单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
26481	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation 2019-05-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz181 PMID:30873540	研究论文	本文介绍了一种使用微毛细管操纵的单细胞数字基因表达（1cell-DGE）方法，用于在保持细胞位置信息的同时，从完整组织中提取单个活细胞的内容物进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），并分析了苔藓Physcomitrella patens叶片细胞在重编程过程中的差异表达基因。	本文创新性地开发了1cell-DGE方法，能够在不分离细胞的情况下，通过微毛细管操纵技术获取单个细胞的转录组信息，并保留细胞的位置信息。	该方法的应用受限于能够从原始组织中分离的细胞类型，且难以在原位获得这些细胞的精确位置信息。	研究目的是开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析细胞在重编程过程中的基因表达变化。	研究对象是苔藓Physcomitrella patens的叶片细胞在重编程过程中的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	在0小时和24小时后切除的叶片细胞中，识别了6382个差异表达基因
26482	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing and Optical Electrophysiology of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Reveal Discordance Between Cardiac Subtype-Associated Gene Expression Patterns and Electrophysiological Phenotypes 2019-05-15, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2019.0030 PMID:30892143	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和光学电生理学技术，分析人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞的基因表达模式与电生理表型之间的一致性	发现心肌细胞亚型相关的基因表达模式无法准确分类细胞的电生理功能，但某些基因表达的变化可以影响电生理成熟	单细胞基因表达模式无法区分心肌细胞的亚型，如心房、心室或结节型	评估单细胞基因表达是否足以预测iPSC衍生心肌细胞的电生理特性	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个hiPSC衍生的心肌细胞
26483	2024-08-09	Cell composition analysis of bulk genomics using single-cell data 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0355-5 PMID:30886410	研究论文	本文介绍了一种名为Cell Population Mapping (CPM)的解卷积算法，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据来推断复杂组织中细胞类型和状态的组成	CPM算法能够重建异质组织中细胞状态的连续谱，并揭示了细胞丰度与临床症状之间的关系是细胞状态特异性的	NA	研究细胞类型和状态的组成及其与临床症状的关系	流感病毒感染的小鼠肺部组织	数字病理学	流感	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	解卷积算法	转录组数据	流感病毒感染的小鼠肺部组织样本
26484	2024-08-09	Scalable analysis of cell-type composition from single-cell transcriptomics using deep recurrent learning 2019-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0353-7 PMID:30886411	研究论文	本文介绍了scScope方法，该方法利用深度学习技术从大量噪声单细胞基因表达数据中准确快速地识别细胞类型组成	提出了scScope方法，利用深度学习技术处理大规模单细胞RNA测序数据，实现了细胞类型组成的快速准确识别	NA	开发一种能够从大规模单细胞转录组数据中快速准确识别细胞类型组成的方法	单细胞转录组数据中的细胞类型组成	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习	基因表达数据	数百万个单细胞
26485	2024-08-09	Functional Heterogeneity of Mouse Prostate Stromal Cells Revealed by Single-Cell RNA-Seq 2019-Mar-29, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.02.032 PMID:30878879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，详细描述了小鼠前列腺基质细胞的三种主要细胞群体及其功能特性	NA	探究成年小鼠前列腺基质细胞的表型和功能异质性	小鼠前列腺基质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
26486	2024-08-09	PAGA: graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells 2019-03-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1663-x PMID:30890159	研究论文	本文介绍了基于估计数据流形分区连接性的图抽象方法PAGA，用于单细胞RNA-seq数据的解释性图映射	PAGA方法能够保留数据的全局拓扑结构，允许在不同分辨率下分析数据，并显著提高典型探索性数据分析工作流的计算效率	NA	开发一种新的方法来解释单细胞RNA-seq数据中的细胞类型和细胞过渡	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	图抽象方法	数据流形	四个造血数据集、成年涡虫和斑马鱼胚胎以及一百万个神经元
26487	2024-08-09	Molecular profiling of resident and infiltrating mononuclear phagocytes during rapid adult retinal degeneration using single-cell RNA sequencing 2019-03-19, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-41141-0 PMID:30890724	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了在快速成年视网膜退化过程中，驻留和浸润的单核吞噬细胞的分子特征	本研究揭示了中枢神经系统中细胞自主退化时先天免疫反应的先前无法测量的分子异质性	NA	探讨在神经退化过程中驻留和浸润免疫细胞的具体作用	视网膜中的驻留和浸润单核吞噬细胞	数字病理学	视网膜退化	单细胞RNA测序	NA	RNA	整个CD11bCD45细胞群体
26488	2024-08-09	In Vivo Generation of Post-infarct Human Cardiac Muscle by Laminin-Promoted Cardiovascular Progenitors 2019-03-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.083 PMID:30893597	研究论文	本文研究了通过层粘连蛋白促进心血管前体细胞生成后梗死人心脏肌肉的方法	首次识别并生产了人类重组层粘连蛋白-221，并展示了其促进人类胚胎干细胞向心肌细胞分化的能力	NA	探索再生受损人心脏肌肉的新方法	人类胚胎干细胞衍生的心血管前体细胞	数字病理学	心血管疾病	RNA测序	NA	RNA	使用了来自不同人类胚胎干细胞系的样本
26489	2024-08-09	Dissecting Cell Lineage Specification and Sex Fate Determination in Gonadal Somatic Cells Using Single-Cell Transcriptomics 2019-03-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.02.069 PMID:30893600	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了卵巢Nr5a1-GFP体细胞在性别决定过程中的细胞谱系特化和性别命运决定	首次通过时间序列单细胞RNA测序，揭示了早期前体细胞如何分化为支持细胞以及性特异性细胞的分子机制	NA	探究哺乳动物性决定过程中分子和细胞的基础	卵巢Nr5a1-GFP体细胞在性别决定过程中的细胞谱系特化和性别命运决定	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	XX和XY体细胞
26490	2024-08-09	ST viewer: a tool for analysis and visualization of spatial transcriptomics datasets 2019-03-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty714 PMID:30875427	research paper	本文介绍了一种名为ST Viewer的工具，用于实时交互、分析和可视化空间转录组学数据集	ST Viewer提供了一个无缝且流畅的用户界面，使得空间转录组学数据集的分析和可视化变得更加便捷	NA	开发一种新的工具，以简化空间转录组学数据集的分析和可视化过程	空间转录组学数据集	生物信息学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
26491	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis identifies distinct cell types and niche signaling in a primary gastric organoid model 2019-03-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-40809-x PMID:30872643	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胃器官模型中的细胞类型和微环境信号	首次使用单细胞RNA测序技术在胃器官模型中识别了特定的细胞类型和微环境信号	NA	研究胃组织微环境中的细胞类型和信号传导	胃器官模型中的细胞类型和微环境信号	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-Seq)	NA	转录组	4,391个单细胞
26492	2024-08-09	Human genes escaping X-inactivation revealed by single cell expression data 2019-Mar-12, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5507-6 PMID:30871455	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术检测了体细胞中逃逸X染色体失活的基因	首次在单细胞水平上系统地研究了X染色体失活及其逃逸现象，并发现了新的长非编码RNA逃逸基因	研究仅使用了有限数量的细胞样本，且主要集中在纤维母细胞和淋巴母细胞两种细胞类型	探究X染色体失活及其逃逸现象，并识别新的逃逸基因	体细胞中的X染色体失活逃逸基因	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	104个健康纤维母细胞和25个具有测序亲本基因组的克隆淋巴母细胞
26493	2024-08-09	Dynamic transcriptome profiles within spermatogonial and spermatocyte populations during postnatal testis maturation revealed by single-cell sequencing 2019-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007810 PMID:30893341	研究论文	本研究利用单细胞mRNA测序技术，揭示了在青春期睾丸成熟过程中，精原细胞和精母细胞群体的动态转录组特征	本研究首次无偏差地采集了睾丸成熟期间精原细胞和精母细胞的高分辨率单细胞深度数据集，揭示了高度过渡性细胞群体的先前未知的转录动态，并开始揭示发育中的精原细胞和精母细胞在生物途径利用上的关键差异	NA	探索睾丸成熟过程中发育细胞阶段的转录组特征	精原细胞和精母细胞的转录组特征	NA	NA	单细胞mRNA测序	NA	转录组数据	NA
26494	2024-08-09	The Impact of Heterogeneity on Single-Cell Sequencing 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00008 PMID:30881372	研究论文	本文探讨了细胞异质性对单细胞测序数据大规模分析的重要性，特别是在肿瘤学和其他疾病研究中的应用	本文通过整合全基因组分析和成本效益更高的下一代测序技术，揭示了细胞异质性的水平	这些检测可以生成极大的数据量，对数据处理和分析提出了挑战	研究细胞异质性对单细胞测序数据大规模分析的影响	单细胞测序数据中的基因表达和体细胞突变异质性	数字病理学	NA	下一代测序（NGS）	NA	测序数据	大规模分析
26495	2024-08-09	webCEMiTool: Co-expression Modular Analysis Made Easy 2019, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2019.00146 PMID:30894872	研究论文	介绍了一个名为webCEMiTool的在线工具，用于自动化执行共表达模块分析，并进行功能分析和网络分析	webCEMiTool是一个独特的在线工具，能够全面自动化地进行模块分析，并整合转录组数据与相互作用组信息	NA	开发一个易于使用的工具，用于共表达模块分析和功能分析	人类细胞中单细胞RNA测序数据，感染了寨卡病毒或登革热病毒	生物信息学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	感染了寨卡病毒或登革热病毒的人类细胞
26496	2024-08-09	Probabilistic count matrix factorization for single cell expression data analysis 2019-10-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz177 PMID:30865271	研究论文	本文提出了一种概率计数矩阵分解（pCMF）方法，用于单细胞表达数据分析，该方法基于稀疏Gamma-Poisson因子模型，并使用变分EM算法进行推断	pCMF方法能够同时构建细胞和基因的低维表示，适用于单细胞数据的可视化和聚类	NA	探索高吞吐量单细胞测序技术在细胞转录组群体多样性研究中的应用	单细胞表达数据	生物信息学	NA	单细胞测序	Gamma-Poisson因子模型	表达数据	NA
26497	2024-08-09	Defining the Activated Fibroblast Population in Lung Fibrosis Using Single-Cell Sequencing 2019-07, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2018-0313OC PMID:30848683	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析了博莱霉素诱导的肺纤维化模型，以表征纤维化损伤的分子反应	通过单细胞RNA测序技术，识别并定义了一个激活的成纤维细胞亚群，并生成了一个49基因的特征签名	所识别的基因并非特定于激活的细胞或疾病环境，表明激活的成纤维细胞并非独特定义，而是表现出与对照细胞相似但放大的基因表达模式	旨在深入理解特发性肺纤维化中成纤维细胞群体的特征	特发性肺纤维化中的成纤维细胞群体	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	肺细胞样本在第11天采集
26498	2024-08-09	Cell-specific network constructed by single-cell RNA sequencing data 2019-06-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz172 PMID:30864667	研究论文	本文提出了一种新的方法，利用单细胞RNA测序数据为每个单细胞构建细胞特异性网络（CSN）	首次能够在单细胞分辨率水平上识别基因关联/网络，并将数据从‘不稳定’的基因表达形式转换为‘稳定’的基因关联形式	传统的网络方法局限于分组细胞，而不是每个单细胞，因此会消除单细胞的异质性	开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据，以揭示单细胞水平的基因关联	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	细胞特异性网络（CSN）	基因表达数据	大量单细胞
26499	2024-08-09	The myriad possibility of kidney organoids 2019-05, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000498 PMID:30865165	综述	本文综述了近年来在人多能干细胞衍生的肾脏类器官领域的最新进展，包括分化协议、分析工具及其应用	肾脏类器官作为一种新的体外系统，能够覆盖早期肾发生的窗口，并具有疾病建模的能力。通过全局分析工具如RNA测序和蛋白质组学，为肾脏类器官的研究提供了新的和意外的见解	尽管存在一些限制，但人多能干细胞衍生的肾脏类器官是研究肾脏发育和疾病的真实且实用的模型	旨在总结肾脏类器官的最新进展，并探讨其在组织再生、药物筛选和疾病建模方面的应用	人多能干细胞衍生的肾脏类器官	NA	NA	RNA测序、蛋白质组学	NA	细胞	NA
26500	2024-08-09	Single-Cell RNA Profiling of Glomerular Cells Shows Dynamic Changes in Experimental Diabetic Kidney Disease 2019-04, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090896 PMID:30846559	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了糖尿病肾病中肾小球细胞的基因表达变化	首次详细揭示了糖尿病肾病中肾小球细胞特异性基因表达的动态变化	研究仅限于特定的eNOS-/-小鼠模型，可能不适用于所有糖尿病肾病情况	阐明糖尿病肾病中肾小球细胞特异性基因表达的变化	糖尿病肾病中的肾小球细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自糖尿病eNOS-/-小鼠和对照eNOS-/-小鼠的肾小球细胞