单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
19881	2024-08-05	Cancer-Associated Fibroblasts in Inflammation and Antitumor Immunity 2023-03-14, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1031 PMID:36399325	综述	本文探讨了肿瘤相关成纤维细胞在炎症和抗肿瘤免疫中的角色	揭示了不同类型的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）在肿瘤微环境中的功能及其在肿瘤促进性炎症和抑制免疫反应中的双重作用	研究主要依赖于最近的单细胞测序分析，可能缺乏更广泛的临床验证	探索肿瘤相关成纤维细胞在肿瘤炎症和免疫反应中的作用	肿瘤相关成纤维细胞及其在不同人类癌症中的表型和功能	数字病理学	肿瘤	单细胞测序	NA	文献综述	NA
19882	2024-08-05	Dynamic cellular and molecular characteristics of spermatogenesis in the viviparous marine teleost Sebastes schlegelii† 2023-02-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioac203 PMID:36401879	研究论文	本研究探讨了海洋活胎鱼Sebastes schlegelii的精子发生的动态细胞和分子特征	该研究结合了细胞组织学和单细胞RNA测序技术，填补了关于活胎鱼精子发生动态变化的研究空白	本研究未提及样本的具体数量或外部验证的结果	揭示活胎鱼的精子发生过程中的细胞和分子动态变化	重点研究海洋鱼类Sebastes schlegelii的精子发生过程	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq、转录组技术	NA	基因表达数据	NA
19883	2024-08-08	Construction of a novel immune-related prognostic-predicting model of gastric cancer 2023-Feb-05, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2022.147032 PMID:36403868	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据识别出274个差异表达的免疫相关基因，并构建了一个用于预测胃癌预后的风险评分模型	首次通过单细胞RNA测序数据识别出胃癌中的差异表达免疫相关基因，并构建了一个新的免疫相关预后预测模型	NA	研究胃癌的预后预测模型	胃癌患者的预后	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	LASSO回归分析	RNA测序数据	274个差异表达的免疫相关基因，TCGA-GC训练队列和GSE66229外部数据集
19884	2024-08-08	The heterogeneity of fibrosis and angiogenesis in endometriosis revealed by single-cell RNA-sequencing 2023-02, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2022.166602 PMID:36400338	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了异位子宫内膜、同位子宫内膜和正常子宫内膜在分泌期的细胞异质性	首次在没有激素药物干扰的情况下，通过单细胞RNA测序技术研究了异位和非异位子宫内膜的细胞异质性	NA	探索子宫内膜异位症中纤维化、血管生成和慢性炎症的细胞异质性	异位子宫内膜、同位子宫内膜和正常子宫内膜的细胞特性	数字病理学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19885	2024-08-08	Combinatorial perturbation sequencing on single cells using microwell-based droplet random pairing 2023-Jan-15, Biosensors & bioelectronics IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.bios.2022.114913 PMID:36395729	研究论文	本文介绍了一种基于微孔滴随机配对技术的单细胞组合扰动测序方法（CP-seq），用于组合药物治疗的研究	CP-seq技术利用寡核苷酸条码标记药物，通过微流控滴操作实现细胞与药物的随机配对，从而完成组合药物处理和细胞条码标记	NA	开发一种高通量且全面的组合扰动筛选技术，以减少药物抗性和疾病复发	单细胞的转录组和药物条码	生物技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	微孔利用率达到83%
19886	2024-08-08	A set-theoretic definition of cell types with an algebraic structure on gene regulatory networks and application in annotation of RNA-seq data 2023-01-10, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2022.10.015 PMID:36400029	研究论文	本文提出了一种基于集合论的细胞类型定义方法，并将其应用于RNA-seq数据的注释	开发了一种新的细胞身份表示方法，能够在不同数据集间进行比较并保留重要的生物学语义	NA	旨在改进RNA-seq数据的注释方法，更准确地捕捉细胞类型的普遍特征	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	RNA-seq	集合论框架	RNA-seq数据	NA
19887	2024-08-08	scAWMV: an adaptively weighted multi-view learning framework for the integrative analysis of parallel scRNA-seq and scATAC-seq data 2023-01-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac739 PMID:36383176	研究论文	提出了一种自适应加权多视角学习框架scAWMV，用于整合来自同一细胞的scRNA-seq和scATAC-seq数据	scAWMV方法考虑了多组学数据中不同模态的重要性差异以及scRNA-seq和scATAC-seq数据中特征的生物学联系	NA	提高揭示细胞异质性的能力	scRNA-seq和scATAC-seq数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	多视角学习	多组学数据	四个真实数据集
19888	2024-08-08	An optimized FACS-free single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) method for plant science research 2023-Jan, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.plantsci.2022.111535 PMID:36400127	研究论文	本文开发了一种无需荧光激活细胞分选（FACS）的单核RNA测序（snRNA-seq）方法，用于植物科学研究	该方法不依赖于FACS，能够使用冷冻样本，减少偏倚的细胞覆盖和解离诱导的转录伪影，并能区分表皮细胞的不同层次	NA	克服植物中单细胞RNA测序（scRNA-seq）由于原生质体分离困难而带来的限制	成熟拟南芥植物组织的基因表达调控机制	基因组学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	来自同一批次叶片材料的原生质体和单核RNA测序数据
19889	2024-08-08	Astragaloside IV as a novel CXCR4 antagonist alleviates osteoarthritis in the knee of monosodium iodoacetate-induced rats 2023-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2022.154506 PMID:36403512	研究论文	研究探讨了黄芪甲苷IV作为新型CXCR4拮抗剂在单碘乙酸诱导的骨质疏松模型大鼠中减轻膝关节骨质疏松的作用。	黄芪甲苷IV被鉴定为一种新型CXCR4拮抗剂，通过阻断Akt信号通路减少CXCL12诱导的ADAMTS4,5过度表达。	研究主要集中在动物模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床试验验证其效果。	探索黄芪甲苷IV作为CXCR4拮抗剂在骨质疏松治疗中的潜在应用。	黄芪甲苷IV对CXCR4信号通路的影响及其在骨质疏松治疗中的作用。	NA	骨质疏松	单细胞RNA测序, 分子对接, 钙响应评估, 批量RNA测序, 蛋白质印迹分析	NA	RNA序列, 蛋白质	包括骨质疏松患者和单碘乙酸诱导的骨质疏松模型大鼠
19890	2024-08-08	Relative infectivity of the SARS-CoV-2 Omicron variant in human alveolar cells 2022-Dec-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2022.105571 PMID:36406862	研究论文	本文通过整合人肺泡类器官和单细胞转录组测序技术，评估了SARS-CoV-2变种（包括GR、Alpha、Delta和Omicron）对人类肺泡细胞的相对感染性	首次在多病毒共感染条件下测量了Omicron变种的相对感染性，并提供了新的实验程序用于监测新兴病毒变种	NA	比较不同SARS-CoV-2变种的感染性，为公共卫生提供关键信息	SARS-CoV-2的GR、Alpha、Delta和Omicron变种	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组	涉及四种高传染性SARS-CoV-2变种
19891	2024-08-08	Somatic mutations of activating signalling, transcription factor, and tumour suppressor are a precondition for leukaemia transformation in myelodysplastic syndromes 2022-12, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.17613 PMID:36380727	研究论文	本文通过配对自控测序技术，包括靶向、全外显子和单细胞RNA测序，分析了72名从骨髓增生异常综合征（MDS）转变为急性髓系白血病（AML）的患者，以寻找与AML转化相关的突变（TRMs）。	首次通过配对自控测序技术，结合靶向、全外显子和单细胞RNA测序，系统地分析了MDS向AML转化过程中的相关突变。	研究仅限于一小部分基因，且样本量相对较小。	探究骨髓增生异常综合征向急性髓系白血病转化的生物学机制。	72名从骨髓增生异常综合征转变为急性髓系白血病的患者。	数字病理学	白血病	靶向测序、全外显子测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据	72名患者
19892	2024-08-08	Glucagon-like Peptide-1 receptor Tie2+ cells are essential for the cardioprotective actions of liraglutide in mice with experimental myocardial infarction 2022-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2022.101641 PMID:36396031	研究论文	本文研究了胰高血糖素样肽-1受体（GLP-1R）在心肌梗死小鼠模型中的心脏保护作用，特别是GLP-1R在Tie2+细胞中的表达及其对liraglutide治疗反应的影响	首次揭示了小鼠Tie2+内皮细胞GLP-1R作为GLP-1R激动剂心脏保护作用的关键靶点，并强调了心脏GLP-1R表达的物种特异性差异	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类心脏中GLP-1R的作用机制	探讨GLP-1R在心肌梗死中的心脏保护作用及其在不同细胞类型中的表达	小鼠和人类心脏细胞中的GLP-1R表达及其在心肌梗死中的作用	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光激活细胞分选，RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA序列数据	小鼠和人类心脏细胞样本
19893	2024-08-08	Dual-Stream Subspace Clustering Network for revealing gene targets in Alzheimer's disease 2022-12, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2022.106305 PMID:36401971	研究论文	本文提出了一种基于卷积神经网络的新型基因聚类方法——双流子空间聚类网络（DS-SCNet），用于从大规模单细胞RNA-seq数据中准确识别重要基因簇	DS-SCNet能够在大规模单细胞RNA-seq数据中准确识别重要基因簇，并在模拟数据集上优于主流基因聚类方法	NA	揭示阿尔茨海默病中的基因靶点	单细胞RNA-seq数据中的基因簇	机器学习	阿尔茨海默病	scRNA-seq	CNN	基因表达数据	分析了包含10,850个基因的单细胞RNA-seq数据，来自6673个细胞
19894	2024-08-08	Integrative analysis of multiomics data identifies selenium-related gene ALAD associating with keshan disease 2022-11-20, Free radical biology & medicine DOI:10.1016/j.freeradbiomed.2022.11.014 PMID:36395956	研究论文	本文通过综合分析多组学数据，发现与克山病相关的硒相关基因ALAD，并探讨其在克山病发病机制中的作用	首次证明硒相关基因ALAD对维持正常线粒体活性至关重要，为克山病的硒缺乏假说提供了强有力的分子证据	NA	探究克山病的分子机制及硒相关基因ALAD的作用	克山病患者及对照组的多组学数据	数字病理学	克山病	全外显子测序	NA	转录组数据、蛋白质组数据	68名克山病患者和100名对照组
19895	2024-08-08	Characteristics of lymphocyte subset alterations in COVID-19 patients with different levels of disease severity 2022-11-19, Virology journal IF:4.0Q2 DOI:10.1186/s12985-022-01926-8 PMID:36403042	研究论文	本研究探讨了不同严重程度的COVID-19患者淋巴细胞亚群的变化特征	首次详细分析了COVID-19患者中淋巴细胞亚群的变化及其与疾病严重程度的关系	研究样本主要集中在武汉火神山医院，可能存在地域性偏差	探究COVID-19患者淋巴细胞亚群的变化及其与疾病严重程度的关系	COVID-19患者的淋巴细胞亚群及其与疾病严重程度的关系	NA	COVID-19	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞数据	548名住院COVID-19患者和125名住院COVID-19患者的淋巴细胞亚群
19896	2024-08-08	A Myb enhancer-guided analysis of basophil and mast cell differentiation 2022-11-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34906-1 PMID:36400777	研究论文	本文通过分析Myb基因的-68增强子，揭示了其在嗜碱性粒细胞和肥大细胞分化中的作用	首次识别了Myb基因的-68增强子，并展示了其如何标记嗜碱性粒细胞和肥大细胞，以及如何通过单细胞RNA测序揭示这些细胞的分化轨迹	NA	深入理解MYB表达在细胞系相关方式中的调控机制	Myb基因的-68增强子在嗜碱性粒细胞和肥大细胞分化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
19897	2024-08-08	SIGIRR deficiency contributes to CD4 T cell abnormalities by facilitating the IL1/C/EBPβ/TNF-α signaling axis in rheumatoid arthritis 2022-11-18, Molecular medicine (Cambridge, Mass.) DOI:10.1186/s10020-022-00563-9 PMID:36401167	研究论文	本研究探讨了SIGIRR在类风湿关节炎中对记忆CD4 T细胞的作用及其分子机制	首次揭示了SIGIRR通过调控IL-1/C/EBPβ/TNF-α信号轴在类风湿关节炎中对记忆CD4 T细胞的影响	NA	研究SIGIRR在类风湿关节炎中对记忆CD4 T细胞的作用及其分子机制	SIGIRR在记忆CD4 T细胞中的分布和表达，以及其对类风湿关节炎疾病活动的影响	免疫学	类风湿关节炎	单细胞转录组学、批量RNA测序、流式细胞术	NA	RNA	健康人群和类风湿关节炎患者的记忆CD4 T细胞，以及AIA小鼠模型
19898	2024-08-08	Integrating Single-cell RNA-seq to construct a Neutrophil prognostic model for predicting immune responses in non-small cell lung cancer 2022-11-18, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-022-03723-x PMID:36401283	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据构建了一个针对非小细胞肺癌中中性粒细胞的预后模型，以预测患者的免疫反应和预后	首次构建了基于中性粒细胞分化相关基因的预后风险模型，并成功预测了患者的总生存时间和免疫治疗反应	NA	探索非小细胞肺癌免疫微环境中的复杂通讯网络，明确免疫细胞与肿瘤之间的相互作用	非小细胞肺癌中的中性粒细胞及其在免疫反应中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	Elastic Net和多元Cox回归模型	RNA序列数据	分析了来自非小细胞肺癌样本的28个主要细胞集群
19899	2024-08-08	Systematic investigation of imprinted gene expression and enrichment in the mouse brain explored at single-cell resolution 2022-Nov-17, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-022-08986-8 PMID:36384442	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据，系统研究了小鼠大脑中印记基因的表达和富集情况	首次正式测试了印记基因在大脑中的过度表达，并确定了特定脑区和神经元亚群中的富集情况	NA	探讨印记基因在大脑中的表达和富集情况，以及其对神经系统和行为的影响	小鼠大脑中的印记基因	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	13个单细胞RNA测序数据集
19900	2024-08-08	Prescreening of tumor samples for tumor-centric transcriptome analyses of lung adenocarcinoma 2022-Nov-17, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-022-10317-9 PMID:36397035	研究论文	本文开发了一种针对肺腺癌的肿瘤细胞预筛选策略，以确保在单细胞RNA测序分析中包含肿瘤细胞	提出了使用CEACAM5和HMGB3作为基于RT-PCR的预筛选标记物，以促进肺腺癌的肿瘤中心单细胞RNA测序分析	NA	开发一种预筛选策略，以确保在肿瘤中心的单细胞RNA测序分析中包含肿瘤细胞	肺腺癌的肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	使用了肺癌细胞系、正常与肺癌组织以及有无转移的淋巴结活检样本