单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2025-07-04	Cathepsin K Aggravates Pulmonary Fibrosis Through Promoting Fibroblast Glutamine Metabolism and Collagen Synthesis 2025-Jul-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413017 PMID:40605618	研究论文	本文研究了组织蛋白酶K（CTSK）如何通过促进成纤维细胞的谷氨酰胺代谢和胶原合成加剧肺纤维化	首次发现CTSK通过SNX9介导的内吞作用促进TGF-β1诱导的SMAD3激活，进而上调GLS1和谷氨酰胺富集，最终增加胶原合成	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究肺纤维化中成纤维细胞异常活化的触发因素及其分子机制	肺纤维化小鼠模型和患者血清样本	分子病理学	肺纤维化	蛋白质组学、单细胞测序	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据、血清生化指标	小鼠模型和患者血清样本（具体数量未明确说明）
182	2025-07-04	Single-cell transcriptomics reveals depletion and dysregulation of Mycobacterium tuberculosis-specific Th1 and Th17 cells early after acquisition of HIV 2025-Jul-03, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf354 PMID:40605619	研究论文	该研究通过单细胞转录组学揭示了HIV感染早期对结核分枝杆菌特异性Th1和Th17细胞的耗竭和功能失调	首次在HIV感染早期阶段，通过单细胞RNA测序技术揭示了结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞的耗竭和功能失调机制	研究样本量有限，且仅关注了HIV感染早期的变化	探究HIV感染如何影响对结核分枝杆菌的CD4 T细胞免疫应答	HIV感染者和非感染者的结核分枝杆菌特异性CD4 T细胞	免疫学	结核病/HIV感染	流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	单细胞转录组数据	一组HIV感染者和非感染者的样本（具体数量未明确说明）
183	2025-07-04	Engineering a Lipid Nanoparticle with Atypical Calcium Crystal Structure for Enhanced IFNβ-Mediated Immunotherapy 2025-Jul-03, Advanced materials (Deerfield Beach, Fla.) DOI:10.1002/adma.202419870 PMID:40605669	研究论文	本研究开发了一种具有非典型晶体结构和pH响应特性的纳米材料NanoCa，用于增强IFNβ介导的免疫治疗	发现NanoCa通过Ca-calcineurin-NFATc2-PKCβ-IRF3信号通路触发干扰素，增强抗肿瘤免疫反应	未明确提及具体局限性	探索金属离子通过干扰素激活促进树突状细胞成熟的机制，并开发新型抗肿瘤免疫治疗策略	钙磷酸盐脂质体纳米材料(NanoCa)及其在肿瘤模型中的免疫调节作用	纳米医学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CT26肿瘤模型	基因表达数据	多种肿瘤模型(具体数量未明确)
184	2025-07-04	Lamin A/C Expression in Hematopoietic Cells Declines During Human Aging and Constrains Atherosclerosis in Mice 2025-Jul-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.124.322893 PMID:40605747	research paper	研究探讨了人类衰老过程中造血细胞中Lamin A/C表达下降的现象及其对小鼠动脉粥样硬化的影响	首次在体内模型中研究了Lamin A功能增益对动脉粥样硬化的影响，并揭示了Lamin A/C作为年龄相关动脉粥样硬化的新型调节因子	研究主要基于小鼠模型，人类数据的直接应用可能存在限制	探究衰老过程中造血细胞Lamin A/C表达变化及其对动脉粥样硬化的影响	人类循环白细胞和小鼠模型	生物医学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、活体显微镜检查	Lmna-null小鼠和Lmnatg小鼠模型	基因表达数据、图像数据	未明确说明样本数量，涉及人类白细胞和小鼠模型
185	2025-07-04	Single‑cell RNA sequencing reveals TMEM71 as an immunomodulatory biomarker predicting immune checkpoint blockade response in breast cancer 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03068-z PMID:40608205	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了TMEM71作为预测乳腺癌免疫检查点阻断反应的免疫调节生物标志物	首次揭示了TMEM71在乳腺癌中的免疫调节作用及其作为治疗反应预测标志物的潜力	TMEM71的具体作用机制尚未完全阐明	探索TMEM71在乳腺癌中的预后价值、免疫相关性及治疗意义	乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序, ssGSEA, CIBERSORT, GO, KEGG, GSEA	NA	转录组数据, 单细胞RNA-seq数据	来自TCGA、GTEx、GEO和公共scRNA-seq数据集的数据
186	2025-07-04	Single-cell RNA sequencing reveals the potential role of estrogen in tuberous sclerosis complex related renal angiomyolipoma 2025-Jul-03, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02909-1 PMID:40608217	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤中的潜在作用	首次使用单细胞RNA测序技术揭示雌激素在TSC-AML中的性别差异及其对免疫抑制微环境和干细胞样肿瘤细胞形成的影响	样本量较小（仅4例患者），且未进行功能验证实验	探究雌激素在结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤发病机制中的作用	结节性硬化症相关肾血管平滑肌脂肪瘤患者（2名女性和2名男性）	数字病理学	结节性硬化症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	4例患者（2女2男）的TSC-AML组织样本
187	2025-07-04	A Comparative Analysis Dissecting the Immune Landscape of Vitiligo and Melanoma from a single-cell Perspective: Two Sides of the Same Coin? 2025-Jul-03, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-025-02332-2 PMID:40608219	研究论文	通过单细胞RNA测序技术比较分析白癜风和黑色素瘤的免疫微环境差异	首次从单细胞角度全面比较白癜风和黑色素瘤的免疫微环境，揭示两者在免疫激活与逃逸机制上的根本差异	样本来源和数量未明确说明，可能影响结果的普适性	解析白癜风和黑色素瘤免疫微环境的异同点	健康对照者、白癜风患者和黑色素瘤患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	皮肤病（白癜风和黑色素瘤）	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
188	2025-07-04	Nonhuman Primates Model of Super-selective Intraarterial Ophthalmic Arterial Interventional Thrombolysis for Treatment of Ophthalmic Arterial Embolism Resulting From Hyaluronic Acid Filler Cosmetic Injection 2025-Jul-02, Aesthetic surgery journal IF:3.0Q1 DOI:10.1093/asj/sjaf132 PMID:40601619	研究论文	本研究提出了一种非人灵长类动物的视网膜缺血再灌注模型，用于研究透明质酸填充剂美容注射导致的眼动脉栓塞的治疗方法	首次建立了非人灵长类动物眼动脉缺血再灌注的临床相关模型，并生成了缺血损伤的视网膜细胞图谱	研究仅使用恒河猴作为模型，可能无法完全模拟人类临床情况	验证动脉内溶栓治疗对透明质酸注射导致的视力障碍的有效性	恒河猴眼动脉栓塞模型	眼科研究	眼动脉栓塞	数字减影血管造影(DSA)、眼底荧光素血管造影(FFA)、视网膜电图(ERG)、苏木精-伊红(HE)染色、透射电子显微镜(TEM)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	恒河猴动物模型	影像数据、电生理数据、组织学数据、单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，使用恒河猴作为研究对象
189	2025-07-04	Synovial tissue atlas in juvenile idiopathic arthritis reveals pathogenic niches associated with disease severity 2025-Jul-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adt6050 PMID:40601776	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学技术，构建了幼年特发性关节炎（JIA）滑膜组织的细胞图谱，揭示了与疾病严重程度相关的致病生态位	首次在治疗初期的JIA患儿中，通过多组学技术构建了滑膜组织的细胞图谱，并识别了与关节炎严重程度和疾病风险相关的效应细胞群	研究样本仅限于治疗初期的JIA患儿，可能无法代表疾病晚期或治疗后的情况	提高对幼年特发性关节炎滑膜炎症细胞基础的理解，以指导精准靶向治疗	幼年特发性关节炎（JIA）患儿的滑膜组织、滑液和外周血	数字病理学	幼年特发性关节炎	单细胞RNA测序、多重免疫荧光、空间转录组学	NA	基因表达数据、图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括治疗初期的JIA患儿滑膜活检样本及匹配的滑液和外周血样本
190	2025-07-04	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase protects from experimental acute kidney injury 2025-Jul-02, American journal of physiology. Renal physiology DOI:10.1152/ajprenal.00138.2025 PMID:40602784	研究论文	本文研究了甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）在小鼠实验性急性肾损伤（AKI）中的保护作用	首次提出MTAP抑制可作为AKI的潜在治疗靶点，并通过转录组分析和人类单细胞RNA-seq数据验证了其机制	研究仅基于小鼠模型和人类单细胞RNA-seq数据，尚未进行临床验证	探索MTAP在急性肾损伤中的作用及其潜在治疗价值	小鼠模型和人类肾脏细胞	生物医学	急性肾损伤	RNA-seq	小鼠缺血再灌注和顺铂诱导的AKI模型	基因表达数据	小鼠模型和人类单细胞RNA-seq数据
191	2025-07-04	Pathogenic mechanism of extracranial arteriovenous malformations: insights from clinical, pathological, and genetic analyses 2025-Jul-02, Virchows Archiv : an international journal of pathology IF:3.4Q1 DOI:10.1007/s00428-025-04158-7 PMID:40603544	研究论文	本研究通过临床、病理和遗传分析探讨了颅外动静脉畸形（AVMs）的致病机制	揭示了MAP2K1、KRAS和BRAF突变与AVMs的基因型-表型相关性，并发现MAP4K4在异常小血管中的高表达	样本量较小（30例患者），且为回顾性研究	阐明颅外AVMs的发病机制及其与基因突变的关系	30例颅外AVMs患者	血管病理学	动静脉畸形	免疫组织化学、空间转录组学	NA	临床数据、病理数据、遗传数据	30例颅外AVMs患者
192	2025-07-04	Single cell RNA sequencing to identify an Immunogenic cell death related prognostic signature in intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08602-1 PMID:40604056	研究论文	通过单细胞RNA测序识别肝内胆管癌中与免疫原性细胞死亡相关的预后特征	首次在肝内胆管癌(iCCA)中鉴定出两种与免疫原性细胞死亡(ICD)相关的亚型，并揭示了它们与患者预后和免疫微环境的关系	样本量相对较小(仅8例iCCA患者)，且为回顾性研究	探究ICD相关基因在iCCA进展和患者预后中的作用	肝内胆管癌(iCCA)患者	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PCA, UMAP, GSEA, CellChat, CytoTRACE, Monocle2	RNA测序数据	8例iCCA患者的活细胞以及来自TCGA的iCCA样本
193	2025-07-04	Maximum likelihood inference of time-scaled cell lineage trees with mixed-type missing data using LAML 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03649-9 PMID:40604857	研究论文	本文介绍了一种名为LAML的最大似然方法，用于推断时间分辨的细胞谱系树，并应用于动态谱系追踪系统	提出了LAML方法，能够准确推断细胞谱系树的拓扑结构和分支长度，并在模拟数据和肺癌小鼠模型中表现出优于现有方法的准确性和可扩展性	NA	开发一种能够准确推断时间分辨细胞谱系树的方法	细胞谱系树	生物信息学	肺癌	动态谱系追踪技术	LAML	单细胞测序数据	模拟数据和肺癌小鼠模型
194	2025-07-04	GADD45GIP1 promotes osteosarcoma progression by modulating RPL35 ubiquitination and alleviating endoplasmic reticulum stress via the PERK/eIF2α pathway 2025-Jul-02, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-025-03866-z PMID:40604925	研究论文	本文研究了GADD45GIP1通过调节RPL35泛素化和减轻内质网应激促进骨肉瘤进展的分子机制	首次揭示了GADD45GIP1通过PERK/eIF2α通路调控RPL35泛素化和内质网应激促进骨肉瘤进展的新机制	研究主要基于体外和动物实验，尚未进行临床试验验证	探索骨肉瘤进展的新分子机制及潜在治疗靶点	骨肉瘤细胞及患者组织样本	分子肿瘤学	骨肉瘤	转录组生存分析、单细胞RNA测序、免疫共沉淀(IP)、液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	41例正常组织和67例肿瘤组织
195	2025-07-04	The role of B12 deficiency and methionine synthase in methionine-dependent cancer cells 2025-Jul-02, Cancer & metabolism IF:6.0Q1 DOI:10.1186/s40170-025-00405-2 PMID:40605016	研究论文	探讨B12缺乏和甲硫氨酸合成酶在甲硫氨酸依赖性癌细胞中的作用	揭示了甲硫氨酸依赖性癌细胞生长受限的机制，即B12缺乏导致的甲硫氨酸合成酶活性低下	研究仅基于细胞系，未涉及体内实验	解析癌细胞甲硫氨酸依赖性的分子机制	癌细胞系	癌症代谢	癌症	单细胞RNA-seq、代谢流分析(MFA)、同位素稀释	NA	基因表达数据、代谢物数据	多种癌细胞系
196	2025-07-04	CircERC1 facilitates chemoresistance through inhibiting pyroptosis and remodeling extracellular matrix in pancreatic cancer 2025-Jul-02, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-025-02385-9 PMID:40605033	研究论文	该研究揭示了circERC1在胰腺癌中通过抑制细胞焦亡和重塑细胞外基质促进化疗耐药的新机制	首次发现circERC1通过调控hnRNPA1的泛素化降解抑制PKM2/NLRP3炎症小体通路，从而抑制细胞焦亡，并揭示了其在重塑肿瘤微环境中的作用	研究主要基于体外和动物实验，尚未进行临床验证	探索胰腺癌对GEM-NabP化疗耐药的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)组织来源的细胞外囊泡(EVs)和肿瘤微环境	肿瘤生物学	胰腺癌	circRNA测序、单细胞RNA测序、qRT-PCR、Western blot、RNA pull-down、质谱分析、RNA免疫沉淀、共免疫沉淀	NA	RNA测序数据、蛋白质数据、影像数据(PET-CT)	未明确说明具体样本数量，包括PDAC组织来源的EVs和体内外实验模型
197	2025-07-04	Identification of parthanatos-related molecular subtypes and development of prognostic risk models in ovarian cancer based on multi-omics analysis 2025-Jul-02, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01726-y PMID:40605104	研究论文	通过多组学分析识别卵巢癌中与parthanatos相关的分子亚型，并开发预后风险模型	首次基于parthanatos相关基因（PRG）构建卵巢癌预后风险模型，并验证了TGFBI在促进卵巢癌细胞增殖、侵袭和克隆形成中的作用	研究主要基于TCGA和GEO数据集，可能受到数据来源的限制	探索parthanatos在卵巢癌中的预后和生物学意义，并开发新的治疗策略	卵巢癌患者及其相关基因	数字病理学	卵巢癌	多组学分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR、western blotting、集落形成实验、Transwell迁移实验	预后风险模型	基因表达数据、临床数据	TCGA和GEO数据集中的卵巢癌样本
198	2025-07-04	Pan-cancer multi-omics profiling of MS4A2 unveils its functional landscape in lung adenocarcinoma 2025-Jul-02, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002903 PMID:40607924	research paper	该研究通过整合多组学数据，揭示了MS4A2在肺腺癌中的功能景观及其预后价值	首次在四种生存指标（OS/DSS/PFI/DFI）上全面评估了MS4A2在肺腺癌中的预后分层，并揭示了其通过双趋化因子极化调控免疫抑制微环境的机制	研究主要基于回顾性数据分析，需要进一步实验验证MS4A2的功能机制	阐明MS4A2在肺腺癌中的功能角色和临床意义	肺腺癌（LUAD）患者	digital pathology	lung cancer	bulk RNA-seq, 单细胞转录组学, 甲基化表观遗传分析	Cox回归模型, Kaplan-Meier模型	转录组数据, 表观遗传数据, 药物敏感性数据	TCGA/GTEx数据库中的33种癌症数据及NSCLC队列的单细胞数据
199	2025-07-04	Single-cell transcriptomic analysis reveals therapeutic mechanisms of adipose-derived stem cell exosomes in sepsis-induced lung injury 2025-Jul-02, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002894 PMID:40607951	研究论文	本研究探讨了脂肪源性干细胞外泌体对脓毒症诱导的肺损伤的治疗效果及其潜在机制	首次使用单细胞转录组分析揭示ADSC外泌体通过调节免疫细胞功能和细胞间通讯网络治疗脓毒症肺损伤的新机制	样本量较小（每组仅2个样本进行单细胞RNA测序），且仅使用雄性小鼠模型	探索脓毒症诱导的急性肺损伤的新型治疗方法	脓毒症诱导的急性肺损伤小鼠模型	单细胞转录组学	脓毒症	单细胞RNA测序	小鼠盲肠结扎穿孔(CLP)模型	转录组数据	每组12只小鼠用于生存率分析，5只用于肺组织病理学分析，2只用于单细胞RNA测序
200	2025-07-04	Iterative clustering algorithm G-DESC-E and pan-cancer key gene analysis based on single-cell sequencing data 2025-Jul-02, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf288 PMID:40608007	研究论文	提出了一种基于单细胞测序数据的G-DESC-E迭代聚类算法，并进行了泛癌关键基因分析	首次将单细胞测序技术应用于泛癌分析中的关键基因研究，提出G-DESC-E算法，通过网格化方法有效区分降维数据，并结合标签熵和Kullback-Leibler散度公式构建目标函数，提高聚类准确性	未明确说明算法的计算效率或在大规模数据集上的表现	提高单细胞测序数据在泛癌分析中的聚类准确性，并识别与癌症发生和进展相关的关键基因	单细胞测序数据	生物信息学	泛癌	单细胞测序	G-DESC-E算法（结合网格化方法和Louvain算法）	单细胞测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及真实世界数据集