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当前共找到 32005 篇文献，本页显示第 3861 - 3880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3861 | 2025-10-06 |
An atlas of single-cell eQTLs dissects autoimmune disease genes and identifies novel drug classes for treatment
2025-Apr-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100820
PMID:40154479
|
研究论文 | 通过单细胞eQTL图谱解析自身免疫疾病基因并识别新型治疗药物类别 | 提出JOBS联合模型将bulk eQTL建模为单细胞eQTL的加权和，显著提高eQTL检测能力 | 单细胞eQTL数据集规模相对较小 | 解析自身免疫疾病遗传机制并识别潜在治疗药物 | 14种免疫介导疾病 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序，全基因组关联分析 | JOBS联合模型 | 基因表达数据，基因组变异数据 | OneK1K和eQTLGen数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3862 | 2025-10-06 |
EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646515
PMID:40236070
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研究论文 | 本研究揭示染色体外DNA(ecDNA)通过结构变异产生基因融合，其中PVT1外显子1作为5'端伴侣可增强癌基因mRNA稳定性 | 首次发现ecDNA通过结构变异产生lncRNA与mRNA的嵌合融合，并阐明PVT1外显子1通过SRSF1蛋白相互作用增强癌基因mRNA稳定性的新机制 | 未明确说明研究样本的具体数量和类型 | 探究ecDNA结构变异产生的基因融合对癌基因表达的调控机制 | 染色体外DNA(ecDNA)、PVT1 lncRNA、癌基因融合转录本 | 癌症基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3863 | 2025-10-06 |
Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646342
PMID:40236200
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研究论文 | 本研究通过开发OPT软件工具，揭示了10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中存在的脱靶探针结合问题 | 开发了首个专门检测空间转录组技术中脱靶探针结合的工具OPT，并系统评估了Xenium平台的探针特异性问题 | 研究仅针对特定版本的Xenium人类乳腺癌基因面板，结果可能不适用于其他基因面板或平台版本 | 评估10x Genomics Xenium平台探针结合的特异性，提高空间转录组数据的生物学可解释性 | 10x Genomics Xenium v1人类乳腺癌基因表达面板中的280个基因 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 探针序列比对，空间转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据，探针序列数据 | 来自同一肿瘤组织的多个数据集 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | 10x Xenium, 10x Visium CytAssist, 10x Chromium | 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel, Visium CytAssist, 3' single-cell RNA-seq |
| 3864 | 2025-10-06 |
Crosstalk Signaling Between the Epithelial and Non-Epithelial Compartments of the Mouse Inner Ear
2025-Apr, Journal of the Association for Research in Otolaryngology : JARO
DOI:10.1007/s10162-025-00980-7
PMID:40080263
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索小鼠内耳前庭器官中上皮细胞与非上皮间充质细胞之间的信号串扰 | 首次在新生小鼠椭圆囊中系统揭示上皮与非上皮细胞区室间的动态信号交流，特别是间充质细胞在出生后发育中的主导信号发送作用 | 研究仅关注出生后第4天和第6天两个时间点，未能覆盖更完整的发育时间序列 | 探索内耳前庭器官发育过程中上皮与非上皮细胞区室间的相互作用机制 | 新生小鼠内耳椭圆囊细胞 | 单细胞生物学 | 前庭功能障碍 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，定量多重原位杂交 | 多种计算方法 | 单细胞转录组数据，图像数据 | 955个细胞，来自12个注释细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | 全长Smart-seq2单细胞RNA测序 |
| 3865 | 2025-10-06 |
The dynamic and diverse nature of parenchyma cells in the Arabidopsis root during secondary growth
2025-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01938-6
PMID:40140531
|
研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和谱系追踪技术，揭示了拟南芥根次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能动态 | 首次通过单细胞RNA测序与谱系追踪相结合的方法，重建了拟南芥根次生生长过程中的细胞发育轨迹，发现了20种先前未描述的细胞类型或状态 | 研究仅限于拟南芥根部，结果在其他植物或组织中的普适性需要进一步验证 | 探究拟南芥根次生生长过程中薄壁细胞的多样性和功能特性 | 拟南芥根部在次生生长过程中的薄壁细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 谱系追踪 | NA | 单细胞转录组数据 | 93个报告基因系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3866 | 2025-10-06 |
Transcriptional profiles of mouse oligodendrocyte precursor cells across the lifespan
2025-Apr, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-025-00840-2
PMID:40164771
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析小鼠少突胶质前体细胞在整个生命周期中的转录变化 | 构建了Matn4-mEGFP转基因小鼠品系，首次在单细胞水平解析了OPCs从静息到增殖和分化关键转变过程中的转录变化 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老如何影响少突胶质前体细胞的转录特征和功能 | 小鼠少突胶质前体细胞 | 单细胞组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 跨多个年龄段的皮质OPCs | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3867 | 2025-10-06 |
MYB74 transcription factor guides de novo specification of epidermal cells in the abscission zone of Arabidopsis
2025-04, Nature plants
IF:15.8Q1
DOI:10.1038/s41477-025-01976-0
PMID:40181105
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥脱落区非表皮残留细胞通过转分化形成表皮细胞的发育程序 | 首次发现MYB74转录因子指导脱落区表皮细胞的从头特化，揭示了植物通过转分化途径同时实现保护和促进生长的机制 | NA | 探究植物脱落区表皮细胞从头特化的分子机制和生物学意义 | 拟南芥脱落区的非表皮残留细胞 | 植物发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3868 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and spatial analysis identifies context-dependent myeloid-T cell interactions in head and neck cancer immune checkpoint blockade response
2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.24.644582
PMID:40196610
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和空间分析技术，揭示了头颈癌免疫检查点阻断治疗反应中髓系细胞与T细胞相互作用的背景依赖性 | 首次系统性地结合10X Visium和Nanostring CosMx空间组学技术，识别了头颈癌ICB应答者中空间受限的配体-受体相互作用和细胞邻域结构 | 样本量相对有限，空间分析仅涵盖8名ICB治疗患者，需要更多验证研究 | 阐明头颈癌免疫检查点阻断治疗反应中免疫细胞相互作用的时空特征 | 头颈鳞状细胞癌患者肿瘤微环境中的免疫细胞 | 空间转录组学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学, 生物信息学分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 空间蛋白质组数据 | 26名患者的522,399个单细胞，以及8名ICB治疗患者的空间RNA-Seq数据 | 10X Genomics, Nanostring | 空间转录组学, 单细胞空间组学 | 10X Visium, CosMx | 10X Visium点阵空间转录组学, Nanostring CosMx单细胞空间组学（包含435个配体和受体的RNA基因panel） |
| 3869 | 2025-10-06 |
Islet single-cell transcriptomic profiling during obesity-induced beta cell expansion in female mice
2025-Mar-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112031
PMID:40104055
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组技术揭示了肥胖雌性小鼠中胰岛β细胞增殖的协调转录机制 | 首次在肥胖雌性小鼠模型中通过单细胞转录组学识别出经历未折叠蛋白反应、应激解决和细胞周期进程的不同β细胞群体，并发现Xbp1和Myc在缓解UPR和刺激β细胞增殖中的协调作用 | 研究仅针对雌性小鼠模型，结果可能不适用于雄性或其他物种 | 探索肥胖诱导的β细胞增殖的分子机制 | 雌性基因敲除小鼠的胰岛β细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 雌性基因敲除小鼠胰岛 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3870 | 2025-10-06 |
Co-regulator activity of Mediator of DNA Damage Checkpoint 1 (MDC1) is associated with DNA repair dysfunction and PARP inhibitor sensitivity in lobular carcinoma of the breast
2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.29.564555
PMID:39677775
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研究论文 | 本研究探讨了MDC1在乳腺小叶癌中的共调节活性及其与DNA修复功能障碍和PARP抑制剂敏感性的关联 | 发现MDC1在ILC细胞中具有独特的ER共调节功能，同时伴随同源重组修复功能障碍，但这种状态不同于经典的'BRCAness' | 研究主要基于细胞系和异种移植模型，需要进一步临床验证 | 阐明MDC1在乳腺小叶癌中的双重功能机制及其治疗意义 | 乳腺浸润性小叶癌细胞和肿瘤组织 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析、DNA修复活性分析、相互作用组分析 | NA | 转录组数据、功能数据、信号传导数据 | 多个ILC异种移植模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3871 | 2025-10-06 |
Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment
2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.11.27.625771
PMID:39677745
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于单细胞ATAC-seq数据快速映射的新工具alevin-fry-atac，采用虚拟颜色增强的伪对齐方案 | 提出了一种改进的伪对齐方案，通过将参考基因组划分为'虚拟颜色'（重叠的固定最大范围区域），解决了大基因组参考映射的挑战 | NA | 开发快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法 | 单细胞ATAC-seq数据的映射和处理 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | 伪对齐算法 | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
| 3872 | 2025-10-06 |
Radiation-induced cellular plasticity primes glioblastoma for forskolin-mediated differentiation
2025-Mar-04, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2415557122
PMID:40009641
|
研究论文 | 本研究利用辐射诱导的细胞可塑性状态，联合毛喉素促进胶质母细胞瘤细胞分化 | 发现辐射可诱导胶质瘤细胞进入多能状态，为毛喉素介导的分化治疗创造机会 | NA | 探索辐射联合毛喉素对胶质母细胞瘤分化治疗的效果 | 胶质母细胞瘤细胞系、胶质瘤干细胞、小鼠模型 | 肿瘤学 | 胶质母细胞瘤 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 极限稀释实验 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 3873 | 2025-10-06 |
Spatial transcriptomics identifies molecular niche dysregulation associated with distal lung remodeling in pulmonary fibrosis
2025-Mar, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02080-x
PMID:39901013
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学技术揭示了肺纤维化中远端肺重塑相关的分子生态位失调 | 开发了基于图像的空间转录组学方法，结合细胞基础和细胞不可知分析，首次在肺纤维化中识别出分子定义的多样化空间生态位 | 研究样本数量相对有限（35个肺组织），且主要关注肺纤维化特定病理阶段 | 解析肺纤维化疾病发病机制中的空间背景和分子变化 | 人类肺组织样本，包括对照和肺纤维化患者的远端肺组织 | 空间转录组学 | 肺纤维化 | 空间转录组学，机器学习，轨迹分析 | 机器学习模型 | 空间基因表达数据，图像数据 | 35个独特肺组织的160万个细胞 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 3874 | 2025-10-06 |
Batch correcting single-cell spatial transcriptomics count data with Crescendo improves visualization and detection of spatial gene patterns
2025-Feb-25, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03479-9
PMID:40001084
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研究论文 | 提出Crescendo算法用于校正单细胞空间转录组数据中的批次效应，改善基因空间模式的可视化和检测 | 开发了专门针对空间转录组数据的批次效应校正算法，能够在基因表达水平进行校正，支持跨样本和跨技术的信息整合 | NA | 解决空间转录组数据中的批次效应问题，提高基因空间模式分析的准确性 | 单细胞空间转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | Crescendo算法 | 基因表达计数数据 | 三个数据集，包含17万至700万个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | NA |
| 3875 | 2025-10-06 |
NKG2D blockade impairs tissue-resident memory T cell accumulation and reduces chronic lung allograft dysfunction
2025-Feb-24, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.184048
PMID:39989456
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序发现NKG2D阻断可抑制组织驻留记忆T细胞积累并减轻慢性肺移植功能障碍 | 首次揭示CLAD中细胞毒性CD8+ TRM通过NKG2D介导的克隆扩增机制及其在慢性排斥中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证NKG2D阻断的治疗效果 | 探索慢性肺移植功能障碍的发病机制并寻找潜在治疗靶点 | 肺移植患者的CLAD肺组织、肺引流淋巴结及小鼠原位肺移植模型 | 单细胞生物学 | 肺移植相关疾病 | 单细胞RNA测序, TCR测序 | NA | 单细胞转录组数据, TCR序列数据 | CLAD肺组织、肺引流淋巴结及对照组组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3876 | 2025-10-06 |
Inhibiting mechanotransduction prevents scarring and yields regeneration in a large animal model
2025-Feb-19, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adt6387
PMID:39970235
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研究论文 | 本研究通过抑制YAP蛋白在大型动物模型中实现伤口无疤痕再生 | 首次在与人皮肤结构相似的红杜洛克猪模型中证实单次使用YAP抑制剂维替泊芬可实现无疤痕再生，并揭示了YAP/IL-33信号轴在大型动物伤口再生中的作用机制 | 研究虽在猪模型和人类异种移植模型中验证，但尚未进行人体临床试验 | 探究抑制机械转导对大型动物伤口愈合和再生的影响 | 红杜洛克猪伤口模型和人类新生儿包皮异种移植小鼠模型 | 再生医学 | 皮肤创伤与疤痕 | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 红杜洛克猪伤口模型和人类异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 3877 | 2025-10-06 |
Defining the regulatory logic of breast cancer using single-cell epigenetic and transcriptome profiling
2025-Feb-12, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100765
PMID:39914387
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研究论文 | 通过单细胞表观遗传和转录组分析揭示乳腺癌的调控逻辑 | 首次在人类乳腺癌组织中实现匹配的单细胞染色质可及性与转录组分析，识别亚型特异性肿瘤的细胞起源并发现致癌基因上调的调控机制 | 样本量有限，仅包含手术切除后立即处理的乳腺组织 | 解析乳腺癌细胞中导致转录失调的顺式调控元件 | 人类乳腺肿瘤组织、健康乳腺组织和乳腺癌细胞系 | 单细胞多组学 | 乳腺癌 | scATAC-seq, scRNA-seq, 线性混合效应模型 | 线性混合效应模型 | 单细胞表观遗传数据, 单细胞转录组数据 | 未明确样本数量的人类乳腺肿瘤和健康组织 | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 3878 | 2025-10-06 |
Gene trajectory inference for single-cell data by optimal transport metrics
2025-Feb, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-024-02186-3
PMID:38580861
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研究论文 | 提出了一种名为GeneTrajectory的新方法，通过最优传输度量从单细胞数据中推断基因轨迹而非细胞轨迹 | 首次将最优传输距离应用于基因分布间的计算，直接从细胞-细胞图中提取基因程序并定义基因伪时序顺序 | 未明确说明方法对技术噪声和并发基因过程的处理效果的具体量化评估 | 开发能够准确推断单细胞数据中基因时序动态的新计算方法 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 最优传输模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3879 | 2025-10-06 |
Acute Communication Between Microglia and Nonparenchymal Immune Cells in the Anti-Aβ Antibody-Injected Cortex
2025-Jan-29, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.1456-24.2024
PMID:39741000
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析抗Aβ抗体注射后大脑皮层中免疫细胞的急性反应 | 首次揭示抗Aβ抗体暴露后24小时内小胶质细胞与非实质免疫细胞之间通过TGFβ信号通路的强烈通讯 | 仅观察急性时间点（24小时和3天），缺乏长期效应数据；样本量有限 | 探究抗Aβ抗体对大脑免疫反应的急性影响 | 14月龄APP转基因雄性和雌性小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | APP转基因小鼠皮层组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3880 | 2025-10-06 |
Prediction of Gene Regulatory Connections with Joint Single-Cell Foundation Models and Graph-Based Learning
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.12.16.628715
PMID:39975293
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研究论文 | 提出一种结合单细胞基础模型和图学习的基因调控连接预测框架scRegNet | 首次将单细胞基础模型与联合图学习相结合用于基因调控网络推断 | 需要大量已知TF-DNA结合数据，实验获取成本较高且数量有限 | 解决基因调控连接预测问题，推断缺失的调控相互作用 | 基因调控网络和转录因子-DNA结合 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，ChIP-seq | 基础模型，图学习 | 基因表达数据，调控相互作用数据 | 七个单细胞RNA测序基准数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |