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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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3321 | 2025-10-06 |
Mechanistic Insights into Shenzhuo Formula for Diabetic Retinopathy: Integrating UPLC-Q-TOF-MS/MS, Network Pharmacology, Single-Cell RNA Sequencing Data, and Experimental Validation
2025, Drug design, development and therapy
DOI:10.2147/DDDT.S505055
PMID:40698062
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研究论文 | 本研究整合多种技术方法探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | 首次结合UPLC-Q-TOF-MS/MS、网络药理学、单细胞RNA测序数据和实验验证系统研究参术方治疗糖尿病视网膜病变的机制 | 需要进一步的实验验证来确认具体作用机制 | 探究参术方治疗糖尿病视网膜病变的作用机制 | db/db糖尿病模型小鼠和临床样本数据 | 生物医学研究 | 糖尿病视网膜病变 | UPLC-Q-TOF-MS/MS, 网络药理学, 单细胞RNA测序, 分子对接, 免疫荧光染色 | 动物模型 | 质谱数据, 单细胞转录组数据, 影像数据, 病理数据 | db/db小鼠模型和GSE245561数据集临床样本 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱分析 | NA | NA |
3322 | 2025-10-06 |
Elucidating ferroptosis mechanisms in heart failure through transcriptomics, single-cell sequencing, and experimental validation
2024-12, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111416
PMID:39293745
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研究论文 | 通过转录组学、单细胞测序和实验验证阐明心力衰竭中铁死亡的机制 | 首次系统识别并验证了心力衰竭中铁死亡相关基因在不同细胞类型中的差异表达模式 | 研究机制尚未完全阐明,需要进一步功能验证 | 探索铁死亡在心力衰竭发病机制中的作用 | 心力衰竭患者数据、心力衰竭细胞模型和小鼠模型 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 转录组测序, 单细胞测序, LASSO回归, SVM-RFE机器学习 | LASSO, SVM-RFE | 基因表达数据, 单细胞测序数据 | GEO数据库中心力衰竭数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
3323 | 2025-10-06 |
A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states
2024-Dec, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01764-7
PMID:39406950
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类小胶质细胞异质性,识别疾病相关亚群并验证化合物对小胶质细胞状态的影响 | 构建了跨疾病的人类小胶质细胞资源库,识别了疾病富集亚群,并发现能重现在体状态的化合物 | 样本来源仅限于已获得的74名捐赠者,尚未涵盖所有神经系统疾病类型 | 解析人类小胶质细胞异质性及其在神经系统疾病中的作用 | 来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞 | 单细胞基因组学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序, RNAscope-免疫荧光, MERFISH | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 215,680个小胶质细胞来自74名捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
3324 | 2025-10-06 |
Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell
2024-11, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359
PMID:39179089
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析小鼠滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞过程中的转录特征变化,并识别关键转录因子 | 首次发现体外分化的滋养层巨细胞与体内母体血管相关滋养层巨细胞亚型的相似性,并鉴定出ZMAT1、EGR1和MITF等关键转录因子 | 研究仅基于小鼠模型,人类胎盘可能存在差异;体外分化系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 探究滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞的分子机制及其与胎盘功能的关系 | 小鼠滋养层干细胞和分化的滋养层巨细胞 | 发育生物学 | 胎盘功能相关疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠滋养层干细胞和分化细胞 | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3325 | 2025-10-06 |
A prognostic biomarker of disulfidptosis constructed by machine learning framework model as potential reporters of pancreatic adenocarcinoma
2024-11, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111371
PMID:39209222
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研究论文 | 通过机器学习框架构建二硫死亡相关预后生物标志物,探索其在胰腺腺癌中的免疫浸润和治疗潜力 | 首次将新发现的细胞死亡方式二硫死亡与胰腺腺癌预后模型结合,并验证MET基因在二硫死亡中的作用机制 | 样本量较小(仅16个单细胞样本),需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建胰腺腺癌的二硫死亡相关预后生物标志物并探索其临床意义 | 胰腺腺癌患者样本和细胞系 | 机器学习 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,LASSO回归,WGCNA分析,细胞实验 | LASSO回归,机器学习框架模型 | 单细胞RNA测序数据,基因表达数据 | 16个PAAD样本(GSE154778数据集)+ TCGA-PAAD数据库样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
3326 | 2025-10-06 |
Cytokine-induced reprogramming of human macrophages toward Alzheimer's disease-relevant molecular and cellular phenotypes in vitro
2024-Oct-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.24.619910
PMID:39554174
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研究论文 | 本研究通过细胞因子混合物诱导人THP-1巨噬细胞重编程,模拟阿尔茨海默病相关的分子和细胞表型 | 开发了一种通过细胞因子混合物(IL4/CSF1/IL34/TGFβ)实现人巨噬细胞向AD相关表型重编程的新方法 | 研究仅限于体外THP-1巨噬细胞模型,未在原发性人类细胞或体内模型中验证 | 探索细胞因子诱导人巨噬细胞重编程为阿尔茨海默病相关表型的能力 | 人THP-1巨噬细胞系 | 细胞生物学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,转录组分析,功能测定 | NA | 基因表达数据,功能测定数据 | THP-1巨噬细胞培养物 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3327 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human airway epithelium identifies cell type-specific responses to Aspergillus and Coccidioides
2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.09.612147
PMID:39314271
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序分析人类气道上皮细胞对烟曲霉和球孢子菌感染的细胞类型特异性反应 | 首次报道了人类气道上皮细胞感染烟曲霉和球孢子菌的单细胞转录组分析,揭示了不同真菌病原体在特定细胞亚型中激活的不同应激通路 | 动物模型不能完全重现人类疾病,需要更先进的模型来研究人类-真菌病原体相互作用 | 研究人类气道上皮细胞对两种临床重要真菌病原体的细胞类型特异性反应机制 | 原代人类气道上皮细胞(hAECs) | 单细胞转录组学 | 呼吸道真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3328 | 2025-10-06 |
Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling
2024-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1815
PMID:39183480
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研究论文 | 本研究通过多组学整合分析揭示了DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路在弥漫大B细胞淋巴瘤中的致癌作用 | 首次报道eccDNAs在DLBCL中的表达谱及其致癌功能,发现DNA损伤诱导的eccDNAs通过cGAS非依赖性方式激活STING信号通路的新机制 | 未明确说明样本数量和研究人群特征,缺乏临床转化验证数据 | 探究eccDNAs在弥漫大B细胞淋巴瘤中的表达特征、功能机制及治疗意义 | 弥漫大B细胞淋巴瘤细胞、动物模型、GEO数据库 | 多组学整合分析 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 环状DNA测序,原子力显微镜,CCK-8,单细胞RNA测序,化疗药物处理 | 动物模型 | 基因组数据,转录组数据,显微镜图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,环状DNA测序 | NA | NA |
3329 | 2025-10-06 |
Gene Regulatory Programs that Specify Age-Related Differences during Thymocyte Development
2024-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.14.599011
PMID:38948840
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研究论文 | 本研究构建了新生和成年小鼠T细胞发育的转录和表观遗传图谱,揭示了年龄相关差异的基因调控程序 | 首次系统揭示胸腺细胞发育中年龄相关的转录和表观遗传差异,并利用CRISPR扰动结合单细胞RNA测序发现保守的转录调控因子 | 研究仅限于小鼠模型,人类中的适用性需要进一步验证 | 阐明T细胞发育过程中年龄相关差异的基因调控机制 | 新生和成年小鼠的胸腺细胞 | 单细胞基因组学 | 免疫系统发育 | 单细胞RNA测序, CRISPR扰动, 表观遗传分析 | NA | 单细胞转录组数据, 表观遗传数据 | 新生和成年小鼠胸腺细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3330 | 2025-10-06 |
High-throughput RNA isoform sequencing using programmed cDNA concatenation
2024-Apr, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01815-7
PMID:37291427
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研究论文 | 介绍了一种通过程序化cDNA串联实现高通量RNA异构体测序的新方法MAS-ISO-seq | 通过程序化串联cDNA分子,将长读长测序通量提高15倍以上,单次运行可获得近4000万条cDNA读长 | NA | 开发高通量全长RNA异构体测序技术 | 肿瘤浸润T细胞的转录组 | 基因组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序,长读长测序 | NA | RNA序列数据 | NA | PacBio | 长读长测序,单细胞RNA测序 | Sequel IIe | PacBio Sequel IIe测序仪 |
3331 | 2025-10-06 |
CROPseq-multi: a versatile solution for multiplexed perturbation and decoding in pooled CRISPR screens
2024-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.17.585235
PMID:38558968
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研究论文 | 开发了一种用于多重CRISPR筛选的多功能解决方案CROPseq-multi | 开发了兼容mRNA嵌入条形码的多重扰动系统,改进了条形码检测效率并提高了解码效率 | NA | 开发适用于多种SpCas9基因筛选方法的多重扰动解决方案 | 基因筛选系统 | 基因工程 | NA | CRISPR筛选,单细胞测序,显微镜技术 | NA | 基因表达数据,条形码数据 | NA | NA | 单细胞测序,光学池筛选 | NA | NA |
3332 | 2025-10-06 |
Characterization of mismatch-repair/microsatellite instability-discordant endometrial cancers
2024-02-01, Cancer
IF:6.1Q1
DOI:10.1002/cncr.35030
PMID:37751191
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研究论文 | 本研究评估了子宫内膜癌中错配修复/微卫星不稳定性检测结果不一致的情况及其临床意义 | 首次系统描述了MMR/MSI检测结果不一致的子宫内膜癌特征,发现亚克隆/异质性MMR表达与高复发率和肿瘤侵袭性相关 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 评估子宫内膜癌中MMR/MSI检测一致性及相关因素 | 666例子宫内膜癌患者样本 | 数字病理学 | 子宫内膜癌 | 免疫组织化学, 微卫星不稳定性检测, MLH1甲基化分析, 全转录组分析, 二代测序 | NA | 组织样本, 基因表达数据, 甲基化数据 | 666例子宫内膜癌样本 | NA | 数字空间转录组学, 二代测序 | NA | NA |
3333 | 2025-10-06 |
A Network Medical Framework based on Inflammatory Genes to Identify Drug Candidates for Abdominal Aortic Aneurysms
2024, Current molecular pharmacology
IF:2.4Q3
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研究论文 | 本研究基于炎症基因构建网络医学框架,识别腹主动脉瘤的潜在药物候选物 | 整合单细胞RNA测序、RNA测序和网络医学数据,开发基于网络的邻近性测量方法识别靶向SLC2A3的潜在药物 | 研究主要依赖计算模拟,缺乏实验验证 | 识别腹主动脉瘤的关键靶点和潜在治疗药物化合物 | 腹主动脉瘤和非动脉瘤对照样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,RNA测序,药物-靶点相互作用分析,蛋白质-蛋白质相互作用分析,分子动力学模拟 | 网络医学框架 | 基因表达数据,蛋白质相互作用数据,药物靶点数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
3334 | 2025-10-06 |
Integration of whole transcriptome spatial profiling with protein markers
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01536-3
PMID:36593397
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研究论文 | 开发了一种名为SPOTS的高通量空间转录组和蛋白质组同步分析技术 | 首次实现了空间转录组和蛋白质组的实验性整合,显著提高了信号分辨率和细胞聚类能力 | NA | 开发能够同时分析空间转录组和蛋白质组的技术方法 | 组织区域中的基因表达和蛋白质分布 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序, 蛋白质组分析 | NA | 空间转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 空间蛋白质组学 | SPOTS | Spatial PrOtein and Transcriptome Sequencing (SPOTS) 高通量同步空间转录组和蛋白质分析平台 |
3335 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of human nasal mucosal IgE antibody secreting cells reveals a newly minted phenotype
2023-06, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2023.02.008
PMID:36931600
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类鼻黏膜IgE抗体分泌细胞,揭示其新近形成的表型特征 | 首次在过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻息肉中发现IgE抗体分泌细胞具有早期新生浆细胞表型特征 | 样本量较小(n=3),仅针对鼻息肉组织进行研究 | 探究过敏性真菌性鼻窦炎患者鼻黏膜中IgE抗体分泌细胞的表型和功能特征 | 过敏性真菌性鼻窦炎患者的鼻息肉组织 | 单细胞组学 | 过敏性真菌性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序,Ig基因谱系分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 3例患者鼻息肉样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3336 | 2025-10-06 |
T cell characteristics associated with toxicity to immune checkpoint blockade in patients with melanoma
2022-02, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01623-z
PMID:35027754
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研究论文 | 本研究通过多组学技术分析黑色素瘤患者外周血样本,发现与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 首次发现循环中活化的CD4记忆T细胞丰度和TCR多样性这两个治疗前因素与严重免疫相关不良事件的发生相关 | 样本量相对有限(共3个队列,n=27、26和18),需要更大规模研究验证 | 探索与免疫检查点抑制剂毒性相关的T细胞特征 | 接受抗PD-1单药或抗PD-1联合抗CTLA-4治疗的黑色素瘤患者 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 飞行时间质谱流式细胞术,单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,bulk RNA测序,bulk TCR测序 | NA | 单细胞测序数据,质谱流式数据,RNA测序数据 | 93份治疗前和早期治疗血液样本,3个患者队列(n=27、26和18) | NA | 单细胞RNA测序,单细胞V(D)J测序,bulk RNA测序,bulk TCR测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
3337 | 2025-10-06 |
POSTN is exclusively activated in cancer-associated fibroblasts and leads to unfavorable prognosis of patients with gastric cancer
2025-Sep, Molecular and clinical oncology
IF:1.4Q4
DOI:10.3892/mco.2025.2877
PMID:40692747
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研究论文 | 本研究通过分析胃癌肿瘤微环境,发现POSTN在癌症相关成纤维细胞中特异性激活并与不良预后相关 | 首次揭示POSTN在胃癌CAFs中特异性高表达,并受YAP1/TEAD1共转录因子直接调控 | 研究主要基于公共数据库和免疫组化数据,需要进一步实验验证机制 | 探索胃癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞的分子标志物及其在耐药性中的作用 | 胃癌患者肿瘤样本和癌症相关成纤维细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据,组织染色图像 | 内部队列胃癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3338 | 2025-10-06 |
Rethinking eco-evo studies of gene expression for non-model organisms in the genomic era
2025-Aug, Molecular ecology
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/mec.17378
PMID:38721834
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综述 | 探讨基因组时代新技术对非模式生物基因表达研究的潜在影响 | 提出将长读长测序和单细胞RNA测序技术整合应用于生态基因组学研究的新视角 | NA | 评估新兴基因组技术对非模式生物基因表达研究的推动作用 | 非模式生物的基因表达研究 | 生态基因组学 | NA | 长读长测序, 单细胞RNA测序, 传统RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
3339 | 2025-10-06 |
NFATc1 Fosters Allergic Contact Dermatitis Responses by Enhancing the Induction of IL-17-Producing CD8 Cells
2025-Aug, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2024.11.014
PMID:39733935
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研究论文 | 本研究揭示NFATc1通过促进CD8+T细胞向Tc17细胞分化来增强过敏性接触性皮炎反应 | 首次发现NFATc1通过调控CD8+T细胞分化命运,促进Tc17细胞生成并加重过敏性接触性皮炎 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究NFATc1在过敏性接触性皮炎发病机制中的作用 | 小鼠CD8+T细胞和过敏性接触性皮炎模型 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 单细胞RNA测序,细胞极化实验,过继转移实验 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | 野生型和Nfatc1条件性敲除小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
3340 | 2025-10-06 |
Long-Term High-Fat Diet Affected Bone Marrow Microenvironment During Aging at Single-Cell Resolution
2025-Aug, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70276
PMID:40692664
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示长期高脂饮食对衰老过程中骨髓微环境的影响 | 首次在单细胞分辨率下系统阐明长期高脂饮食通过骨髓微环境加速衰老的机制,发现骨髓巨噬细胞中Chil3和Fabp4上调及Ptn-Sdc3、Cxcl12-Cxcr4轴等新型信号通路 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究长期高脂饮食如何通过影响骨髓微环境加速衰老过程 | 长期高脂饮食喂养的衰老小鼠模型及其骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | LHA小鼠模型的骨髓细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |