单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
3881	2025-06-05	Novel roles for CREG1 in hematopoiesis revealed by single-cell RNA sequencing 2025-Jun-01, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01407-9 PMID:40452027	研究论文	通过单细胞RNA测序技术揭示CREG1在造血过程中的新作用	首次利用单细胞RNA测序技术研究CREG1在成年斑马鱼造血发育中的功能，揭示了CREG1在调节B细胞、T/NK细胞和红细胞发育中的关键作用	研究仅针对斑马鱼模型，人类造血系统中CREG1的作用仍需进一步验证	探究CREG1在造血过程中的功能及其分子机制	成年斑马鱼的肾脏骨髓细胞	生物医学	造血系统疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	斑马鱼模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用creg1缺陷型斑马鱼作为研究对象
3882	2025-06-05	Precision targeting of β-catenin induces tumor reprogramming and immunity in hepatocellular cancers 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60457-2 PMID:40442146	研究论文	该研究探讨了针对β-catenin的精准靶向治疗在肝细胞癌（HCC）中的肿瘤重编程和免疫调节作用	研究使用了一种新型的siRNA（LNP-CTNNB1）靶向CTNNB1，并在多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型中显示出显著的肿瘤反应，同时揭示了β-catenin抑制对免疫调节转录因子和免疫信号通路的激活作用	研究主要基于动物模型和有限的临床数据，尚未在广泛人群中验证其效果	探索β-catenin靶向治疗在肝细胞癌中的疗效及其与免疫检查点抑制剂（ICI）的联合应用潜力	β-catenin突变的肝细胞癌（HCC）模型和患者样本	肿瘤免疫治疗	肝细胞癌	siRNA技术、单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据、临床数据	多种β-catenin突变的免疫活性HCC模型及IMbrave150 III期试验患者队列
3883	2025-06-05	Bronchopulmonary dysplasia with pulmonary hypertension associates with semaphorin signaling loss and functionally decreased FOXF1 expression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60371-7 PMID:40442177	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了早产儿肺部损伤导致的支气管肺发育不良（BPD）及伴随的肺动脉高压（PH）的细胞和分子机制	研究发现BPD+PH患者中存在独特的异常毛细血管细胞状态，并揭示了semaphorin信号通路在正常肺发育中的关键作用	研究样本可能有限，且机制研究主要在动物模型中进行验证	识别人类BPD的潜在细胞和分子驱动因素	早产儿肺部组织（BPD和BPD+PH患者）与足月婴儿的对比	分子生物学	支气管肺发育不良（BPD）和肺动脉高压（PH）	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	早产儿和足月婴儿的肺部组织样本（具体数量未提及）
3884	2025-06-05	[Progress in investigating astrocyte heterogeneity after spinal cord injury based on single-cell sequencing technology] 2025-May-25, Zhongguo gu shang = China journal of orthopaedics and traumatology DOI:10.12200/j.issn.1003-0034.20240352 PMID:40461119	综述	本文综述了单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞异质性研究中的进展	利用单细胞测序技术揭示了脊髓损伤后星形胶质细胞的异质性及其与神经再生修复的关联	目前所有发现仍需更多基础研究和充分的临床试验验证	探索单细胞测序技术在脊髓损伤后星形胶质细胞研究中的应用	脊髓损伤后的星形胶质细胞	生物信息学	脊髓损伤	单细胞测序技术	NA	转录组数据	NA
3885	2025-06-05	ICOS+CD4+ T cells define a high susceptibility to anti-PD-1 therapy-induced lung pathogenesis 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.186483 PMID:40198121	研究论文	研究探讨了抗PD-1治疗引起的肺毒性机制，特别是在老年小鼠模型中ICOS+CD4+ T细胞的作用	揭示了ICOS+CD4+ T细胞在老年环境中对抗PD-1治疗引起的肺毒性中的关键作用，并提出了ICOS-ICOSL相互作用的干预策略	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探索抗PD-(L)1治疗引起的免疫相关不良事件（irAEs）的细胞机制	老年小鼠模型和癌症患者的CD4+ T细胞	免疫治疗	肺癌	单细胞转录组学，过继性T细胞转移	小鼠模型	基因表达数据，临床数据	老年和年轻小鼠模型，部分癌症患者样本
3886	2025-06-05	Characterization of a pathogenic nonmigratory fibroblast population in systemic sclerosis skin 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.185618 PMID:40232859	research paper	该研究鉴定了系统性硬化症（SSc）皮肤中一种致病性的非迁移性成纤维细胞群体	发现了一种未被传统外植体培养方法分离的非迁移性成纤维细胞群体，并揭示了其在系统性硬化症不同阶段的致病作用	研究主要基于体外实验和基因表达分析，需要进一步体内实验验证	探究系统性硬化症皮肤中不同成纤维细胞群体的致病机制	系统性硬化症患者的皮肤成纤维细胞	digital pathology	systemic sclerosis	bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq, multichannel immunofluorescence	NA	gene expression data, immunofluorescence images	系统性硬化症患者的皮肤活检样本
3887	2025-06-05	Transcriptional signatures of endothelial cells shape immune responses in cardiopulmonary health and disease 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.191059 PMID:40401523	review	本文综述了心肺血管系统中内皮细胞（ECs）在健康和疾病状态下对免疫反应的调控作用	利用单细胞RNA测序技术揭示了心肺血管系统中内皮细胞的异质性及其免疫调节特性	NA	探讨内皮细胞在心肺健康和疾病中的免疫调节功能	心肺血管系统中的内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
3888	2025-06-05	Single-Cell RNA Sequencing and Inferred Protein Activity Analysis Reveal a Distinct Tumor Phenotype in Early-Onset Colorectal Cancer Patients 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653154 PMID:40462964	research paper	通过单细胞RNA测序和推断的蛋白质活性分析，揭示了早发性结直肠癌患者的独特肿瘤表型	整合公共数据和内部临床样本，结合scRNA-seq和mIF技术，首次定义了EO-CRC中一个以前未被识别的上皮亚群，该亚群以TLR4和CCR5的高表达为特征	研究样本量可能有限，且仅比较了EO-CRC和LO-CRC，未涉及其他类型的结直肠癌	探究早发性结直肠癌（EO-CRC）与晚发性结直肠癌（LO-CRC）在分子和微环境驱动因素上的差异	早发性结直肠癌（EO-CRC）和晚发性结直肠癌（LO-CRC）患者	digital pathology	colorectal cancer	scRNA-seq, mIF, VIPER	NA	RNA sequencing data, immunofluorescence data	公共数据和内部临床样本（具体数量未提及）
3889	2025-06-05	High-Resolution Spatial Profiling of Microglia Reveals Proximity Associated Immunometabolic Reprogramming in Alzheimer's Disease 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.16.654329 PMID:40462993	研究论文	利用高分辨率空间转录组学技术揭示阿尔茨海默病中小胶质细胞的免疫代谢重编程	首次提供了跨物种、解剖区域和AD病理负担的小胶质细胞免疫代谢状态的高分辨率图谱	研究依赖于小鼠模型和人类尸检组织，可能无法完全反映活体情况	探究阿尔茨海默病病理标志物附近小胶质细胞基因表达与代谢特征的关系	PS19、APP/PS1和5xFAD小鼠模型及人类死后背外侧前额叶皮层组织	数字病理学	阿尔茨海默病	高分辨率空间转录组学(Xenium平台)	机器学习	空间转录组数据	三种小鼠模型和人类尸检组织
3890	2025-06-05	PML1-Mediated Feedforward Loop Through PI3K and MAPK Axes Drives Endocrine Resistance 2025-May-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.15.653365 PMID:40463196	研究论文	该研究揭示了PML1通过PI3K和MAPK信号轴驱动的正反馈环路在雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗中的作用	首次发现PML1蛋白是克服内分泌抵抗的关键治疗靶点，并阐明了其通过PI3K/MAPK信号轴形成正反馈环路的分子机制	研究主要基于细胞实验和部分临床样本分析，尚未进行大规模临床试验验证	探索雌激素受体阳性乳腺癌内分泌抵抗的分子机制并寻找潜在治疗靶点	雌激素受体阳性乳腺癌细胞及内分泌治疗耐药机制	肿瘤生物学	乳腺癌	scRNA-seq分析、空间转录组学	NA	基因表达数据、蛋白质水平数据	多种内分泌治疗耐药细胞系（包括4-羟基他莫昔芬、氟维司群、elacestrant和CDK4/6抑制剂耐药细胞）
3891	2025-06-05	Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury 2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.08.652924 PMID:40463031	research paper	研究肽基精氨酸脱亚胺酶（PADs）对脊髓损伤后中性粒细胞功能及长期恢复的性别依赖性影响	首次描述了脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能中的性别差异，并强调了在临床前研究中纳入两性的重要性	未观察到PAD4缺失对运动恢复的影响，仅观察到对组织保留的性别依赖性效应	探讨PADs在脊髓损伤恢复中的作用及其性别差异	小鼠模型中的中性粒细胞功能及脊髓损伤后的恢复情况	神经科学	脊髓损伤	scRNA-seq	小鼠模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和公开的scRNA-seq数据
3892	2025-06-05	Klf9 promotes the repair of myocardial infarction by regulating macrophage recruitment and polarization 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187072 PMID:40198141	研究论文	研究揭示了Klf9通过调节巨噬细胞招募和极化促进心肌梗死后修复的机制	首次揭示了Klf9通过调控IFN-γ/STAT1信号通路影响巨噬细胞表型和功能，从而促进心肌梗死后修复	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究Klf9在心肌梗死后巨噬细胞表型和功能调控中的作用	心肌梗死小鼠模型和巨噬细胞	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、流式细胞术分析	基因敲除小鼠模型	基因表达数据、细胞表型数据	野生型和Klf9敲除小鼠
3893	2025-06-05	The brain-body circuit mediates acute stress-induced antiinflammatory reflex in bacterial cystitis by suppressing ILC2 activation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189362 PMID:40100274	研究论文	本研究揭示了急性应激通过脑-体回路抑制ILC2细胞激活，从而在细菌性膀胱炎中产生抗炎反射的机制	首次发现急性应激通过PVN脑区激活抑制ILC2细胞的促炎因子表达，揭示了脑-体回路在UTI治疗中的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床验证	探究心理应激如何通过脑-体回路调节膀胱感染的免疫反应	小鼠UTI模型中的PVN神经元和ILC2细胞	神经免疫学	尿路感染/膀胱炎	单细胞RNA测序(scRNA-Seq),逆行标记技术	动物模型(小鼠)	基因表达数据	未明确说明数量的小鼠UTI模型
3894	2025-06-05	Target Screening and Single Cell Analysis of Diabetic Retinopathy and Hepatocarcinoma 2025-May, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70521 PMID:40293350	研究论文	本研究通过单细胞分析筛选糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）之间的共享基因和通路，以揭示潜在的治疗靶点	首次将铁蛋白吞噬相关基因（FRHG）与DR和HCC联系起来，并利用机器学习模型验证了这些关键枢纽基因的诊断效能	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探索DR和HCC之间的共同病理调控通路和潜在治疗靶点	糖尿病视网膜病变（DR）和肝细胞癌（HCC）	生物信息学	糖尿病视网膜病变和肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、qRT-PCR	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	GEO数据集GSM7494113（HCC）、GSE209872和GSE160306（大鼠视网膜）
3895	2025-06-05	A Robust Kernel-Based Workflow for Niche Trajectory Analysis 2025-05, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202401199 PMID:40411819	研究论文	提出了一种基于核的稳健工作流程，用于生态位轨迹分析，以模拟组织微环境的空间连续变化	提出了一种新的基于核的策略，将生态位的结构组成建模为基因表达空间中的连续函数，无需细胞类型注释	NA	克服现有生态位轨迹分析方法的局限性，提高稳健性和准确性	组织微环境	空间转录组学	NA	核方法	NA	空间转录组数据	NA
3896	2025-06-05	SpaMask: Dual masking graph autoencoder with contrastive learning for spatial transcriptomics 2025-Apr, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012881 PMID:40179332	research paper	提出了一种名为SpaMask的双重掩码图自编码器结合对比学习方法，用于空间转录组数据分析	SpaMask通过同时掩码部分节点和边，结合MGAE和MGCL模块，提升了模型的性能和鲁棒性	未明确提及具体局限性	提升空间转录组数据中空间域表征的准确性和鲁棒性	空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial resolved transcriptomics (SRT)	GNN, Masked Graph Autoencoders (MGAE), Masked Graph Contrastive Learning (MGCL)	基因表达数据	五个不同平台的八个数据集
3897	2025-06-05	[Mechanism of Quanduzhong Capsules in treating knee osteoarthritis from perspective of spatial heterogeneity] 2025-Apr, Zhongguo Zhong yao za zhi = Zhongguo zhongyao zazhi = China journal of Chinese materia medica DOI:10.19540/j.cnki.cjcmm.20241211.401 PMID:40461230	研究论文	本研究通过整合空间转录组数据挖掘和动物实验验证，系统表征了全杜仲胶囊对膝骨关节炎软骨病变的靶向作用，并阐明了相关分子机制	首次从空间异质性角度揭示了全杜仲胶囊在膝骨关节炎病理软骨区域的空间特异性靶向作用和保护机制	研究主要基于大鼠模型和有限的空间转录组数据集，临床转化需要进一步验证	阐明全杜仲胶囊治疗膝骨关节炎的作用机制	SD大鼠膝骨关节炎模型和临床膝骨关节炎患者的软骨组织	生物医学	膝骨关节炎	空间转录组学、HE染色、免疫组化	动物模型	空间转录组数据、病理图像数据	SD大鼠模型和GSE254844数据集中的临床样本
3898	2025-06-05	Proximal tubule cells contribute to the thin descending limb of the loop of Henle during mouse kidney development 2025-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.14.633065 PMID:39868227	研究论文	本研究通过整合多个非突变发育小鼠肾脏的单细胞RNA测序数据集，揭示了近端小管细胞在Henle环薄降支形成过程中的贡献	首次发现近端小管细胞可以转化为Henle环薄降支细胞，并揭示了转录因子Hnf4a在调节这一过程中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肾脏发育中验证	探究Henle环薄降支细胞在肾脏发育中的形成机制	小鼠肾脏发育过程中的近端小管细胞和Henle环薄降支细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪	NA	基因表达数据	多个非突变发育小鼠肾脏数据集
3899	2025-06-05	Single-cell transcriptome analysis reveals atypical monocytes circulating ahead of acute graft-versus-host disease clinical onset 2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae229 PMID:39432735	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了在急性移植物抗宿主病（aGVHD）临床发作前循环中的非典型单核细胞	发现了在aGVHD临床发作前18天即可检测到的特定单核细胞和细胞毒性T细胞亚群，这些细胞具有特定的标志物上调	样本量较小，仅包括3名aGVHD患者和4名对照	探索aGVHD的早期诊断标志物和预防策略	接受异基因造血干细胞移植（HSCT）的患者	单细胞转录组学	急性移植物抗宿主病（aGVHD）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	3名aGVHD患者和4名对照
3900	2025-06-05	CoupleVAE: coupled variational autoencoders for predicting perturbational single-cell RNA sequencing data 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf126 PMID:40178283	研究论文	提出了一种名为CoupleVAE的新型深度学习方法，用于预测扰动后的单细胞RNA测序数据	CoupleVAE由两个耦合的VAE组成，通过耦合器在潜在空间中进行更复杂的细胞状态转换	NA	预测单细胞扰动响应，以理解生物体的功能和行为	单细胞RNA测序数据	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	VAE（变分自编码器）	单细胞RNA测序数据	三个真实数据集（感染、刺激和跨物种预测）