）淋巴结转移（LNM）相关微环境的异质性，并验证了转移相关细胞亚群	首次通过单细胞转录组学分析揭示了iCCA淋巴结转移的独特生态系统，并识别了CD36+巨噬细胞和SAA1+肿瘤细胞在转移过程中的关键作用	样本量较小，仅分析了4名患者的单细胞转录组数据，可能限制了结果的普适性	探索iCCA淋巴结转移的微环境异质性及其机制	肝内胆管癌（iCCA）患者的原发肿瘤、癌旁肝组织和肿瘤引流淋巴结	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序、多重免疫组化、差异基因表达分析、功能富集分析、单细胞拷贝数变异评估、伪时间分析	NA	单细胞转录组数据、组织切片	4名患者的单细胞转录组数据，81份肿瘤及匹配的淋巴结组织切片
4057	2025-03-06	Investigating Gene Expression Noise Reduction by MicroRNAs and MiRISC Reinforcement by Self-Feedback Regulation of mRNA Degradation 2025-Feb-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637731 PMID:39990448	研究论文	本文通过数学建模和单细胞RNA测序数据分析，研究了miRNA介导的基因表达噪声减少机制，特别是通过自我反馈调节mRNA降解的miRISC增强作用	首次报告了同时进行的mRNA降解和表达噪声分析，以及通过自我反馈控制mRNA降解的噪声减少	NA	研究miRNA介导的基因表达噪声减少机制	miRNA诱导的沉默复合体（miRISC）及其自我反馈调节机制	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学建模	RNA测序数据	NA
4058	2025-03-06	Diffusion-based generation of gene regulatory networks from scRNA-seq data with DigNet 2025-Feb-14, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279551.124 PMID:39694856	研究论文	本文提出了一种名为DigNet的离散扩散生成模型，用于从高通量单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据生成基因调控网络（GRN）	DigNet通过多步恢复过程和马尔可夫性质嵌入网络生成过程，确保全局网络结构和调控模块之间的兼容性，并通过iMetacell集成和非欧几里得离散空间建模，对scRNA-seq数据中的噪声和GRN的稀疏性具有鲁棒性	未明确提及具体局限性	从scRNA-seq数据中逆向工程生成细胞特异性基因调控网络（GRN）	基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	离散扩散生成模型（DigNet）	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
4059	2025-03-06	The retinoic acid family-like nuclear receptor SmRAR identified by single-cell transcriptomics of ovarian cells controls oocyte differentiation in Schistosoma mansoni 2025-Feb-08, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae1228 PMID:39676663	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术研究了曼氏血吸虫卵巢细胞中的基因表达，特别是与卵母细胞分化相关的基因	首次在曼氏血吸虫中鉴定了视黄酸受体家族转录因子SmRAR，并揭示了其在卵母细胞分化中的关键作用	研究局限于曼氏血吸虫，未涉及其他寄生虫或扁形动物	研究曼氏血吸虫卵巢发育和卵母细胞分化的分子机制	曼氏血吸虫的卵巢细胞和卵母细胞	单细胞转录组学	血吸虫病	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA测序数据	1967个卵母细胞，表达7872个基因
4060	2025-03-06	Somatic mutations distinguish melanocyte subpopulations in human skin 2025-Feb-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.07.637114 PMID:39975212	研究论文	本文通过深度表型分析，研究了人类皮肤中单个黑色素细胞的克隆扩展，揭示了不同突变负担的黑色素细胞亚群的基因表达谱和形态特征	发现了在阳光损伤皮肤中保持低突变负担的黑色素细胞亚群，并揭示了这些细胞的空间分布和迁移模式	样本量相对较小，仅涉及31名捐赠者的297个黑色素细胞	了解黑色素细胞的稳态机制	人类皮肤中的黑色素细胞	数字病理学	NA	单细胞空间转录组学（10X Xenium）	NA	基因表达谱、形态特征	31名捐赠者的297个黑色素细胞