单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28135 篇文献，本页显示第 23541 - 23560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23541 | 2024-08-08 |
PsiNorm: a scalable normalization for single-cell RNA-seq data
2021-12-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab641
PMID:34499096
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研究论文 | 本文提出了一种名为PsiNorm的单细胞RNA测序数据标准化方法，基于幂律帕累托分布参数估计的样本间标准化方法 | PsiNorm是一种简单且高度可扩展的标准化方法，不需要参考样本，适用于监督分类设置中的新样本数据标准化 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据标准化方法，以解决现有方法在计算资源和时间上的高需求问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23542 | 2024-08-08 |
Redundant mechanisms driven independently by RUNX1 and GATA2 for hematopoietic development
2021-12-14, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2020003969
PMID:34492681
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研究论文 | 本文通过研究zebrafish的runx1突变体，揭示了在缺乏功能性runx1的情况下，cd41-GFP+造血前体细胞仍能从造血内皮中出现并定植于突变胚胎的造血组织中，且gata2b在runx1-/-胚胎中的表达增加，表明RUNX1和GATA2在造血干细胞生成中具有冗余作用 | 发现RUNX1和GATA2在造血干细胞生成中具有冗余作用，相互作为对方的保障机制 | NA | 探究在缺乏功能性runx1的情况下，造血干细胞生成的补偿机制 | zebrafish的runx1突变体及造血前体细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用3个新的zebrafish runx1-/-品系 |
| 23543 | 2024-08-08 |
scDeepSort: a pre-trained cell-type annotation method for single-cell transcriptomics using deep learning with a weighted graph neural network
2021-12-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab775
PMID:34500471
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研究论文 | 介绍了一种名为scDeepSort的预训练细胞类型注释工具，该工具利用加权图神经网络（GNN）的深度学习模型进行单细胞转录组学研究 | scDeepSort是首个尝试使用预训练GNN模型对scRNA-seq数据进行细胞类型注释的方法，无需额外的参考资料，如标记基因或RNA-seq profiles | NA | 开发一种高效的单细胞转录组数据细胞类型注释方法 | 人类和小鼠的单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 加权图神经网络（GNN） | 转录组数据 | 涉及56个人类和32个小鼠组织的764,741个细胞 |
| 23544 | 2024-08-08 |
Evaluation of tumor microenvironmental immune regulation and prognostic in lung adenocarcinoma from the perspective of purinergic receptor P2Y13
2021-12, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2021.1971029
PMID:34494914
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研究论文 | 本研究通过ESTIMATE评分系统和CIBERSORT方法分析了TCGA数据库中598个RNA转录本的肿瘤微环境评分，探讨了肺腺癌中肿瘤浸润免疫细胞与P2Y13受体的关系及其对预后的影响 | 首次探讨了P2Y13受体在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为预后标志物的潜力 | NA | 研究P2Y13受体在肺腺癌中的表达及其对肿瘤微环境和预后的影响 | 肺腺癌患者的肿瘤微环境和P2Y13受体的表达 | 数字病理学 | 肺腺癌 | RNA测序, 免疫组化 | NA | RNA转录本 | 598个RNA转录本, 人类肺腺癌组织 |
| 23545 | 2024-08-08 |
Characterisation of Ppy-lineage cells clarifies the functional heterogeneity of pancreatic beta cells in mice
2021-12, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-021-05560-x
PMID:34498099
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研究论文 | 本研究通过使用Ppy-Cre驱动小鼠和PP特异性单克隆抗体，探讨了Ppy谱系细胞与β细胞之间的关联，并通过单细胞转录组分析和Ca2+成像评估了内分泌细胞的分子特征和β细胞的葡萄糖反应性 | 发现Ppy谱系细胞对四种主要类型的内分泌细胞（包括β细胞）有贡献，且Ppy谱系β细胞表现出不同的功能和基因表达特征 | NA | 阐明小鼠胰腺β细胞的功能异质性 | 胰腺Ppy谱系细胞和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），Ca2+成像 | NA | 单细胞RNA序列 | 涉及Ppy-Cre驱动小鼠和实验性糖尿病模型小鼠 |
| 23546 | 2024-08-08 |
Vertical sleeve gastrectomy triggers fast β-cell recovery upon overt diabetes
2021-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101330
PMID:34500108
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了垂直袖状胃切除术（VSG）在晚期糖尿病db/db小鼠模型中对β细胞功能恢复的影响 | 首次在单细胞水平上研究了VSG对晚期2型糖尿病（T2D）患者β细胞恢复的可能性，并揭示了VSG诱导的β细胞转录组内在变化及其功能改善 | 研究仅在db/db小鼠模型中进行，尚未在人类T2D患者中验证VSG的效果 | 探讨垂直袖状胃切除术在晚期2型糖尿病中恢复β细胞功能的作用及其机制 | 晚期糖尿病db/db小鼠模型 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 晚期糖尿病db/db小鼠 |
| 23547 | 2024-08-08 |
Molecular Profiling of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) Autopsies Uncovers Novel Disease Mechanisms
2021-12, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2021.08.009
PMID:34506752
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研究论文 | 本研究利用多尺度下一代RNA测序方法（包括批量、单核和空间转录组学）评估COVID-19快速尸检组织，以提供前所未有的分子分辨率，揭示COVID-19诱导的损伤。 | 通过比较感染与未感染组织，发现了四个主要的调控通路，并提出了潜在的新治疗靶点。 | 研究样本量较小，需要扩展到更大的数据集以进一步理解COVID-19的病理生理机制。 | 旨在通过先进的分子技术评估COVID-19尸检组织，以识别通路和效应器，并在单细胞水平上绘制多样化的受体，从而帮助解析驱动个体患者临床过程差异的因素。 | COVID-19患者的快速尸检组织。 | 数字病理学 | COVID-19 | 下一代RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及不同症状的两名患者尸检组织 |
| 23548 | 2024-08-08 |
Single-Cell Profiling Reveals Metabolic Reprogramming as a Resistance Mechanism in BRAF-Mutated Multiple Myeloma
2021-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-2040
PMID:34518309
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了BRAF突变的多发性骨髓瘤中，通过代谢重编程作为对精准医疗产生抗性的机制。 | 研究发现癌症细胞能够通过转录状态改变、表观遗传适应和代谢重塑快速适应精准治疗，从而暴露出新的脆弱性。 | NA | 研究BRAF突变的多发性骨髓瘤细胞是否能通过快速适应BRAF抑制剂治疗来确保其生存，以此作为精准医疗抗性的模型。 | BRAF突变的多发性骨髓瘤患者和细胞系 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA-seq、H3K27ac染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、代谢通量分析 | NA | RNA | 3名BRAF突变的多发性骨髓瘤患者和1名健康捐赠者的1,495个细胞 |
| 23549 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Heterogeneity of Infiltrating Immune Cell Profiles in the Hepatic Cystic Echinococcosis Microenvironment
2021-11-16, Infection and immunity
IF:2.9Q2
DOI:10.1128/IAI.00297-21
PMID:34491790
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肝包虫病病变微环境中浸润免疫细胞的异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了肝包虫病病变微环境中浸润免疫细胞的转录异质性，并提供了潜在的诊断和免疫治疗靶点 | 研究样本仅来自四名肝包虫病患者，可能影响结果的普遍性 | 探究肝包虫病病变微环境中浸润免疫细胞的组成和异质性 | 从四名肝包虫病患者中分离出的81,865个免疫细胞 | 数字病理学 | 寄生虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 81,865个免疫细胞 |
| 23550 | 2024-08-08 |
Overexpression of transposable elements is associated with immune evasion and poor outcome in colorectal cancer
2021-11, European journal of cancer (Oxford, England : 1990)
DOI:10.1016/j.ejca.2021.08.003
PMID:34492588
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研究论文 | 本研究探讨了转座子元素（TE）在结直肠癌（CRC）中的过度表达与免疫逃逸及不良预后的关联 | 揭示了TE驱动免疫逃逸的新机制，并强调TE表达作为CRC患者预后的重要因素 | NA | 探究结直肠癌中高免疫细胞浸润与不良预后之间的机制 | 结直肠癌肿瘤中的转座子元素表达及其对免疫逃逸和预后的影响 | NA | 结直肠癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用The Cancer Genome Atlas的RNA测序数据 |
| 23551 | 2024-08-08 |
β-Agonist exposure preferentially impacts lung macrophage cyclic AMP-related gene expression in asthma and asthma COPD overlap syndrome
2021-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00260.2021
PMID:34494468
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研究论文 | 研究探讨了β-激动剂暴露对哮喘和哮喘-COPD重叠综合征中肺泡巨噬细胞cAMP相关基因表达的影响 | 通过单细胞RNA测序和大量RNA测序，验证了β-激动剂暴露后肺泡巨噬细胞中cAMP相关基因表达的抑制，并发现这种抑制在肺泡巨噬细胞中最为显著 | 研究主要集中在肺泡巨噬细胞，未全面探讨其他细胞类型对β-激动剂暴露的反应 | 验证β-激动剂暴露对哮喘和哮喘-COPD重叠综合征中肺泡巨噬细胞cAMP相关基因表达的影响 | 哮喘和哮喘-COPD重叠综合征患者的肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 哮喘, COPD | 单细胞RNA测序, 大量RNA测序 | NA | RNA | 包括来自严重哮喘研究计划(SARP)患者的肺泡灌洗样本、THP-1细胞培养样本、健康和疾病肺组织样本等 |
| 23552 | 2024-08-08 |
EnTSSR: A Weighted Ensemble Learning Method to Impute Single-Cell RNA Sequencing Data
2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3110850
PMID:34495837
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研究论文 | 本文提出了一种名为EnTSSR的新型加权集成学习方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 通过多视角双侧稀疏自表示框架，利用不同填补方法的共识相似性，并引入加权集成策略有效整合信息 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值填补 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习方法 | RNA测序数据 | NA |
| 23553 | 2024-08-08 |
Disease pathology in fibrotic interstitial lung disease: is it all about usual interstitial pneumonia?
2021-10-16, Lancet (London, England)
DOI:10.1016/S0140-6736(21)01961-9
PMID:34499865
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综述 | 本文综述了间质性肺疾病中的纤维化病理及其与进行性纤维化表型的关系 | 探讨了免疫组化和单细胞RNA测序等技术在间质性肺疾病病理分类中的应用 | NA | 探讨间质性肺疾病的病理特征及其与进行性纤维化的关系 | 间质性肺疾病的病理特征和进行性纤维化 | 数字病理学 | 间质性肺疾病 | 免疫组化, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 23554 | 2024-08-08 |
Self-Renewing Islet TCF1+ CD8 T Cells Undergo IL-27-Controlled Differentiation to Become TCF1- Terminal Effectors during the Progression of Type 1 Diabetes
2021-10-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100362
PMID:34507949
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了NOD小鼠胰岛中浸润的CD8 T细胞的表型复杂性，并揭示了在1型糖尿病进展过程中，胰岛TCF1+ CD8 T细胞通过IL-27信号调控分化为TCF1-终末效应细胞的机制。 | 首次揭示了胰岛TCF1+ CD8 T细胞具有自我更新能力，并通过IL-27信号调控分化为终末效应细胞，为1型糖尿病的发病机制提供了新的见解。 | NA | 探究1型糖尿病进展过程中胰岛CD8 T细胞的维持机制。 | NOD小鼠胰岛中的CD8 T细胞。 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23555 | 2024-08-08 |
Single-genome sequencing reveals within-host evolution of human malaria parasites
2021-10-13, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2021.08.009
PMID:34492224
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术，对低寄生虫血症感染的11名患者进行了406个接近完整的单个恶性疟原虫基因组的测序，揭示了疟原虫在宿主体内的进化过程 | 首次使用单细胞测序技术研究低寄生虫血症感染患者的疟原虫基因组，揭示了疟原虫在宿主体内的进化和选择压力 | NA | 探究疟原虫在宿主体内的进化过程及其对基因和通路水平的影响 | 恶性疟原虫和间日疟原虫的单细胞基因组 | 基因组学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 11名患者中的406个恶性疟原虫基因组和15名患者中的315个间日疟原虫基因组 |
| 23556 | 2024-08-08 |
Single-cell heterogeneity analysis and CRISPR screens in MIN6 cell line reveal transcriptional regulators of insulin
2021-10, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2021.1969204
PMID:34494921
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研究论文 | 本文通过在MIN6细胞系中结合单细胞RNA测序和CRISPR筛选，研究了胰岛素转录调控因子 | 本研究首次在MIN6细胞系中发现了与胰岛素转录相关的未特征化长非编码RNA GM26917，并揭示了复杂的内部网络 | NA | 探索糖尿病相关胰岛素调控因子的转录机制 | MIN6细胞系中的胰岛素转录调控因子 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR筛选 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23557 | 2024-08-08 |
UICPC: Centrality-based clustering for scRNA-seq data analysis without user input
2021-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.104820
PMID:34508973
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研究论文 | 本文提出了一种基于中心性的聚类方法UICPC，用于无需用户输入的scRNA-seq数据分析，并通过与9种最先进的聚类方法在11个真实世界scRNA-seq数据集上的比较，展示了其有效性和实用性 | UICPC方法无需用户输入，且在NMI、Purity和ARI等方面表现出优异的性能 | UICPC方法需要设置阈值，这些阈值在广泛实验后进行基准测试 | 开发一种无需用户输入的scRNA-seq数据分析聚类方法 | scRNA-seq数据集中的细胞分组 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 聚类方法 | scRNA-seq数据 | 11个真实世界的scRNA-seq数据集 |
| 23558 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis to characterize cells and gene expression landscapes in atrial septal defect
2021-10, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.16914
PMID:34514716
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序技术分析房间隔缺损（ASD）患者的细胞类型和基因表达谱 | 使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上研究感兴趣的细胞亚群中的差异表达基因（DEG） | NA | 研究房间隔缺损（ASD）患者的细胞类型和基因表达谱 | 房间隔缺损（ASD）患者的细胞和基因表达 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵 | 18,411个基因在6487个细胞中 |
| 23559 | 2024-08-08 |
Current approaches to fate mapping and lineage tracing using image data
2021-09-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198994
PMID:34498046
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综述 | 本文综述了利用图像数据进行命运图谱和谱系追踪的当前方法 | 结合了光显微镜、标记策略和计算方法分析复杂图像数据的新进展，以及基因组学和单细胞转录组学的强大进步 | NA | 探讨在活体成像数据中进行谱系追踪的不同策略和应用，并概述可应用于各种细胞追踪挑战的软件方法 | 胚胎发育中的细胞谱系 | 计算机视觉 | NA | 光显微镜、单细胞转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 23560 | 2024-08-08 |
Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma
2021-09-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00962-3
PMID:34507604
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研究论文 | 本研究通过分析7名结直肠癌（CRC）患者的原发性和转移性肿瘤的批量和单细胞外显子测序数据，揭示了转移性CRC的进化模式 | 单细胞外显子测序（scWES）数据揭示了批量外显子测序（WES）未能检测到的罕见突变，并定义了两种不同的细胞群体，表明原发性和转移性肿瘤细胞之间存在多样的进化轨迹 | NA | 研究结直肠癌的转移机制及其进化模式 | 结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞外显子测序（scWES） | NA | 基因组数据 | 7名结直肠癌患者，其中4名进行了单细胞测序 |