单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2281	2025-07-10	Single-cell transcriptome atlas reveals mitophagy dynamics in acute chemical injury model and the role of MSCs transplantation 2025-Jul-06, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04491-3 PMID:40619426	研究论文	本研究通过单细胞转录组图谱揭示了急性化学损伤模型中线粒体自噬的动态变化以及间充质干细胞移植的作用	首次在单细胞水平上揭示了急性肝衰竭中线粒体自噬的细胞特异性变化，并阐明了间充质干细胞通过调控不同细胞类型的线粒体自噬状态来缓解疾病进展的分子机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究间充质干细胞治疗急性肝衰竭过程中肝细胞和巨噬细胞的线粒体自噬状态变化	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和人脐带间充质干细胞移植小鼠的肝组织	单细胞转录组学	急性肝衰竭	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	健康小鼠、急性肝衰竭小鼠和hUC-MSC移植小鼠的肝组织样本
2282	2025-07-10	Systematic assessment of microenvironment-dependent transcriptional patterns and intercellular communication 2025-Jul-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03677-5 PMID:40619422	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（ST），系统评估空间微环境如何影响基因表达和细胞间通讯	首次系统性地结合scRNA-seq和ST技术，评估空间微环境对基因表达和细胞间通讯的影响	研究揭示了scRNA-seq数据在捕捉微环境特异性分子相互作用方面的局限性，即使利用了空间信息	理解细胞间通讯及其对空间组织的依赖性，以揭示组织复杂性和器官功能	乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集	生物信息学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据	多个乳腺癌、大脑皮层和心脏数据集（具体数量未明确说明）
2283	2025-07-10	The impact of T cells on immune-related liver diseases: an overview 2025-Jul-04, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-025-00387-0 PMID:40616144	综述	本文综述了T细胞在免疫相关肝病中的作用及其生物学特性	利用单细胞RNA测序和空间转录组学等组学技术，揭示了T细胞在肝纤维化进展和恢复中的作用	免疫相关肝病领域仍存在大量未满足的需求	探讨T细胞在非病毒性肝病中的作用及最新治疗策略	自身免疫性肝炎（AIH）、原发性硬化性胆管炎（PSC）、原发性胆汁性胆管炎（PBC）和代谢相关脂肪性肝炎（MASH）	免疫学	肝病	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	NA	NA
2284	2025-07-10	Unraveling the oxidative stress landscape in diabetic foot ulcers: insights from bulk RNA and single-cell RNA sequencing data 2025-Jul-04, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00672-5 PMID:40616164	研究论文	本研究通过生物信息学和初步验证方法揭示了糖尿病足溃疡(DFU)中的氧化应激景观	首次利用单细胞和批量RNA测序数据揭示DFU中的氧化应激相关基因和成纤维细胞的作用	研究结果需要进一步的体内实验验证	揭示糖尿病足溃疡中氧化应激的潜在机制	糖尿病足溃疡患者样本	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	SVM-RFE, LASSO, RF	RNA测序数据	31,787个细胞(来自10个不同集群)
2285	2025-07-10	An Intrinsic-hoc Framework for Heterogeneous Cellular Senescence Elucidation Using Deep Graph Representation Learning and Experimental Validation 2025-Jul-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.01.662364 PMID:40631080	研究论文	本文提出了一种名为DeepSAS的框架，用于通过深度图表示学习和实验验证来阐明衰老细胞的异质性及其相关基因	DeepSAS框架结合深度图表示学习和单细胞RNA-seq数据，能够更准确地识别衰老细胞和相关基因，且在基准测试中表现优于现有方法	研究仅应用于健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集，未在其他疾病或组织中验证	理解衰老和年龄相关疾病中衰老细胞的异质性及其相关基因	衰老细胞及其相关基因	数字病理学	特发性肺纤维化	单细胞RNA-seq, Xenium空间转录组学	深度图表示学习	单细胞RNA-seq数据, 空间转录组数据	健康眼细胞图谱和特发性肺纤维化数据集
2286	2025-07-10	Single-cell analysis of ecto-mesenchymal cells derived from the neural crest reveals the regulatory role of P75NTR in odontogenic and osteogenic differentiation 2025-Jul-03, BMC oral health IF:2.6Q1 DOI:10.1186/s12903-025-06399-z PMID:40611059	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了p75NTR对神经嵴细胞牙源性和成骨分化的调控作用	首次在单细胞水平揭示了p75NTR通过细胞因子调控网络影响细胞间通讯和分化能力	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类细胞中验证	探索p75NTR对颌面部发育过程中矿化和分化的影响机制	小鼠胚胎外胚层间充质干细胞(EMSCs)	发育生物学	颌面部发育异常	scRNA-seq, 矿化诱导实验, 伤口愈合实验	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	p75NTR敲除和野生型小鼠胚胎EMSCs
2287	2025-07-10	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了通过最大似然法（LAML）推断时间分辨细胞谱系树的方法，用于动态谱系追踪技术	提出了一种新的最大似然方法LAML，能够准确推断时间分辨的细胞谱系树，并在模拟数据和实际小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法，以更好地理解细胞分裂和迁移的动态过程	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和小鼠模型中的细胞数据
2288	2025-07-10	scAGCI: an anchor graph-based method for cell clustering from integrated scRNA-seq and scATAC-seq data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf244 PMID:40622484	研究论文	提出了一种基于锚图的细胞聚类方法scAGCI，用于整合scRNA-seq和scATAC-seq数据	通过动态锚点统一过程捕获特定和共享的锚图，挖掘高阶共享信息以完成组学表示	未明确提及具体局限性	解决单细胞多组学聚类中的噪声和异质性问题	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和单细胞ATAC测序(scATAC-seq)数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	锚图方法	单细胞多组学数据	未明确提及具体样本量
2289	2025-07-10	MORPH Predicts the Single-Cell Outcome of Genetic Perturbations Across Conditions and Data Modalities 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661992 PMID:40631143	研究论文	本文介绍了一种名为MORPH的模块化框架，用于预测细胞对遗传扰动的响应	MORPH结合了基于差异的变分自编码器和注意力机制，能够预测未见过的扰动、扰动组合以及新细胞环境中的扰动	NA	开发一个预测模型，以支持跨数据类型和细胞环境的遗传扰动响应预测	单细胞转录组学和成像数据	计算生物学	NA	变分自编码器、注意力机制	VAE、注意力机制	单细胞转录组学数据、成像数据	NA
2290	2025-07-10	Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.28.662120 PMID:40631279	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学和T细胞受体测序技术，揭示了小鼠胸腺在生命周期中的结构和转录变化，以及年龄相关的适应性免疫功能下降的机制	首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，全面解析了胸腺衰老过程中的组织结构变化和免疫微环境重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究胸腺衰老过程中结构和功能的改变及其对适应性免疫功能的影响	小鼠胸腺组织	免疫学	衰老相关免疫衰退	高分辨率空间转录组学，T细胞受体(TCR)测序	NA	空间转录组数据，TCR序列数据	21个小鼠胸腺样本（覆盖整个生命周期）
2291	2025-07-10	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	介绍了一种名为SEC-seq的新协议，能够将单个细胞的转录组与分泌蛋白量联系起来	SEC-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时分析转录组和分泌蛋白量，为理解细胞分泌机制提供了新工具	技术操作需要特定设备（如流式细胞仪和单细胞RNA测序平台），可能限制其广泛应用	研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关系	T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌细胞	单细胞组学	NA	SEC-seq、scRNA-seq、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个单细胞
2292	2025-07-10	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-07, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	首次结合单细胞分析和高维加权基因共表达网络分析，识别出与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	类风湿性关节炎患者和正常对照的基因表达数据	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质互作网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，外部验证集为GSE77298数据集
2293	2025-07-10	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究探讨了Setdb1在巨噬细胞中对心脏同种异体移植物纤维化的影响及其潜在机制	揭示了Setdb1通过调控组蛋白甲基化影响巨噬细胞重编程，从而调节纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索巨噬细胞中Setdb1对心脏同种异体移植物纤维化的调控作用及其治疗潜力	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织样本
2294	2025-07-10	scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT，用于多组学数据的整合和标签传递	利用原始数据中的相关性特征增强图结构，提高了多组学数据整合的性能	未明确提及具体局限性	开发高性能的单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	Graph Transformer	单细胞多组学数据	数百万细胞的数据集
2295	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜能	首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其具有调节、细胞毒性和炎症潜能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织炎症的影响，寻找独特的调控靶点	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织（gWAT）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织
2296	2025-07-10	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	本研究通过建立63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系作为自闭症谱系障碍(ASD)的遗传模型，揭示了细胞类型特异的易感通路和翻译机器功能障碍	建立了首个包含63个ASD相关CNV遗传修饰ESC模型库，并发现谷氨酸能和GABA能神经元中Upf3b表达降低这一共同表型	研究主要基于小鼠ESC模型，与人类ASD患者可能存在物种差异	解析ASD相关CNV的细胞类型特异性致病机制	63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经发育疾病研究	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠ESC模型	单细胞转录组数据	63个基因修饰ESC系(其中12个代表性细胞系进行神经分化)
2297	2025-07-10	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制假发现率，提高了统计功效和计算效率	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据中的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	多个个体的外周血单核细胞和神经细胞
2298	2025-07-10	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本研究提出了一种名为基因空间整合(GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学数据分析，并解决批次效应问题	利用自编码器网络提取空间嵌入，将空间特征投影到基因表达特征空间，实现了多样本的无缝整合，显著提升了分析工具的性能	方法主要关注基因分布的空间方面，可能未充分利用其他空间信息如细胞/点邻近性和维度性	开发一种深度学习方法，用于整合和分析多组空间转录组数据，以更好地理解组织特性	人类背外侧前额叶皮层数据集	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	自编码器网络	空间转录组数据	人类背外侧前额叶皮层数据集(具体样本包括151673和151672)
2299	2025-07-10	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户在单细胞RNA测序数据分析中的整合方法	提供了更多的整合方法选择，包括基于Python的方法，并提供了集成性能评估工具和自动化Python环境管理	未提及具体的性能比较结果或用户反馈	提升单细胞RNA测序数据整合的灵活性和效率	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2300	2025-07-10	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示表达GPNMB的巨噬细胞增强肌肉再生	发现了一种表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，该亚群共表达参与巨噬细胞介导的肌肉再生的关键因子，如Igf1、Mertk和Nr1h3	未明确说明样本量及实验设计的潜在局限性	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其向消退期巨噬细胞的转变	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA