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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 4061 | 2026-02-05 |
Adiponectin receptor T-cadherin emerges as a novel regulator of adipose stem cell quiescence and adipogenesis
2025, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2025.1734183
PMID:41624791
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq分析揭示了T-cadherin在脂肪干细胞静息和脂肪生成中的调控作用 | 首次将T-cadherin鉴定为脂肪干细胞中一个具有干细胞特性的独特亚群的调控因子,并阐明其通过DPP4维持干细胞状态的新机制 | 研究主要基于体外实验,未在体内模型中验证T-cadherin的功能;样本来源仅限于人类皮下脂肪组织 | 探究脂肪组织细胞和间充质干细胞的异质性,特别是T-cadherin在脂肪干细胞静息和脂肪生成中的调控作用 | 人类皮下脂肪组织来源的间充质干细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA-seq, 慢病毒转导, 长期活细胞成像, 脂肪生成分化实验 | NA | 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 | 未明确样本数量的人类皮下脂肪组织来源MSCs | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4062 | 2026-02-05 |
Commentary: Analysis of head and neck cancer scRNA-seq data identified PRDM6 promotes tumor progression by modulating immune gene expression
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1697007
PMID:41624841
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4063 | 2026-02-05 |
Unveiling the IL-1β/CXCL2 axis: a shared therapeutic target in periodontitis and inflammatory bowel disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1728773
PMID:41624856
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研究论文 | 本研究通过整合牙周炎和炎症性肠病的转录组数据,揭示了IL-1β/CXCL2轴作为两种疾病共有的炎症治疗靶点 | 首次整合牙周炎和炎症性肠病的批量与单细胞RNA-seq数据,识别出跨疾病的髓系细胞为中心的IL-1β/趋化因子炎症程序,并验证了IL-1β-CXCL2通路作为潜在治疗靶点 | 功能阻断研究尚未进行,需要进一步实验验证治疗因果关系 | 揭示牙周炎与炎症性肠病之间共享的细胞和分子机制,以寻找共同的治疗靶点 | 牙周炎患者和炎症性肠病患者的转录组数据,以及双炎症啮齿动物模型 | 生物信息学 | 牙周炎和炎症性肠病 | 单细胞RNA-seq, 批量转录组分析, 免疫组织化学 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA-seq数据, 图像数据 | 两个牙周炎队列(GSE16134和GSE10334),18个炎症性肠病样本的51,322个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 4064 | 2026-02-05 |
Commentary: Lactylation-related gene AKR1A1 contributes to osteoporosis via metabolic-immune regulation: evidence from multi-omics integration, single-cell transcriptomics, and in vitro validation
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1752400
PMID:41624851
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 4065 | 2026-02-05 |
Decoding thymic development: a single-cell atlas of tree shrew immunity
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1689906
PMID:41624883
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了树鼩出生后胸腺发育的全面细胞图谱,揭示了其免疫系统在物种间的保守性与特异性 | 首次通过单细胞RNA测序构建树鼩胸腺发育的细胞图谱,并识别出如ZNF683基因在CD8aa细胞发育后期表达等物种特异性变异 | 研究主要关注胸腺细胞,可能未全面覆盖树鼩整个免疫系统的复杂性;样本年龄范围可能限制了对发育全阶段的理解 | 解析树鼩作为临床前哺乳动物模型的免疫系统,特别是胸腺发育过程 | 树鼩的出生后胸腺细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及年轻和年老树鼩的胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4066 | 2026-02-05 |
Imaging spatial transcriptomics reveals molecular patterns of vulnerability to pathology in a transgenic α-synucleinopathy model
2024-Dec-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.31.606032
PMID:39372781
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研究论文 | 本研究利用成像空间转录组学技术,结合免疫荧光分析,在转基因α-突触核蛋白病小鼠模型中揭示了特定神经元亚型对病理的易感性及其分子机制 | 首次将成像空间转录组学与下游免疫荧光技术结合,在同一组织切片中识别出易受α-突触核蛋白磷酸化病理影响的神经元亚型,并揭示了相关转录调控机制 | 研究基于转基因小鼠模型,可能无法完全模拟人类疾病的所有特征,且样本量未明确说明 | 探究帕金森病和路易体痴呆中α-突触核蛋白病理选择性易感性的分子基础 | 转基因过表达人类α-突触核蛋白的小鼠模型中的皮层和海马神经元 | 数字病理学 | 帕金森病 | 成像空间转录组学,免疫荧光 | NA | 空间转录组数据,图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 4067 | 2026-02-05 |
Machine learning identifies activation of RUNX/AP-1 as drivers of mesenchymal and fibrotic regulatory programs in gastric cancer
2024-06-25, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.278565.123
PMID:38777607
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研究论文 | 本研究利用ATAC-seq和RNA-seq数据,通过机器学习方法识别了胃癌中驱动间质和纤维化调控程序的关键转录因子,特别是RUNX/AP-1的激活 | 开发了一种基于ATAC-seq数据的机器学习方法,首次系统性地确定了胃癌中间质和上皮状态的转录因子驱动者,并揭示了拷贝数变异如何影响这些转录因子的失调 | NA | 探究胃癌中间质表型的调控机制,识别驱动胃癌异质性和进展的关键转录因子 | 胃癌细胞系和原发性肿瘤样本 | 机器学习 | 胃癌 | ATAC-seq, RNA-seq | 机器学习方法 | 基因组和转录组数据 | NA | NA | ATAC-seq, RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4068 | 2026-02-05 |
ScSNViz: a user-friendly toolset for visualization and analysis of Cell-Specific Expressed SNVs
2024-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.31.596816
PMID:38895293
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scSNViz的R语言工具集,用于可视化和分析单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异 | scSNViz是首个提供3D sceSNV可视化功能、兼容主流scRNA-seq处理工具(如Seurat、SingleR、scType)并支持轨迹推断(如Slingshot)的综合性工具集,填补了单细胞水平遗传变异分析工具的空缺 | 工具依赖于R环境,可能对非编程用户有一定学习曲线,且未提及处理大规模数据时的性能优化 | 开发一个用户友好的工具集,以可视化和分析单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异,促进对细胞异质性、克隆进化和基因表达调控的理解 | 单细胞RNA测序数据中的细胞特异性表达单核苷酸变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4069 | 2026-02-05 |
β-cell Jagged1 is sufficient but not necessary for islet Notch activity and insulin secretory defects in obese mice
2024-Mar, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101894
PMID:38311286
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研究论文 | 本研究探讨了Jagged1在肥胖小鼠胰岛Notch信号通路中的作用及其对胰岛素分泌缺陷的影响 | 首次通过单细胞RNA测序和遗传学模型,揭示了β细胞Jagged1在肥胖诱导的Notch信号激活中的充分性而非必要性 | 遗传功能丧失实验表明β细胞可能不是Jagged1信号的主要来源,限制了靶向β细胞Jagged1的治疗潜力 | 研究肥胖小鼠中β细胞Jagged1表达是否决定Notch信号异常及胰岛素分泌缺陷 | 高脂饮食或瘦素受体缺陷小鼠、2型糖尿病患者胰岛、诱导性β细胞特异性Jagged1转基因和功能缺失小鼠 | 糖尿病研究 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序、葡萄糖耐量测试、葡萄糖刺激胰岛素分泌测定 | 转基因小鼠模型、功能缺失模型 | 基因表达数据、生理功能数据 | 未明确样本数量,但涉及多种小鼠模型和人类胰岛样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4070 | 2026-02-05 |
Spatially distinct molecular patterns of gene expression in idiopathic pulmonary fibrosis
2023-Nov-17, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-023-02572-6
PMID:37978501
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术,揭示了特发性肺纤维化(IPF)肺部不同病理区域(如正常外观肺实质、过渡区和致密纤维化区)在基因表达上的空间特异性分子模式 | 首次在IPF中应用空间转录组学平台(GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling)对FFPE组织进行高分辨率空间分析,比较了不同病理区域的转录组差异,并发现了组织学正常外观区域已存在显著的转录组改变 | 研究样本量相对有限(32例IPF和12例对照),且为横断面研究,无法确定观察到的转录组变化与疾病进展的因果关系 | 阐明IPF肺部不同病理区域之间的转录组差异,以理解纤维化肺病的分布和程度,并识别潜在的治疗靶点 | 特发性肺纤维化(IPF)患者和对照者的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)肺组织样本 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 32例IPF患者和12例对照者,共鉴定出231个感兴趣区域(ROIs) | Nanostring | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiling | GeoMx Nanostring Digital Spatial Profiling平台,用于FFPE组织的空间转录组分析 |
| 4071 | 2026-02-05 |
Transfer learning in a biomaterial fibrosis model identifies in vivo senescence heterogeneity and contributions to vascularization and matrix production across species and diverse pathologies
2023-08, GeroScience
IF:5.3Q1
DOI:10.1007/s11357-023-00785-7
PMID:37079217
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研究论文 | 本研究通过生物材料纤维化模型开发了体内衰老特征,并利用迁移学习识别了跨物种和多种病理中的衰老细胞异质性及其在血管化和基质生产中的作用 | 开发了体内来源的衰老特征(SenSig),并应用迁移学习在多种病理的单细胞RNA测序数据中识别衰老细胞,揭示了IL34-CSF1R-TGFβR信号轴介导的衰老细胞与髓系细胞间的串扰 | NA | 识别体内衰老细胞的表型异质性及其在组织修复和病理过程中的作用 | 小鼠和人类单细胞RNA测序数据集,涵盖多种病理状态 | 数字病理学 | 组织纤维化 | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 迁移学习 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4072 | 2026-02-05 |
Identifying strengths and weaknesses of methods for computational network inference from single-cell RNA-seq data
2023-03-09, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkad004
PMID:36626328
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研究论文 | 本研究对11种单细胞RNA测序数据计算网络推断方法进行了扩展性基准测试,评估其在人类、小鼠和酵母数据集上的性能 | 首次在多个scRNA-seq数据集上系统比较了11种网络推断方法,并评估了先验知识、转录因子活性估计及数据插补对推断准确性的影响 | 黄金标准网络和评估指标存在局限性,且方法性能仍有提升空间 | 评估单细胞RNA测序数据中转录基因调控网络推断方法的性能 | 人类、小鼠和酵母的单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 多种网络推断方法(如SCENIC, PIDC, MERLIN, Correlation, Inferelator) | 单细胞RNA测序数据 | 七个已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4073 | 2026-02-04 |
ARX mutation-associated interneuron defects provide insights into mechanisms underlying developmental epilepsies
2026-Feb-03, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awag036
PMID:41630162
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研究论文 | 本研究通过小鼠模型和单细胞RNA测序技术,探讨了ARX基因突变如何导致皮质中间神经元缺陷,进而引发发育性癫痫等神经发育障碍 | 揭示了ARX通过调控LMO1基因来调节皮质中间神经元的迁移和数量,为ARX相关神经发育障碍的病理机制提供了新见解 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本仅涉及一例患者,样本量有限,且机制验证仍需进一步扩展 | 阐明ARX基因在皮质中间神经元发育和迁移中的作用及其与癫痫表型的关系 | ARX条件性突变小鼠模型和一名携带ARX致病性变异的发育性癫痫性脑病患者 | 神经科学 | 发育性癫痫 | 单细胞RNA测序, 染色质免疫沉淀测序 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 染色质结合数据 | 多个小鼠品系和一例人类患者 | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 4074 | 2026-02-04 |
Single-cell analysis reveals that MXRA8 affected the progression of breast cancer via regulating ferroptosis
2026-Feb-02, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-026-04175-9
PMID:41629963
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了MXRA8通过调控铁死亡影响乳腺癌进展的关键作用 | 首次在单细胞水平上识别出乳腺癌中对铁死亡最敏感的肿瘤亚群,并发现MXRA8作为调控铁死亡的关键基因 | 研究样本量有限(26例患者),且主要基于生物信息学分析,实验验证部分相对较少 | 探究乳腺癌细胞对铁死亡的异质性反应及其调控机制,为开发新的治疗策略提供依据 | 乳腺癌患者(26例)的单细胞RNA-seq数据及体外培养的癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA-seq, NMF算法, GSEA富集分析, 伪时序分析, CellChat分析 | NMF(非负矩阵分解) | 单细胞RNA-seq数据 | 26例乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4075 | 2026-02-04 |
Super-Enhancer-Driven TCF4 Orchestrates Neuroblastoma Metastasis by Sphingolipid-Dependent Membrane Remodeling and ITGB1-FAK Activation
2026-Feb-02, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noag021
PMID:41630015
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研究论文 | 本研究揭示了超级增强子驱动的转录因子TCF4通过调控神经母细胞瘤的转移过程,并提出了潜在的治疗靶点 | 首次阐明了超级增强子介导的TCF4在神经母细胞瘤转移中的关键作用,并发现其通过鞘脂代谢途径影响细胞膜重塑和FAK信号激活 | 研究主要基于细胞和动物模型,临床转化效果需进一步验证 | 鉴定参与神经母细胞瘤转移的超级增强子驱动转录因子并探索潜在靶向药物 | 神经母细胞瘤细胞及患者样本 | NA | 神经母细胞瘤 | H3K27ac ChIP-seq, scRNA-seq, CUT&Tag, 转录组测序 | NA | 基因组测序数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 4076 | 2026-02-04 |
Identification of a potential relationship between pigmented villonodular synovitis and atherosclerosis using comprehensive bioinformatics analyses
2026-Feb-02, Biomarkers : biochemical indicators of exposure, response, and susceptibility to chemicals
IF:2.0Q4
DOI:10.1080/1354750X.2026.2625237
PMID:41630435
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研究论文 | 本研究通过生物信息学方法探讨色素沉着绒毛结节性滑膜炎(PVNS)与动脉粥样硬化(AS)之间的潜在关系,并识别关键候选基因CSF2RB | 首次将PVNS与AS的发病机制联系起来,利用综合生物信息学分析(包括PPI网络、机器学习、免疫浸润和单细胞RNA-seq)识别CSF2RB作为关键候选基因 | 研究基于公共数据集(GSE3698、GSE28829、GSE100927、GSE155527),样本来源和实验条件可能受限,且免疫浸润和scRNA-seq分析需要进一步实验验证 | 探究PVNS的发病机制,并识别其与AS共享的潜在生物标志物和治疗靶点 | 色素沉着绒毛结节性滑膜炎(PVNS)和动脉粥样硬化(AS)的基因表达数据及免疫细胞 | 生物信息学 | 色素沉着绒毛结节性滑膜炎和动脉粥样硬化 | 生物信息学分析、免疫组织化学、单细胞RNA-seq | 机器学习 | 基因表达数据(微阵列和scRNA-seq) | 基于多个公共数据集(GSE3698、GSE28829、GSE100927、GSE155527),具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4077 | 2026-02-04 |
High-Resolution Laser Microdissection to Investigate Transcriptional States in Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Samples
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5154-4_5
PMID:41629710
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研究论文 | 本文介绍了一种结合激光显微切割与RNA测序的高分辨率方法,用于分析福尔马林固定石蜡包埋样本的转录状态 | 强调激光显微切割在特定研究问题中相对于新兴空间转录组学技术的优势,特别是在形态注释精度、对FFPE样本的兼容性、成本效益及大规模回顾性研究可扩展性方面 | 未明确说明方法的具体操作限制或样本处理中的潜在技术挑战 | 开发并验证一种适用于常规组织学样本(尤其是FFPE样本)的高空间分辨率转录组分析方法 | 福尔马林固定石蜡包埋的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 激光显微切割, RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 激光显微切割, RNA-seq | NA | NA |
| 4078 | 2026-02-04 |
From Laser Microdissection to Spatial Glycomics: Lectin Microarray Protocols for Tissue Glycome Mapping with High-End Scanners
2026, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-5154-4_3
PMID:41629708
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研究论文 | 本文介绍了基于激光显微切割和凝集素微阵列的空间糖组学协议,用于组织糖组图谱绘制 | 将激光显微切割整合到凝集素微阵列工作流中,实现微尺度组织区域(约0.1 mm²,5 μm厚度)的精确糖组分析,并利用高端扫描仪提高灵敏度 | NA | 开发空间糖组学方法以揭示组织内和组织间的特异性糖基化模式 | 福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织 | 数字病理学 | NA | 激光显微切割(LMD),凝集素微阵列(LMA),糖组学 | NA | 图像,荧光信号 | NA | NA | 空间糖组学 | GSR2300扫描仪 | 高端渐逝场荧光扫描仪(GSR2300) |
| 4079 | 2026-02-03 |
Duhuo Jisheng decoction alleviates knee osteoarthritis via synovial mesenchymal stem cell-derived exosomes mediating the microRNA-194-5p/wnt signaling pathway
2026-Apr-06, Journal of ethnopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jep.2025.121140
PMID:41506303
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研究论文 | 本研究探讨了独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导microRNA-194-5p/Wnt信号通路,从而缓解膝骨关节炎的机制 | 首次探索了独活寄生汤对滑膜间充质干细胞及其外泌体的影响,并揭示了其通过外泌体传递miR-194-5p调控Wnt信号通路促进软骨修复的新机制 | 研究为临床前动物和细胞模型,未来需进行更深入的机制探索、转化研究并确保复方中药成分的一致性以推进临床应用 | 研究独活寄生汤通过滑膜间充质干细胞来源的外泌体介导的miR-194-5p/Wnt信号通路修复软骨的治疗效果 | 膝骨关节炎大鼠模型、原代滑膜间充质干细胞、H2O2诱导的软骨细胞 | NA | 膝骨关节炎 | LC-MS, RNA测序, 定量聚合酶链反应, 单细胞RNA测序, 蛋白质印迹法, 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4080 | 2026-02-03 |
Meflin/ISLR is a meningeal cell-specific marker involved in the development of meninges and meningioma progression
2026-Mar, Brain pathology (Zurich, Switzerland)
DOI:10.1111/bpa.70048
PMID:41213602
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研究论文 | 本研究探讨了Meflin/ISLR作为脑膜细胞特异性标志物在脑膜发育和脑膜瘤进展中的作用 | 首次揭示了Meflin在脑膜发育中的早期表达模式及其在脑膜瘤中与WNT信号通路激活的潜在关联 | 研究主要基于小鼠模型和人类组织样本的观察性分析,缺乏直接的机制验证实验 | 探究Meflin在脑膜发育和脑膜瘤病理生理学中的功能 | 小鼠胚胎脑膜、人类脑膜瘤组织样本 | NA | 脑膜瘤 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、基因表达分析 | NA | RNA测序数据、组织样本 | 小鼠模型和人类脑膜瘤样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |