单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2701	2025-07-17	The acute myeloid leukemia microenvironment impairs neutrophil maturation and function through NFκB signaling 2025-Jul-15, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024028199 PMID:40663784	研究论文	本研究探讨急性髓系白血病（AML）微环境如何通过NFκB信号通路损害中性粒细胞的成熟和功能	揭示了AML微环境通过NFκB信号通路导致中性粒细胞功能受损和免疫抑制的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类AML患者的验证数据有限	探究AML对健康造血系统特别是中性粒细胞功能的影响	AML微环境中的中性粒细胞	血液肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞转录组学、细胞因子筛选、染色质重塑分析	AML小鼠模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	小鼠模型和AML患者样本（具体数量未明确说明）
2702	2025-07-17	Endocrine Resistance Score Based on Three Key Genes Predicts Prognosis and Reveals Potential Therapeutic Targets for ER+HER2- Breast Cancer 2025-Jul-15, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70100 PMID:40664624	研究论文	本研究通过构建内分泌抗性细胞系和转录组分析，鉴定了三个关键基因CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1，并开发了内分泌抗性评分（ERS）来预测ER+HER2-乳腺癌患者的预后	首次发现CLEC3A、PCDH10和ST3GAL1三个基因与内分泌抗性相关，并构建了ERS评分系统，为ER+HER2-乳腺癌提供了新的预后指标和治疗靶点	研究主要基于细胞系和小样本组织，尚未进行大规模临床验证	探索ER+HER2-乳腺癌内分泌抗性的分子机制并寻找预后标志物和治疗靶点	ER+HER2-乳腺癌细胞系和患者组织样本	肿瘤学	乳腺癌	转录组分析、单细胞RNA测序、Cox回归分析	nomogram模型	RNA-seq数据	内分泌抗性细胞系和患者组织样本（具体数量未明确说明）
2703	2025-07-17	Mapping trait-associated cells with spatial transcriptomics 2025-Jul-15, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-025-00877-4 PMID:40664743	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2704	2025-07-17	scGPT: end-to-end protocol for fine-tuned retinal cell type annotation 2025-Jul-15, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-025-01220-1 PMID:40665101	研究论文	本文提供了一个全面的指南，用于在单细胞RNA测序数据中微调scGPT进行细胞类型分类	利用基于transformer的架构，scGPT提供了一种灵活、可扩展的解决方案，用于高精度细胞类型注释，特别是在处理大规模数据集和罕见细胞群时	需要中级的生物信息学知识，且对Python和Linux的基本了解是必要的	提高单细胞研究中细胞类型注释的准确性和效率	单细胞RNA测序数据中的视网膜细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	transformer-based (scGPT)	单细胞RNA测序数据	自定义视网膜数据集
2705	2025-07-17	Light-Regulated Reprogramming in Moss: SHMT1 Mediates Blue Light Enhancement of Cell Regeneration 2025-Jul-15, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.70044 PMID:40665554	研究论文	本研究揭示了蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程的分子机制	首次发现蓝光通过上调SHMT1基因促进植物细胞重编程	研究仅在小立碗藓中进行，未在其他植物中验证	探究光条件与细胞重编程之间的分子关系	小立碗藓原生质体	植物分子生物学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据	不同光照条件下培养24小时的原生质体样本
2706	2025-07-17	IGF2BP2 alleviates ulcerative colitis by inhibiting MEK1/2 and ERK1/2 signaling pathways in intestinal epithelial cells via m6A-dependent stabilization of LGI4 mRNA 2025-Jul-14, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.115206 PMID:40663812	research paper	本研究探讨了m6A阅读蛋白IGF2BP2在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用及其通过m6A依赖的LGI4 mRNA稳定机制抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的分子机制	首次揭示了IGF2BP2通过m6A依赖性方式稳定LGI4 mRNA从而抑制MEK1/2-ERK1/2信号通路的新机制，为UC治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于细胞和小鼠模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明IGF2BP2在UC发病机制中的作用及其分子机制	肠上皮细胞、UC患者组织样本、UC细胞模型和动物模型	分子生物学	溃疡性结肠炎	单细胞测序、IHC、Western blot、IF、RT-qPCR、meRIP-qPCR、RNA pulldown、RIP、mRNA稳定性检测	DSS诱导的UC小鼠模型、IGF2BP2敲除小鼠	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织样本、UC细胞模型、小鼠模型
2707	2025-07-17	Keratin 6A Overexpression in the Lymphovascular Invasion-Associated Tumor Subgroup Promotes Progression of Triple-Negative Breast Cancer 2025-Jul-14, Cancer research and treatment IF:4.1Q2 DOI:10.4143/crt.2025.423 PMID:40665712	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌（TNBC）中与淋巴血管侵犯（LVI）相关的上皮调节因子及其在TNBC进展中的功能作用	首次发现KRT6A作为LVI阳性TNBC中的主导上皮亚群标记基因，并通过实验验证其通过Wnt/β-catenin信号通路促进EMT和转移的机制	研究主要基于实验室和动物模型，临床样本验证仍需进一步扩大	探索TNBC中与LVI相关的分子机制及其对疾病进展的影响	三阴性乳腺癌（TNBC）组织和细胞系	癌症研究	三阴性乳腺癌	单细胞测序、转录组分析、免疫组化染色、CCK8实验、伤口愈合实验、transwell实验、动物实验	NA	单细胞测序数据、转录组数据、临床样本数据	多个患者样本和细胞系，具体数量未明确说明
2708	2025-07-17	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals intratumor heterogeneity phenotypes and immune infiltration in pancreatic cancer 2025-Jul-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03080-3 PMID:40652419	研究论文	通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了胰腺癌肿瘤内异质性表型及其与免疫浸润的关系	首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序技术，系统研究胰腺癌肿瘤内异质性，并构建了11基因预后模型	研究主要基于公共数据库的回顾性数据，缺乏前瞻性临床验证	探索胰腺癌肿瘤内异质性的临床意义及其与免疫微环境的关系	胰腺癌患者及其肿瘤组织	数字病理学	胰腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序	机器学习模型	转录组数据	来自TCGA和GEO数据库的胰腺癌样本
2709	2025-07-17	Single-cell RNA sequencing and multi-omics analysis of prognosis-related staging in papillary thyroid cancer 2025-Jul-12, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-025-04101-4 PMID:40650680	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和多组学分析，揭示了甲状腺乳头状癌（PTC）的异质性，并构建了一个新的分子分类系统OSPTCC	提出了基于肿瘤细胞分化状态的分子分类系统OSPTCC，并开发了一个7基因风险评分模型来预测PTC的预后	样本量相对较小，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11名患者	改善甲状腺乳头状癌的风险分层和预后预测	甲状腺乳头状癌患者	digital pathology	thyroid cancer	single-cell RNA sequencing, bulk-RNA sequencing, qRT-PCR	NA	RNA sequencing data	11名PTC患者的158,577个细胞（单细胞RNA测序），501名患者（TCGA-THCA队列），48名患者（独立验证队列）
2710	2025-07-17	Development and validation of a prognostic model for predicting survival and immunotherapy benefits in melanoma based on metabolism-relevant genes 2025-Jul-12, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03186-8 PMID:40652057	研究论文	开发并验证了一个基于代谢相关基因的预后模型，用于预测黑色素瘤患者的生存和免疫治疗益处	利用代谢相关基因（MRGs）对黑色素瘤患者进行分子分型，并开发了一个预后模型来预测患者预后和免疫治疗反应	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外实验，缺乏体内实验验证	预测黑色素瘤患者的生存和免疫治疗反应	皮肤黑色素瘤（SKCM）患者	数字病理学	黑色素瘤	scRNA-seq, WB, qPCR, IHC, siRNA	ResNet50, LASSO, COX回归	基因表达数据, 病理图像	未明确提及具体样本数量，但涉及SKCM患者和细胞系
2711	2025-07-17	Decoding sexual dimorphism of the sex-shared nervous system at single-neuron resolution 2025-Jul-11, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adv9106 PMID:40644535	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，解析了成年雄性和雌雄同体个体中共享神经系统的单神经元分子结构，揭示了神经系统中的广泛分子二态性	首次在单神经元水平上揭示了共享神经系统的性别分子二态性，特别是在触觉受体等先前未被识别的神经元类型中发现了性别偏向表达	研究仅关注了转录组水平的差异，未涉及蛋白质组或表观遗传层面的分析	理解遗传性别如何塑造神经系统的分子结构以驱动性别特异性行为	成年雄性和雌雄同体个体的共享神经系统神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年雄性和雌雄同体个体的神经系统神经元
2712	2025-07-17	Malevolent alliance of MYBL2hi cancer stem cell and SPP1+ macrophage confers resistance to neoadjuvant immunotherapy in bladder cancer 2025-Jul-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011319 PMID:40639849	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间RNA测序揭示了膀胱癌中MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞的恶性联盟导致新辅助免疫治疗耐药的机制	首次发现MYBL2hi癌症干细胞与SPP1+巨噬细胞之间的双向串扰机制，并揭示了CCL15-CCR1-SPP1-ITGα9β1轴在耐药性中的作用	样本量相对较小(12例患者)，且需要进一步临床验证	探索膀胱癌对新辅助免疫检查点阻断治疗耐药的分子机制	膀胱癌患者样本(包括外周血单个核细胞、肿瘤组织、癌旁正常组织和转移淋巴结)	肿瘤免疫学	膀胱癌	scRNA-seq, 空间RNA测序, 多重免疫组化, 小鼠原位膀胱癌模型, 流式细胞术	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	12例膀胱癌患者(2例未治疗, 10例接受nICB治疗)
2713	2025-07-17	Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity 2025-Jul-09, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.06.014 PMID:40664217	研究论文	通过分析疟疾患者血浆蛋白质组和免疫细胞RNA-seq数据，研究疾病严重程度与蛋白质扰动及免疫细胞通讯的关系	首次在疟疾患者中发现超过250种蛋白质的广泛扰动，包括激素、循环受体等新蛋白，并确定了与疾病严重程度相关的11蛋白特征	研究对象为成年旅行者，可能无法完全代表地方性疟疾流行区人群	理解疟疾发病机制和宿主反应，改善临床管理和预防	急性恶性疟原虫疟疾成年患者	蛋白质组学	疟疾	血浆蛋白质组分析，单细胞RNA-seq	NA	蛋白质组数据，RNA-seq数据	包含单细胞RNA-seq数据的捐赠者子集在内的1,463个血浆蛋白样本
2714	2025-07-17	Leucine-rich repeat-containing protein 19 suppresses colorectal cancer by targeting cyclin-dependent kinase 6/E2F1 and remodeling the immune microenvironment 2025-Jul-07, World journal of gastroenterology IF:4.3Q1 DOI:10.3748/wjg.v31.i25.107893 PMID:40656610	研究论文	该研究探讨了富含亮氨酸重复序列蛋白19（LRRC19）在结直肠癌中的抑癌作用及其机制	首次揭示LRRC19通过靶向CDK6/E2F1轴调控细胞周期并重塑免疫微环境来抑制结直肠癌	研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床转化潜力需进一步验证	探究LRRC19在结直肠癌中的抑癌机制及其治疗潜力	结直肠癌组织和细胞系	肿瘤学	结直肠癌	生物信息学分析、定量PCR、免疫组化、Western blotting、双荧光素酶报告基因检测、分子对接、单细胞测序	小鼠异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、单细胞测序数据	来自Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库的结直肠癌样本，以及实验验证的细胞系和小鼠模型
2715	2025-07-17	Emerging Techniques of Translational Research in Immuno-Oncology: A Focus on Non-Small Cell Lung Cancer 2025-Jul-04, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132244 PMID:40647543	综述	本文综述了免疫肿瘤学转化研究中的新兴技术，特别是针对非小细胞肺癌（NSCLC）的诊断和治疗策略	探讨了人工智能、液体活检、单细胞RNA测序和病理组学等新兴技术在NSCLC中的应用及其在提高诊断和治疗精确性方面的潜力	未提及具体临床试验数据或样本量，可能缺乏实证支持	优化NSCLC的个性化治疗策略，提高患者生存率	非小细胞肺癌（NSCLC）患者	数字病理学	肺癌	人工智能、液体活检、单细胞RNA测序、病理组学	Machine Learning, Deep Learning	NA	NA
2716	2025-07-17	Emerging Therapeutic Strategies Targeting GPX4-Mediated Ferroptosis in Head and Neck Cancer 2025-Jul-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26136452 PMID:40650229	综述	本文综述了靶向GPX4介导的铁死亡在头颈癌治疗中的新兴策略	探讨了GPX4的多方面调控机制及其在克服头颈癌治疗耐药性中的核心作用，并总结了预测铁死亡敏感性的新兴生物标志物	存在药物递送、毒性和耐药机制等挑战	探索铁死亡-GPX4轴作为头颈癌治疗的新靶点	头颈癌（HNC）	肿瘤学	头颈癌	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	NA	NA
2717	2025-07-17	Stratification of Hepatocellular Carcinoma Using N6-Methyladenosine 2025-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132220 PMID:40647517	research paper	该研究通过m6A相关基因构建了一个风险模型，用于预测肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗效果	首次利用m6A相关基因构建风险模型，预测HCC患者的预后和免疫治疗效果，并通过单细胞转录组分析验证模型基因与免疫细胞亚群的关系	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据处理方法的限制	评估m6A相关基因在预测HCC患者总体生存和免疫治疗效果中的潜力	肝细胞癌（HCC）患者	digital pathology	liver cancer	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	LASSO Cox regression, multivariate Cox regression	transcriptomic data	485名HCC患者（来自TCGA-LIHC和GSE76427数据集）
2718	2025-07-17	Current Landscape of Preclinical Models for Pediatric Gliomas: Clinical Implications and Future Directions 2025-Jul-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17132221 PMID:40647519	综述	本文回顾了儿童高级别胶质瘤（pHGGs）特别是弥漫性中线胶质瘤（DMGs）的临床前模型研究进展及其未来发展方向	总结了最新的体外、离体和体内模型，包括患者来源的脑类器官、基因工程小鼠模型（GEMMs）以及区域特异性中线类器官，这些模型结合了SHH、BMP和FGF2/8/19信号通路来模拟脑桥胶质瘤	未提及具体模型的临床应用效果或局限性	推进儿童胶质瘤的有效治疗	儿童高级别胶质瘤（pHGGs）特别是弥漫性中线胶质瘤（DMGs）	数字病理学	胶质瘤	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序, 空间转录组学	GEMMs, 脑类器官	NA	NA
2719	2025-07-17	Scalable and unsupervised discovery from raw sequencing reads using SPLASH2 2025-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02381-2 PMID:39313645	research paper	介绍SPLASH2，一种基于高效k-mer计数方法的快速、可扩展实现，用于在大规模数据集中检测调控序列变异	SPLASH2能够处理多种测序技术和生物背景的大规模数据，并在单细胞RNA测序和批量RNA测序数据中展示生物学发现	未明确提及具体局限性	开发一种快速、可扩展的工具，用于检测调控序列变异	单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据	生物信息学	癌症	RNA-seq	NA	测序数据	Cancer Cell Line Encyclopedia中的批量RNA测序数据及单细胞RNA测序数据
2720	2025-07-17	Multiplexed, image-based pooled screens in primary cells and tissues with PerturbView 2025-Jul, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-024-02391-0 PMID:39375449	研究论文	本文介绍了一种名为PerturbView的光学池化筛选技术，能够在包括原代细胞和组织在内的多种系统中进行高多重表型读出筛选	通过体外转录扩增条形码再进行原位测序，克服了现有技术限制，将光学池化筛选技术扩展到原代细胞和组织	NA	开发一种更强大的光学池化筛选技术，扩展其在生物医学研究中的应用范围	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代免疫细胞和动物模型肿瘤组织切片	生物医学工程	NA	光学池化筛选(OPS)、体外转录、原位测序、空间转录组学	NA	图像数据、转录组数据	诱导多能干细胞衍生的神经元、原代骨髓来源巨噬细胞、小鼠异种移植模型组织切片